ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44076

back

Distances from reference structure (by RMSD)

29, 27, 0, 0, 2, 10, 17, 27, 21, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.053, 0.190, 0.326, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.190 std_dev=0.136
C4 B 0, 0.086, 0.234, 0.381, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.234 std_dev=0.148
C5 A 0, 0.071, 0.234, 0.397, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.234 std_dev=0.163
N1 A 0, 0.075, 0.280, 0.485, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.280 std_dev=0.205
C4 A 0, 0.064, 0.325, 0.587, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.325 std_dev=0.262
C2 A 0, 0.096, 0.375, 0.653, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.375 std_dev=0.278
N3 A 0, 0.020, 0.350, 0.681, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.350 std_dev=0.331
N9 B 0, 0.124, 0.461, 0.797, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.461 std_dev=0.336
N3 B 0, 0.113, 0.451, 0.789, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.451 std_dev=0.338
O2 A 0, 0.154, 0.559, 0.965, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.559 std_dev=0.406
C1' B 0, 0.083, 0.489, 0.895, 1.660 max_d=1.660 avg_d=0.489 std_dev=0.406
C1' A 0, 0.067, 0.491, 0.915, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.491 std_dev=0.424
N1 B 0, 0.162, 0.587, 1.012, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.587 std_dev=0.425
C5 B 0, 0.166, 0.620, 1.073, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.620 std_dev=0.453
C2 B 0, 0.167, 0.621, 1.075, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.621 std_dev=0.454
C2' A 0, 0.121, 0.576, 1.032, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.576 std_dev=0.455
O4 A 0, -0.104, 0.359, 0.822, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.359 std_dev=0.463
C6 B 0, 0.173, 0.672, 1.170, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.672 std_dev=0.499
O4' A 0, 0.098, 0.612, 1.126, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.612 std_dev=0.514
C3' B 0, -0.003, 0.523, 1.050, 2.747 max_d=2.747 avg_d=0.523 std_dev=0.526
C2' B 0, 0.154, 0.682, 1.211, 2.553 max_d=2.553 avg_d=0.682 std_dev=0.528
C4' A 0, 0.173, 0.795, 1.418, 1.828 max_d=1.828 avg_d=0.795 std_dev=0.622
C3' A 0, 0.235, 0.873, 1.510, 2.015 max_d=2.015 avg_d=0.873 std_dev=0.638
C5' A 0, 0.230, 0.878, 1.526, 2.258 max_d=2.258 avg_d=0.878 std_dev=0.648
O4' B 0, 0.188, 0.853, 1.518, 2.053 max_d=2.053 avg_d=0.853 std_dev=0.665
O2' A 0, 0.213, 0.886, 1.559, 2.458 max_d=2.458 avg_d=0.886 std_dev=0.673
C8 B 0, 0.232, 0.926, 1.619, 2.164 max_d=2.164 avg_d=0.926 std_dev=0.694
C4' B 0, 0.199, 0.898, 1.596, 2.796 max_d=2.796 avg_d=0.898 std_dev=0.699
O2' B 0, 0.220, 0.961, 1.701, 2.703 max_d=2.703 avg_d=0.961 std_dev=0.740
N7 B 0, 0.250, 1.041, 1.832, 2.400 max_d=2.400 avg_d=1.041 std_dev=0.791
N6 B 0, 0.215, 1.033, 1.851, 2.294 max_d=2.294 avg_d=1.033 std_dev=0.818
O5' A 0, 0.310, 1.195, 2.080, 3.043 max_d=3.043 avg_d=1.195 std_dev=0.885
O5' B 0, 0.260, 1.180, 2.101, 3.690 max_d=3.690 avg_d=1.180 std_dev=0.921
C5' B 0, 0.314, 1.246, 2.178, 3.715 max_d=3.715 avg_d=1.246 std_dev=0.932
O3' B 0, 0.276, 1.245, 2.215, 3.881 max_d=3.881 avg_d=1.245 std_dev=0.970
O3' A 0, 0.245, 1.220, 2.194, 3.452 max_d=3.452 avg_d=1.220 std_dev=0.975
P B 0, 0.055, 1.480, 2.904, 4.991 max_d=4.991 avg_d=1.480 std_dev=1.425
P A 0, 0.490, 1.944, 3.397, 5.063 max_d=5.063 avg_d=1.944 std_dev=1.454
OP1 A 0, 0.812, 2.345, 3.879, 4.761 max_d=4.761 avg_d=2.345 std_dev=1.534
OP2 A 0, 0.719, 2.416, 4.112, 6.138 max_d=6.138 avg_d=2.416 std_dev=1.696
OP2 B 0, -0.094, 1.792, 3.677, 6.608 max_d=6.608 avg_d=1.792 std_dev=1.886
OP1 B 0, -0.075, 1.923, 3.921, 7.103 max_d=7.103 avg_d=1.923 std_dev=1.998

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.27 0.02 0.00 0.15 0.33 0.47 0.23
C2 0.03 0.00 0.14 0.18 0.06 0.04 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.17 0.01 0.09 0.16 0.19 0.39 0.15
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.17 0.11 0.02 0.12 0.22 0.00 0.03 0.05 0.02 0.48 0.81 1.01 0.72
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.32 0.01 0.35 0.03 0.30 0.19 0.26 0.11 0.02 0.01 0.38 0.02 0.39 0.80 0.81 0.62
C4 0.04 0.06 0.05 0.32 0.00 0.12 0.01 0.16 0.02 0.04 0.02 0.04 0.28 0.13 0.00 0.05 0.31 0.35 0.61 0.36
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.12 0.00 0.17 0.01 0.17 0.07 0.06 0.07 0.24 0.03 0.13 0.00 0.03 0.30 0.33 0.12
C5 0.02 0.02 0.07 0.35 0.01 0.17 0.00 0.19 0.00 0.01 0.03 0.01 0.32 0.22 0.01 0.06 0.43 0.45 0.65 0.43
C5' 0.07 0.09 0.17 0.03 0.16 0.01 0.19 0.00 0.17 0.09 0.09 0.11 0.11 0.17 0.16 0.02 0.01 0.30 0.39 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.30 0.02 0.17 0.00 0.17 0.00 0.01 0.04 0.01 0.28 0.17 0.01 0.09 0.41 0.40 0.48 0.37
N1 0.01 0.01 0.02 0.19 0.04 0.07 0.01 0.09 0.01 0.00 0.03 0.01 0.17 0.07 0.01 0.01 0.22 0.25 0.38 0.20
N3 0.03 0.01 0.12 0.26 0.02 0.06 0.03 0.09 0.04 0.03 0.00 0.01 0.20 0.08 0.01 0.07 0.23 0.24 0.49 0.25
O2 0.03 0.01 0.22 0.11 0.04 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.34 0.01 0.14 0.12 0.20 0.36 0.10
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.28 0.24 0.32 0.11 0.28 0.17 0.20 0.13 0.00 0.07 0.33 0.17 0.48 0.91 1.20 0.79
O3' 0.27 0.17 0.03 0.01 0.13 0.03 0.22 0.17 0.17 0.07 0.08 0.34 0.07 0.00 0.19 0.19 0.31 0.72 0.75 0.51
O4 0.02 0.01 0.05 0.38 0.00 0.13 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.19 0.00 0.04 0.29 0.49 0.78 0.49
O4' 0.00 0.09 0.02 0.02 0.05 0.00 0.06 0.02 0.09 0.01 0.07 0.14 0.17 0.19 0.04 0.00 0.14 0.13 0.22 0.13
O5' 0.15 0.16 0.48 0.39 0.31 0.03 0.43 0.01 0.41 0.22 0.23 0.12 0.48 0.31 0.29 0.14 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.33 0.19 0.81 0.80 0.35 0.30 0.45 0.30 0.40 0.25 0.24 0.20 0.91 0.72 0.49 0.13 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 0.39 1.01 0.81 0.61 0.33 0.65 0.39 0.48 0.38 0.49 0.36 1.20 0.75 0.78 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.15 0.72 0.62 0.36 0.12 0.43 0.01 0.37 0.20 0.25 0.10 0.79 0.51 0.49 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.74 0.49 0.41 0.54 0.42 0.73 0.74 0.91 0.38 0.89 0.56 1.07 0.66 0.32 0.48 0.60 0.41 0.19 0.31 0.20 0.12
C2 0.55 0.60 0.52 0.24 0.41 0.74 0.49 1.04 0.69 0.39 0.73 0.46 0.86 0.39 0.40 0.62 0.31 0.85 0.42 0.24 0.63 0.18
C2' 0.19 0.78 0.48 0.39 0.58 0.42 0.76 0.81 0.93 0.40 0.92 0.61 1.06 0.68 0.34 0.48 0.58 0.42 0.28 0.11 0.33 0.15
C3' 0.34 0.91 0.50 0.56 0.80 0.20 0.99 0.36 1.09 0.77 1.05 0.77 1.22 0.99 0.63 0.45 0.80 0.18 0.16 0.06 0.12 0.02
C4 0.61 0.54 0.57 0.20 0.44 0.71 0.48 1.03 0.56 0.67 0.61 0.44 0.62 0.59 0.54 0.74 0.39 0.88 0.57 0.30 1.12 0.53
C4' 0.35 0.88 0.48 0.61 0.77 0.17 0.94 0.18 1.05 0.72 1.01 0.75 1.17 0.93 0.61 0.42 0.95 0.25 0.17 0.19 0.37 0.20
C5 0.47 0.49 0.58 0.23 0.29 0.57 0.35 0.94 0.46 0.55 0.55 0.35 0.52 0.47 0.39 0.74 0.54 0.72 0.53 0.48 1.14 0.60
C5' 0.49 0.97 0.67 0.81 0.83 0.37 0.92 0.18 1.03 0.70 1.04 0.86 1.10 0.86 0.67 0.65 1.27 0.35 0.20 0.42 0.33 0.17
C6 0.35 0.57 0.57 0.32 0.30 0.48 0.36 0.84 0.55 0.33 0.65 0.41 0.63 0.29 0.24 0.68 0.63 0.58 0.40 0.36 0.92 0.47
N1 0.34 0.60 0.50 0.27 0.35 0.55 0.47 0.89 0.68 0.23 0.73 0.42 0.83 0.34 0.22 0.57 0.49 0.62 0.32 0.11 0.62 0.21
N3 0.69 0.61 0.61 0.28 0.50 0.82 0.52 1.12 0.64 0.62 0.70 0.52 0.74 0.53 0.57 0.74 0.29 0.97 0.54 0.14 0.90 0.36
O2 0.59 0.69 0.51 0.29 0.50 0.78 0.62 1.03 0.83 0.38 0.83 0.56 1.05 0.51 0.44 0.60 0.29 0.87 0.35 0.54 0.39 0.14
O2' 0.41 0.96 0.69 0.48 0.77 0.71 1.03 1.16 1.21 0.65 1.15 0.76 1.33 0.99 0.53 0.65 0.44 0.59 0.38 0.32 0.22 0.22
O3' 0.33 0.92 0.25 0.26 0.88 0.16 1.15 0.37 1.23 1.00 1.12 0.76 1.41 1.25 0.73 0.20 0.41 0.20 0.01 0.02 0.02 0.01
O4 0.33 0.74 0.28 0.24 0.57 0.27 0.66 0.29 0.79 0.47 0.82 0.62 0.88 0.61 0.43 0.45 0.30 0.43 0.59 0.39 1.48 0.69
O4' 0.21 0.78 0.46 0.50 0.62 0.20 0.79 0.42 0.94 0.50 0.92 0.63 1.09 0.75 0.43 0.41 0.80 0.23 0.13 0.28 0.28 0.20
O5' 0.46 0.42 0.84 0.55 0.35 0.42 0.39 0.52 0.47 0.33 0.47 0.38 0.46 0.39 0.34 0.92 0.74 0.39 0.44 0.54 0.39 0.31
OP1 1.17 0.95 1.55 1.23 0.92 1.06 0.81 0.99 0.80 0.83 0.86 1.00 0.62 0.75 0.97 1.67 0.97 0.98 1.17 0.89 0.66 0.77
OP2 1.59 1.24 1.99 1.65 1.29 1.46 1.17 1.43 1.10 1.30 1.14 1.33 0.97 1.16 1.40 2.15 1.55 1.39 1.38 0.86 0.61 0.84
P 1.07 0.79 1.48 1.12 0.81 0.96 0.70 0.95 0.67 0.79 0.72 0.86 0.55 0.68 0.88 1.63 0.99 0.89 0.97 0.66 0.40 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.34 0.01 0.38 0.29 0.51 0.36
C2 0.03 0.00 0.25 0.25 0.01 0.07 0.02 0.14 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.23 0.40 0.13 0.70 0.61 1.02 0.75
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.12 0.01 0.06 0.24 0.09 0.17 0.18 0.25 0.07 0.12 0.03 0.00 0.04 0.02 0.21 0.49 0.41 0.32
C3' 0.02 0.25 0.00 0.00 0.24 0.00 0.30 0.02 0.31 0.31 0.28 0.21 0.32 0.34 0.21 0.02 0.01 0.02 0.11 0.47 0.25 0.19
C4 0.01 0.01 0.12 0.24 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.24 0.07 0.76 0.68 1.05 0.80
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.09 0.15 0.07 0.07 0.11 0.15 0.07 0.32 0.03 0.00 0.01 0.36 0.20 0.09
C5 0.01 0.02 0.06 0.30 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.16 0.03 0.96 1.00 1.35 1.07
C5' 0.10 0.14 0.24 0.02 0.12 0.01 0.14 0.00 0.15 0.14 0.14 0.13 0.15 0.16 0.10 0.09 0.24 0.02 0.01 0.19 0.41 0.02
C6 0.02 0.03 0.09 0.31 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.37 0.21 0.06 0.96 1.05 1.42 1.11
C8 0.01 0.02 0.17 0.31 0.01 0.15 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.35 0.14 0.09 1.00 1.02 1.29 1.06
N1 0.03 0.01 0.18 0.28 0.02 0.07 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.31 0.10 0.85 0.85 1.26 0.96
N3 0.03 0.00 0.25 0.21 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.41 0.13 0.61 0.49 0.87 0.63
N6 0.02 0.01 0.07 0.32 0.01 0.11 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.42 0.17 0.04 1.06 1.26 1.49 1.25
N7 0.01 0.02 0.12 0.34 0.01 0.15 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.41 0.17 0.06 1.08 1.23 1.51 1.23
N9 0.00 0.01 0.03 0.21 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.22 0.14 0.01 0.73 0.63 0.94 0.73
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.24 0.32 0.36 0.09 0.37 0.35 0.31 0.19 0.42 0.41 0.22 0.00 0.07 0.23 0.15 0.51 0.41 0.31
O3' 0.34 0.40 0.04 0.01 0.24 0.03 0.16 0.24 0.21 0.14 0.31 0.41 0.17 0.17 0.14 0.07 0.00 0.24 0.19 0.60 0.46 0.26
O4' 0.01 0.13 0.02 0.02 0.07 0.00 0.03 0.02 0.06 0.09 0.10 0.13 0.04 0.06 0.01 0.23 0.24 0.00 0.39 0.23 0.43 0.27
O5' 0.38 0.70 0.21 0.11 0.76 0.01 0.96 0.01 0.96 1.00 0.85 0.61 1.06 1.08 0.73 0.15 0.19 0.39 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.29 0.61 0.49 0.47 0.68 0.36 1.00 0.19 1.05 1.02 0.85 0.49 1.26 1.23 0.63 0.51 0.60 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.51 1.02 0.41 0.25 1.05 0.20 1.35 0.41 1.42 1.29 1.26 0.87 1.49 1.51 0.94 0.41 0.46 0.43 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.36 0.75 0.32 0.19 0.80 0.09 1.07 0.02 1.11 1.06 0.96 0.63 1.25 1.23 0.73 0.31 0.26 0.27 0.00 0.01 0.01 0.00