ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44082

back

Distances from reference structure (by RMSD)

7, 129, 153, 79, 22, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.049, 0.105, 0.162, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.105 std_dev=0.057
C5 B 0, 0.112, 0.194, 0.276, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.194 std_dev=0.082
N9 B 0, 0.081, 0.163, 0.246, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.163 std_dev=0.082
N1 A 0, 0.067, 0.152, 0.236, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.152 std_dev=0.084
N3 B 0, 0.100, 0.210, 0.320, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.210 std_dev=0.110
O4' B 0, 0.120, 0.231, 0.343, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.231 std_dev=0.112
C1' B 0, 0.081, 0.197, 0.312, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.197 std_dev=0.115
C6 A 0, 0.085, 0.205, 0.326, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.205 std_dev=0.121
C6 B 0, 0.132, 0.259, 0.385, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.259 std_dev=0.127
C3' B 0, 0.121, 0.260, 0.400, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.260 std_dev=0.140
C2' B 0, 0.102, 0.244, 0.385, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.244 std_dev=0.141
C4' B 0, 0.104, 0.246, 0.388, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.246 std_dev=0.142
C4 A 0, 0.077, 0.219, 0.362, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.219 std_dev=0.143
C5 A 0, 0.123, 0.267, 0.410, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.267 std_dev=0.143
N1 B 0, 0.115, 0.261, 0.407, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.261 std_dev=0.146
N7 B 0, 0.166, 0.314, 0.461, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.314 std_dev=0.148
C8 B 0, 0.129, 0.277, 0.425, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.277 std_dev=0.148
C2' A 0, 0.158, 0.308, 0.458, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.308 std_dev=0.150
C2 B 0, 0.100, 0.252, 0.404, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.252 std_dev=0.152
C1' A 0, 0.126, 0.281, 0.435, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.281 std_dev=0.154
C3' A 0, 0.121, 0.281, 0.441, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.281 std_dev=0.160
C2 A 0, 0.093, 0.261, 0.429, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.261 std_dev=0.168
N3 A 0, 0.078, 0.251, 0.425, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.251 std_dev=0.173
O3' B 0, 0.127, 0.323, 0.518, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.323 std_dev=0.196
N6 B 0, 0.223, 0.421, 0.619, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.421 std_dev=0.198
O2' B 0, 0.083, 0.289, 0.496, 3.132 max_d=3.132 avg_d=0.289 std_dev=0.206
O5' B 0, 0.096, 0.307, 0.518, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.307 std_dev=0.211
O4 A 0, 0.097, 0.317, 0.538, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.317 std_dev=0.221
O4' A 0, 0.140, 0.360, 0.581, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.360 std_dev=0.221
P B 0, 0.103, 0.329, 0.555, 1.883 max_d=1.883 avg_d=0.329 std_dev=0.226
C5' B 0, 0.081, 0.308, 0.535, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.308 std_dev=0.227
C4' A 0, 0.154, 0.389, 0.624, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.389 std_dev=0.235
O3' A 0, 0.086, 0.330, 0.573, 1.950 max_d=1.950 avg_d=0.330 std_dev=0.243
O2' A 0, 0.182, 0.465, 0.748, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.465 std_dev=0.283
O2 A 0, 0.172, 0.461, 0.750, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.461 std_dev=0.289
C5' A 0, 0.157, 0.559, 0.962, 2.208 max_d=2.208 avg_d=0.559 std_dev=0.402
O5' A 0, 0.209, 0.623, 1.037, 2.023 max_d=2.023 avg_d=0.623 std_dev=0.414
OP2 B 0, 0.039, 0.487, 0.934, 3.900 max_d=3.900 avg_d=0.487 std_dev=0.447
OP1 B 0, 0.072, 0.556, 1.040, 3.846 max_d=3.846 avg_d=0.556 std_dev=0.484
P A 0, 0.242, 0.892, 1.541, 3.106 max_d=3.106 avg_d=0.892 std_dev=0.650
OP1 A 0, 0.214, 0.975, 1.736, 3.677 max_d=3.677 avg_d=0.975 std_dev=0.761
OP2 A 0, 0.270, 1.061, 1.852, 3.469 max_d=3.469 avg_d=1.061 std_dev=0.791

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.11 0.12 0.20 0.13
C2 0.03 0.00 0.10 0.13 0.05 0.05 0.02 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.02 0.05 0.22 0.22 0.32 0.23
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.09 0.02 0.08 0.17 0.00 0.02 0.06 0.01 0.12 0.19 0.23 0.13
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.12 0.00 0.14 0.02 0.13 0.08 0.14 0.16 0.02 0.01 0.15 0.02 0.16 0.24 0.24 0.17
C4 0.04 0.05 0.05 0.12 0.00 0.10 0.01 0.23 0.02 0.04 0.02 0.04 0.08 0.15 0.01 0.05 0.34 0.39 0.47 0.38
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.05 0.07 0.05 0.07 0.02 0.12 0.01 0.02 0.13 0.16 0.06
C5 0.02 0.02 0.07 0.14 0.01 0.13 0.00 0.26 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.17 0.01 0.06 0.36 0.41 0.47 0.40
C5' 0.03 0.11 0.02 0.02 0.23 0.01 0.26 0.00 0.22 0.13 0.17 0.08 0.07 0.04 0.27 0.02 0.01 0.14 0.17 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.13 0.02 0.12 0.00 0.22 0.00 0.01 0.03 0.02 0.07 0.15 0.01 0.07 0.31 0.32 0.35 0.32
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.04 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.08 0.02 0.02 0.22 0.21 0.28 0.22
N3 0.02 0.01 0.08 0.14 0.02 0.07 0.02 0.17 0.03 0.02 0.00 0.01 0.09 0.16 0.02 0.04 0.28 0.30 0.40 0.31
O2 0.04 0.01 0.17 0.16 0.04 0.05 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.16 0.19 0.02 0.09 0.18 0.18 0.29 0.19
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.04 0.09 0.16 0.00 0.07 0.09 0.07 0.08 0.19 0.22 0.12
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.15 0.02 0.17 0.04 0.15 0.08 0.16 0.19 0.07 0.00 0.19 0.02 0.17 0.34 0.34 0.24
O4 0.02 0.02 0.06 0.15 0.01 0.12 0.01 0.27 0.01 0.02 0.02 0.02 0.09 0.19 0.00 0.05 0.39 0.47 0.56 0.46
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.04 0.09 0.07 0.02 0.05 0.00 0.11 0.13 0.21 0.15
O5' 0.11 0.22 0.12 0.16 0.34 0.02 0.36 0.01 0.31 0.22 0.28 0.18 0.08 0.17 0.39 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.22 0.19 0.24 0.39 0.13 0.41 0.14 0.32 0.21 0.30 0.18 0.19 0.34 0.47 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.20 0.32 0.23 0.24 0.47 0.16 0.47 0.17 0.35 0.28 0.40 0.29 0.22 0.34 0.56 0.21 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.23 0.13 0.17 0.38 0.06 0.40 0.02 0.32 0.22 0.31 0.19 0.12 0.24 0.46 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.45 0.31 0.22 0.34 0.19 0.36 0.22 0.42 0.32 0.46 0.40 0.46 0.37 0.28 0.34 0.19 0.22 0.21 0.19 0.21 0.06
C2 0.29 0.43 0.33 0.27 0.31 0.27 0.31 0.31 0.36 0.31 0.41 0.40 0.40 0.34 0.27 0.40 0.28 0.26 0.29 0.28 0.37 0.18
C2' 0.23 0.37 0.29 0.22 0.28 0.20 0.29 0.23 0.34 0.28 0.37 0.33 0.39 0.31 0.23 0.31 0.22 0.21 0.24 0.20 0.21 0.12
C3' 0.17 0.33 0.22 0.15 0.26 0.13 0.30 0.17 0.35 0.27 0.36 0.29 0.42 0.33 0.21 0.22 0.16 0.16 0.13 0.12 0.16 0.02
C4 0.25 0.34 0.28 0.27 0.22 0.30 0.23 0.37 0.29 0.27 0.33 0.30 0.31 0.29 0.21 0.33 0.29 0.27 0.31 0.28 0.47 0.20
C4' 0.21 0.43 0.25 0.16 0.35 0.14 0.42 0.18 0.49 0.34 0.49 0.37 0.59 0.43 0.28 0.25 0.16 0.18 0.11 0.18 0.20 0.09
C5 0.25 0.30 0.28 0.28 0.18 0.33 0.20 0.40 0.26 0.26 0.29 0.26 0.31 0.27 0.19 0.33 0.33 0.30 0.33 0.30 0.48 0.23
C5' 0.20 0.41 0.24 0.21 0.32 0.24 0.41 0.29 0.50 0.33 0.48 0.34 0.64 0.43 0.25 0.26 0.26 0.22 0.20 0.28 0.35 0.18
C6 0.22 0.30 0.25 0.24 0.19 0.28 0.22 0.35 0.28 0.25 0.31 0.26 0.35 0.28 0.18 0.29 0.26 0.26 0.31 0.26 0.42 0.20
N1 0.20 0.37 0.25 0.17 0.24 0.19 0.27 0.26 0.33 0.27 0.37 0.33 0.38 0.31 0.20 0.30 0.17 0.18 0.24 0.21 0.33 0.11
N3 0.27 0.40 0.31 0.28 0.27 0.30 0.29 0.35 0.34 0.30 0.38 0.36 0.37 0.33 0.25 0.38 0.30 0.27 0.31 0.30 0.44 0.21
O2 0.43 0.55 0.49 0.42 0.43 0.39 0.40 0.38 0.43 0.39 0.50 0.53 0.45 0.41 0.40 0.57 0.43 0.38 0.34 0.35 0.36 0.24
O2' 0.45 0.47 0.49 0.43 0.43 0.40 0.41 0.35 0.43 0.43 0.46 0.47 0.44 0.41 0.43 0.50 0.40 0.41 0.34 0.29 0.18 0.18
O3' 0.20 0.33 0.23 0.18 0.29 0.13 0.34 0.12 0.38 0.30 0.37 0.29 0.43 0.36 0.24 0.21 0.19 0.18 0.02 0.03 0.02 0.01
O4 0.32 0.39 0.34 0.34 0.27 0.38 0.27 0.44 0.32 0.32 0.36 0.35 0.33 0.33 0.27 0.41 0.38 0.34 0.36 0.33 0.54 0.24
O4' 0.24 0.48 0.28 0.17 0.37 0.15 0.42 0.19 0.50 0.34 0.52 0.42 0.58 0.42 0.29 0.29 0.16 0.19 0.16 0.18 0.21 0.05
O5' 0.21 0.33 0.25 0.29 0.24 0.33 0.31 0.39 0.39 0.26 0.38 0.28 0.51 0.35 0.19 0.30 0.38 0.28 0.29 0.33 0.44 0.25
OP1 0.39 0.40 0.39 0.43 0.37 0.53 0.44 0.58 0.50 0.41 0.46 0.36 0.66 0.48 0.36 0.45 0.52 0.48 0.46 0.59 0.68 0.48
OP2 0.54 0.45 0.56 0.60 0.42 0.69 0.40 0.73 0.43 0.43 0.44 0.47 0.54 0.43 0.44 0.65 0.69 0.63 0.57 0.59 0.68 0.51
P 0.33 0.35 0.35 0.40 0.28 0.48 0.35 0.54 0.42 0.32 0.40 0.31 0.58 0.39 0.27 0.42 0.50 0.42 0.40 0.47 0.58 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.09 0.38 0.18 0.15
C2 0.04 0.00 0.16 0.18 0.02 0.08 0.03 0.11 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.17 0.23 0.04 0.18 0.50 0.27 0.25
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.09 0.02 0.06 0.04 0.09 0.07 0.14 0.16 0.08 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.11 0.32 0.23 0.14
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.11 0.01 0.12 0.02 0.14 0.14 0.17 0.17 0.15 0.14 0.07 0.02 0.01 0.02 0.12 0.24 0.26 0.13
C4 0.02 0.02 0.09 0.11 0.00 0.05 0.00 0.10 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.03 0.18 0.49 0.26 0.23
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.10 0.07 0.07 0.09 0.10 0.04 0.08 0.02 0.01 0.02 0.21 0.14 0.06
C5 0.01 0.03 0.06 0.12 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.14 0.03 0.22 0.52 0.31 0.28
C5' 0.03 0.11 0.04 0.02 0.10 0.01 0.15 0.00 0.16 0.17 0.13 0.09 0.20 0.19 0.10 0.07 0.05 0.02 0.01 0.14 0.13 0.02
C6 0.02 0.06 0.09 0.14 0.02 0.07 0.01 0.16 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.10 0.18 0.04 0.23 0.53 0.34 0.31
C8 0.02 0.03 0.07 0.14 0.01 0.10 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.15 0.05 0.24 0.48 0.30 0.26
N1 0.04 0.02 0.14 0.17 0.03 0.07 0.02 0.13 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.15 0.21 0.04 0.22 0.52 0.32 0.29
N3 0.04 0.01 0.16 0.17 0.01 0.07 0.01 0.09 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.21 0.04 0.16 0.48 0.25 0.23
N6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.09 0.02 0.20 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.09 0.19 0.05 0.27 0.52 0.41 0.35
N7 0.02 0.03 0.06 0.14 0.01 0.10 0.01 0.19 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.15 0.04 0.26 0.52 0.35 0.31
N9 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.10 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.07 0.02 0.16 0.45 0.23 0.20
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.05 0.15 0.16 0.09 0.05 0.04 0.00 0.05 0.07 0.08 0.30 0.22 0.12
O3' 0.04 0.23 0.02 0.01 0.13 0.02 0.14 0.05 0.18 0.15 0.21 0.21 0.19 0.15 0.07 0.05 0.00 0.04 0.15 0.22 0.37 0.16
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.07 0.04 0.00 0.11 0.36 0.20 0.16
O5' 0.09 0.18 0.11 0.12 0.18 0.02 0.22 0.01 0.23 0.24 0.22 0.16 0.27 0.26 0.16 0.08 0.15 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.38 0.50 0.32 0.24 0.49 0.21 0.52 0.14 0.53 0.48 0.52 0.48 0.52 0.52 0.45 0.30 0.22 0.36 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.27 0.23 0.26 0.26 0.14 0.31 0.13 0.34 0.30 0.32 0.25 0.41 0.35 0.23 0.22 0.37 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.25 0.14 0.13 0.23 0.06 0.28 0.02 0.31 0.26 0.29 0.23 0.35 0.31 0.20 0.12 0.16 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00