ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44070

back

Distances from reference structure (by RMSD)

43, 21, 8, 7, 2, 12, 10, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.012, 0.114, 0.216, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.114 std_dev=0.102
N1 B 0, 0.002, 0.119, 0.237, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.119 std_dev=0.117
C4 B 0, 0.008, 0.233, 0.458, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.233 std_dev=0.225
C2 B 0, 0.008, 0.240, 0.472, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.240 std_dev=0.232
C5 B 0, 0.028, 0.262, 0.497, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.262 std_dev=0.235
N1 A 0, -0.012, 0.224, 0.460, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.224 std_dev=0.236
C6 B 0, 0.030, 0.272, 0.514, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.272 std_dev=0.242
N9 A 0, -0.012, 0.236, 0.484, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.236 std_dev=0.248
C1' B 0, -0.029, 0.234, 0.496, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.234 std_dev=0.262
N3 A 0, -0.024, 0.249, 0.523, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.249 std_dev=0.273
C6 A 0, -0.019, 0.273, 0.565, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.273 std_dev=0.292
C5 A 0, -0.063, 0.238, 0.539, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.238 std_dev=0.301
N3 B 0, 0.000, 0.310, 0.620, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.310 std_dev=0.310
C1' A 0, -0.036, 0.283, 0.602, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.283 std_dev=0.319
N4 B 0, -0.013, 0.313, 0.638, 1.803 max_d=1.803 avg_d=0.313 std_dev=0.326
C2 A 0, -0.035, 0.296, 0.627, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.296 std_dev=0.331
O4' B 0, -0.042, 0.328, 0.698, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.328 std_dev=0.370
O6 A 0, -0.091, 0.294, 0.680, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.294 std_dev=0.385
O2 B 0, 0.014, 0.414, 0.815, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.414 std_dev=0.401
O5' B 0, -0.062, 0.418, 0.898, 2.122 max_d=2.122 avg_d=0.418 std_dev=0.480
C2' B 0, -0.108, 0.394, 0.895, 2.284 max_d=2.284 avg_d=0.394 std_dev=0.501
C8 A 0, -0.105, 0.411, 0.926, 2.305 max_d=2.305 avg_d=0.411 std_dev=0.515
N2 A 0, -0.165, 0.353, 0.871, 2.488 max_d=2.488 avg_d=0.353 std_dev=0.518
O3' A 0, -0.099, 0.450, 0.998, 2.571 max_d=2.571 avg_d=0.450 std_dev=0.549
C4' B 0, -0.095, 0.455, 1.005, 2.622 max_d=2.622 avg_d=0.455 std_dev=0.550
N7 A 0, -0.141, 0.438, 1.018, 2.575 max_d=2.575 avg_d=0.438 std_dev=0.579
C3' B 0, -0.113, 0.468, 1.049, 2.804 max_d=2.804 avg_d=0.468 std_dev=0.581
O2' B 0, -0.086, 0.530, 1.147, 2.343 max_d=2.343 avg_d=0.530 std_dev=0.616
C5' B 0, -0.091, 0.540, 1.171, 2.951 max_d=2.951 avg_d=0.540 std_dev=0.631
C2' A 0, -0.125, 0.507, 1.140, 2.682 max_d=2.682 avg_d=0.507 std_dev=0.632
C3' A 0, -0.126, 0.556, 1.237, 2.594 max_d=2.594 avg_d=0.556 std_dev=0.681
O3' B 0, -0.148, 0.695, 1.539, 3.640 max_d=3.640 avg_d=0.695 std_dev=0.843
P B 0, -0.153, 0.703, 1.559, 2.913 max_d=2.913 avg_d=0.703 std_dev=0.856
O4' A 0, -0.206, 0.762, 1.730, 3.128 max_d=3.128 avg_d=0.762 std_dev=0.968
C4' A 0, -0.228, 0.822, 1.872, 3.717 max_d=3.717 avg_d=0.822 std_dev=1.050
O2' A 0, -0.300, 0.803, 1.906, 4.217 max_d=4.217 avg_d=0.803 std_dev=1.103
OP2 B 0, -0.332, 1.232, 2.796, 4.733 max_d=4.733 avg_d=1.232 std_dev=1.564
OP1 B 0, -0.394, 1.226, 2.847, 5.333 max_d=5.333 avg_d=1.226 std_dev=1.621
C5' A 0, -0.393, 1.318, 3.029, 6.354 max_d=6.354 avg_d=1.318 std_dev=1.711
O5' A 0, -0.354, 1.749, 3.852, 8.010 max_d=8.010 avg_d=1.749 std_dev=2.103
P A 0, -0.332, 2.067, 4.467, 9.791 max_d=9.791 avg_d=2.067 std_dev=2.400
OP2 A 0, 0.013, 2.611, 5.208, 9.476 max_d=9.476 avg_d=2.611 std_dev=2.598
OP1 A 0, -0.347, 2.713, 5.772, 11.942 max_d=11.942 avg_d=2.713 std_dev=3.060

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.11 0.03 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.17 0.01 0.42 0.02 0.57 0.51 0.24
C2 0.05 0.00 0.35 0.30 0.02 0.27 0.03 0.48 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.57 0.25 0.31 0.74 0.02 1.21 0.97 0.84
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.18 0.02 0.08 0.17 0.16 0.21 0.26 0.31 0.35 0.12 0.03 0.01 0.03 0.02 0.41 0.08 0.52 0.90 0.45
C3' 0.02 0.30 0.01 0.00 0.15 0.01 0.10 0.02 0.15 0.15 0.24 0.37 0.29 0.11 0.05 0.02 0.01 0.02 0.17 0.13 0.40 1.04 0.50
C4 0.02 0.02 0.18 0.15 0.00 0.13 0.01 0.30 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.28 0.15 0.16 0.63 0.01 1.02 0.78 0.58
C4' 0.01 0.27 0.02 0.01 0.13 0.00 0.10 0.01 0.13 0.15 0.22 0.33 0.25 0.13 0.06 0.11 0.02 0.01 0.01 0.10 0.24 0.44 0.16
C5 0.02 0.03 0.08 0.10 0.01 0.10 0.00 0.32 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.11 0.07 0.68 0.01 1.20 0.99 0.69
C5' 0.11 0.48 0.17 0.02 0.30 0.01 0.32 0.00 0.35 0.38 0.43 0.58 0.43 0.38 0.24 0.09 0.12 0.02 0.01 0.30 0.27 0.28 0.02
C6 0.03 0.05 0.16 0.15 0.02 0.13 0.01 0.35 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.28 0.15 0.13 0.71 0.01 1.29 1.09 0.78
C8 0.02 0.03 0.21 0.15 0.01 0.15 0.01 0.38 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.28 0.13 0.18 0.74 0.02 1.13 0.98 0.69
N1 0.05 0.01 0.26 0.24 0.03 0.22 0.02 0.43 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.43 0.20 0.25 0.72 0.02 1.27 1.04 0.82
N2 0.06 0.01 0.31 0.37 0.02 0.33 0.01 0.58 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.43 0.28 0.27 0.84 0.03 1.40 1.17 1.03
N3 0.05 0.01 0.35 0.29 0.01 0.25 0.01 0.43 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.55 0.24 0.31 0.68 0.02 1.05 0.81 0.71
N7 0.02 0.03 0.12 0.11 0.01 0.13 0.01 0.38 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.21 0.11 0.10 0.75 0.02 1.29 1.13 0.77
N9 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.24 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.09 0.12 0.02 0.59 0.02 0.88 0.68 0.46
O2' 0.02 0.57 0.01 0.02 0.28 0.11 0.18 0.09 0.28 0.28 0.43 0.43 0.55 0.21 0.09 0.00 0.06 0.07 0.35 0.18 0.56 1.14 0.52
O3' 0.17 0.25 0.03 0.01 0.15 0.02 0.11 0.12 0.15 0.13 0.20 0.28 0.24 0.11 0.12 0.06 0.00 0.15 0.16 0.11 0.48 1.14 0.53
O4' 0.01 0.31 0.02 0.02 0.16 0.01 0.07 0.02 0.13 0.18 0.25 0.27 0.31 0.10 0.02 0.07 0.15 0.00 0.38 0.07 0.55 0.53 0.33
O5' 0.42 0.74 0.41 0.17 0.63 0.01 0.68 0.01 0.71 0.74 0.72 0.84 0.68 0.75 0.59 0.35 0.16 0.38 0.00 0.70 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.08 0.13 0.01 0.10 0.01 0.30 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.18 0.11 0.07 0.70 0.00 1.46 1.18 0.85
OP1 0.57 1.21 0.52 0.40 1.02 0.24 1.20 0.27 1.29 1.13 1.27 1.40 1.05 1.29 0.88 0.56 0.48 0.55 0.03 1.46 0.00 0.02 0.01
OP2 0.51 0.97 0.90 1.04 0.78 0.44 0.99 0.28 1.09 0.98 1.04 1.17 0.81 1.13 0.68 1.14 1.14 0.53 0.02 1.18 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.84 0.45 0.50 0.58 0.16 0.69 0.02 0.78 0.69 0.82 1.03 0.71 0.77 0.46 0.52 0.53 0.33 0.01 0.85 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.24 0.49 0.36 0.35 0.26 0.36 0.24 0.26 0.20 0.29 0.40 0.26 0.50 0.49 0.15 0.12 0.25 0.30 0.12
C2 0.40 0.36 0.55 0.43 0.41 0.43 0.40 0.44 0.35 0.35 0.38 0.47 0.39 0.56 0.52 0.41 0.35 0.36 0.76 0.39
C2' 0.20 0.31 0.40 0.25 0.45 0.21 0.43 0.27 0.33 0.26 0.39 0.44 0.29 0.37 0.39 0.20 0.16 0.60 0.37 0.23
C3' 0.24 0.35 0.49 0.34 0.47 0.17 0.47 0.22 0.38 0.31 0.42 0.48 0.34 0.45 0.42 0.19 0.19 0.41 0.35 0.03
C4 0.25 0.25 0.49 0.36 0.32 0.28 0.30 0.27 0.22 0.21 0.28 0.36 0.29 0.50 0.48 0.21 0.17 0.33 0.49 0.25
C4' 0.38 0.43 0.74 0.68 0.48 0.40 0.47 0.32 0.39 0.38 0.47 0.52 0.47 0.76 0.84 0.21 0.29 0.22 0.76 0.23
C5 0.22 0.27 0.48 0.33 0.34 0.21 0.32 0.20 0.23 0.21 0.31 0.37 0.30 0.50 0.47 0.15 0.12 0.40 0.44 0.22
C5' 0.54 0.68 0.93 0.84 0.72 0.45 0.66 0.33 0.57 0.59 0.73 0.64 0.72 0.95 1.03 0.35 0.40 0.43 0.98 0.26
C6 0.26 0.29 0.49 0.35 0.37 0.25 0.34 0.24 0.25 0.24 0.34 0.41 0.33 0.51 0.48 0.21 0.17 0.41 0.54 0.29
C8 0.26 0.34 0.50 0.35 0.42 0.22 0.41 0.24 0.33 0.29 0.39 0.43 0.36 0.53 0.48 0.20 0.21 0.46 0.34 0.15
N1 0.33 0.33 0.51 0.37 0.40 0.34 0.38 0.34 0.31 0.30 0.36 0.46 0.35 0.52 0.49 0.32 0.27 0.37 0.67 0.35
N2 0.33 0.27 0.51 0.37 0.28 0.38 0.26 0.40 0.24 0.27 0.26 0.30 0.30 0.52 0.46 0.33 0.30 0.33 0.52 0.30
N3 0.36 0.31 0.53 0.42 0.35 0.41 0.34 0.42 0.29 0.30 0.32 0.41 0.34 0.55 0.52 0.37 0.32 0.32 0.69 0.36
N7 0.24 0.32 0.50 0.35 0.40 0.22 0.37 0.23 0.29 0.26 0.37 0.41 0.35 0.53 0.48 0.18 0.18 0.47 0.34 0.16
N9 0.21 0.25 0.48 0.34 0.35 0.22 0.34 0.20 0.25 0.21 0.30 0.38 0.29 0.49 0.47 0.13 0.12 0.34 0.34 0.15
O2' 0.29 0.34 0.40 0.41 0.52 0.39 0.51 0.40 0.39 0.31 0.43 0.44 0.31 0.41 0.65 0.35 0.26 0.77 0.83 0.46
O3' 0.17 0.23 0.41 0.30 0.41 0.24 0.44 0.26 0.32 0.21 0.31 0.42 0.21 0.40 0.41 0.14 0.03 0.04 0.03 0.01
O4' 0.34 0.34 0.68 0.62 0.44 0.41 0.45 0.34 0.33 0.30 0.39 0.53 0.39 0.73 0.79 0.21 0.23 0.23 0.51 0.19
O5' 0.72 0.83 0.83 0.63 0.90 0.56 0.87 0.66 0.81 0.78 0.89 0.89 0.82 0.89 0.71 0.76 0.54 0.50 1.29 0.47
O6 0.22 0.25 0.46 0.31 0.26 0.21 0.23 0.20 0.18 0.20 0.26 0.24 0.29 0.47 0.45 0.15 0.12 0.36 0.27 0.16
OP1 1.46 1.46 1.40 1.19 1.38 1.40 1.30 1.41 1.31 1.40 1.45 1.20 1.51 1.46 1.05 1.55 1.02 0.95 1.39 0.76
OP2 1.99 1.98 2.03 1.96 1.93 2.05 1.88 2.13 1.91 1.96 1.97 1.96 2.00 2.15 1.97 2.01 1.86 1.06 1.84 1.42
P 1.22 1.26 1.21 1.05 1.27 1.19 1.22 1.29 1.20 1.22 1.29 1.28 1.27 1.30 0.98 1.29 1.03 0.67 1.46 0.80

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.19 0.01 0.14 0.35 0.31 0.17
C2 0.02 0.00 0.13 0.19 0.05 0.06 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.19 0.08 0.24 0.66 0.33 0.31
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.07 0.02 0.11 0.13 0.13 0.02 0.10 0.05 0.24 0.00 0.04 0.01 0.32 0.53 0.42 0.39
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.27 0.01 0.29 0.03 0.26 0.16 0.23 0.21 0.20 0.03 0.01 0.02 0.21 0.52 0.26 0.26
C4 0.04 0.05 0.07 0.27 0.00 0.12 0.01 0.19 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.23 0.18 0.03 0.34 1.10 0.49 0.52
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.12 0.00 0.14 0.01 0.14 0.07 0.08 0.09 0.08 0.22 0.02 0.00 0.03 0.29 0.37 0.08
C5 0.02 0.02 0.11 0.29 0.01 0.14 0.00 0.20 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.26 0.22 0.07 0.34 1.17 0.52 0.56
C5' 0.06 0.13 0.13 0.03 0.19 0.01 0.20 0.00 0.18 0.11 0.16 0.18 0.13 0.10 0.14 0.02 0.02 0.29 0.39 0.02
C6 0.01 0.01 0.13 0.26 0.01 0.14 0.00 0.18 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.23 0.19 0.09 0.29 0.92 0.41 0.45
N1 0.01 0.01 0.02 0.16 0.03 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.14 0.09 0.02 0.22 0.62 0.32 0.30
N3 0.02 0.01 0.10 0.23 0.02 0.08 0.02 0.16 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.20 0.17 0.07 0.29 0.87 0.40 0.41
N4 0.02 0.01 0.05 0.21 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.22 0.16 0.03 0.28 0.95 0.45 0.44
O2 0.05 0.01 0.24 0.20 0.04 0.08 0.02 0.13 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.19 0.32 0.13 0.23 0.50 0.32 0.24
O2' 0.02 0.16 0.00 0.03 0.23 0.22 0.26 0.10 0.23 0.14 0.20 0.22 0.19 0.00 0.07 0.15 0.22 0.58 0.45 0.35
O3' 0.19 0.19 0.04 0.01 0.18 0.02 0.22 0.14 0.19 0.09 0.17 0.16 0.32 0.07 0.00 0.13 0.24 0.73 0.33 0.34
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.02 0.09 0.02 0.07 0.03 0.13 0.15 0.13 0.00 0.11 0.37 0.51 0.25
O5' 0.14 0.24 0.32 0.21 0.34 0.03 0.34 0.02 0.29 0.22 0.29 0.28 0.23 0.22 0.24 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.35 0.66 0.53 0.52 1.10 0.29 1.17 0.29 0.92 0.62 0.87 0.95 0.50 0.58 0.73 0.37 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.33 0.42 0.26 0.49 0.37 0.52 0.39 0.41 0.32 0.40 0.45 0.32 0.45 0.33 0.51 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.31 0.39 0.26 0.52 0.08 0.56 0.02 0.45 0.30 0.41 0.44 0.24 0.35 0.34 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00