ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44079

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 42, 60, 7, 2, 4, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.069, 0.128, 0.187, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.128 std_dev=0.059
N1 B 0, 0.030, 0.104, 0.178, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.104 std_dev=0.074
C1' B 0, 0.064, 0.164, 0.264, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.164 std_dev=0.100
N9 A 0, 0.162, 0.265, 0.368, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.265 std_dev=0.103
C4 B 0, 0.100, 0.204, 0.308, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.204 std_dev=0.104
N1 A 0, 0.120, 0.225, 0.330, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.225 std_dev=0.105
N3 A 0, 0.142, 0.250, 0.358, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.250 std_dev=0.108
C6 A 0, 0.101, 0.227, 0.353, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.227 std_dev=0.126
C2 A 0, 0.199, 0.328, 0.457, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.328 std_dev=0.129
O4 B 0, 0.168, 0.316, 0.464, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.316 std_dev=0.148
N3 B 0, 0.046, 0.195, 0.345, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.195 std_dev=0.150
C5 A 0, 0.098, 0.250, 0.402, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.250 std_dev=0.152
C2 B 0, 0.069, 0.221, 0.373, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.221 std_dev=0.152
C6 B 0, 0.091, 0.244, 0.397, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.244 std_dev=0.153
C1' A 0, 0.113, 0.269, 0.424, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.269 std_dev=0.155
C5 B 0, 0.134, 0.305, 0.476, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.305 std_dev=0.171
C2' B 0, 0.140, 0.327, 0.514, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.327 std_dev=0.187
N2 A 0, 0.241, 0.450, 0.659, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.450 std_dev=0.209
O4' B 0, 0.130, 0.340, 0.549, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.340 std_dev=0.210
O6 A 0, 0.067, 0.290, 0.513, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.290 std_dev=0.223
C8 A 0, 0.245, 0.475, 0.705, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.475 std_dev=0.230
N7 A 0, 0.217, 0.489, 0.760, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.489 std_dev=0.272
C4' B 0, 0.141, 0.422, 0.703, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.422 std_dev=0.281
O2 B 0, 0.114, 0.412, 0.710, 2.370 max_d=2.370 avg_d=0.412 std_dev=0.298
O4' A 0, 0.534, 1.032, 1.530, 2.670 max_d=2.670 avg_d=1.032 std_dev=0.498
O5' B 0, 0.321, 0.845, 1.369, 2.757 max_d=2.757 avg_d=0.845 std_dev=0.524
C3' B 0, 0.264, 0.815, 1.366, 2.380 max_d=2.380 avg_d=0.815 std_dev=0.551
O3' A 0, 0.219, 0.808, 1.396, 2.730 max_d=2.730 avg_d=0.808 std_dev=0.588
P B 0, 0.318, 0.962, 1.606, 3.069 max_d=3.069 avg_d=0.962 std_dev=0.644
O2' B 0, 0.365, 1.013, 1.660, 2.112 max_d=2.112 avg_d=1.013 std_dev=0.647
C4' A 0, 0.416, 1.078, 1.740, 3.163 max_d=3.163 avg_d=1.078 std_dev=0.662
C5' B 0, 0.261, 0.925, 1.590, 2.206 max_d=2.206 avg_d=0.925 std_dev=0.665
C2' A 0, 0.227, 0.954, 1.680, 1.917 max_d=1.917 avg_d=0.954 std_dev=0.726
C3' A 0, 0.293, 1.020, 1.747, 2.493 max_d=2.493 avg_d=1.020 std_dev=0.727
OP2 B 0, 0.349, 1.137, 1.925, 5.106 max_d=5.106 avg_d=1.137 std_dev=0.788
OP1 B 0, 0.422, 1.277, 2.132, 3.924 max_d=3.924 avg_d=1.277 std_dev=0.855
O2' A 0, 0.368, 1.502, 2.635, 2.919 max_d=2.919 avg_d=1.502 std_dev=1.134
O3' B 0, 0.336, 1.517, 2.697, 4.009 max_d=4.009 avg_d=1.517 std_dev=1.181
C5' A 0, 0.649, 1.846, 3.043, 4.863 max_d=4.863 avg_d=1.846 std_dev=1.197
O5' A 0, 0.563, 2.361, 4.159, 6.890 max_d=6.890 avg_d=2.361 std_dev=1.798
P A 0, 0.616, 3.519, 6.422, 9.661 max_d=9.661 avg_d=3.519 std_dev=2.903
OP1 A 0, 0.782, 3.968, 7.154, 10.645 max_d=10.645 avg_d=3.968 std_dev=3.186
OP2 A 0, 0.894, 4.541, 8.187, 11.466 max_d=11.466 avg_d=4.541 std_dev=3.646

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.11 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.10 0.01 0.34 0.02 0.29 0.22 0.17
C2 0.03 0.00 0.25 0.11 0.01 0.14 0.04 0.29 0.07 0.03 0.02 0.00 0.00 0.04 0.02 0.46 0.11 0.26 0.26 0.01 0.72 0.25 0.48
C2' 0.00 0.25 0.00 0.01 0.14 0.02 0.09 0.18 0.15 0.12 0.19 0.16 0.23 0.07 0.03 0.00 0.02 0.02 0.32 0.07 0.19 0.39 0.18
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.08 0.01 0.10 0.04 0.12 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.06 0.02 0.01 0.01 0.20 0.15 0.21 0.22 0.21
C4 0.02 0.01 0.14 0.08 0.00 0.07 0.00 0.26 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.07 0.13 0.42 0.01 0.36 0.30 0.22
C4' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.08 0.11 0.13 0.08 0.13 0.10 0.04 0.08 0.02 0.01 0.02 0.08 0.35 0.21 0.34
C5 0.01 0.04 0.09 0.10 0.00 0.07 0.00 0.31 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.08 0.06 0.56 0.01 0.24 0.53 0.23
C5' 0.11 0.29 0.18 0.04 0.26 0.01 0.31 0.00 0.32 0.31 0.33 0.15 0.26 0.34 0.23 0.14 0.08 0.02 0.01 0.19 0.32 0.19 0.01
C6 0.03 0.07 0.15 0.12 0.02 0.08 0.02 0.32 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.26 0.09 0.10 0.53 0.00 0.30 0.47 0.22
C8 0.01 0.03 0.12 0.10 0.01 0.11 0.01 0.31 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.11 0.16 0.76 0.02 0.43 0.83 0.50
N1 0.04 0.02 0.19 0.10 0.03 0.13 0.01 0.33 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.36 0.10 0.22 0.36 0.01 0.56 0.27 0.35
N2 0.02 0.00 0.16 0.10 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.12 0.15 0.12 0.01 0.34 0.27 0.28
N3 0.04 0.00 0.23 0.09 0.01 0.13 0.01 0.26 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.44 0.10 0.26 0.24 0.01 0.68 0.23 0.46
N7 0.01 0.04 0.07 0.10 0.00 0.10 0.00 0.34 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.11 0.08 0.74 0.02 0.41 0.86 0.49
N9 0.00 0.02 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.23 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.51 0.01 0.22 0.42 0.17
O2' 0.02 0.46 0.00 0.02 0.24 0.08 0.15 0.14 0.26 0.20 0.36 0.20 0.44 0.14 0.06 0.00 0.06 0.05 0.28 0.12 0.24 0.41 0.20
O3' 0.10 0.11 0.02 0.01 0.07 0.02 0.08 0.08 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10 0.11 0.07 0.06 0.00 0.12 0.23 0.12 0.52 0.27 0.43
O4' 0.01 0.26 0.02 0.01 0.13 0.01 0.06 0.02 0.10 0.16 0.22 0.15 0.26 0.08 0.01 0.05 0.12 0.00 0.34 0.05 0.36 0.14 0.25
O5' 0.34 0.26 0.32 0.20 0.42 0.02 0.56 0.01 0.53 0.76 0.36 0.12 0.24 0.74 0.51 0.28 0.23 0.34 0.00 0.32 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.12 0.05 0.32 0.00 0.25 0.46 0.30
OP1 0.29 0.72 0.19 0.21 0.36 0.35 0.24 0.32 0.30 0.43 0.56 0.34 0.68 0.41 0.22 0.24 0.52 0.36 0.02 0.25 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.25 0.39 0.22 0.30 0.21 0.53 0.19 0.47 0.83 0.27 0.27 0.23 0.86 0.42 0.41 0.27 0.14 0.01 0.46 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.48 0.18 0.21 0.22 0.34 0.23 0.01 0.22 0.50 0.35 0.28 0.46 0.49 0.17 0.20 0.43 0.25 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.21 0.18 0.30 0.31 0.16 0.38 0.27 0.34 0.21 0.24 0.27 0.38 0.91 0.36 0.28 0.26 0.16 0.20 0.07
C2 0.29 0.28 0.25 0.24 0.27 0.31 0.29 0.42 0.28 0.26 0.27 0.34 0.41 0.80 0.29 0.40 0.26 0.24 0.26 0.14
C2' 0.35 0.42 0.24 0.20 0.68 0.19 0.77 0.30 0.67 0.47 0.53 0.36 0.29 0.74 0.78 0.42 0.18 0.24 0.16 0.11
C3' 0.41 0.40 0.39 0.31 0.69 0.30 0.82 0.44 0.75 0.51 0.51 0.30 0.31 0.67 0.75 0.44 0.36 0.19 0.13 0.23
C4 0.22 0.22 0.21 0.28 0.28 0.20 0.34 0.31 0.31 0.21 0.23 0.28 0.38 0.90 0.32 0.31 0.26 0.19 0.23 0.09
C4' 0.26 0.19 0.38 0.41 0.31 0.28 0.47 0.38 0.45 0.26 0.21 0.27 0.34 0.85 0.35 0.25 0.42 0.30 0.12 0.20
C5 0.21 0.20 0.23 0.30 0.28 0.18 0.36 0.28 0.33 0.21 0.22 0.28 0.35 0.92 0.34 0.28 0.24 0.20 0.25 0.08
C5' 0.48 0.47 0.61 0.71 0.45 0.56 0.60 0.60 0.60 0.48 0.44 0.58 0.56 1.03 0.43 0.45 0.59 0.52 0.27 0.35
C6 0.21 0.21 0.23 0.29 0.26 0.20 0.33 0.30 0.29 0.20 0.22 0.28 0.38 0.93 0.30 0.29 0.27 0.19 0.25 0.10
C8 0.20 0.20 0.25 0.37 0.33 0.16 0.44 0.24 0.39 0.22 0.24 0.28 0.33 0.96 0.39 0.24 0.25 0.21 0.24 0.09
N1 0.27 0.26 0.25 0.24 0.27 0.28 0.31 0.39 0.29 0.25 0.25 0.32 0.38 0.84 0.30 0.37 0.24 0.24 0.26 0.12
N2 0.23 0.28 0.24 0.24 0.19 0.22 0.15 0.16 0.16 0.21 0.26 0.37 0.37 0.41 0.14 0.23 0.16 0.30 0.35 0.20
N3 0.27 0.27 0.23 0.24 0.28 0.28 0.31 0.40 0.29 0.25 0.27 0.33 0.42 0.83 0.31 0.38 0.26 0.23 0.25 0.13
N7 0.20 0.21 0.26 0.36 0.33 0.17 0.43 0.25 0.38 0.23 0.24 0.28 0.33 0.96 0.39 0.25 0.24 0.21 0.25 0.08
N9 0.19 0.20 0.21 0.31 0.30 0.16 0.38 0.27 0.34 0.21 0.23 0.27 0.36 0.93 0.35 0.27 0.25 0.18 0.22 0.07
O2' 0.43 0.59 0.20 0.21 0.83 0.27 0.85 0.31 0.72 0.57 0.70 0.53 0.46 0.76 0.93 0.54 0.10 0.51 0.26 0.20
O3' 0.38 0.40 0.32 0.33 0.63 0.35 0.72 0.51 0.67 0.48 0.49 0.32 0.45 0.64 0.69 0.47 0.42 0.23 0.30 0.36
O4' 0.20 0.20 0.29 0.36 0.21 0.21 0.29 0.30 0.28 0.17 0.21 0.30 0.32 0.88 0.24 0.22 0.37 0.17 0.21 0.11
O5' 1.05 0.80 1.33 0.89 0.93 0.85 1.20 0.88 1.27 1.03 0.78 0.68 1.20 0.61 0.85 0.89 0.61 0.38 0.37 0.30
O6 0.19 0.23 0.28 0.30 0.20 0.19 0.27 0.21 0.26 0.19 0.23 0.33 0.37 0.46 0.20 0.15 0.10 0.20 0.33 0.11
OP1 1.12 0.48 1.83 1.56 0.46 1.18 0.71 1.07 0.96 0.80 0.41 0.47 1.88 1.34 0.28 0.85 0.68 0.69 0.74 0.43
OP2 1.34 0.88 1.91 1.39 0.97 1.09 1.36 0.99 1.50 1.22 0.79 0.73 2.00 1.05 0.76 1.00 0.62 0.59 0.47 0.29
P 1.04 0.54 1.57 1.20 0.51 0.99 0.83 0.97 1.03 0.84 0.43 0.49 1.59 0.91 0.24 0.82 0.61 0.49 0.58 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.34 0.02 0.01 0.32 0.18 0.32 0.24
C2 0.02 0.00 0.09 0.11 0.03 0.13 0.02 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.35 0.03 0.14 0.45 0.29 0.40 0.38
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.20 0.07 0.05 0.09 0.12 0.00 0.04 0.08 0.02 0.08 0.25 0.27 0.09
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.30 0.01 0.38 0.02 0.36 0.18 0.19 0.08 0.01 0.02 0.31 0.01 0.33 0.42 0.29 0.22
C4 0.02 0.03 0.08 0.30 0.00 0.10 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.03 0.40 0.12 0.00 0.03 0.64 0.59 0.57 0.61
C4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.11 0.07 0.12 0.19 0.32 0.04 0.09 0.01 0.02 0.33 0.29 0.09
C5 0.02 0.02 0.08 0.38 0.01 0.11 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.03 0.36 0.26 0.01 0.11 0.68 0.66 0.59 0.66
C5' 0.06 0.20 0.20 0.02 0.12 0.01 0.20 0.00 0.22 0.07 0.17 0.33 0.13 0.19 0.13 0.02 0.01 0.44 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.36 0.01 0.11 0.01 0.22 0.00 0.01 0.02 0.02 0.29 0.23 0.01 0.14 0.62 0.53 0.51 0.57
N1 0.00 0.01 0.05 0.18 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.15 0.01 0.01 0.47 0.30 0.41 0.40
N3 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.12 0.01 0.17 0.02 0.01 0.00 0.02 0.39 0.23 0.02 0.09 0.54 0.41 0.49 0.49
O2 0.04 0.01 0.12 0.08 0.03 0.19 0.03 0.33 0.02 0.01 0.02 0.00 0.30 0.60 0.04 0.26 0.36 0.31 0.33 0.31
O2' 0.02 0.32 0.00 0.01 0.40 0.32 0.36 0.13 0.29 0.24 0.39 0.30 0.00 0.07 0.42 0.22 0.37 0.70 0.78 0.56
O3' 0.34 0.35 0.04 0.02 0.12 0.04 0.26 0.19 0.23 0.15 0.23 0.60 0.07 0.00 0.14 0.24 0.75 0.63 0.56 0.59
O4 0.02 0.03 0.08 0.31 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.04 0.42 0.14 0.00 0.04 0.69 0.70 0.63 0.67
O4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.03 0.01 0.11 0.02 0.14 0.01 0.09 0.26 0.22 0.24 0.04 0.00 0.44 0.19 0.44 0.34
O5' 0.32 0.45 0.08 0.33 0.64 0.02 0.68 0.01 0.62 0.47 0.54 0.36 0.37 0.75 0.69 0.44 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.18 0.29 0.25 0.42 0.59 0.33 0.66 0.44 0.53 0.30 0.41 0.31 0.70 0.63 0.70 0.19 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.40 0.27 0.29 0.57 0.29 0.59 0.18 0.51 0.41 0.49 0.33 0.78 0.56 0.63 0.44 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.38 0.09 0.22 0.61 0.09 0.66 0.02 0.57 0.40 0.49 0.31 0.56 0.59 0.67 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00