ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44032

back

Distances from reference structure (by RMSD)

17, 35, 6, 50, 8, 0, 1, 6, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.049, 0.156, 0.263, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.156 std_dev=0.107
N1 A 0, 0.047, 0.158, 0.268, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.158 std_dev=0.110
N3 B 0, 0.069, 0.204, 0.339, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.204 std_dev=0.135
C6 A 0, 0.086, 0.243, 0.399, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.243 std_dev=0.156
N9 B 0, -0.011, 0.153, 0.318, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.153 std_dev=0.165
C2 B 0, 0.091, 0.265, 0.439, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.265 std_dev=0.174
N1 B 0, 0.119, 0.298, 0.477, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.298 std_dev=0.179
C1' B 0, -0.009, 0.174, 0.356, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.174 std_dev=0.183
C5 B 0, 0.032, 0.222, 0.411, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.222 std_dev=0.189
C2 A 0, 0.193, 0.391, 0.589, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.391 std_dev=0.198
C5 A 0, 0.135, 0.342, 0.549, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.342 std_dev=0.207
C6 B 0, 0.078, 0.290, 0.501, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.290 std_dev=0.212
N4 A 0, -0.033, 0.201, 0.436, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.201 std_dev=0.234
N6 B 0, 0.066, 0.304, 0.541, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.304 std_dev=0.237
C8 B 0, -0.063, 0.220, 0.502, 1.920 max_d=1.920 avg_d=0.220 std_dev=0.282
O2 A 0, 0.279, 0.577, 0.875, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.577 std_dev=0.298
N7 B 0, -0.036, 0.268, 0.572, 1.875 max_d=1.875 avg_d=0.268 std_dev=0.304
N3 A 0, 0.161, 0.472, 0.783, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.472 std_dev=0.311
C4 A 0, 0.042, 0.380, 0.717, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.380 std_dev=0.338
C1' A 0, -0.101, 0.248, 0.597, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.248 std_dev=0.349
O4' B 0, 0.005, 0.543, 1.081, 2.145 max_d=2.145 avg_d=0.543 std_dev=0.538
O4' A 0, -0.157, 0.395, 0.946, 2.278 max_d=2.278 avg_d=0.395 std_dev=0.552
C2' A 0, -0.102, 0.460, 1.022, 2.266 max_d=2.266 avg_d=0.460 std_dev=0.562
O3' B 0, -0.049, 0.561, 1.172, 2.447 max_d=2.447 avg_d=0.561 std_dev=0.611
O5' A 0, 0.224, 0.891, 1.558, 3.149 max_d=3.149 avg_d=0.891 std_dev=0.667
C3' B 0, -0.177, 0.518, 1.213, 2.861 max_d=2.861 avg_d=0.518 std_dev=0.695
C2' B 0, -0.063, 0.638, 1.339, 2.927 max_d=2.927 avg_d=0.638 std_dev=0.701
C4' B 0, -0.037, 0.666, 1.370, 2.938 max_d=2.938 avg_d=0.666 std_dev=0.703
O2' A 0, -0.113, 0.602, 1.318, 2.912 max_d=2.912 avg_d=0.602 std_dev=0.716
C3' A 0, -0.231, 0.545, 1.321, 3.004 max_d=3.004 avg_d=0.545 std_dev=0.776
C4' A 0, -0.249, 0.535, 1.319, 3.111 max_d=3.111 avg_d=0.535 std_dev=0.784
P A 0, 0.432, 1.279, 2.126, 4.238 max_d=4.238 avg_d=1.279 std_dev=0.847
C5' A 0, -0.015, 0.850, 1.715, 3.445 max_d=3.445 avg_d=0.850 std_dev=0.865
OP2 A 0, 0.491, 1.398, 2.304, 4.332 max_d=4.332 avg_d=1.398 std_dev=0.907
OP1 A 0, 0.511, 1.560, 2.609, 5.008 max_d=5.008 avg_d=1.560 std_dev=1.049
O2' B 0, 0.010, 1.079, 2.149, 4.085 max_d=4.085 avg_d=1.079 std_dev=1.069
O3' A 0, -0.358, 0.742, 1.843, 4.106 max_d=4.106 avg_d=0.742 std_dev=1.101
C5' B 0, 0.083, 1.443, 2.803, 5.364 max_d=5.364 avg_d=1.443 std_dev=1.360
P B 0, 0.225, 1.588, 2.952, 5.593 max_d=5.593 avg_d=1.588 std_dev=1.364
O5' B 0, -0.508, 0.869, 2.246, 5.578 max_d=5.578 avg_d=0.869 std_dev=1.377
OP2 B 0, 0.749, 2.402, 4.056, 5.491 max_d=5.491 avg_d=2.402 std_dev=1.653
OP1 B 0, 0.774, 2.591, 4.409, 6.910 max_d=6.910 avg_d=2.591 std_dev=1.817

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.12 0.08
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.06 0.04 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.11 0.04 0.12 0.13 0.22 0.16
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.05 0.13 0.00 0.03 0.01 0.04 0.10 0.08 0.05
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.02 0.10 0.05 0.10 0.11 0.12 0.02 0.01 0.02 0.06 0.15 0.11 0.08
C4 0.04 0.06 0.06 0.08 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.07 0.11 0.04 0.17 0.23 0.31 0.23
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.06 0.06 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02
C5 0.01 0.02 0.05 0.09 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.12 0.03 0.18 0.24 0.30 0.24
C5' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.12 0.07 0.11 0.13 0.05 0.05 0.05 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.11 0.03 0.15 0.17 0.23 0.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.10 0.11 0.19 0.14
N3 0.03 0.01 0.07 0.10 0.02 0.06 0.03 0.11 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.08 0.12 0.05 0.16 0.19 0.28 0.20
N4 0.01 0.00 0.05 0.11 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.16 0.02 0.20 0.32 0.43 0.30
O2 0.02 0.01 0.13 0.12 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.17 0.04 0.10 0.09 0.20 0.13
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.07 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.08 0.05 0.14 0.00 0.05 0.05 0.05 0.12 0.08 0.06
O3' 0.02 0.11 0.03 0.01 0.11 0.02 0.12 0.05 0.11 0.06 0.12 0.16 0.17 0.05 0.00 0.01 0.10 0.26 0.20 0.17
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.01 0.00 0.06 0.08 0.13 0.11
O5' 0.05 0.12 0.04 0.06 0.17 0.01 0.18 0.01 0.15 0.10 0.16 0.20 0.10 0.05 0.10 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.13 0.10 0.15 0.23 0.07 0.24 0.06 0.17 0.11 0.19 0.32 0.09 0.12 0.26 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.22 0.08 0.11 0.31 0.04 0.30 0.03 0.23 0.19 0.28 0.43 0.20 0.08 0.20 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.16 0.05 0.08 0.23 0.02 0.24 0.01 0.18 0.14 0.20 0.30 0.13 0.06 0.17 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.43 0.87 0.87 0.37 0.71 0.41 1.08 0.44 0.42 0.44 0.38 0.29 0.44 0.36 0.79 0.81 0.42 1.15 1.12 0.98 1.00
C2 0.40 0.61 0.63 0.54 0.48 0.40 0.48 0.75 0.54 0.42 0.60 0.56 0.58 0.46 0.42 0.72 0.49 0.31 0.89 1.35 0.68 0.78
C2' 0.50 0.62 0.98 1.01 0.56 0.83 0.58 1.18 0.62 0.54 0.63 0.57 0.38 0.57 0.53 0.84 0.94 0.53 1.31 1.27 1.15 1.21
C3' 0.58 0.69 1.13 1.13 0.63 0.92 0.63 1.24 0.66 0.58 0.68 0.65 0.17 0.59 0.59 1.00 1.05 0.60 1.32 1.00 1.17 1.16
C4 0.55 0.59 0.60 0.40 0.52 0.20 0.49 0.40 0.50 0.52 0.54 0.59 0.53 0.52 0.52 0.78 0.34 0.37 0.52 1.30 0.46 0.40
C4' 0.69 0.63 1.25 1.23 0.63 1.04 0.60 1.36 0.59 0.64 0.60 0.63 0.14 0.60 0.65 1.16 1.16 0.71 1.22 0.81 1.21 1.04
C5 0.36 0.31 0.57 0.35 0.28 0.26 0.31 0.52 0.29 0.42 0.29 0.30 0.33 0.42 0.34 0.70 0.29 0.34 0.54 1.17 0.58 0.34
C5' 0.96 0.80 1.48 1.40 0.83 1.21 0.77 1.50 0.72 0.84 0.74 0.83 0.35 0.76 0.88 1.46 1.32 0.95 1.08 0.56 1.29 0.81
C6 0.25 0.26 0.68 0.52 0.22 0.42 0.30 0.75 0.30 0.38 0.28 0.20 0.25 0.40 0.27 0.73 0.47 0.33 0.75 1.08 0.68 0.51
N1 0.25 0.39 0.69 0.61 0.30 0.47 0.35 0.84 0.39 0.36 0.40 0.33 0.37 0.40 0.28 0.71 0.55 0.28 0.93 1.19 0.74 0.76
N3 0.53 0.70 0.60 0.43 0.57 0.27 0.54 0.56 0.59 0.49 0.66 0.67 0.64 0.52 0.52 0.77 0.38 0.35 0.69 1.40 0.49 0.61
N4 0.14 0.35 0.27 0.15 0.19 0.12 0.24 0.18 0.26 0.26 0.29 0.30 0.11 0.33 0.16 0.34 0.17 0.18 0.13 0.17 0.29 0.10
O2 0.48 0.73 0.68 0.64 0.57 0.52 0.55 0.88 0.62 0.45 0.70 0.68 0.65 0.49 0.49 0.75 0.60 0.41 1.02 1.38 0.83 0.93
O2' 0.61 0.70 1.06 1.17 0.63 1.00 0.63 1.33 0.67 0.60 0.70 0.66 0.40 0.61 0.61 0.87 1.12 0.67 1.43 1.30 1.37 1.39
O3' 0.76 0.88 1.27 1.34 0.79 1.11 0.76 1.38 0.80 0.69 0.84 0.85 0.14 0.69 0.74 1.07 1.26 0.77 1.48 1.10 1.39 1.44
O4' 0.51 0.44 1.07 1.03 0.45 0.86 0.46 1.21 0.45 0.54 0.43 0.43 0.14 0.52 0.49 1.01 0.97 0.56 1.12 0.87 1.06 0.92
O5' 0.94 0.82 1.39 1.20 0.85 1.08 0.80 1.35 0.76 0.88 0.78 0.85 0.42 0.80 0.90 1.40 1.12 0.95 0.86 0.28 1.15 0.43
OP1 1.67 1.39 2.09 1.83 1.46 1.66 1.32 1.75 1.23 1.47 1.28 1.46 0.85 1.29 1.56 2.13 1.70 1.56 0.81 0.43 1.18 0.28
OP2 1.29 1.22 1.51 1.18 1.28 1.20 1.24 1.31 1.16 1.35 1.17 1.25 0.86 1.26 1.33 1.62 1.11 1.29 0.65 0.63 1.20 0.45
P 1.33 1.14 1.70 1.42 1.22 1.33 1.15 1.50 1.07 1.30 1.08 1.20 0.76 1.17 1.31 1.76 1.32 1.30 0.71 0.31 1.18 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.23 0.00 0.14 0.39 0.55 0.32
C2 0.03 0.00 0.29 0.19 0.01 0.37 0.02 0.60 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.20 0.44 0.42 0.69 0.33 0.31
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.17 0.02 0.11 0.14 0.16 0.11 0.25 0.28 0.04 0.04 0.03 0.00 0.03 0.02 0.54 1.03 1.25 0.88
C3' 0.02 0.19 0.00 0.00 0.18 0.01 0.25 0.04 0.24 0.29 0.23 0.17 0.16 0.31 0.17 0.02 0.01 0.02 0.41 1.19 0.86 0.75
C4 0.02 0.01 0.17 0.18 0.00 0.16 0.00 0.27 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.11 0.23 0.18 0.28 0.45 0.14
C4' 0.01 0.37 0.02 0.01 0.16 0.00 0.09 0.01 0.16 0.27 0.27 0.36 0.11 0.20 0.07 0.22 0.02 0.00 0.03 0.51 0.33 0.11
C5 0.01 0.02 0.11 0.25 0.00 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.10 0.12 0.11 0.36 0.67 0.25
C5' 0.07 0.60 0.14 0.04 0.27 0.01 0.19 0.00 0.30 0.38 0.48 0.54 0.19 0.30 0.13 0.12 0.15 0.02 0.01 0.49 0.31 0.01
C6 0.02 0.04 0.16 0.24 0.01 0.16 0.01 0.30 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.12 0.11 0.22 0.17 0.55 0.56 0.17
C8 0.01 0.01 0.11 0.29 0.01 0.27 0.01 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.37 0.17 0.20 0.37 0.45 1.04 0.61
N1 0.03 0.01 0.25 0.23 0.02 0.27 0.01 0.48 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.14 0.34 0.31 0.69 0.33 0.20
N3 0.03 0.01 0.28 0.17 0.00 0.36 0.01 0.54 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.22 0.45 0.38 0.51 0.34 0.25
N6 0.01 0.01 0.04 0.16 0.01 0.11 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.10 0.09 0.09 0.64 0.62 0.21
N7 0.01 0.01 0.04 0.31 0.01 0.20 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.30 0.19 0.10 0.29 0.42 1.04 0.54
N9 0.00 0.01 0.03 0.17 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.08 0.01 0.14 0.21 0.64 0.32
O2' 0.02 0.36 0.00 0.02 0.13 0.22 0.12 0.12 0.12 0.37 0.26 0.35 0.12 0.30 0.12 0.00 0.06 0.17 0.56 1.20 1.51 1.02
O3' 0.23 0.20 0.03 0.01 0.11 0.02 0.10 0.15 0.11 0.17 0.14 0.22 0.10 0.19 0.08 0.06 0.00 0.16 0.23 1.09 0.64 0.54
O4' 0.00 0.44 0.02 0.02 0.23 0.00 0.12 0.02 0.22 0.20 0.34 0.45 0.09 0.10 0.01 0.17 0.16 0.00 0.21 0.18 0.22 0.25
O5' 0.14 0.42 0.54 0.41 0.18 0.03 0.11 0.01 0.17 0.37 0.31 0.38 0.09 0.29 0.14 0.56 0.23 0.21 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.39 0.69 1.03 1.19 0.28 0.51 0.36 0.49 0.55 0.45 0.69 0.51 0.64 0.42 0.21 1.20 1.09 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.55 0.33 1.25 0.86 0.45 0.33 0.67 0.31 0.56 1.04 0.33 0.34 0.62 1.04 0.64 1.51 0.64 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.32 0.31 0.88 0.75 0.14 0.11 0.25 0.01 0.17 0.61 0.20 0.25 0.21 0.54 0.32 1.02 0.54 0.25 0.00 0.01 0.01 0.00