ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44089

back

Distances from reference structure (by RMSD)

37, 15, 6, 6, 0, 0, 6, 19, 31, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O4 A 0, 0.086, 0.252, 0.417, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.252 std_dev=0.165
C4 B 0, 0.041, 0.246, 0.451, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.246 std_dev=0.205
C6 A 0, 0.115, 0.326, 0.537, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.326 std_dev=0.211
N7 B 0, 0.079, 0.292, 0.505, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.292 std_dev=0.213
C5 B 0, 0.066, 0.290, 0.514, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.290 std_dev=0.224
N3 B 0, 0.051, 0.284, 0.516, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.284 std_dev=0.232
N9 B 0, 0.063, 0.317, 0.571, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.317 std_dev=0.254
N6 B 0, -0.053, 0.203, 0.459, 1.651 max_d=1.651 avg_d=0.203 std_dev=0.256
C8 B 0, 0.085, 0.343, 0.601, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.343 std_dev=0.258
N1 A 0, 0.067, 0.330, 0.592, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.330 std_dev=0.262
N3 A 0, 0.135, 0.403, 0.670, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.403 std_dev=0.268
C2 A 0, 0.095, 0.370, 0.645, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.370 std_dev=0.275
C2 B 0, 0.050, 0.354, 0.659, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.354 std_dev=0.305
C5 A 0, 0.103, 0.433, 0.763, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.433 std_dev=0.330
C1' B 0, 0.081, 0.414, 0.746, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.414 std_dev=0.333
C4 A 0, 0.110, 0.473, 0.835, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.473 std_dev=0.363
C6 B 0, 0.082, 0.500, 0.917, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.500 std_dev=0.417
N1 B 0, 0.064, 0.509, 0.953, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.509 std_dev=0.444
O3' B 0, 0.128, 0.591, 1.053, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.591 std_dev=0.463
O2 A 0, 0.161, 0.638, 1.114, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.638 std_dev=0.477
C1' A 0, 0.105, 0.654, 1.204, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.654 std_dev=0.549
O5' B 0, 0.048, 0.645, 1.242, 3.948 max_d=3.948 avg_d=0.645 std_dev=0.597
O4' B 0, 0.095, 0.764, 1.434, 1.831 max_d=1.831 avg_d=0.764 std_dev=0.670
C2' B 0, 0.068, 0.775, 1.483, 2.513 max_d=2.513 avg_d=0.775 std_dev=0.708
OP1 B 0, -0.107, 0.606, 1.319, 6.953 max_d=6.953 avg_d=0.606 std_dev=0.713
O4' A 0, 0.160, 0.885, 1.610, 1.752 max_d=1.752 avg_d=0.885 std_dev=0.725
C3' B 0, 0.075, 0.850, 1.625, 2.148 max_d=2.148 avg_d=0.850 std_dev=0.775
P B 0, 0.064, 0.884, 1.704, 4.833 max_d=4.833 avg_d=0.884 std_dev=0.820
O2' B 0, 0.102, 0.937, 1.772, 4.057 max_d=4.057 avg_d=0.937 std_dev=0.835
C2' A 0, 0.071, 0.996, 1.921, 2.181 max_d=2.181 avg_d=0.996 std_dev=0.925
C4' B 0, 0.073, 1.024, 1.975, 2.381 max_d=2.381 avg_d=1.024 std_dev=0.951
C3' A 0, 0.097, 1.120, 2.143, 2.425 max_d=2.425 avg_d=1.120 std_dev=1.023
C4' A 0, 0.101, 1.235, 2.369, 2.610 max_d=2.610 avg_d=1.235 std_dev=1.134
O2' A 0, 0.120, 1.368, 2.616, 2.934 max_d=2.934 avg_d=1.368 std_dev=1.248
C5' A 0, 0.192, 1.546, 2.900, 3.123 max_d=3.123 avg_d=1.546 std_dev=1.354
C5' B 0, 0.092, 1.513, 2.934, 4.558 max_d=4.558 avg_d=1.513 std_dev=1.421
O3' A 0, 0.142, 1.590, 3.038, 3.447 max_d=3.447 avg_d=1.590 std_dev=1.448
OP2 A 0, 0.171, 1.652, 3.133, 3.507 max_d=3.507 avg_d=1.652 std_dev=1.481
O5' A 0, 0.132, 1.712, 3.292, 3.584 max_d=3.584 avg_d=1.712 std_dev=1.580
P A 0, 0.101, 1.745, 3.389, 3.719 max_d=3.719 avg_d=1.745 std_dev=1.644
OP2 B 0, 0.292, 2.072, 3.851, 6.193 max_d=6.193 avg_d=2.072 std_dev=1.779
OP1 A 0, 0.074, 2.750, 5.427, 5.893 max_d=5.893 avg_d=2.750 std_dev=2.676

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.16 0.11 0.21 0.19
C2 0.02 0.00 0.13 0.12 0.06 0.04 0.02 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.16 0.01 0.04 0.32 0.17 0.66 0.38
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.04 0.02 0.06 0.05 0.09 0.03 0.12 0.17 0.00 0.04 0.05 0.01 0.27 0.35 0.17 0.25
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.14 0.01 0.18 0.03 0.18 0.09 0.13 0.14 0.02 0.01 0.17 0.02 0.39 0.58 0.11 0.30
C4 0.05 0.06 0.04 0.14 0.00 0.13 0.01 0.25 0.02 0.05 0.02 0.04 0.09 0.14 0.00 0.08 0.46 0.32 1.14 0.59
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.13 0.00 0.16 0.01 0.15 0.06 0.05 0.05 0.09 0.03 0.11 0.00 0.02 0.20 0.35 0.04
C5 0.02 0.02 0.06 0.18 0.01 0.16 0.00 0.28 0.00 0.02 0.02 0.02 0.09 0.18 0.02 0.04 0.53 0.42 1.18 0.66
C5' 0.04 0.11 0.05 0.03 0.25 0.01 0.28 0.00 0.25 0.13 0.14 0.07 0.07 0.08 0.19 0.02 0.01 0.44 0.42 0.04
C6 0.02 0.01 0.09 0.18 0.02 0.15 0.00 0.25 0.00 0.01 0.03 0.02 0.09 0.18 0.02 0.03 0.46 0.36 0.90 0.55
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.05 0.06 0.02 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.07 0.01 0.02 0.33 0.21 0.60 0.38
N3 0.02 0.01 0.12 0.13 0.02 0.05 0.02 0.14 0.03 0.02 0.00 0.01 0.15 0.17 0.01 0.04 0.42 0.26 0.94 0.51
O2 0.03 0.01 0.17 0.14 0.04 0.05 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.18 0.22 0.02 0.07 0.21 0.10 0.46 0.25
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.09 0.09 0.09 0.07 0.09 0.06 0.15 0.18 0.00 0.07 0.13 0.07 0.08 0.16 0.39 0.12
O3' 0.07 0.16 0.04 0.01 0.14 0.03 0.18 0.08 0.18 0.07 0.17 0.22 0.07 0.00 0.17 0.04 0.34 0.67 0.40 0.25
O4 0.01 0.01 0.05 0.17 0.00 0.11 0.02 0.19 0.02 0.01 0.01 0.02 0.13 0.17 0.00 0.04 0.24 0.19 0.28 0.20
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.08 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.07 0.07 0.04 0.04 0.00 0.11 0.10 0.13 0.13
O5' 0.16 0.32 0.27 0.39 0.46 0.02 0.53 0.01 0.46 0.33 0.42 0.21 0.08 0.34 0.24 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.17 0.35 0.58 0.32 0.20 0.42 0.44 0.36 0.21 0.26 0.10 0.16 0.67 0.19 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.66 0.17 0.11 1.14 0.35 1.18 0.42 0.90 0.60 0.94 0.46 0.39 0.40 0.28 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.38 0.25 0.30 0.59 0.04 0.66 0.04 0.55 0.38 0.51 0.25 0.12 0.25 0.20 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.50 0.79 0.48 0.33 0.67 0.24 0.69 0.32 0.84 0.48 0.87 0.73 0.28 0.56 0.55 0.75 0.50 0.34 0.32 0.27 1.92 0.74
C2 0.49 0.66 0.46 0.35 0.59 0.28 0.59 0.25 0.69 0.47 0.70 0.63 0.25 0.51 0.52 0.67 0.49 0.38 0.41 0.29 2.13 0.94
C2' 0.93 1.14 0.95 0.78 1.07 0.61 1.08 0.36 1.19 0.92 1.19 1.11 0.33 0.99 0.98 1.23 0.94 0.73 0.64 0.37 2.33 1.13
C3' 0.79 1.09 0.79 0.63 0.97 0.47 0.98 0.29 1.12 0.76 1.15 1.03 0.26 0.83 0.84 1.06 0.80 0.59 0.44 0.27 1.98 0.86
C4 0.30 0.42 0.25 0.21 0.36 0.23 0.35 0.29 0.42 0.29 0.44 0.40 0.22 0.30 0.31 0.37 0.30 0.28 0.31 0.23 1.95 0.84
C4' 0.36 0.84 0.33 0.21 0.61 0.24 0.64 0.55 0.89 0.32 0.95 0.71 0.26 0.42 0.42 0.66 0.39 0.22 0.32 0.58 1.42 0.35
C5 0.24 0.37 0.25 0.24 0.29 0.26 0.29 0.41 0.36 0.25 0.39 0.33 0.23 0.25 0.25 0.29 0.24 0.24 0.24 0.27 1.70 0.64
C5' 0.32 0.51 0.38 0.50 0.23 0.67 0.24 1.04 0.50 0.43 0.63 0.33 0.22 0.33 0.28 0.29 0.30 0.53 0.77 1.10 0.78 0.37
C6 0.27 0.48 0.24 0.22 0.37 0.25 0.36 0.41 0.48 0.26 0.52 0.42 0.23 0.28 0.29 0.35 0.27 0.24 0.24 0.29 1.70 0.62
N1 0.40 0.64 0.36 0.27 0.53 0.23 0.54 0.32 0.66 0.38 0.69 0.58 0.25 0.43 0.44 0.57 0.40 0.30 0.31 0.25 1.92 0.77
N3 0.39 0.52 0.36 0.28 0.47 0.25 0.46 0.26 0.54 0.38 0.55 0.50 0.23 0.40 0.42 0.52 0.40 0.33 0.38 0.28 2.10 0.93
O2 0.66 0.80 0.67 0.53 0.76 0.40 0.77 0.25 0.85 0.66 0.85 0.79 0.28 0.70 0.69 0.92 0.67 0.51 0.55 0.42 2.34 1.10
O2' 1.18 1.37 1.25 1.03 1.33 0.78 1.35 0.48 1.44 1.20 1.43 1.35 0.41 1.28 1.24 1.58 1.18 0.91 0.82 0.53 2.55 1.29
O3' 1.23 1.50 1.26 1.07 1.42 0.87 1.44 0.61 1.56 1.22 1.56 1.47 0.42 1.31 1.29 1.54 1.22 0.99 0.77 0.40 2.27 1.17
O4 0.21 0.20 0.24 0.19 0.20 0.21 0.21 0.28 0.21 0.24 0.21 0.20 0.22 0.24 0.21 0.33 0.22 0.21 0.24 0.26 0.61 0.21
O4' 0.23 0.60 0.21 0.23 0.40 0.35 0.43 0.67 0.64 0.23 0.70 0.49 0.29 0.28 0.27 0.45 0.24 0.26 0.36 0.56 1.42 0.34
O5' 0.27 0.36 0.25 0.35 0.23 0.53 0.23 0.86 0.33 0.37 0.42 0.27 0.31 0.33 0.27 0.32 0.23 0.46 0.59 0.94 0.95 0.29
OP1 1.37 0.99 1.27 1.36 1.32 1.66 1.42 2.01 1.19 1.63 0.95 1.13 0.22 1.67 1.45 0.83 1.03 1.66 1.73 2.10 0.67 1.41
OP2 0.76 0.92 0.73 0.70 0.80 0.57 0.74 0.36 0.86 0.59 0.93 0.88 0.39 0.58 0.72 0.99 0.96 0.60 0.52 0.27 1.61 0.80
P 0.47 0.20 0.49 0.54 0.37 0.72 0.44 1.05 0.26 0.68 0.20 0.25 0.29 0.68 0.51 0.28 0.30 0.68 0.77 1.12 0.64 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.24 0.16 0.22 0.26
C2 0.04 0.00 0.12 0.07 0.01 0.19 0.04 0.22 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.25 0.16 0.20 0.16 0.28 0.40 0.30
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.05 0.06 0.09 0.07 0.13 0.06 0.07 0.02 0.00 0.02 0.02 0.63 0.66 0.54 0.60
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.07 0.07 0.08 0.06 0.10 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.46 0.57 0.23 0.27
C4 0.01 0.01 0.08 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.12 0.10 0.09 0.17 0.16 0.55 0.35
C4' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.05 0.16 0.14 0.20 0.07 0.13 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.14 0.61 0.14
C5 0.02 0.04 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.12 0.11 0.04 0.16 0.21 0.83 0.41
C5' 0.03 0.22 0.05 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.13 0.28 0.15 0.22 0.11 0.27 0.09 0.04 0.05 0.01 0.01 0.37 0.40 0.02
C6 0.02 0.07 0.06 0.07 0.02 0.05 0.01 0.13 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.12 0.12 0.07 0.13 0.30 0.80 0.38
C8 0.01 0.02 0.09 0.07 0.01 0.16 0.01 0.28 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.26 0.08 0.15 0.26 0.20 1.00 0.53
N1 0.06 0.02 0.07 0.08 0.04 0.14 0.02 0.15 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.15 0.18 0.15 0.15 0.29 0.61 0.35
N3 0.03 0.01 0.13 0.06 0.01 0.20 0.02 0.22 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.28 0.13 0.22 0.19 0.20 0.35 0.30
N6 0.03 0.02 0.06 0.10 0.02 0.07 0.02 0.11 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.14 0.07 0.08 0.18 0.26 0.52 0.28
N7 0.01 0.03 0.07 0.07 0.00 0.13 0.00 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.25 0.10 0.11 0.22 0.22 1.10 0.52
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.09 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.07 0.02 0.22 0.12 0.59 0.38
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.12 0.05 0.12 0.04 0.12 0.26 0.15 0.28 0.14 0.25 0.07 0.00 0.05 0.03 0.67 0.73 0.61 0.65
O3' 0.08 0.16 0.02 0.01 0.10 0.02 0.11 0.05 0.12 0.08 0.18 0.13 0.07 0.10 0.07 0.05 0.00 0.05 0.26 0.32 0.69 0.12
O4' 0.00 0.20 0.02 0.01 0.09 0.00 0.04 0.01 0.07 0.15 0.15 0.22 0.08 0.11 0.02 0.03 0.05 0.00 0.09 0.20 0.24 0.08
O5' 0.24 0.16 0.63 0.46 0.17 0.01 0.16 0.01 0.13 0.26 0.15 0.19 0.18 0.22 0.22 0.67 0.26 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.28 0.66 0.57 0.16 0.14 0.21 0.37 0.30 0.20 0.29 0.20 0.26 0.22 0.12 0.73 0.32 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.40 0.54 0.23 0.55 0.61 0.83 0.40 0.80 1.00 0.61 0.35 0.52 1.10 0.59 0.61 0.69 0.24 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.30 0.60 0.27 0.35 0.14 0.41 0.02 0.38 0.53 0.35 0.30 0.28 0.52 0.38 0.65 0.12 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00