ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44045

back

Distances from reference structure (by RMSD)

11, 40, 11, 5, 45, 22, 16, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.083, 0.222, 0.362, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.222 std_dev=0.139
C4 A 0, 0.080, 0.231, 0.382, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.231 std_dev=0.151
N1 B 0, 0.059, 0.221, 0.383, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.221 std_dev=0.162
N3 A 0, 0.000, 0.179, 0.357, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.179 std_dev=0.178
N1 A 0, 0.109, 0.307, 0.505, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.307 std_dev=0.198
C2 A 0, 0.036, 0.249, 0.462, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.249 std_dev=0.213
C5 A 0, 0.140, 0.357, 0.575, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.357 std_dev=0.218
N3 B 0, 0.126, 0.355, 0.585, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.355 std_dev=0.230
C1' B 0, 0.123, 0.353, 0.584, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.353 std_dev=0.231
C6 A 0, 0.116, 0.348, 0.581, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.348 std_dev=0.232
N9 A 0, 0.142, 0.388, 0.635, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.388 std_dev=0.247
C6 B 0, 0.125, 0.378, 0.630, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.378 std_dev=0.252
O4' B 0, 0.130, 0.392, 0.653, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.392 std_dev=0.262
N4 B 0, 0.082, 0.345, 0.608, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.345 std_dev=0.263
C5 B 0, 0.159, 0.438, 0.717, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.438 std_dev=0.279
C2 B 0, 0.130, 0.417, 0.704, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.417 std_dev=0.287
C1' A 0, 0.162, 0.452, 0.741, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.452 std_dev=0.290
C2' A 0, 0.193, 0.532, 0.870, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.532 std_dev=0.339
N7 A 0, 0.228, 0.576, 0.924, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.576 std_dev=0.348
C8 A 0, 0.224, 0.577, 0.930, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.577 std_dev=0.353
C2' B 0, 0.134, 0.487, 0.841, 1.859 max_d=1.859 avg_d=0.487 std_dev=0.353
N6 A 0, 0.180, 0.540, 0.900, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.540 std_dev=0.360
O4' A 0, 0.291, 0.654, 1.016, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.654 std_dev=0.363
C4' B 0, 0.112, 0.483, 0.854, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.483 std_dev=0.371
C3' B 0, 0.099, 0.493, 0.887, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.493 std_dev=0.394
O2' B 0, 0.265, 0.676, 1.086, 2.932 max_d=2.932 avg_d=0.676 std_dev=0.410
O2' A 0, 0.272, 0.689, 1.106, 2.245 max_d=2.245 avg_d=0.689 std_dev=0.417
C5' B 0, 0.236, 0.718, 1.200, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.718 std_dev=0.482
O3' B 0, 0.147, 0.651, 1.155, 2.155 max_d=2.155 avg_d=0.651 std_dev=0.504
O2 B 0, 0.209, 0.726, 1.243, 2.104 max_d=2.104 avg_d=0.726 std_dev=0.517
C4' A 0, 0.418, 0.972, 1.526, 2.260 max_d=2.260 avg_d=0.972 std_dev=0.554
C5' A 0, 0.545, 1.205, 1.865, 2.594 max_d=2.594 avg_d=1.205 std_dev=0.660
C3' A 0, 0.217, 0.956, 1.696, 2.904 max_d=2.904 avg_d=0.956 std_dev=0.739
O5' B 0, 0.491, 1.336, 2.181, 3.752 max_d=3.752 avg_d=1.336 std_dev=0.845
OP1 B 0, 0.160, 1.356, 2.552, 4.786 max_d=4.786 avg_d=1.356 std_dev=1.196
P B 0, 0.047, 1.278, 2.509, 5.036 max_d=5.036 avg_d=1.278 std_dev=1.231
O3' A 0, 0.121, 1.356, 2.591, 4.473 max_d=4.473 avg_d=1.356 std_dev=1.235
OP2 B 0, 0.149, 1.594, 3.040, 6.102 max_d=6.102 avg_d=1.594 std_dev=1.445
O5' A 0, 0.427, 2.217, 4.007, 4.466 max_d=4.466 avg_d=2.217 std_dev=1.790
P A 0, 0.540, 2.691, 4.842, 5.368 max_d=5.368 avg_d=2.691 std_dev=2.151
OP1 A 0, 0.682, 3.284, 5.885, 6.677 max_d=6.677 avg_d=3.284 std_dev=2.601
OP2 A 0, 0.567, 3.175, 5.782, 6.250 max_d=6.250 avg_d=3.175 std_dev=2.607

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.22 0.00 0.38 0.31 0.37 0.25
C2 0.03 0.00 0.22 0.13 0.01 0.14 0.02 0.28 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.23 0.27 0.21 0.65 0.45 0.91 0.56
C2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.12 0.02 0.09 0.15 0.14 0.12 0.18 0.20 0.10 0.08 0.03 0.00 0.03 0.01 0.39 0.46 0.61 0.35
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.17 0.01 0.25 0.03 0.25 0.32 0.17 0.10 0.14 0.33 0.18 0.02 0.01 0.04 0.40 0.60 0.52 0.37
C4 0.02 0.01 0.12 0.17 0.00 0.08 0.00 0.25 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.12 0.12 0.76 0.59 0.90 0.64
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.12 0.21 0.12 0.13 0.15 0.19 0.09 0.24 0.03 0.00 0.02 0.21 0.35 0.10
C5 0.02 0.02 0.09 0.25 0.00 0.12 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.12 0.07 1.01 0.88 1.25 0.94
C5' 0.09 0.28 0.15 0.03 0.25 0.01 0.33 0.00 0.35 0.36 0.32 0.24 0.42 0.39 0.22 0.10 0.20 0.02 0.01 0.41 0.42 0.02
C6 0.03 0.05 0.14 0.25 0.01 0.12 0.01 0.35 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.19 0.12 0.11 1.01 0.88 1.35 0.97
C8 0.01 0.02 0.12 0.32 0.01 0.21 0.01 0.36 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.28 0.24 0.10 1.12 0.98 1.12 0.97
N1 0.04 0.01 0.18 0.17 0.02 0.12 0.01 0.32 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.21 0.18 0.19 0.83 0.65 1.16 0.77
N3 0.03 0.00 0.20 0.10 0.00 0.13 0.01 0.24 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.29 0.20 0.56 0.38 0.73 0.45
N6 0.03 0.01 0.10 0.14 0.01 0.15 0.01 0.42 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.17 0.15 0.07 1.14 1.00 1.54 1.09
N7 0.01 0.02 0.08 0.33 0.01 0.19 0.00 0.39 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.28 0.25 0.05 1.21 1.13 1.43 1.16
N9 0.01 0.02 0.03 0.18 0.01 0.09 0.01 0.22 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.08 0.02 0.76 0.60 0.75 0.60
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.14 0.24 0.20 0.10 0.19 0.28 0.21 0.22 0.17 0.28 0.14 0.00 0.07 0.16 0.22 0.32 0.56 0.23
O3' 0.22 0.27 0.03 0.01 0.12 0.03 0.12 0.20 0.12 0.24 0.18 0.29 0.15 0.25 0.08 0.07 0.00 0.16 0.27 0.64 0.56 0.37
O4' 0.00 0.21 0.01 0.04 0.12 0.00 0.07 0.02 0.11 0.10 0.19 0.20 0.07 0.05 0.02 0.16 0.16 0.00 0.29 0.36 0.33 0.34
O5' 0.38 0.65 0.39 0.40 0.76 0.02 1.01 0.01 1.01 1.12 0.83 0.56 1.14 1.21 0.76 0.22 0.27 0.29 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.31 0.45 0.46 0.60 0.59 0.21 0.88 0.41 0.88 0.98 0.65 0.38 1.00 1.13 0.60 0.32 0.64 0.36 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.91 0.61 0.52 0.90 0.35 1.25 0.42 1.35 1.12 1.16 0.73 1.54 1.43 0.75 0.56 0.56 0.33 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.56 0.35 0.37 0.64 0.10 0.94 0.02 0.97 0.97 0.77 0.45 1.09 1.16 0.60 0.23 0.37 0.34 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.58 0.64 0.59 0.62 0.52 0.65 0.51 0.77 0.52 0.55 0.58 0.49 0.81 0.62 0.60 0.61 1.19 1.10 1.64 1.37
C2 0.45 0.30 0.53 0.51 0.30 0.55 0.51 0.62 0.54 0.39 0.25 0.26 0.47 0.63 0.57 0.49 0.90 0.81 1.07 0.90
C2' 0.62 0.62 0.64 0.71 0.56 0.74 0.57 0.90 0.59 0.60 0.58 0.54 0.72 0.63 0.70 0.68 1.38 1.22 1.72 1.52
C3' 0.95 1.00 0.91 0.98 1.07 0.97 1.12 1.11 1.11 1.03 1.01 1.23 0.98 0.79 0.89 1.01 1.74 1.53 2.32 1.99
C4 0.42 0.44 0.48 0.44 0.27 0.47 0.41 0.56 0.44 0.35 0.35 0.30 0.70 0.58 0.46 0.44 0.85 0.71 1.13 0.88
C4' 0.78 0.90 0.74 0.79 0.91 0.78 0.89 0.92 0.87 0.85 0.90 0.94 0.96 0.67 0.74 0.80 1.46 1.44 2.18 1.78
C5 0.39 0.43 0.45 0.39 0.25 0.40 0.47 0.46 0.48 0.32 0.32 0.27 0.75 0.56 0.41 0.40 0.63 0.44 0.82 0.55
C5' 0.82 1.06 0.75 0.71 1.06 0.67 0.97 0.71 0.89 0.92 1.09 1.00 1.12 0.70 0.64 0.75 1.12 1.12 1.96 1.41
C6 0.41 0.33 0.45 0.41 0.37 0.43 0.60 0.48 0.61 0.40 0.29 0.31 0.59 0.55 0.44 0.45 0.61 0.45 0.70 0.48
C8 0.63 0.73 0.65 0.59 0.45 0.58 0.41 0.58 0.42 0.54 0.62 0.41 0.98 0.72 0.60 0.57 0.74 0.49 1.04 0.68
N1 0.45 0.31 0.51 0.47 0.38 0.49 0.59 0.54 0.60 0.42 0.29 0.29 0.46 0.60 0.52 0.48 0.72 0.60 0.82 0.65
N3 0.43 0.35 0.50 0.50 0.27 0.55 0.43 0.65 0.47 0.36 0.29 0.28 0.57 0.60 0.54 0.48 0.99 0.91 1.23 1.05
N6 0.47 0.43 0.44 0.43 0.57 0.47 0.79 0.54 0.76 0.54 0.43 0.38 0.61 0.47 0.42 0.53 0.59 0.43 0.46 0.35
N7 0.54 0.65 0.58 0.50 0.31 0.49 0.43 0.50 0.44 0.43 0.50 0.32 0.97 0.67 0.52 0.48 0.59 0.35 0.74 0.42
N9 0.54 0.61 0.56 0.53 0.41 0.55 0.42 0.62 0.44 0.47 0.52 0.40 0.84 0.63 0.53 0.52 0.93 0.76 1.30 1.00
O2' 0.50 0.52 0.57 0.65 0.44 0.66 0.41 0.88 0.42 0.46 0.47 0.27 0.66 0.63 0.68 0.54 1.34 1.39 1.71 1.59
O3' 1.07 1.09 1.07 1.26 1.28 1.24 1.41 1.54 1.38 1.19 1.14 1.51 0.98 0.86 1.18 1.19 2.30 2.35 2.98 2.78
O4' 0.65 0.77 0.63 0.65 0.66 0.67 0.62 0.79 0.62 0.66 0.73 0.62 0.92 0.63 0.62 0.66 1.25 1.21 1.87 1.50
O5' 1.74 2.17 1.60 1.39 2.17 1.24 1.96 1.02 1.86 1.96 2.23 1.74 2.20 1.49 1.20 1.53 1.21 0.78 1.76 1.16
OP1 1.96 2.58 1.88 1.71 2.85 1.49 2.63 1.35 2.34 2.32 2.79 2.28 2.53 1.67 1.51 1.73 1.34 1.04 1.84 1.19
OP2 2.00 2.74 1.90 1.58 2.78 1.37 2.34 1.14 2.11 2.33 2.91 2.16 2.80 1.83 1.45 1.61 0.93 0.98 0.76 0.64
P 1.74 2.35 1.63 1.40 2.45 1.20 2.15 0.99 1.94 2.05 2.50 1.93 2.37 1.51 1.22 1.46 0.92 0.63 1.25 0.69

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.25 0.26 0.48 0.28
C2 0.02 0.00 0.13 0.15 0.07 0.06 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.16 0.04 0.51 0.44 0.62 0.53
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.02 0.11 0.02 0.13 0.02 0.10 0.05 0.22 0.00 0.03 0.01 0.28 0.26 0.42 0.25
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.10 0.01 0.15 0.03 0.18 0.05 0.14 0.12 0.22 0.01 0.01 0.02 0.35 0.31 0.37 0.27
C4 0.04 0.07 0.06 0.10 0.00 0.09 0.01 0.21 0.02 0.04 0.02 0.00 0.04 0.07 0.11 0.04 0.75 0.72 0.81 0.79
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.08 0.10 0.06 0.05 0.03 0.00 0.02 0.22 0.39 0.12
C5 0.01 0.02 0.11 0.15 0.01 0.12 0.00 0.23 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.17 0.05 0.78 0.75 0.78 0.80
C5' 0.04 0.13 0.02 0.03 0.21 0.01 0.23 0.00 0.20 0.12 0.18 0.24 0.10 0.05 0.05 0.01 0.01 0.24 0.39 0.01
C6 0.01 0.01 0.13 0.18 0.02 0.11 0.00 0.20 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.19 0.06 0.69 0.62 0.66 0.65
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.51 0.44 0.57 0.49
N3 0.02 0.01 0.10 0.14 0.02 0.08 0.02 0.18 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.15 0.03 0.63 0.57 0.72 0.65
N4 0.01 0.01 0.05 0.12 0.00 0.10 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.13 0.03 0.55 0.46 0.65 0.50
O2 0.04 0.01 0.22 0.22 0.04 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.25 0.08 0.41 0.35 0.58 0.45
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.07 0.05 0.08 0.05 0.08 0.03 0.08 0.06 0.16 0.00 0.04 0.04 0.08 0.26 0.40 0.17
O3' 0.02 0.16 0.03 0.01 0.11 0.03 0.17 0.05 0.19 0.05 0.15 0.13 0.25 0.04 0.00 0.02 0.27 0.36 0.38 0.22
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.03 0.08 0.04 0.02 0.00 0.19 0.24 0.53 0.26
O5' 0.25 0.51 0.28 0.35 0.75 0.02 0.78 0.01 0.69 0.51 0.63 0.55 0.41 0.08 0.27 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.26 0.44 0.26 0.31 0.72 0.22 0.75 0.24 0.62 0.44 0.57 0.46 0.35 0.26 0.36 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.48 0.62 0.42 0.37 0.81 0.39 0.78 0.39 0.66 0.57 0.72 0.65 0.58 0.40 0.38 0.53 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.28 0.53 0.25 0.27 0.79 0.12 0.80 0.01 0.65 0.49 0.65 0.50 0.45 0.17 0.22 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00