ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44036

back

Distances from reference structure (by RMSD)

32, 28, 12, 6, 61, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.045, 0.119, 0.194, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.119 std_dev=0.075
N1 A 0, 0.028, 0.108, 0.188, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.108 std_dev=0.080
C6 A 0, 0.091, 0.231, 0.371, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.231 std_dev=0.140
N3 B 0, 0.077, 0.230, 0.382, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.230 std_dev=0.153
C2 A 0, 0.085, 0.239, 0.394, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.239 std_dev=0.154
N3 A 0, 0.105, 0.272, 0.439, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.272 std_dev=0.167
C1' A 0, 0.088, 0.266, 0.444, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.266 std_dev=0.178
C4 A 0, 0.111, 0.294, 0.477, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.294 std_dev=0.183
C5 A 0, 0.128, 0.317, 0.507, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.317 std_dev=0.190
C2 B 0, 0.100, 0.293, 0.485, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.293 std_dev=0.193
C5 B 0, 0.088, 0.281, 0.474, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.281 std_dev=0.193
N9 B 0, 0.097, 0.296, 0.496, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.296 std_dev=0.199
N1 B 0, 0.084, 0.294, 0.504, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.294 std_dev=0.210
C2' B 0, 0.133, 0.374, 0.614, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.374 std_dev=0.240
C6 B 0, 0.095, 0.342, 0.589, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.342 std_dev=0.247
O4' A 0, 0.121, 0.369, 0.618, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.369 std_dev=0.248
O4 A 0, 0.171, 0.452, 0.734, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.452 std_dev=0.281
C1' B 0, 0.108, 0.397, 0.687, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.397 std_dev=0.289
O2 A 0, 0.155, 0.451, 0.746, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.451 std_dev=0.295
C2' A 0, 0.101, 0.424, 0.747, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.424 std_dev=0.323
C8 B 0, 0.145, 0.471, 0.798, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.471 std_dev=0.326
C3' B 0, 0.136, 0.467, 0.798, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.467 std_dev=0.331
N7 B 0, 0.148, 0.498, 0.849, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.498 std_dev=0.350
N2 B 0, 0.154, 0.511, 0.868, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.511 std_dev=0.357
C3' A 0, 0.166, 0.528, 0.890, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.528 std_dev=0.362
O4' B 0, 0.189, 0.581, 0.972, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.581 std_dev=0.391
C4' A 0, 0.178, 0.571, 0.963, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.571 std_dev=0.393
O6 B 0, 0.145, 0.541, 0.938, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.541 std_dev=0.397
O2' B 0, 0.133, 0.554, 0.975, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.554 std_dev=0.421
C4' B 0, 0.175, 0.604, 1.032, 1.772 max_d=1.772 avg_d=0.604 std_dev=0.428
O2' A 0, 0.171, 0.611, 1.050, 2.073 max_d=2.073 avg_d=0.611 std_dev=0.440
O3' B 0, 0.103, 0.554, 1.005, 2.857 max_d=2.857 avg_d=0.554 std_dev=0.451
O5' B 0, 0.234, 0.711, 1.188, 2.064 max_d=2.064 avg_d=0.711 std_dev=0.477
O3' A 0, 0.230, 0.724, 1.218, 1.922 max_d=1.922 avg_d=0.724 std_dev=0.494
C5' B 0, 0.226, 0.752, 1.278, 2.227 max_d=2.227 avg_d=0.752 std_dev=0.526
C5' A 0, 0.271, 0.820, 1.370, 2.736 max_d=2.736 avg_d=0.820 std_dev=0.549
P B 0, 0.160, 0.759, 1.357, 2.965 max_d=2.965 avg_d=0.759 std_dev=0.599
OP2 B 0, 0.203, 0.874, 1.545, 4.287 max_d=4.287 avg_d=0.874 std_dev=0.671
OP1 B 0, 0.156, 0.923, 1.690, 4.664 max_d=4.664 avg_d=0.923 std_dev=0.767
O5' A 0, 0.050, 0.903, 1.756, 5.037 max_d=5.037 avg_d=0.903 std_dev=0.853
P A 0, -0.147, 1.203, 2.553, 7.669 max_d=7.669 avg_d=1.203 std_dev=1.350
OP1 A 0, -0.043, 1.413, 2.868, 8.468 max_d=8.468 avg_d=1.413 std_dev=1.456
OP2 A 0, -0.343, 1.441, 3.224, 9.133 max_d=9.133 avg_d=1.441 std_dev=1.784

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.17 0.21 0.24 0.13
C2 0.02 0.00 0.10 0.11 0.02 0.03 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.12 0.01 0.04 0.30 0.37 0.41 0.30
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.12 0.03 0.07 0.20 0.00 0.02 0.06 0.01 0.16 0.18 0.20 0.09
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.13 0.00 0.17 0.02 0.17 0.07 0.11 0.17 0.02 0.01 0.14 0.01 0.20 0.19 0.20 0.12
C4 0.02 0.02 0.06 0.13 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.15 0.00 0.03 0.49 0.59 0.77 0.60
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.04 0.04 0.06 0.05 0.02 0.08 0.00 0.02 0.12 0.23 0.11
C5 0.01 0.02 0.10 0.17 0.00 0.11 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.20 0.01 0.06 0.55 0.65 0.87 0.69
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.16 0.01 0.20 0.00 0.18 0.09 0.10 0.08 0.05 0.03 0.17 0.02 0.01 0.15 0.15 0.01
C6 0.01 0.01 0.12 0.17 0.01 0.11 0.00 0.18 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.19 0.01 0.07 0.49 0.54 0.67 0.56
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.01 0.33 0.37 0.40 0.32
N3 0.02 0.00 0.07 0.11 0.01 0.04 0.01 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.12 0.01 0.03 0.39 0.47 0.57 0.44
O2 0.03 0.01 0.20 0.17 0.02 0.06 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.18 0.21 0.02 0.07 0.22 0.31 0.36 0.21
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.07 0.05 0.10 0.05 0.10 0.03 0.07 0.18 0.00 0.05 0.07 0.05 0.06 0.17 0.28 0.18
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.15 0.02 0.20 0.03 0.19 0.07 0.12 0.21 0.05 0.00 0.17 0.02 0.20 0.24 0.26 0.20
O4 0.02 0.01 0.06 0.14 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.17 0.00 0.03 0.49 0.58 0.76 0.61
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.02 0.07 0.01 0.03 0.07 0.05 0.02 0.03 0.00 0.16 0.21 0.24 0.14
O5' 0.17 0.30 0.16 0.20 0.49 0.02 0.55 0.01 0.49 0.33 0.39 0.22 0.06 0.20 0.49 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.21 0.37 0.18 0.19 0.59 0.12 0.65 0.15 0.54 0.37 0.47 0.31 0.17 0.24 0.58 0.21 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.41 0.20 0.20 0.77 0.23 0.87 0.15 0.67 0.40 0.57 0.36 0.28 0.26 0.76 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.30 0.09 0.12 0.60 0.11 0.69 0.01 0.56 0.32 0.44 0.21 0.18 0.20 0.61 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.33 0.20 0.27 0.22 0.18 0.30 0.29 0.26 0.38 0.22 0.30 0.18 0.19 0.34 0.20 0.38 0.21 0.38 0.10 0.52 0.20 0.25 0.06
C2 0.31 0.28 0.26 0.23 0.22 0.35 0.38 0.33 0.53 0.23 0.44 0.25 0.19 0.41 0.19 0.39 0.25 0.41 0.16 0.71 0.37 0.30 0.16
C2' 0.24 0.21 0.20 0.17 0.18 0.22 0.28 0.20 0.37 0.20 0.30 0.18 0.17 0.32 0.17 0.27 0.18 0.31 0.08 0.47 0.23 0.27 0.11
C3' 0.37 0.19 0.31 0.27 0.20 0.33 0.19 0.27 0.22 0.22 0.19 0.18 0.23 0.23 0.26 0.39 0.26 0.42 0.10 0.27 0.10 0.14 0.02
C4 0.51 0.19 0.49 0.46 0.20 0.60 0.24 0.56 0.37 0.19 0.28 0.18 0.24 0.27 0.29 0.67 0.51 0.61 0.32 0.55 0.49 0.34 0.26
C4' 0.52 0.34 0.45 0.37 0.34 0.41 0.28 0.33 0.27 0.33 0.28 0.35 0.39 0.29 0.40 0.56 0.34 0.52 0.23 0.28 0.13 0.10 0.09
C5 0.61 0.27 0.61 0.58 0.29 0.69 0.20 0.64 0.26 0.25 0.21 0.29 0.36 0.22 0.39 0.79 0.61 0.69 0.39 0.40 0.48 0.39 0.31
C5' 0.77 0.60 0.72 0.58 0.57 0.62 0.43 0.48 0.41 0.45 0.49 0.64 0.66 0.36 0.60 0.87 0.55 0.74 0.37 0.32 0.27 0.14 0.17
C6 0.57 0.26 0.55 0.51 0.28 0.61 0.21 0.56 0.26 0.24 0.22 0.28 0.35 0.23 0.37 0.71 0.53 0.65 0.32 0.39 0.40 0.38 0.27
N1 0.40 0.19 0.35 0.31 0.18 0.42 0.26 0.38 0.37 0.19 0.29 0.16 0.20 0.31 0.23 0.49 0.32 0.48 0.17 0.53 0.32 0.28 0.13
N3 0.37 0.25 0.33 0.31 0.19 0.45 0.35 0.43 0.50 0.20 0.41 0.21 0.18 0.37 0.20 0.49 0.34 0.49 0.22 0.69 0.45 0.31 0.20
O2 0.25 0.46 0.22 0.19 0.36 0.26 0.54 0.25 0.70 0.34 0.62 0.43 0.33 0.55 0.26 0.28 0.20 0.32 0.20 0.88 0.38 0.36 0.22
O2' 0.21 0.35 0.21 0.18 0.31 0.17 0.41 0.17 0.49 0.29 0.44 0.34 0.29 0.43 0.24 0.22 0.19 0.23 0.18 0.57 0.20 0.29 0.14
O3' 0.27 0.19 0.23 0.21 0.20 0.22 0.22 0.18 0.23 0.23 0.21 0.16 0.20 0.24 0.22 0.26 0.20 0.31 0.01 0.22 0.03 0.02 0.01
O4 0.53 0.18 0.53 0.51 0.20 0.65 0.23 0.62 0.37 0.19 0.27 0.17 0.24 0.26 0.30 0.72 0.56 0.64 0.37 0.56 0.53 0.35 0.29
O4' 0.48 0.28 0.42 0.34 0.28 0.41 0.27 0.33 0.30 0.29 0.26 0.27 0.33 0.32 0.34 0.56 0.32 0.50 0.20 0.39 0.12 0.17 0.04
O5' 0.78 0.71 0.74 0.62 0.63 0.69 0.52 0.56 0.54 0.46 0.62 0.74 0.73 0.43 0.62 0.92 0.60 0.76 0.40 0.49 0.40 0.25 0.28
OP1 1.19 1.22 1.21 1.02 1.05 1.05 0.88 0.81 0.93 0.73 1.09 1.31 1.23 0.69 0.99 1.46 1.02 1.09 0.51 0.83 0.47 0.23 0.29
OP2 1.05 1.17 1.07 0.95 0.99 1.01 0.91 0.89 1.01 0.69 1.11 1.24 1.13 0.74 0.89 1.33 1.01 0.98 0.55 0.99 0.56 0.29 0.35
P 1.00 1.07 0.99 0.81 0.92 0.87 0.81 0.69 0.88 0.64 0.99 1.15 1.06 0.65 0.85 1.22 0.81 0.92 0.42 0.83 0.38 0.18 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.09 0.01 0.17 0.24 0.11
C2 0.03 0.00 0.17 0.22 0.01 0.10 0.02 0.16 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.12 0.26 0.05 0.20 0.01 0.20 0.37 0.19
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.10 0.02 0.08 0.05 0.10 0.07 0.15 0.17 0.16 0.07 0.04 0.00 0.02 0.01 0.19 0.10 0.18 0.26 0.14
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.15 0.00 0.17 0.03 0.20 0.14 0.22 0.23 0.20 0.16 0.10 0.02 0.01 0.02 0.22 0.16 0.20 0.19 0.11
C4 0.02 0.01 0.10 0.15 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.16 0.03 0.19 0.01 0.18 0.32 0.17
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.09 0.08 0.10 0.12 0.09 0.08 0.04 0.11 0.03 0.01 0.02 0.08 0.13 0.23 0.06
C5 0.01 0.02 0.08 0.17 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.19 0.03 0.23 0.01 0.21 0.36 0.21
C5' 0.04 0.16 0.05 0.03 0.12 0.01 0.14 0.00 0.16 0.12 0.17 0.17 0.13 0.14 0.08 0.07 0.07 0.02 0.01 0.16 0.16 0.26 0.01
C6 0.02 0.03 0.10 0.20 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.23 0.04 0.24 0.00 0.24 0.41 0.24
C8 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.14 0.04 0.22 0.02 0.17 0.28 0.17
N1 0.03 0.01 0.15 0.22 0.02 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.26 0.04 0.23 0.01 0.23 0.41 0.23
N2 0.04 0.00 0.17 0.23 0.01 0.12 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.15 0.31 0.05 0.17 0.02 0.18 0.36 0.15
N3 0.03 0.01 0.16 0.20 0.00 0.09 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.22 0.05 0.17 0.01 0.18 0.34 0.16
N7 0.01 0.02 0.07 0.16 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.18 0.03 0.25 0.02 0.21 0.34 0.22
N9 0.00 0.01 0.04 0.10 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.16 0.02 0.16 0.26 0.14
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.09 0.11 0.11 0.07 0.12 0.10 0.12 0.15 0.11 0.11 0.06 0.00 0.06 0.08 0.10 0.07 0.18 0.25 0.11
O3' 0.08 0.26 0.02 0.01 0.16 0.03 0.19 0.07 0.23 0.14 0.26 0.31 0.22 0.18 0.08 0.06 0.00 0.05 0.23 0.25 0.26 0.20 0.15
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.01 0.08 0.05 0.00 0.11 0.04 0.21 0.26 0.17
O5' 0.09 0.20 0.19 0.22 0.19 0.02 0.23 0.01 0.24 0.22 0.23 0.17 0.17 0.25 0.16 0.10 0.23 0.11 0.00 0.21 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.10 0.16 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.25 0.04 0.21 0.00 0.19 0.35 0.19
OP1 0.17 0.20 0.18 0.20 0.18 0.13 0.21 0.16 0.24 0.17 0.23 0.18 0.18 0.21 0.16 0.18 0.26 0.21 0.02 0.19 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.37 0.26 0.19 0.32 0.23 0.36 0.26 0.41 0.28 0.41 0.36 0.34 0.34 0.26 0.25 0.20 0.26 0.02 0.35 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.19 0.14 0.11 0.17 0.06 0.21 0.01 0.24 0.17 0.23 0.15 0.16 0.22 0.14 0.11 0.15 0.17 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00