ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44103

back

Distances from reference structure (by RMSD)

45, 16, 67, 150, 75, 50, 23, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.064, 0.188, 0.313, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.188 std_dev=0.125
N1 A 0, 0.118, 0.250, 0.383, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.250 std_dev=0.133
N3 B 0, 0.107, 0.259, 0.411, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.259 std_dev=0.152
N9 B 0, 0.097, 0.258, 0.420, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.258 std_dev=0.162
C1' A 0, 0.231, 0.396, 0.560, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.396 std_dev=0.165
C1' B 0, 0.101, 0.277, 0.454, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.277 std_dev=0.176
C4 A 0, 0.160, 0.338, 0.516, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.338 std_dev=0.178
C6 A 0, 0.121, 0.308, 0.495, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.308 std_dev=0.187
N3 A 0, 0.102, 0.301, 0.500, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.301 std_dev=0.199
C5 B 0, 0.132, 0.352, 0.573, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.352 std_dev=0.220
C2 B 0, 0.165, 0.385, 0.605, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.385 std_dev=0.220
C2 A 0, 0.126, 0.353, 0.580, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.353 std_dev=0.227
C5 A 0, 0.180, 0.412, 0.643, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.412 std_dev=0.232
N1 B 0, 0.105, 0.383, 0.662, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.383 std_dev=0.279
C6 B 0, 0.104, 0.393, 0.682, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.393 std_dev=0.289
C2' A 0, 0.221, 0.520, 0.819, 2.297 max_d=2.297 avg_d=0.520 std_dev=0.299
O6 B 0, 0.077, 0.380, 0.682, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.380 std_dev=0.302
O4 A 0, 0.198, 0.502, 0.806, 1.675 max_d=1.675 avg_d=0.502 std_dev=0.304
C8 B 0, 0.162, 0.472, 0.783, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.472 std_dev=0.311
N7 B 0, 0.188, 0.530, 0.871, 1.718 max_d=1.718 avg_d=0.530 std_dev=0.341
O4' A 0, 0.163, 0.544, 0.925, 3.297 max_d=3.297 avg_d=0.544 std_dev=0.381
O4' B 0, 0.104, 0.488, 0.872, 2.145 max_d=2.145 avg_d=0.488 std_dev=0.384
C3' A 0, 0.264, 0.666, 1.068, 3.018 max_d=3.018 avg_d=0.666 std_dev=0.402
O2 A 0, 0.168, 0.578, 0.987, 2.180 max_d=2.180 avg_d=0.578 std_dev=0.409
C2' B 0, 0.094, 0.563, 1.032, 2.619 max_d=2.619 avg_d=0.563 std_dev=0.469
C4' A 0, 0.201, 0.694, 1.187, 3.822 max_d=3.822 avg_d=0.694 std_dev=0.493
O3' A 0, 0.304, 0.834, 1.363, 3.264 max_d=3.264 avg_d=0.834 std_dev=0.530
N2 B 0, 0.008, 0.545, 1.082, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.545 std_dev=0.537
O2' A 0, 0.108, 0.650, 1.191, 3.968 max_d=3.968 avg_d=0.650 std_dev=0.542
O2' B 0, 0.132, 0.718, 1.305, 3.374 max_d=3.374 avg_d=0.718 std_dev=0.587
C3' B 0, 0.138, 0.795, 1.452, 3.207 max_d=3.207 avg_d=0.795 std_dev=0.657
C4' B 0, 0.040, 0.698, 1.356, 3.241 max_d=3.241 avg_d=0.698 std_dev=0.658
O5' B 0, 0.012, 0.749, 1.487, 4.491 max_d=4.491 avg_d=0.749 std_dev=0.738
P B 0, 0.099, 0.879, 1.659, 5.371 max_d=5.371 avg_d=0.879 std_dev=0.780
C5' A 0, 0.110, 0.950, 1.790, 6.757 max_d=6.757 avg_d=0.950 std_dev=0.840
C5' B 0, -0.113, 0.806, 1.724, 4.840 max_d=4.840 avg_d=0.806 std_dev=0.919
O3' B 0, 0.283, 1.213, 2.143, 4.143 max_d=4.143 avg_d=1.213 std_dev=0.930
OP2 B 0, 0.193, 1.154, 2.115, 6.400 max_d=6.400 avg_d=1.154 std_dev=0.961
OP1 B 0, 0.097, 1.178, 2.259, 7.455 max_d=7.455 avg_d=1.178 std_dev=1.081
O5' A 0, -0.025, 1.303, 2.631, 8.053 max_d=8.053 avg_d=1.303 std_dev=1.328
P A 0, 0.136, 1.811, 3.487, 11.205 max_d=11.205 avg_d=1.811 std_dev=1.675
OP2 A 0, 0.462, 2.289, 4.116, 12.603 max_d=12.603 avg_d=2.289 std_dev=1.827
OP1 A 0, 0.048, 2.086, 4.124, 11.733 max_d=11.733 avg_d=2.086 std_dev=2.038

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.12 0.02 0.01 0.20 0.23 0.31 0.13
C2 0.03 0.00 0.15 0.15 0.06 0.05 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.17 0.01 0.10 0.39 0.37 0.37 0.28
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.02 0.10 0.08 0.12 0.03 0.13 0.23 0.01 0.03 0.07 0.01 0.33 0.42 0.29 0.28
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.19 0.01 0.20 0.03 0.19 0.11 0.18 0.18 0.02 0.01 0.19 0.02 0.40 0.51 0.21 0.32
C4 0.05 0.06 0.07 0.19 0.00 0.09 0.01 0.17 0.02 0.04 0.02 0.04 0.15 0.16 0.01 0.05 0.61 0.50 0.67 0.51
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.13 0.05 0.06 0.11 0.13 0.03 0.09 0.00 0.02 0.21 0.32 0.06
C5 0.02 0.02 0.10 0.20 0.01 0.13 0.00 0.21 0.00 0.02 0.03 0.02 0.19 0.19 0.01 0.08 0.71 0.57 0.77 0.61
C5' 0.04 0.12 0.08 0.03 0.17 0.01 0.21 0.00 0.19 0.09 0.14 0.17 0.07 0.09 0.19 0.02 0.01 0.26 0.42 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.19 0.02 0.13 0.00 0.19 0.00 0.01 0.04 0.01 0.18 0.16 0.02 0.11 0.64 0.49 0.62 0.50
N1 0.01 0.01 0.03 0.11 0.04 0.05 0.02 0.09 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.08 0.02 0.02 0.41 0.33 0.40 0.28
N3 0.03 0.01 0.13 0.18 0.02 0.06 0.03 0.14 0.04 0.03 0.00 0.01 0.13 0.18 0.01 0.08 0.51 0.45 0.51 0.39
O2 0.04 0.01 0.23 0.18 0.04 0.11 0.02 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.25 0.02 0.17 0.31 0.41 0.31 0.27
O2' 0.02 0.12 0.01 0.02 0.15 0.13 0.19 0.07 0.18 0.08 0.13 0.21 0.00 0.06 0.16 0.09 0.16 0.30 0.31 0.18
O3' 0.12 0.17 0.03 0.01 0.16 0.03 0.19 0.09 0.16 0.08 0.18 0.25 0.06 0.00 0.17 0.08 0.33 0.59 0.28 0.35
O4 0.02 0.01 0.07 0.19 0.01 0.09 0.01 0.19 0.02 0.02 0.01 0.02 0.16 0.17 0.00 0.03 0.46 0.43 0.49 0.41
O4' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.05 0.00 0.08 0.02 0.11 0.02 0.08 0.17 0.09 0.08 0.03 0.00 0.12 0.18 0.41 0.17
O5' 0.20 0.39 0.33 0.40 0.61 0.02 0.71 0.01 0.64 0.41 0.51 0.31 0.16 0.33 0.46 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.37 0.42 0.51 0.50 0.21 0.57 0.26 0.49 0.33 0.45 0.41 0.30 0.59 0.43 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.37 0.29 0.21 0.67 0.32 0.77 0.42 0.62 0.40 0.51 0.31 0.31 0.28 0.49 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.28 0.28 0.32 0.51 0.06 0.61 0.02 0.50 0.28 0.39 0.27 0.18 0.35 0.41 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.30 0.57 0.45 0.30 0.47 0.31 0.59 0.40 0.68 0.45 0.65 0.42 0.48 0.61 0.36 0.44 0.35 0.29 0.36 0.40 0.27 0.34 0.13
C2 0.32 0.61 0.42 0.34 0.47 0.35 0.58 0.40 0.71 0.38 0.70 0.39 0.50 0.54 0.35 0.46 0.40 0.34 0.40 0.44 0.34 0.61 0.28
C2' 0.35 0.62 0.42 0.28 0.55 0.34 0.70 0.43 0.77 0.58 0.71 0.40 0.53 0.76 0.45 0.42 0.33 0.37 0.42 0.64 0.16 0.44 0.23
C3' 0.37 0.65 0.41 0.21 0.63 0.18 0.79 0.19 0.84 0.73 0.76 0.34 0.57 0.89 0.55 0.38 0.23 0.32 0.14 0.75 0.20 0.15 0.02
C4 0.33 0.55 0.53 0.41 0.42 0.35 0.51 0.36 0.66 0.31 0.66 0.39 0.45 0.45 0.33 0.62 0.50 0.36 0.43 0.43 0.43 0.67 0.36
C4' 0.43 0.62 0.43 0.30 0.61 0.30 0.74 0.29 0.78 0.72 0.72 0.36 0.55 0.83 0.56 0.41 0.32 0.40 0.17 0.64 0.51 0.16 0.20
C5 0.36 0.56 0.60 0.40 0.45 0.33 0.55 0.34 0.68 0.37 0.67 0.40 0.47 0.51 0.37 0.69 0.47 0.34 0.43 0.41 0.46 0.64 0.37
C5' 0.52 0.71 0.51 0.41 0.70 0.40 0.83 0.37 0.88 0.80 0.81 0.52 0.64 0.91 0.65 0.50 0.44 0.50 0.31 0.76 0.74 0.41 0.39
C6 0.34 0.56 0.58 0.34 0.46 0.30 0.56 0.32 0.68 0.37 0.66 0.42 0.48 0.54 0.36 0.63 0.39 0.32 0.38 0.39 0.38 0.53 0.29
N1 0.28 0.56 0.46 0.28 0.44 0.28 0.55 0.34 0.67 0.35 0.66 0.40 0.46 0.54 0.32 0.49 0.34 0.28 0.34 0.39 0.28 0.47 0.18
N3 0.31 0.59 0.44 0.37 0.44 0.34 0.54 0.37 0.69 0.33 0.69 0.38 0.48 0.48 0.33 0.51 0.44 0.34 0.41 0.45 0.40 0.68 0.34
O2 0.45 0.72 0.49 0.48 0.59 0.48 0.69 0.53 0.80 0.54 0.79 0.45 0.62 0.67 0.50 0.52 0.50 0.45 0.51 0.51 0.40 0.69 0.37
O2' 0.49 0.70 0.47 0.42 0.64 0.51 0.74 0.61 0.78 0.68 0.75 0.54 0.63 0.79 0.57 0.45 0.48 0.53 0.56 0.60 0.24 0.50 0.31
O3' 0.49 0.73 0.39 0.24 0.75 0.23 0.91 0.18 0.93 0.92 0.84 0.43 0.66 1.02 0.70 0.32 0.26 0.45 0.03 0.92 0.02 0.03 0.01
O4 0.31 0.48 0.42 0.42 0.39 0.35 0.45 0.37 0.55 0.34 0.55 0.39 0.40 0.41 0.33 0.51 0.51 0.33 0.44 0.53 0.41 0.74 0.42
O4' 0.36 0.61 0.44 0.29 0.53 0.29 0.66 0.33 0.73 0.58 0.69 0.43 0.53 0.71 0.46 0.42 0.31 0.32 0.22 0.49 0.45 0.16 0.12
O5' 0.57 0.77 0.59 0.51 0.77 0.44 0.94 0.41 0.99 0.91 0.90 0.66 0.69 1.04 0.72 0.61 0.54 0.53 0.45 1.04 0.82 0.68 0.56
OP1 0.99 1.08 0.99 1.02 1.09 0.95 1.20 0.92 1.22 1.21 1.17 1.11 1.03 1.28 1.08 1.07 1.13 0.96 0.93 1.25 1.30 0.97 0.94
OP2 0.67 0.92 0.78 0.68 0.87 0.56 1.03 0.55 1.12 0.92 1.05 0.91 0.84 1.08 0.79 0.82 0.75 0.59 0.60 1.32 0.92 0.78 0.63
P 0.69 0.89 0.73 0.68 0.86 0.60 1.00 0.57 1.06 0.95 1.00 0.88 0.81 1.07 0.81 0.78 0.75 0.65 0.60 1.11 0.99 0.75 0.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.05 0.05 0.05 0.01 0.01 0.02 0.25 0.01 0.19 0.03 0.19 0.37 0.25
C2 0.05 0.00 0.33 0.24 0.01 0.14 0.03 0.20 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.26 0.29 0.25 0.37 0.01 0.44 0.86 0.56
C2' 0.01 0.33 0.00 0.00 0.19 0.03 0.13 0.13 0.19 0.15 0.27 0.60 0.32 0.10 0.04 0.00 0.03 0.02 0.33 0.25 0.41 0.46 0.36
C3' 0.02 0.24 0.00 0.00 0.22 0.01 0.28 0.03 0.30 0.26 0.28 0.30 0.20 0.30 0.18 0.02 0.01 0.03 0.16 0.56 0.30 0.19 0.15
C4 0.03 0.01 0.19 0.22 0.00 0.05 0.01 0.17 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.17 0.13 0.37 0.01 0.43 0.79 0.56
C4' 0.01 0.14 0.03 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.08 0.23 0.10 0.29 0.14 0.20 0.09 0.22 0.03 0.01 0.02 0.13 0.16 0.16 0.07
C5 0.02 0.03 0.13 0.28 0.01 0.10 0.00 0.26 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.16 0.07 0.48 0.02 0.63 1.01 0.74
C5' 0.06 0.20 0.13 0.03 0.17 0.01 0.26 0.00 0.25 0.36 0.21 0.33 0.18 0.37 0.18 0.12 0.15 0.02 0.01 0.19 0.15 0.16 0.02
C6 0.03 0.06 0.19 0.30 0.02 0.08 0.01 0.25 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.17 0.19 0.12 0.49 0.01 0.68 1.11 0.78
C8 0.02 0.02 0.15 0.26 0.01 0.23 0.01 0.36 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.33 0.16 0.15 0.49 0.03 0.60 0.85 0.70
N1 0.05 0.01 0.27 0.28 0.03 0.10 0.02 0.21 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.20 0.25 0.21 0.43 0.01 0.57 1.01 0.68
N2 0.05 0.00 0.60 0.30 0.01 0.29 0.01 0.33 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.46 0.37 0.47 0.20 0.02 0.32 0.42 0.25
N3 0.05 0.01 0.32 0.20 0.01 0.14 0.01 0.18 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.25 0.29 0.25 0.32 0.01 0.36 0.72 0.47
N7 0.01 0.03 0.10 0.30 0.01 0.20 0.01 0.37 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.19 0.08 0.55 0.03 0.76 1.09 0.84
N9 0.01 0.02 0.04 0.18 0.01 0.09 0.01 0.18 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.12 0.02 0.34 0.02 0.37 0.64 0.48
O2' 0.02 0.26 0.00 0.02 0.13 0.22 0.19 0.12 0.17 0.33 0.20 0.46 0.25 0.31 0.15 0.00 0.07 0.15 0.21 0.24 0.37 0.47 0.28
O3' 0.25 0.29 0.03 0.01 0.17 0.03 0.16 0.15 0.19 0.16 0.25 0.37 0.29 0.19 0.12 0.07 0.00 0.16 0.23 0.26 0.38 0.29 0.23
O4' 0.01 0.25 0.02 0.03 0.13 0.01 0.07 0.02 0.12 0.15 0.21 0.47 0.25 0.08 0.02 0.15 0.16 0.00 0.13 0.15 0.17 0.27 0.20
O5' 0.19 0.37 0.33 0.16 0.37 0.02 0.48 0.01 0.49 0.49 0.43 0.20 0.32 0.55 0.34 0.21 0.23 0.13 0.00 0.49 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.25 0.56 0.01 0.13 0.02 0.19 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.24 0.26 0.15 0.49 0.00 0.65 1.04 0.75
OP1 0.19 0.44 0.41 0.30 0.43 0.16 0.63 0.15 0.68 0.60 0.57 0.32 0.36 0.76 0.37 0.37 0.38 0.17 0.02 0.65 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.86 0.46 0.19 0.79 0.16 1.01 0.16 1.11 0.85 1.01 0.42 0.72 1.09 0.64 0.47 0.29 0.27 0.02 1.04 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.56 0.36 0.15 0.56 0.07 0.74 0.02 0.78 0.70 0.68 0.25 0.47 0.84 0.48 0.28 0.23 0.20 0.01 0.75 0.01 0.01 0.00