ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44086

back

Distances from reference structure (by RMSD)

48, 9, 7, 10, 1, 1, 1, 5, 67, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.038, 0.114, 0.191, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.114 std_dev=0.077
C4 B 0, 0.060, 0.181, 0.301, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.181 std_dev=0.120
C1' A 0, 0.121, 0.335, 0.549, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.335 std_dev=0.214
C4 A 0, 0.111, 0.348, 0.586, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.348 std_dev=0.238
O4' A 0, 0.132, 0.376, 0.620, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.376 std_dev=0.244
O4 A 0, -0.019, 0.269, 0.556, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.269 std_dev=0.288
N3 A 0, 0.072, 0.365, 0.658, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.365 std_dev=0.293
N1 B 0, 0.085, 0.409, 0.732, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.409 std_dev=0.323
O4' B 0, 0.158, 0.507, 0.856, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.507 std_dev=0.349
C1' B 0, 0.089, 0.442, 0.796, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.442 std_dev=0.353
C6 B 0, 0.073, 0.449, 0.824, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.449 std_dev=0.376
C2' B 0, 0.183, 0.567, 0.952, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.567 std_dev=0.385
C6 A 0, 0.107, 0.514, 0.921, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.514 std_dev=0.407
C2 A 0, 0.064, 0.481, 0.898, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.481 std_dev=0.417
C4' A 0, 0.097, 0.531, 0.966, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.531 std_dev=0.435
C4' B 0, 0.075, 0.515, 0.954, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.515 std_dev=0.439
C3' B 0, 0.191, 0.658, 1.125, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.658 std_dev=0.467
N9 B 0, 0.130, 0.613, 1.095, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.613 std_dev=0.483
O2' B 0, 0.153, 0.664, 1.176, 3.038 max_d=3.038 avg_d=0.664 std_dev=0.511
N3 B 0, 0.091, 0.607, 1.123, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.607 std_dev=0.516
O6 B 0, 0.120, 0.664, 1.208, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.664 std_dev=0.544
C5 A 0, 0.127, 0.677, 1.226, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.677 std_dev=0.549
C5 B 0, 0.093, 0.667, 1.241, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.667 std_dev=0.574
C2' A 0, 0.166, 0.776, 1.386, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.776 std_dev=0.610
C5' B 0, 0.177, 0.816, 1.455, 1.882 max_d=1.882 avg_d=0.816 std_dev=0.639
O3' B 0, 0.248, 0.899, 1.549, 2.622 max_d=2.622 avg_d=0.899 std_dev=0.650
C3' A 0, 0.194, 0.882, 1.570, 2.007 max_d=2.007 avg_d=0.882 std_dev=0.688
C2 B 0, 0.135, 0.841, 1.546, 1.976 max_d=1.976 avg_d=0.841 std_dev=0.706
C5' A 0, 0.248, 1.014, 1.781, 2.258 max_d=2.258 avg_d=1.014 std_dev=0.766
O2 A 0, 0.143, 0.984, 1.825, 2.369 max_d=2.369 avg_d=0.984 std_dev=0.841
O2' A 0, 0.250, 1.135, 2.020, 2.589 max_d=2.589 avg_d=1.135 std_dev=0.885
O5' B 0, 0.410, 1.322, 2.233, 2.585 max_d=2.585 avg_d=1.322 std_dev=0.911
O3' A 0, 0.258, 1.329, 2.400, 2.915 max_d=2.915 avg_d=1.329 std_dev=1.071
C8 B 0, 0.210, 1.304, 2.399, 3.047 max_d=3.047 avg_d=1.304 std_dev=1.094
O5' A 0, 0.213, 1.335, 2.456, 2.787 max_d=2.787 avg_d=1.335 std_dev=1.121
N7 B 0, 0.193, 1.375, 2.556, 3.144 max_d=3.144 avg_d=1.375 std_dev=1.182
N2 B 0, 0.071, 1.415, 2.759, 3.674 max_d=3.674 avg_d=1.415 std_dev=1.344
P A 0, 0.253, 1.857, 3.462, 3.770 max_d=3.770 avg_d=1.857 std_dev=1.605
OP2 A 0, 0.311, 2.055, 3.799, 5.632 max_d=5.632 avg_d=2.055 std_dev=1.744
OP1 A 0, 0.336, 2.187, 4.039, 4.714 max_d=4.714 avg_d=2.187 std_dev=1.852
P B 0, 0.287, 2.179, 4.072, 4.579 max_d=4.579 avg_d=2.179 std_dev=1.893
OP2 B 0, 0.468, 3.233, 5.997, 6.714 max_d=6.714 avg_d=3.233 std_dev=2.764
OP1 B 0, 0.498, 3.307, 6.115, 6.391 max_d=6.391 avg_d=3.307 std_dev=2.808

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.15 0.22 0.10
C2 0.02 0.00 0.08 0.12 0.07 0.05 0.03 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.01 0.03 0.17 0.27 0.22 0.16
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.10 0.01 0.09 0.01 0.08 0.04 0.07 0.15 0.00 0.03 0.05 0.01 0.09 0.13 0.20 0.08
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.16 0.00 0.18 0.02 0.16 0.09 0.14 0.15 0.02 0.01 0.11 0.02 0.14 0.15 0.17 0.09
C4 0.05 0.07 0.10 0.16 0.00 0.08 0.01 0.14 0.02 0.05 0.02 0.05 0.10 0.21 0.00 0.03 0.24 0.35 0.31 0.26
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.07 0.06 0.06 0.02 0.06 0.00 0.01 0.09 0.21 0.09
C5 0.02 0.03 0.09 0.18 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.22 0.01 0.03 0.26 0.32 0.31 0.27
C5' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.14 0.01 0.17 0.00 0.14 0.08 0.13 0.07 0.05 0.04 0.12 0.01 0.01 0.12 0.12 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.16 0.02 0.09 0.00 0.14 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.18 0.01 0.04 0.22 0.25 0.20 0.19
N1 0.01 0.01 0.04 0.09 0.05 0.04 0.02 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.09 0.01 0.01 0.15 0.22 0.18 0.13
N3 0.02 0.01 0.07 0.14 0.02 0.07 0.02 0.13 0.04 0.02 0.00 0.01 0.08 0.17 0.01 0.04 0.22 0.34 0.28 0.23
O2 0.04 0.01 0.15 0.15 0.05 0.06 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.19 0.02 0.05 0.14 0.26 0.24 0.14
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.10 0.06 0.06 0.05 0.05 0.03 0.08 0.15 0.00 0.05 0.05 0.05 0.06 0.12 0.27 0.11
O3' 0.02 0.14 0.03 0.01 0.21 0.02 0.22 0.04 0.18 0.09 0.17 0.19 0.05 0.00 0.14 0.02 0.16 0.20 0.22 0.13
O4 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.14 0.00 0.03 0.19 0.40 0.29 0.22
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.02 0.03 0.00 0.09 0.16 0.26 0.14
O5' 0.07 0.17 0.09 0.14 0.24 0.01 0.26 0.01 0.22 0.15 0.22 0.14 0.06 0.16 0.19 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.27 0.13 0.15 0.35 0.09 0.32 0.12 0.25 0.22 0.34 0.26 0.12 0.20 0.40 0.16 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.22 0.20 0.17 0.31 0.21 0.31 0.12 0.20 0.18 0.28 0.24 0.27 0.22 0.29 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.16 0.08 0.09 0.26 0.09 0.27 0.02 0.19 0.13 0.23 0.14 0.11 0.13 0.22 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.31 0.22 0.20 0.25 0.28 0.27 0.46 0.31 0.21 0.33 0.37 0.28 0.26 0.19 0.28 0.42 0.22 0.21 0.29 0.62 0.62 0.08
C2 0.46 0.40 0.38 0.27 0.47 0.41 0.51 0.60 0.49 0.59 0.42 0.29 0.41 0.59 0.50 0.42 0.39 0.53 0.39 0.49 0.87 1.03 0.20
C2' 0.30 0.33 0.27 0.21 0.27 0.31 0.24 0.38 0.26 0.21 0.29 0.41 0.35 0.25 0.24 0.33 0.27 0.39 0.23 0.20 0.75 0.50 0.15
C3' 0.33 0.35 0.40 0.36 0.41 0.40 0.54 0.50 0.55 0.59 0.46 0.27 0.31 0.65 0.43 0.40 0.44 0.28 0.27 0.58 0.31 0.48 0.02
C4 0.33 0.37 0.49 0.49 0.26 0.48 0.25 0.64 0.24 0.39 0.29 0.52 0.35 0.39 0.29 0.61 0.77 0.32 0.51 0.17 0.73 1.43 0.35
C4' 0.49 0.38 0.59 0.59 0.45 0.62 0.54 0.71 0.53 0.65 0.46 0.26 0.37 0.66 0.51 0.60 0.70 0.45 0.39 0.44 0.13 0.45 0.11
C5 0.54 0.66 0.76 0.78 0.50 0.72 0.40 0.80 0.43 0.32 0.57 0.80 0.64 0.29 0.45 0.88 1.07 0.46 0.57 0.40 0.61 1.41 0.35
C5' 1.05 0.84 1.14 1.13 0.94 1.18 0.98 1.19 0.93 1.09 0.88 0.70 0.87 1.05 1.02 1.17 1.23 1.03 0.73 0.86 0.45 0.67 0.23
C6 0.48 0.50 0.67 0.71 0.42 0.67 0.36 0.78 0.38 0.32 0.46 0.56 0.49 0.30 0.40 0.76 0.97 0.41 0.51 0.35 0.56 1.21 0.28
N1 0.18 0.14 0.31 0.32 0.13 0.37 0.17 0.57 0.18 0.21 0.16 0.14 0.13 0.22 0.16 0.40 0.57 0.23 0.35 0.20 0.69 0.99 0.17
N3 0.43 0.30 0.40 0.34 0.41 0.43 0.49 0.64 0.44 0.64 0.33 0.16 0.32 0.64 0.48 0.47 0.50 0.49 0.48 0.40 0.87 1.24 0.27
O2 0.81 0.85 0.65 0.50 0.88 0.62 0.91 0.69 0.90 0.92 0.87 0.76 0.85 0.94 0.87 0.65 0.38 0.85 0.42 0.90 0.97 0.85 0.19
O2' 0.76 0.92 0.67 0.59 0.79 0.64 0.67 0.50 0.69 0.55 0.81 1.08 0.93 0.56 0.70 0.71 0.49 0.82 0.41 0.58 0.73 0.27 0.20
O3' 0.23 0.32 0.23 0.15 0.42 0.20 0.66 0.20 0.66 0.76 0.50 0.18 0.26 0.86 0.45 0.28 0.25 0.17 0.02 0.72 0.03 0.03 0.01
O4 0.23 0.21 0.44 0.36 0.18 0.21 0.31 0.30 0.26 0.49 0.16 0.18 0.21 0.53 0.26 0.57 0.65 0.26 0.38 0.16 0.88 0.79 0.20
O4' 0.33 0.29 0.50 0.54 0.28 0.56 0.33 0.68 0.34 0.37 0.33 0.26 0.26 0.38 0.30 0.56 0.74 0.30 0.34 0.24 0.29 0.58 0.05
O5' 1.31 1.18 1.43 1.43 1.19 1.45 1.16 1.42 1.13 1.18 1.16 1.14 1.20 1.14 1.23 1.50 1.57 1.25 0.84 1.08 0.44 0.90 0.20
OP1 2.05 1.87 2.16 2.07 1.88 2.12 1.79 1.86 1.76 1.80 1.82 1.86 1.91 1.73 1.92 2.31 2.19 1.97 1.10 1.72 0.81 0.93 0.32
OP2 1.78 1.81 1.98 1.93 1.68 1.88 1.54 1.66 1.55 1.42 1.70 1.96 1.82 1.37 1.64 2.16 2.21 1.65 1.00 1.53 0.52 1.24 0.32
P 1.73 1.60 1.89 1.85 1.57 1.86 1.47 1.69 1.45 1.46 1.53 1.64 1.64 1.39 1.59 2.04 2.05 1.64 0.98 1.40 0.57 1.00 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.29 0.03 0.55 1.15 0.55
C2 0.04 0.00 0.38 0.36 0.01 0.11 0.03 0.16 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.30 0.44 0.23 0.48 0.01 1.03 1.60 0.89
C2' 0.01 0.38 0.00 0.00 0.19 0.03 0.07 0.08 0.13 0.21 0.27 0.48 0.39 0.14 0.03 0.00 0.03 0.01 0.22 0.08 0.52 0.59 0.33
C3' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.21 0.01 0.18 0.05 0.23 0.21 0.31 0.44 0.33 0.18 0.11 0.02 0.01 0.03 0.21 0.20 0.33 0.32 0.12
C4 0.02 0.01 0.19 0.21 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.22 0.12 0.51 0.01 1.15 1.67 0.99
C4' 0.04 0.11 0.03 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.08 0.16 0.08 0.13 0.11 0.15 0.06 0.14 0.03 0.01 0.01 0.10 0.49 0.47 0.15
C5 0.02 0.03 0.07 0.18 0.00 0.09 0.00 0.26 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.16 0.04 0.63 0.01 1.61 1.96 1.29
C5' 0.04 0.16 0.08 0.05 0.14 0.01 0.26 0.00 0.25 0.38 0.16 0.22 0.15 0.39 0.18 0.12 0.09 0.02 0.01 0.30 0.52 0.35 0.04
C6 0.03 0.05 0.13 0.23 0.01 0.08 0.01 0.25 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.11 0.22 0.09 0.64 0.00 1.69 2.01 1.32
C8 0.01 0.02 0.21 0.21 0.01 0.16 0.01 0.38 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.23 0.14 0.64 0.01 1.58 1.95 1.33
N1 0.05 0.01 0.27 0.31 0.03 0.08 0.02 0.16 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.20 0.35 0.17 0.58 0.01 1.39 1.84 1.13
N2 0.05 0.00 0.48 0.44 0.01 0.13 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.38 0.56 0.29 0.27 0.01 0.87 1.36 0.71
N3 0.04 0.01 0.39 0.33 0.00 0.11 0.01 0.15 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.40 0.23 0.43 0.01 0.86 1.47 0.77
N7 0.01 0.02 0.14 0.18 0.00 0.15 0.00 0.39 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.19 0.09 0.71 0.01 1.89 2.12 1.49
N9 0.01 0.02 0.03 0.11 0.01 0.06 0.01 0.18 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.09 0.01 0.48 0.02 1.06 1.59 0.96
O2' 0.02 0.30 0.00 0.02 0.12 0.14 0.10 0.12 0.11 0.23 0.20 0.38 0.30 0.20 0.08 0.00 0.07 0.08 0.12 0.10 0.70 0.41 0.29
O3' 0.10 0.44 0.03 0.01 0.22 0.03 0.16 0.09 0.22 0.23 0.35 0.56 0.40 0.19 0.09 0.07 0.00 0.07 0.32 0.20 0.54 0.55 0.36
O4' 0.01 0.23 0.01 0.03 0.12 0.01 0.04 0.02 0.09 0.14 0.17 0.29 0.23 0.09 0.01 0.08 0.07 0.00 0.28 0.05 0.40 1.15 0.46
O5' 0.29 0.48 0.22 0.21 0.51 0.01 0.63 0.01 0.64 0.64 0.58 0.27 0.43 0.71 0.48 0.12 0.32 0.28 0.00 0.61 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.08 0.20 0.01 0.10 0.01 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.20 0.05 0.61 0.00 2.00 1.97 1.42
OP1 0.55 1.03 0.52 0.33 1.15 0.49 1.61 0.52 1.69 1.58 1.39 0.87 0.86 1.89 1.06 0.70 0.54 0.40 0.02 2.00 0.00 0.01 0.01
OP2 1.15 1.60 0.59 0.32 1.67 0.47 1.96 0.35 2.01 1.95 1.84 1.36 1.47 2.12 1.59 0.41 0.55 1.15 0.02 1.97 0.01 0.00 0.01
P 0.55 0.89 0.33 0.12 0.99 0.15 1.29 0.04 1.32 1.33 1.13 0.71 0.77 1.49 0.96 0.29 0.36 0.46 0.01 1.42 0.01 0.01 0.00