ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44096

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 63, 69, 26, 41, 71, 16, 11, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.061, 0.119, 0.177, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.119 std_dev=0.058
N1 B 0, 0.053, 0.164, 0.276, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.164 std_dev=0.111
N1 A 0, 0.092, 0.212, 0.333, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.212 std_dev=0.120
C1' B 0, 0.160, 0.281, 0.403, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.281 std_dev=0.121
N9 B 0, 0.065, 0.189, 0.314, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.189 std_dev=0.125
C6 B 0, 0.173, 0.319, 0.465, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.319 std_dev=0.146
N3 B 0, 0.140, 0.287, 0.433, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.287 std_dev=0.146
C2 B 0, 0.127, 0.274, 0.422, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.274 std_dev=0.147
C5 B 0, 0.160, 0.309, 0.457, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.309 std_dev=0.149
N3 A 0, 0.151, 0.352, 0.553, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.352 std_dev=0.201
C2 A 0, 0.149, 0.381, 0.614, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.381 std_dev=0.232
C6 A 0, 0.097, 0.334, 0.571, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.334 std_dev=0.237
C2' B 0, 0.370, 0.612, 0.854, 2.611 max_d=2.611 avg_d=0.612 std_dev=0.242
C8 B 0, 0.175, 0.423, 0.670, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.423 std_dev=0.247
C4 A 0, 0.167, 0.422, 0.677, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.422 std_dev=0.255
O4' B 0, 0.108, 0.366, 0.625, 2.516 max_d=2.516 avg_d=0.366 std_dev=0.258
N6 B 0, 0.296, 0.555, 0.814, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.555 std_dev=0.259
N7 B 0, 0.263, 0.544, 0.825, 1.855 max_d=1.855 avg_d=0.544 std_dev=0.281
C4' B 0, 0.212, 0.557, 0.903, 2.859 max_d=2.859 avg_d=0.557 std_dev=0.345
C5 A 0, 0.120, 0.489, 0.857, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.489 std_dev=0.369
C1' A 0, 0.146, 0.518, 0.890, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.518 std_dev=0.372
O4 A 0, 0.268, 0.641, 1.014, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.641 std_dev=0.373
C3' B 0, 0.302, 0.698, 1.093, 2.656 max_d=2.656 avg_d=0.698 std_dev=0.395
O3' B 0, 0.921, 1.332, 1.743, 3.016 max_d=3.016 avg_d=1.332 std_dev=0.411
O2 A 0, 0.235, 0.716, 1.196, 2.319 max_d=2.319 avg_d=0.716 std_dev=0.480
C3' A 0, 0.207, 0.689, 1.170, 2.527 max_d=2.527 avg_d=0.689 std_dev=0.482
C2' A 0, 0.079, 0.587, 1.095, 2.354 max_d=2.354 avg_d=0.587 std_dev=0.508
C5' B 0, 0.150, 0.665, 1.181, 5.784 max_d=5.784 avg_d=0.665 std_dev=0.515
O2' B 0, 0.734, 1.286, 1.839, 4.530 max_d=4.530 avg_d=1.286 std_dev=0.552
O5' B 0, 0.118, 0.739, 1.361, 6.540 max_d=6.540 avg_d=0.739 std_dev=0.621
O3' A 0, 0.282, 0.966, 1.650, 2.575 max_d=2.575 avg_d=0.966 std_dev=0.684
P B 0, 0.118, 0.902, 1.685, 9.248 max_d=9.248 avg_d=0.902 std_dev=0.784
O4' A 0, 0.169, 0.990, 1.811, 2.662 max_d=2.662 avg_d=0.990 std_dev=0.821
C4' A 0, 0.251, 1.145, 2.039, 3.145 max_d=3.145 avg_d=1.145 std_dev=0.894
O2' A 0, 0.405, 1.302, 2.199, 3.438 max_d=3.438 avg_d=1.302 std_dev=0.897
OP2 B 0, 0.254, 1.295, 2.335, 10.666 max_d=10.666 avg_d=1.295 std_dev=1.040
OP1 B 0, 0.027, 1.091, 2.156, 9.714 max_d=9.714 avg_d=1.091 std_dev=1.064
C5' A 0, 0.340, 1.659, 2.977, 5.072 max_d=5.072 avg_d=1.659 std_dev=1.318
O5' A 0, 0.358, 1.834, 3.311, 7.479 max_d=7.479 avg_d=1.834 std_dev=1.476
P A 0, 0.649, 2.699, 4.749, 9.867 max_d=9.867 avg_d=2.699 std_dev=2.050
OP1 A 0, 0.996, 3.142, 5.287, 9.398 max_d=9.398 avg_d=3.142 std_dev=2.145
OP2 A 0, 0.848, 3.096, 5.344, 11.738 max_d=11.738 avg_d=3.096 std_dev=2.248

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.23 0.02 0.00 0.20 0.27 0.68 0.37
C2 0.03 0.00 0.17 0.14 0.06 0.13 0.02 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.21 0.01 0.19 0.23 0.51 0.95 0.59
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.06 0.01 0.13 0.15 0.17 0.03 0.14 0.29 0.00 0.03 0.07 0.02 0.44 0.50 0.73 0.49
C3' 0.02 0.14 0.00 0.00 0.18 0.00 0.20 0.02 0.18 0.11 0.16 0.16 0.02 0.01 0.20 0.02 0.21 0.49 0.34 0.22
C4 0.04 0.06 0.06 0.18 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.04 0.02 0.04 0.25 0.10 0.00 0.05 0.36 0.67 1.09 0.70
C4' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.19 0.04 0.09 0.26 0.18 0.03 0.07 0.01 0.01 0.27 0.31 0.12
C5 0.02 0.02 0.13 0.20 0.00 0.17 0.00 0.29 0.00 0.01 0.02 0.01 0.35 0.14 0.01 0.15 0.51 0.67 1.11 0.73
C5' 0.06 0.18 0.15 0.02 0.15 0.01 0.29 0.00 0.31 0.10 0.16 0.34 0.06 0.16 0.14 0.01 0.01 0.25 0.20 0.02
C6 0.01 0.01 0.17 0.18 0.01 0.19 0.00 0.31 0.00 0.01 0.04 0.01 0.36 0.13 0.01 0.21 0.51 0.53 1.01 0.65
N1 0.01 0.01 0.03 0.11 0.04 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.03 0.01 0.14 0.13 0.01 0.02 0.29 0.40 0.89 0.52
N3 0.03 0.01 0.14 0.16 0.02 0.09 0.02 0.16 0.04 0.03 0.00 0.01 0.27 0.16 0.01 0.13 0.27 0.60 1.02 0.64
O2 0.03 0.01 0.29 0.16 0.04 0.26 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00 0.47 0.32 0.02 0.35 0.27 0.55 0.93 0.63
O2' 0.02 0.28 0.00 0.02 0.25 0.18 0.35 0.06 0.36 0.14 0.27 0.47 0.00 0.06 0.28 0.12 0.31 0.51 0.71 0.40
O3' 0.23 0.21 0.03 0.01 0.10 0.03 0.14 0.16 0.13 0.13 0.16 0.32 0.06 0.00 0.10 0.15 0.15 0.59 0.32 0.22
O4 0.02 0.01 0.07 0.20 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.10 0.00 0.05 0.32 0.59 0.90 0.60
O4' 0.00 0.19 0.02 0.02 0.05 0.01 0.15 0.01 0.21 0.02 0.13 0.35 0.12 0.15 0.05 0.00 0.09 0.18 0.58 0.32
O5' 0.20 0.23 0.44 0.21 0.36 0.01 0.51 0.01 0.51 0.29 0.27 0.27 0.31 0.15 0.32 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.27 0.51 0.50 0.49 0.67 0.27 0.67 0.25 0.53 0.40 0.60 0.55 0.51 0.59 0.59 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.68 0.95 0.73 0.34 1.09 0.31 1.11 0.20 1.01 0.89 1.02 0.93 0.71 0.32 0.90 0.58 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.37 0.59 0.49 0.22 0.70 0.12 0.73 0.02 0.65 0.52 0.64 0.63 0.40 0.22 0.60 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.28 0.41 0.22 0.24 0.26 0.27 0.37 0.32 0.21 0.31 0.25 0.37 0.27 0.21 0.41 0.29 0.30 0.48 0.53 0.69 0.53
C2 0.36 0.34 0.61 0.27 0.34 0.32 0.33 0.39 0.33 0.35 0.33 0.34 0.34 0.34 0.35 0.67 0.29 0.37 0.46 0.58 0.87 0.58
C2' 0.36 0.54 0.42 0.25 0.50 0.29 0.56 0.34 0.60 0.48 0.58 0.49 0.63 0.56 0.44 0.37 0.37 0.40 0.41 0.62 0.74 0.54
C3' 0.30 0.44 0.21 0.32 0.42 0.34 0.49 0.44 0.52 0.44 0.49 0.40 0.56 0.51 0.38 0.24 0.46 0.41 0.54 0.61 0.58 0.55
C4 0.23 0.25 0.40 0.24 0.22 0.27 0.24 0.34 0.28 0.22 0.27 0.23 0.32 0.26 0.21 0.43 0.30 0.34 0.44 0.62 0.86 0.56
C4' 0.70 0.89 0.49 0.62 0.87 0.50 0.94 0.49 0.96 0.90 0.93 0.84 0.98 0.96 0.82 0.65 0.61 0.66 0.76 0.49 0.61 0.51
C5 0.31 0.29 0.29 0.28 0.26 0.33 0.24 0.37 0.26 0.23 0.27 0.29 0.29 0.23 0.26 0.34 0.36 0.43 0.48 0.66 0.82 0.56
C5' 1.30 1.47 0.98 0.97 1.44 0.91 1.44 0.72 1.45 1.39 1.48 1.44 1.42 1.40 1.39 1.25 0.92 1.23 0.92 0.61 0.63 0.53
C6 0.32 0.31 0.29 0.29 0.28 0.33 0.27 0.37 0.29 0.26 0.30 0.31 0.31 0.27 0.28 0.34 0.37 0.42 0.48 0.62 0.76 0.54
N1 0.22 0.22 0.41 0.21 0.19 0.25 0.20 0.34 0.23 0.18 0.23 0.21 0.27 0.20 0.19 0.42 0.27 0.31 0.45 0.55 0.75 0.53
N3 0.32 0.35 0.57 0.26 0.34 0.29 0.36 0.36 0.37 0.35 0.37 0.34 0.40 0.37 0.33 0.64 0.28 0.35 0.44 0.60 0.89 0.57
O2 0.58 0.55 0.81 0.42 0.56 0.48 0.53 0.50 0.51 0.56 0.52 0.56 0.47 0.54 0.57 0.92 0.42 0.55 0.56 0.62 0.98 0.66
O2' 0.89 1.13 0.98 0.54 1.09 0.53 1.15 0.40 1.18 1.05 1.17 1.08 1.16 1.14 1.01 0.94 0.49 0.75 0.44 0.68 0.95 0.60
O3' 0.45 0.46 0.58 0.23 0.45 0.38 0.50 0.45 0.52 0.48 0.49 0.44 0.54 0.54 0.44 0.49 0.24 0.49 0.44 0.53 0.57 0.57
O4 0.25 0.28 0.42 0.19 0.25 0.28 0.27 0.36 0.31 0.24 0.30 0.26 0.35 0.28 0.23 0.47 0.23 0.36 0.43 0.69 0.93 0.63
O4' 0.49 0.68 0.39 0.49 0.64 0.38 0.72 0.43 0.76 0.64 0.74 0.62 0.81 0.75 0.57 0.48 0.48 0.46 0.64 0.46 0.66 0.50
O5' 1.26 1.45 0.89 0.92 1.36 0.95 1.32 0.77 1.35 1.20 1.43 1.42 1.30 1.21 1.29 1.20 0.95 1.25 0.84 0.69 0.61 0.53
OP1 1.61 1.98 1.18 1.02 1.78 1.10 1.72 0.84 1.82 1.48 1.94 1.90 1.77 1.53 1.63 1.59 1.10 1.51 0.84 1.26 0.85 0.83
OP2 1.39 1.79 0.98 0.99 1.58 1.05 1.56 0.85 1.68 1.32 1.79 1.70 1.66 1.40 1.43 1.32 1.11 1.35 0.88 0.82 0.78 0.62
P 1.48 1.89 1.06 0.96 1.71 0.99 1.69 0.73 1.78 1.45 1.88 1.81 1.75 1.53 1.56 1.41 1.01 1.39 0.82 0.83 0.68 0.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.34 0.01 0.22 0.22 0.34 0.23
C2 0.03 0.00 0.25 0.30 0.01 0.12 0.01 0.21 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.27 0.12 0.39 0.43 0.66 0.41
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.13 0.02 0.06 0.22 0.11 0.13 0.19 0.26 0.08 0.08 0.02 0.00 0.04 0.02 0.51 0.45 0.60 0.50
C3' 0.02 0.30 0.00 0.00 0.31 0.00 0.40 0.02 0.41 0.37 0.37 0.25 0.46 0.43 0.27 0.02 0.01 0.02 0.19 0.33 0.35 0.20
C4 0.01 0.01 0.13 0.31 0.00 0.11 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.34 0.16 0.07 0.36 0.38 0.58 0.36
C4' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.11 0.00 0.16 0.01 0.16 0.20 0.14 0.11 0.19 0.21 0.11 0.34 0.03 0.00 0.02 0.19 0.19 0.07
C5 0.01 0.01 0.06 0.40 0.00 0.16 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.41 0.16 0.03 0.46 0.49 0.75 0.48
C5' 0.08 0.21 0.22 0.02 0.16 0.01 0.22 0.00 0.23 0.25 0.22 0.18 0.27 0.28 0.13 0.12 0.23 0.02 0.01 0.22 0.20 0.02
C6 0.02 0.02 0.11 0.41 0.01 0.16 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.45 0.18 0.05 0.49 0.54 0.83 0.53
C8 0.01 0.01 0.13 0.37 0.01 0.20 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.33 0.19 0.09 0.47 0.43 0.64 0.44
N1 0.03 0.01 0.19 0.37 0.01 0.14 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.43 0.19 0.10 0.45 0.50 0.77 0.48
N3 0.03 0.00 0.26 0.25 0.00 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.31 0.12 0.34 0.36 0.55 0.34
N6 0.02 0.01 0.08 0.46 0.01 0.19 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.49 0.24 0.03 0.55 0.61 0.94 0.61
N7 0.01 0.01 0.08 0.43 0.01 0.21 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.41 0.24 0.05 0.53 0.54 0.81 0.55
N9 0.00 0.01 0.02 0.27 0.00 0.11 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.25 0.12 0.01 0.32 0.31 0.48 0.30
O2' 0.02 0.38 0.00 0.02 0.34 0.34 0.41 0.12 0.45 0.33 0.43 0.32 0.49 0.41 0.25 0.00 0.06 0.25 0.40 0.36 0.68 0.43
O3' 0.34 0.27 0.04 0.01 0.16 0.03 0.16 0.23 0.18 0.19 0.19 0.31 0.24 0.24 0.12 0.06 0.00 0.23 0.29 0.64 0.67 0.46
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.07 0.00 0.03 0.02 0.05 0.09 0.10 0.12 0.03 0.05 0.01 0.25 0.23 0.00 0.14 0.21 0.24 0.19
O5' 0.22 0.39 0.51 0.19 0.36 0.02 0.46 0.01 0.49 0.47 0.45 0.34 0.55 0.53 0.32 0.40 0.29 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.43 0.45 0.33 0.38 0.19 0.49 0.22 0.54 0.43 0.50 0.36 0.61 0.54 0.31 0.36 0.64 0.21 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.66 0.60 0.35 0.58 0.19 0.75 0.20 0.83 0.64 0.77 0.55 0.94 0.81 0.48 0.68 0.67 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.41 0.50 0.20 0.36 0.07 0.48 0.02 0.53 0.44 0.48 0.34 0.61 0.55 0.30 0.43 0.46 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00