ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44084

back

Distances from reference structure (by RMSD)

35, 30, 64, 18, 54, 15, 6, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.111, 0.207, 0.304, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.207 std_dev=0.097
C4 B 0, 0.024, 0.125, 0.227, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.125 std_dev=0.101
C4 A 0, 0.132, 0.248, 0.364, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.248 std_dev=0.116
N1 A 0, 0.042, 0.158, 0.274, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.158 std_dev=0.116
C6 B 0, 0.115, 0.269, 0.423, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.269 std_dev=0.154
O6 B 0, 0.096, 0.265, 0.433, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.265 std_dev=0.168
C6 A 0, 0.064, 0.237, 0.410, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.237 std_dev=0.173
N2 B 0, 0.032, 0.219, 0.407, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.219 std_dev=0.187
N4 A 0, 0.147, 0.334, 0.522, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.334 std_dev=0.188
C1' A 0, 0.146, 0.338, 0.529, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.338 std_dev=0.192
C1' B 0, 0.140, 0.332, 0.524, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.332 std_dev=0.192
N9 B 0, 0.081, 0.279, 0.477, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.279 std_dev=0.198
C5 A 0, 0.132, 0.340, 0.548, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.340 std_dev=0.208
C5 B 0, 0.041, 0.282, 0.524, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.282 std_dev=0.242
N3 B 0, 0.013, 0.261, 0.510, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.261 std_dev=0.248
N3 A 0, 0.096, 0.358, 0.620, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.358 std_dev=0.262
O4' A 0, 0.138, 0.402, 0.667, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.402 std_dev=0.264
C2 B 0, 0.060, 0.330, 0.601, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.330 std_dev=0.270
C2' B 0, 0.082, 0.372, 0.662, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.372 std_dev=0.290
C2 A 0, 0.021, 0.355, 0.688, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.355 std_dev=0.334
O4' B 0, 0.223, 0.560, 0.898, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.560 std_dev=0.337
C3' B 0, 0.190, 0.573, 0.955, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.573 std_dev=0.383
C4' B 0, 0.230, 0.621, 1.012, 1.869 max_d=1.869 avg_d=0.621 std_dev=0.391
O2' B 0, 0.142, 0.542, 0.942, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.542 std_dev=0.400
C8 B 0, 0.052, 0.500, 0.949, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.500 std_dev=0.448
N7 B 0, 0.029, 0.532, 1.034, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.532 std_dev=0.502
C4' A 0, 0.183, 0.693, 1.204, 1.957 max_d=1.957 avg_d=0.693 std_dev=0.511
O3' B 0, 0.269, 0.788, 1.307, 1.994 max_d=1.994 avg_d=0.788 std_dev=0.519
O2 A 0, 0.057, 0.616, 1.176, 2.477 max_d=2.477 avg_d=0.616 std_dev=0.560
C5' B 0, 0.323, 0.903, 1.483, 2.733 max_d=2.733 avg_d=0.903 std_dev=0.580
C2' A 0, 0.133, 0.778, 1.423, 2.262 max_d=2.262 avg_d=0.778 std_dev=0.645
C3' A 0, 0.136, 0.834, 1.532, 2.167 max_d=2.167 avg_d=0.834 std_dev=0.698
O3' A 0, 0.249, 1.119, 1.989, 2.718 max_d=2.718 avg_d=1.119 std_dev=0.870
C5' A 0, 0.160, 1.046, 1.932, 3.265 max_d=3.265 avg_d=1.046 std_dev=0.886
O2' A 0, 0.129, 1.047, 1.965, 3.721 max_d=3.721 avg_d=1.047 std_dev=0.918
O5' A 0, 0.032, 1.146, 2.260, 4.267 max_d=4.267 avg_d=1.146 std_dev=1.114
O5' B 0, 0.231, 1.376, 2.521, 3.473 max_d=3.473 avg_d=1.376 std_dev=1.145
P B 0, 0.105, 1.715, 3.324, 4.260 max_d=4.260 avg_d=1.715 std_dev=1.610
P A 0, 0.047, 2.058, 4.068, 6.159 max_d=6.159 avg_d=2.058 std_dev=2.010
OP1 B 0, 0.017, 2.068, 4.119, 5.687 max_d=5.687 avg_d=2.068 std_dev=2.051
OP1 A 0, 0.500, 2.936, 5.372, 7.080 max_d=7.080 avg_d=2.936 std_dev=2.436
OP2 B 0, 0.053, 2.652, 5.252, 6.495 max_d=6.495 avg_d=2.652 std_dev=2.600
OP2 A 0, -0.274, 2.421, 5.116, 7.706 max_d=7.706 avg_d=2.421 std_dev=2.695

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.23 0.01 0.12 0.45 0.31 0.20
C2 0.03 0.00 0.11 0.13 0.06 0.03 0.02 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.20 0.09 0.14 0.72 0.34 0.27
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.08 0.02 0.07 0.15 0.10 0.02 0.09 0.05 0.21 0.00 0.02 0.02 0.22 0.61 0.26 0.31
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.25 0.00 0.26 0.02 0.23 0.14 0.17 0.11 0.14 0.02 0.01 0.02 0.16 0.68 0.26 0.31
C4 0.04 0.06 0.08 0.25 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.22 0.14 0.03 0.20 0.98 0.42 0.30
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.13 0.05 0.05 0.07 0.07 0.20 0.02 0.00 0.02 0.37 0.29 0.09
C5 0.01 0.02 0.07 0.26 0.00 0.13 0.00 0.18 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.24 0.16 0.06 0.21 1.00 0.42 0.30
C5' 0.06 0.10 0.15 0.02 0.15 0.01 0.18 0.00 0.15 0.09 0.13 0.15 0.10 0.08 0.15 0.02 0.01 0.36 0.38 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.23 0.01 0.13 0.00 0.15 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.21 0.14 0.08 0.18 0.79 0.32 0.25
N1 0.01 0.01 0.02 0.14 0.04 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.13 0.11 0.01 0.13 0.64 0.30 0.23
N3 0.03 0.01 0.09 0.17 0.02 0.05 0.03 0.13 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.20 0.15 0.08 0.17 0.88 0.37 0.31
N4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.13 0.04 0.21 0.55 0.42 0.31
O2 0.04 0.01 0.21 0.14 0.05 0.07 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.18 0.33 0.12 0.14 0.66 0.35 0.27
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.22 0.20 0.24 0.08 0.21 0.13 0.20 0.06 0.18 0.00 0.04 0.14 0.17 0.60 0.24 0.25
O3' 0.23 0.20 0.02 0.01 0.14 0.02 0.16 0.15 0.14 0.11 0.15 0.13 0.33 0.04 0.00 0.16 0.26 1.01 0.37 0.50
O4' 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.02 0.08 0.01 0.08 0.04 0.12 0.14 0.16 0.00 0.09 0.26 0.44 0.17
O5' 0.12 0.14 0.22 0.16 0.20 0.02 0.21 0.01 0.18 0.13 0.17 0.21 0.14 0.17 0.26 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.45 0.72 0.61 0.68 0.98 0.37 1.00 0.36 0.79 0.64 0.88 0.55 0.66 0.60 1.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.34 0.26 0.26 0.42 0.29 0.42 0.38 0.32 0.30 0.37 0.42 0.35 0.24 0.37 0.44 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.27 0.31 0.31 0.30 0.09 0.30 0.02 0.25 0.23 0.31 0.31 0.27 0.25 0.50 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.40 0.29 0.47 0.52 0.26 0.45 0.18 0.36 0.17 0.21 0.19 0.14 0.31 0.18 0.28 0.55 0.73 0.46 0.38 0.18 0.47 0.25 0.15
C2 0.58 0.54 0.65 0.68 0.49 0.58 0.43 0.51 0.42 0.45 0.46 0.23 0.54 0.42 0.50 0.70 0.87 0.61 0.40 0.31 0.85 0.32 0.22
C2' 0.51 0.26 0.59 0.62 0.26 0.64 0.21 0.54 0.22 0.27 0.17 0.15 0.32 0.29 0.32 0.75 0.86 0.59 0.40 0.19 0.48 0.29 0.14
C3' 0.12 0.31 0.18 0.28 0.31 0.19 0.47 0.12 0.53 0.42 0.46 0.14 0.24 0.56 0.25 0.29 0.44 0.20 0.22 0.15 0.41 0.31 0.01
C4 0.28 0.30 0.43 0.46 0.20 0.32 0.18 0.30 0.21 0.24 0.24 0.24 0.29 0.26 0.20 0.50 0.73 0.37 0.36 0.28 1.16 0.59 0.37
C4' 0.39 0.51 0.34 0.43 0.54 0.30 0.65 0.44 0.67 0.65 0.62 0.25 0.48 0.72 0.52 0.20 0.50 0.42 0.21 0.24 0.22 0.51 0.11
C5 0.25 0.27 0.36 0.40 0.21 0.30 0.24 0.33 0.26 0.28 0.27 0.25 0.26 0.31 0.21 0.42 0.65 0.36 0.42 0.23 1.13 0.77 0.41
C5' 0.90 0.98 0.86 0.93 1.00 0.87 1.06 1.00 1.07 1.07 1.06 0.36 0.96 1.10 0.99 0.72 0.92 0.91 0.44 0.31 0.50 0.82 0.24
C6 0.23 0.22 0.30 0.35 0.18 0.25 0.23 0.27 0.25 0.27 0.24 0.20 0.21 0.30 0.20 0.36 0.60 0.34 0.38 0.19 0.94 0.71 0.32
N1 0.35 0.27 0.43 0.48 0.23 0.38 0.17 0.31 0.17 0.23 0.19 0.15 0.28 0.21 0.25 0.50 0.71 0.42 0.35 0.19 0.75 0.37 0.13
N3 0.51 0.51 0.61 0.62 0.45 0.52 0.40 0.45 0.40 0.43 0.43 0.26 0.50 0.41 0.45 0.66 0.84 0.55 0.39 0.34 1.00 0.42 0.26
N4 0.24 0.24 0.20 0.19 0.19 0.32 0.21 0.37 0.26 0.19 0.26 0.26 0.21 0.21 0.18 0.25 0.25 0.37 0.30 0.32 0.30 0.26 0.21
O2 0.80 0.79 0.87 0.88 0.74 0.79 0.67 0.72 0.66 0.67 0.71 0.31 0.79 0.63 0.74 0.90 1.03 0.81 0.49 0.40 0.85 0.44 0.37
O2' 0.87 0.63 1.01 1.07 0.59 1.01 0.40 0.88 0.34 0.44 0.44 0.20 0.71 0.33 0.64 1.17 1.32 0.91 0.51 0.26 0.30 0.56 0.22
O3' 0.23 0.45 0.19 0.22 0.47 0.25 0.67 0.20 0.72 0.63 0.63 0.14 0.37 0.78 0.41 0.36 0.32 0.26 0.02 0.20 0.03 0.02 0.01
O4' 0.23 0.25 0.23 0.36 0.27 0.18 0.33 0.23 0.35 0.34 0.32 0.22 0.24 0.38 0.26 0.20 0.55 0.29 0.23 0.19 0.32 0.45 0.13
O5' 1.00 1.11 1.02 1.07 1.09 0.99 1.13 1.08 1.15 1.10 1.17 0.33 1.08 1.13 1.07 0.90 1.09 0.99 0.50 0.23 0.90 1.03 0.44
OP1 2.46 2.61 2.55 2.55 2.53 2.40 2.49 2.27 2.52 2.39 2.61 0.44 2.59 2.39 2.47 2.47 2.55 2.36 1.48 0.73 1.99 1.04 1.24
OP2 1.72 1.97 1.97 2.05 1.85 1.73 1.84 1.68 1.89 1.70 1.98 0.31 1.92 1.74 1.76 1.87 2.24 1.57 0.94 0.25 1.41 0.70 0.63
P 1.69 1.86 1.82 1.88 1.79 1.69 1.78 1.66 1.82 1.69 1.88 0.35 1.82 1.72 1.73 1.72 1.96 1.60 0.87 0.42 1.31 0.95 0.65

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.42 0.02 0.29 0.58 0.23
C2 0.03 0.00 0.14 0.17 0.01 0.08 0.03 0.11 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.14 0.21 0.03 0.74 0.02 0.48 1.39 0.76
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.02 0.07 0.05 0.12 0.17 0.13 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.27 0.06 0.43 0.37 0.23
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.10 0.09 0.16 0.21 0.15 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.24 0.09 0.44 0.31 0.27
C4 0.01 0.01 0.07 0.09 0.00 0.05 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.77 0.01 0.48 1.36 0.77
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.08 0.11 0.07 0.07 0.03 0.06 0.03 0.00 0.02 0.07 0.46 0.17 0.21
C5 0.01 0.03 0.05 0.08 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.02 0.93 0.01 0.78 1.77 1.05
C5' 0.03 0.11 0.02 0.03 0.09 0.01 0.11 0.00 0.13 0.12 0.13 0.14 0.10 0.13 0.07 0.05 0.07 0.03 0.01 0.13 0.15 0.12 0.02
C6 0.02 0.07 0.07 0.10 0.02 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.07 0.13 0.03 0.95 0.01 0.87 1.91 1.13
C8 0.01 0.02 0.05 0.09 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.03 0.92 0.02 0.69 1.56 0.95
N1 0.04 0.02 0.12 0.16 0.03 0.08 0.02 0.13 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.12 0.19 0.03 0.89 0.01 0.72 1.73 1.00
N2 0.04 0.01 0.17 0.21 0.01 0.11 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.27 0.04 0.13 0.03 0.28 0.25 0.12
N3 0.03 0.01 0.13 0.15 0.00 0.07 0.01 0.10 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.18 0.03 0.67 0.02 0.35 1.18 0.63
N7 0.01 0.03 0.04 0.08 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03 1.00 0.02 0.94 1.93 1.18
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.72 0.02 0.36 1.16 0.65
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.04 0.12 0.15 0.12 0.03 0.02 0.00 0.04 0.05 0.09 0.06 0.81 0.25 0.37
O3' 0.02 0.21 0.02 0.01 0.10 0.03 0.10 0.07 0.13 0.10 0.19 0.27 0.18 0.09 0.04 0.04 0.00 0.02 0.30 0.12 0.63 0.47 0.39
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.35 0.04 0.39 0.42 0.12
O5' 0.42 0.74 0.27 0.24 0.77 0.02 0.93 0.01 0.95 0.92 0.89 0.13 0.67 1.00 0.72 0.09 0.30 0.35 0.00 0.19 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.02 0.06 0.09 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.12 0.04 0.19 0.00 0.38 0.22 0.15
OP1 0.29 0.48 0.43 0.44 0.48 0.46 0.78 0.15 0.87 0.69 0.72 0.28 0.35 0.94 0.36 0.81 0.63 0.39 0.02 0.38 0.00 0.01 0.01
OP2 0.58 1.39 0.37 0.31 1.36 0.17 1.77 0.12 1.91 1.56 1.73 0.25 1.18 1.93 1.16 0.25 0.47 0.42 0.02 0.22 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.76 0.23 0.27 0.77 0.21 1.05 0.02 1.13 0.95 1.00 0.12 0.63 1.18 0.65 0.37 0.39 0.12 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00