ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44051

back

Distances from reference structure (by RMSD)

32, 49, 38, 47, 86, 4, 40, 25, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O4 B 0, 0.115, 0.244, 0.374, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.244 std_dev=0.130
C4 A 0, 0.035, 0.183, 0.330, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.183 std_dev=0.147
N1 B 0, 0.024, 0.172, 0.320, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.172 std_dev=0.148
C6 B 0, 0.154, 0.329, 0.504, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.329 std_dev=0.175
C5 B 0, 0.173, 0.350, 0.527, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.350 std_dev=0.177
C1' B 0, 0.100, 0.298, 0.496, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.298 std_dev=0.198
C6 A 0, 0.160, 0.375, 0.590, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.375 std_dev=0.215
N9 A 0, 0.158, 0.376, 0.595, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.376 std_dev=0.219
C5 A 0, 0.088, 0.307, 0.526, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.307 std_dev=0.219
N3 A 0, 0.114, 0.343, 0.572, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.343 std_dev=0.229
N1 A 0, 0.165, 0.404, 0.644, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.404 std_dev=0.240
C4 B 0, 0.099, 0.349, 0.600, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.349 std_dev=0.251
C2 A 0, 0.149, 0.432, 0.716, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.432 std_dev=0.284
C2 B 0, 0.010, 0.298, 0.586, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.298 std_dev=0.288
C1' A 0, 0.183, 0.495, 0.806, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.495 std_dev=0.312
C2' A 0, 0.160, 0.484, 0.808, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.484 std_dev=0.324
N6 A 0, 0.291, 0.632, 0.973, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.632 std_dev=0.341
N3 B 0, 0.023, 0.380, 0.736, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.380 std_dev=0.357
O2' A 0, 0.315, 0.672, 1.029, 1.874 max_d=1.874 avg_d=0.672 std_dev=0.357
C8 A 0, 0.205, 0.575, 0.944, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.575 std_dev=0.369
O2 B 0, 0.125, 0.520, 0.914, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.520 std_dev=0.395
N7 A 0, 0.146, 0.557, 0.968, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.557 std_dev=0.411
C3' A 0, 0.127, 0.613, 1.099, 2.054 max_d=2.054 avg_d=0.613 std_dev=0.486
O4' A 0, 0.162, 0.683, 1.204, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.683 std_dev=0.521
C2' B 0, 0.185, 0.743, 1.301, 2.040 max_d=2.040 avg_d=0.743 std_dev=0.558
OP2 A 0, 0.403, 0.968, 1.533, 4.136 max_d=4.136 avg_d=0.968 std_dev=0.565
O3' A 0, 0.103, 0.671, 1.240, 2.630 max_d=2.630 avg_d=0.671 std_dev=0.568
C4' A 0, 0.177, 0.791, 1.404, 2.248 max_d=2.248 avg_d=0.791 std_dev=0.613
O2' B 0, 0.368, 1.046, 1.724, 2.554 max_d=2.554 avg_d=1.046 std_dev=0.678
O5' A 0, 0.489, 1.272, 2.055, 3.226 max_d=3.226 avg_d=1.272 std_dev=0.783
C5' A 0, 0.279, 1.110, 1.942, 2.788 max_d=2.788 avg_d=1.110 std_dev=0.832
O4' B 0, -0.046, 0.884, 1.814, 2.797 max_d=2.797 avg_d=0.884 std_dev=0.930
P A 0, 0.770, 1.729, 2.687, 4.325 max_d=4.325 avg_d=1.729 std_dev=0.958
C3' B 0, 0.134, 1.247, 2.361, 3.338 max_d=3.338 avg_d=1.247 std_dev=1.113
C4' B 0, -0.015, 1.254, 2.524, 3.822 max_d=3.822 avg_d=1.254 std_dev=1.269
O5' B 0, -0.141, 1.174, 2.488, 4.017 max_d=4.017 avg_d=1.174 std_dev=1.314
O3' B 0, 0.211, 1.557, 2.903, 3.634 max_d=3.634 avg_d=1.557 std_dev=1.346
OP1 A 0, 1.742, 3.372, 5.003, 6.126 max_d=6.126 avg_d=3.372 std_dev=1.630
P B 0, -0.346, 1.343, 3.033, 5.233 max_d=5.233 avg_d=1.343 std_dev=1.689
OP2 B 0, -0.171, 1.570, 3.311, 5.461 max_d=5.461 avg_d=1.570 std_dev=1.741
OP1 B 0, -0.138, 1.638, 3.413, 5.634 max_d=5.634 avg_d=1.638 std_dev=1.776
C5' B 0, -0.263, 1.553, 3.369, 5.380 max_d=5.380 avg_d=1.553 std_dev=1.816

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.09 0.49 0.19 0.18
C2 0.03 0.00 0.24 0.34 0.01 0.17 0.03 0.20 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.19 0.42 0.03 0.29 1.03 0.35 0.36
C2' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.12 0.01 0.06 0.02 0.11 0.11 0.17 0.25 0.08 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.18 0.12 0.08
C3' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.18 0.00 0.12 0.03 0.19 0.19 0.26 0.32 0.11 0.13 0.06 0.02 0.01 0.01 0.15 0.24 0.16 0.15
C4 0.01 0.01 0.12 0.18 0.00 0.09 0.00 0.14 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.19 0.02 0.25 0.96 0.33 0.32
C4' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.09 0.00 0.08 0.01 0.11 0.14 0.12 0.15 0.05 0.11 0.05 0.06 0.02 0.00 0.01 0.17 0.33 0.07
C5 0.01 0.03 0.06 0.12 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.13 0.02 0.29 1.18 0.53 0.38
C5' 0.03 0.20 0.02 0.03 0.14 0.01 0.17 0.00 0.19 0.22 0.17 0.17 0.13 0.22 0.11 0.06 0.04 0.02 0.01 0.37 0.43 0.01
C6 0.02 0.07 0.11 0.19 0.02 0.11 0.01 0.19 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.10 0.22 0.03 0.31 1.26 0.60 0.41
C8 0.01 0.03 0.11 0.19 0.01 0.14 0.01 0.22 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.21 0.04 0.28 1.00 0.43 0.31
N1 0.04 0.02 0.17 0.26 0.03 0.12 0.02 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.15 0.33 0.03 0.29 1.16 0.50 0.37
N3 0.03 0.01 0.25 0.32 0.01 0.15 0.01 0.17 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.38 0.04 0.25 0.88 0.26 0.31
N6 0.01 0.01 0.08 0.11 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.14 0.03 0.29 1.26 0.94 0.38
N7 0.01 0.03 0.07 0.13 0.01 0.11 0.00 0.22 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.16 0.04 0.31 1.23 0.64 0.40
N9 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.20 0.81 0.23 0.26
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.09 0.06 0.07 0.06 0.10 0.06 0.15 0.18 0.09 0.05 0.03 0.00 0.05 0.05 0.06 0.14 0.24 0.09
O3' 0.01 0.42 0.02 0.01 0.19 0.02 0.13 0.04 0.22 0.21 0.33 0.38 0.14 0.16 0.06 0.05 0.00 0.02 0.19 0.58 0.19 0.25
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.11 0.43 0.40 0.24
O5' 0.09 0.29 0.11 0.15 0.25 0.01 0.29 0.01 0.31 0.28 0.29 0.25 0.29 0.31 0.20 0.06 0.19 0.11 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.49 1.03 0.18 0.24 0.96 0.17 1.18 0.37 1.26 1.00 1.16 0.88 1.26 1.23 0.81 0.14 0.58 0.43 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.35 0.12 0.16 0.33 0.33 0.53 0.43 0.60 0.43 0.50 0.26 0.94 0.64 0.23 0.24 0.19 0.40 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.36 0.08 0.15 0.32 0.07 0.38 0.01 0.41 0.31 0.37 0.31 0.38 0.40 0.26 0.09 0.25 0.24 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.39 0.51 0.50 0.42 0.54 0.31 0.96 0.25 0.22 0.47 0.45 0.50 0.56 0.29 0.29 1.09 1.50 2.07 1.62
C2 0.53 0.54 0.45 0.70 0.52 0.64 0.48 0.62 0.49 0.52 0.54 0.56 0.55 0.87 0.25 0.73 0.73 0.73 1.47 0.85
C2' 0.19 0.49 0.50 0.44 0.48 0.43 0.26 0.85 0.19 0.28 0.56 0.55 0.52 0.52 0.25 0.22 1.07 1.44 2.13 1.64
C3' 0.20 0.51 0.60 0.69 0.51 0.74 0.36 1.31 0.32 0.29 0.60 0.60 0.45 0.74 0.34 0.32 1.41 1.94 2.38 2.08
C4 0.31 0.46 0.39 0.39 0.42 0.31 0.28 0.54 0.25 0.34 0.48 0.51 0.47 0.53 0.22 0.40 0.67 0.93 1.71 1.08
C4' 0.34 0.44 0.68 0.87 0.59 1.06 0.59 1.62 0.56 0.35 0.58 0.49 0.45 0.93 0.41 0.68 1.62 2.16 2.40 2.19
C5 0.35 0.49 0.42 0.31 0.42 0.21 0.30 0.48 0.27 0.38 0.50 0.55 0.50 0.46 0.21 0.40 0.53 0.82 1.59 0.95
C5' 0.49 0.54 0.78 1.09 0.70 1.31 0.70 1.93 0.68 0.49 0.67 0.57 0.47 1.16 0.45 0.87 1.76 2.43 2.46 2.33
C6 0.44 0.52 0.37 0.38 0.46 0.32 0.37 0.36 0.36 0.44 0.52 0.57 0.49 0.57 0.20 0.57 0.43 0.56 1.37 0.71
C8 0.37 0.54 0.62 0.50 0.48 0.48 0.37 0.92 0.34 0.40 0.57 0.62 0.60 0.53 0.26 0.28 0.88 1.41 1.92 1.43
N1 0.50 0.53 0.40 0.58 0.50 0.53 0.44 0.50 0.45 0.49 0.53 0.56 0.52 0.78 0.24 0.69 0.58 0.59 1.32 0.70
N3 0.43 0.48 0.42 0.61 0.46 0.54 0.39 0.59 0.39 0.43 0.50 0.51 0.51 0.75 0.23 0.60 0.76 0.85 1.66 1.02
N6 0.51 0.59 0.37 0.34 0.48 0.21 0.39 0.36 0.40 0.50 0.57 0.66 0.47 0.54 0.17 0.56 0.40 0.57 1.57 0.76
N7 0.39 0.54 0.57 0.41 0.46 0.33 0.33 0.72 0.32 0.41 0.55 0.62 0.59 0.45 0.24 0.32 0.67 1.11 1.73 1.17
N9 0.23 0.45 0.49 0.40 0.42 0.37 0.28 0.78 0.22 0.29 0.50 0.52 0.50 0.48 0.25 0.23 0.86 1.28 1.92 1.39
O2' 0.18 0.42 0.50 0.46 0.46 0.48 0.24 0.81 0.21 0.22 0.53 0.48 0.59 0.51 0.28 0.33 1.13 1.37 2.04 1.58
O3' 0.21 0.55 0.64 0.78 0.51 0.84 0.37 1.46 0.36 0.30 0.62 0.65 0.45 0.82 0.39 0.37 1.63 2.01 2.42 2.27
O4' 0.27 0.39 0.61 0.72 0.51 0.88 0.49 1.37 0.44 0.28 0.51 0.43 0.46 0.79 0.37 0.55 1.40 1.90 2.27 1.95
O5' 0.49 0.64 0.79 1.00 0.68 1.10 0.62 1.72 0.60 0.52 0.71 0.70 0.55 1.02 0.43 0.66 1.52 2.28 2.33 2.12
OP1 1.28 1.29 1.41 1.55 1.09 1.70 1.01 2.17 1.10 1.20 1.24 1.43 1.30 1.59 0.63 1.38 1.76 2.48 2.33 2.19
OP2 0.38 0.49 0.69 1.00 0.49 1.04 0.45 1.64 0.45 0.39 0.54 0.58 0.42 1.04 0.34 0.56 1.29 2.03 2.04 1.80
P 0.63 0.72 0.93 1.17 0.74 1.27 0.69 1.89 0.70 0.64 0.77 0.78 0.67 1.20 0.44 0.81 1.57 2.35 2.30 2.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.09 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.33 0.01 0.00 0.30 0.30 0.37 0.31
C2 0.02 0.00 0.21 0.25 0.07 0.05 0.02 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.23 0.01 0.14 0.38 0.43 0.59 0.45
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.06 0.01 0.17 0.24 0.22 0.03 0.16 0.40 0.00 0.04 0.07 0.02 0.69 0.67 0.79 0.71
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.33 0.00 0.29 0.02 0.24 0.19 0.30 0.26 0.02 0.01 0.29 0.02 0.37 0.46 0.19 0.30
C4 0.04 0.07 0.06 0.33 0.00 0.11 0.01 0.13 0.02 0.04 0.02 0.05 0.36 0.13 0.01 0.05 0.44 0.51 0.81 0.55
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.14 0.06 0.06 0.09 0.29 0.02 0.09 0.01 0.02 0.21 0.20 0.04
C5 0.02 0.02 0.17 0.29 0.01 0.14 0.00 0.14 0.00 0.01 0.02 0.02 0.45 0.12 0.01 0.09 0.45 0.49 0.83 0.56
C5' 0.09 0.11 0.24 0.02 0.13 0.01 0.14 0.00 0.12 0.09 0.12 0.14 0.08 0.24 0.15 0.02 0.01 0.36 0.35 0.01
C6 0.01 0.01 0.22 0.24 0.02 0.14 0.00 0.12 0.00 0.01 0.04 0.01 0.42 0.10 0.01 0.14 0.42 0.43 0.69 0.50
N1 0.01 0.01 0.03 0.19 0.04 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.03 0.01 0.21 0.15 0.01 0.01 0.37 0.39 0.55 0.42
N3 0.03 0.01 0.16 0.30 0.02 0.06 0.02 0.12 0.04 0.03 0.00 0.01 0.25 0.17 0.01 0.11 0.43 0.49 0.73 0.53
O2 0.03 0.01 0.40 0.26 0.05 0.09 0.02 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.27 0.38 0.02 0.21 0.33 0.41 0.49 0.39
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.36 0.29 0.45 0.08 0.42 0.21 0.25 0.27 0.00 0.06 0.37 0.20 0.45 0.39 0.79 0.55
O3' 0.33 0.23 0.04 0.01 0.13 0.02 0.12 0.24 0.10 0.15 0.17 0.38 0.06 0.00 0.10 0.23 0.25 0.40 0.33 0.24
O4 0.01 0.01 0.07 0.29 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.10 0.00 0.05 0.20 0.30 0.34 0.21
O4' 0.00 0.14 0.02 0.02 0.05 0.01 0.09 0.02 0.14 0.01 0.11 0.21 0.20 0.23 0.05 0.00 0.09 0.19 0.14 0.10
O5' 0.30 0.38 0.69 0.37 0.44 0.02 0.45 0.01 0.42 0.37 0.43 0.33 0.45 0.25 0.20 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.30 0.43 0.67 0.46 0.51 0.21 0.49 0.36 0.43 0.39 0.49 0.41 0.39 0.40 0.30 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.59 0.79 0.19 0.81 0.20 0.83 0.35 0.69 0.55 0.73 0.49 0.79 0.33 0.34 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.45 0.71 0.30 0.55 0.04 0.56 0.01 0.50 0.42 0.53 0.39 0.55 0.24 0.21 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00