ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44105

back

Distances from reference structure (by RMSD)

42, 14, 8, 14, 5, 7, 60, 9, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O4 A 0, 0.036, 0.159, 0.283, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.159 std_dev=0.123
N1 A 0, 0.067, 0.208, 0.348, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.208 std_dev=0.140
C6 A 0, 0.049, 0.211, 0.374, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.211 std_dev=0.163
C4 B 0, 0.063, 0.243, 0.422, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.243 std_dev=0.179
N1 B 0, 0.086, 0.273, 0.459, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.273 std_dev=0.187
C4 A 0, 0.098, 0.295, 0.492, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.295 std_dev=0.197
C5 A 0, 0.054, 0.283, 0.513, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.283 std_dev=0.230
C3' A 0, 0.151, 0.384, 0.617, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.384 std_dev=0.233
N3 A 0, 0.121, 0.372, 0.623, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.372 std_dev=0.251
C2 A 0, 0.107, 0.359, 0.612, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.359 std_dev=0.253
C1' B 0, 0.133, 0.393, 0.653, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.393 std_dev=0.260
C3' B 0, 0.196, 0.462, 0.728, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.462 std_dev=0.266
C1' A 0, 0.103, 0.377, 0.650, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.377 std_dev=0.274
O5' B 0, 0.224, 0.513, 0.803, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.513 std_dev=0.290
N3 B 0, 0.093, 0.412, 0.732, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.412 std_dev=0.320
P B 0, 0.196, 0.528, 0.859, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.528 std_dev=0.331
C4' A 0, 0.173, 0.509, 0.844, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.509 std_dev=0.336
O3' A 0, 0.203, 0.557, 0.910, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.557 std_dev=0.354
O4' B 0, 0.154, 0.512, 0.871, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.512 std_dev=0.359
O4' A 0, 0.114, 0.484, 0.854, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.484 std_dev=0.370
C6 B 0, 0.110, 0.493, 0.876, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.493 std_dev=0.383
C2' A 0, 0.133, 0.525, 0.917, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.525 std_dev=0.392
C4' B 0, 0.158, 0.567, 0.976, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.567 std_dev=0.409
N9 B 0, 0.095, 0.511, 0.926, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.511 std_dev=0.416
O2 A 0, 0.166, 0.582, 0.999, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.582 std_dev=0.416
C2 B 0, 0.131, 0.558, 0.986, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.558 std_dev=0.428
C2' B 0, 0.013, 0.447, 0.882, 1.926 max_d=1.926 avg_d=0.447 std_dev=0.435
O3' B 0, 0.261, 0.751, 1.242, 1.976 max_d=1.976 avg_d=0.751 std_dev=0.491
O5' A 0, 0.339, 0.835, 1.331, 2.182 max_d=2.182 avg_d=0.835 std_dev=0.496
C5 B 0, 0.100, 0.607, 1.115, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.607 std_dev=0.508
O2' A 0, 0.205, 0.857, 1.509, 2.054 max_d=2.054 avg_d=0.857 std_dev=0.652
O6 B 0, 0.194, 0.849, 1.503, 2.101 max_d=2.101 avg_d=0.849 std_dev=0.654
C5' B 0, 0.183, 0.934, 1.685, 2.045 max_d=2.045 avg_d=0.934 std_dev=0.751
OP2 B 0, 0.217, 0.985, 1.753, 2.241 max_d=2.241 avg_d=0.985 std_dev=0.768
OP1 B 0, 0.218, 1.016, 1.813, 2.741 max_d=2.741 avg_d=1.016 std_dev=0.797
C5' A 0, 0.378, 1.177, 1.975, 2.676 max_d=2.676 avg_d=1.177 std_dev=0.799
O2' B 0, 0.042, 0.870, 1.698, 3.512 max_d=3.512 avg_d=0.870 std_dev=0.828
C8 B 0, 0.137, 1.021, 1.905, 2.397 max_d=2.397 avg_d=1.021 std_dev=0.884
N2 B 0, 0.168, 1.066, 1.965, 2.357 max_d=2.357 avg_d=1.066 std_dev=0.899
N7 B 0, 0.155, 1.107, 2.060, 2.603 max_d=2.603 avg_d=1.107 std_dev=0.952
P A 0, 0.534, 1.844, 3.154, 3.887 max_d=3.887 avg_d=1.844 std_dev=1.310
OP2 A 0, 0.648, 2.118, 3.587, 5.036 max_d=5.036 avg_d=2.118 std_dev=1.469
OP1 A 0, 0.708, 2.319, 3.931, 4.594 max_d=4.594 avg_d=2.319 std_dev=1.612

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.17 0.20 0.25 0.22
C2 0.04 0.00 0.08 0.10 0.06 0.05 0.02 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.11 0.02 0.05 0.35 0.29 0.31 0.32
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.02 0.11 0.02 0.12 0.03 0.07 0.19 0.00 0.03 0.05 0.01 0.26 0.23 0.24 0.21
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.08 0.01 0.15 0.04 0.16 0.05 0.10 0.20 0.02 0.01 0.07 0.02 0.33 0.28 0.27 0.24
C4 0.04 0.06 0.05 0.08 0.00 0.07 0.01 0.18 0.02 0.04 0.02 0.04 0.06 0.10 0.01 0.05 0.45 0.35 0.38 0.37
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.05 0.07 0.08 0.03 0.07 0.00 0.02 0.13 0.31 0.09
C5 0.02 0.02 0.11 0.15 0.01 0.07 0.00 0.16 0.00 0.02 0.03 0.02 0.08 0.18 0.02 0.06 0.48 0.37 0.39 0.37
C5' 0.03 0.11 0.02 0.04 0.18 0.01 0.16 0.00 0.14 0.10 0.13 0.11 0.07 0.06 0.15 0.02 0.01 0.17 0.40 0.01
C6 0.02 0.01 0.12 0.16 0.02 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.05 0.02 0.08 0.17 0.02 0.06 0.43 0.31 0.32 0.32
N1 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.10 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.02 0.02 0.33 0.26 0.28 0.28
N3 0.04 0.01 0.07 0.10 0.02 0.05 0.03 0.13 0.05 0.03 0.00 0.01 0.07 0.11 0.02 0.05 0.43 0.35 0.37 0.38
O2 0.05 0.01 0.19 0.20 0.04 0.07 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.22 0.03 0.08 0.28 0.26 0.30 0.30
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.06 0.08 0.08 0.07 0.08 0.03 0.07 0.15 0.00 0.05 0.07 0.05 0.12 0.21 0.25 0.18
O3' 0.02 0.11 0.03 0.01 0.10 0.03 0.18 0.06 0.17 0.06 0.11 0.22 0.05 0.00 0.08 0.02 0.25 0.31 0.36 0.23
O4 0.02 0.02 0.05 0.07 0.01 0.07 0.02 0.15 0.02 0.02 0.02 0.03 0.07 0.08 0.00 0.04 0.31 0.30 0.43 0.30
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.08 0.05 0.02 0.04 0.00 0.10 0.20 0.31 0.22
O5' 0.17 0.35 0.26 0.33 0.45 0.02 0.48 0.01 0.43 0.33 0.43 0.28 0.12 0.25 0.31 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.29 0.23 0.28 0.35 0.13 0.37 0.17 0.31 0.26 0.35 0.26 0.21 0.31 0.30 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.31 0.24 0.27 0.38 0.31 0.39 0.40 0.32 0.28 0.37 0.30 0.25 0.36 0.43 0.31 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.32 0.21 0.24 0.37 0.09 0.37 0.01 0.32 0.28 0.38 0.30 0.18 0.23 0.30 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.58 0.29 0.49 0.40 0.47 0.51 0.67 0.81 0.56 1.02 0.34 0.29 0.29 1.00 0.68 0.36 0.42 0.68 0.29 0.72 0.08 0.27 0.14
C2 0.55 0.40 0.39 0.37 0.52 0.49 0.71 0.81 0.64 0.98 0.45 0.29 0.38 1.00 0.67 0.40 0.50 0.65 0.36 0.80 0.18 0.59 0.25
C2' 0.67 0.38 0.52 0.38 0.64 0.58 0.84 0.96 0.75 1.13 0.52 0.21 0.40 1.12 0.80 0.36 0.37 0.80 0.37 0.90 0.14 0.50 0.28
C3' 0.27 0.30 0.24 0.28 0.28 0.16 0.52 0.34 0.44 0.85 0.25 0.47 0.26 0.87 0.44 0.20 0.47 0.40 0.23 0.62 0.06 0.10 0.02
C4 0.38 0.46 0.26 0.35 0.34 0.28 0.58 0.49 0.51 0.89 0.35 0.61 0.41 0.93 0.50 0.47 0.62 0.41 0.37 0.72 0.25 0.63 0.24
C4' 0.24 0.48 0.30 0.24 0.20 0.14 0.37 0.26 0.30 0.75 0.34 0.72 0.39 0.74 0.35 0.25 0.38 0.35 0.24 0.42 0.19 0.43 0.21
C5 0.35 0.54 0.25 0.35 0.28 0.28 0.52 0.41 0.42 0.89 0.33 0.81 0.47 0.93 0.45 0.39 0.59 0.38 0.36 0.64 0.32 0.53 0.25
C5' 0.35 1.02 0.39 0.50 0.54 0.51 0.39 0.41 0.51 0.49 0.83 1.35 0.91 0.51 0.32 0.39 0.63 0.44 0.58 0.43 0.34 0.95 0.49
C6 0.38 0.47 0.27 0.31 0.30 0.28 0.54 0.47 0.43 0.92 0.30 0.71 0.40 0.94 0.49 0.30 0.50 0.44 0.33 0.63 0.27 0.43 0.22
N1 0.47 0.34 0.34 0.31 0.40 0.38 0.63 0.68 0.53 0.97 0.32 0.42 0.30 0.97 0.59 0.29 0.44 0.57 0.30 0.70 0.14 0.44 0.19
N3 0.49 0.43 0.34 0.36 0.49 0.41 0.70 0.70 0.64 0.96 0.45 0.37 0.39 0.99 0.62 0.47 0.56 0.57 0.37 0.82 0.23 0.69 0.29
O2 0.67 0.49 0.51 0.48 0.64 0.67 0.79 0.98 0.73 1.00 0.57 0.28 0.50 1.01 0.76 0.47 0.55 0.80 0.41 0.86 0.24 0.58 0.27
O2' 1.02 0.67 0.91 0.80 0.92 1.01 1.05 1.35 0.96 1.32 0.78 0.51 0.71 1.28 1.08 0.75 0.68 1.14 0.71 1.08 0.18 0.47 0.37
O3' 0.33 0.22 0.31 0.25 0.37 0.16 0.62 0.32 0.55 0.91 0.32 0.29 0.20 0.94 0.52 0.28 0.41 0.46 0.03 0.72 0.02 0.02 0.01
O4 0.20 0.25 0.21 0.27 0.21 0.23 0.26 0.21 0.32 0.20 0.30 0.25 0.21 0.26 0.18 0.31 0.38 0.22 0.22 0.38 0.14 0.21 0.11
O4' 0.36 0.41 0.35 0.28 0.24 0.26 0.44 0.47 0.33 0.84 0.28 0.64 0.32 0.81 0.44 0.27 0.38 0.45 0.23 0.47 0.14 0.19 0.08
O5' 0.40 0.74 0.31 0.29 0.39 0.32 0.43 0.30 0.40 0.78 0.56 1.08 0.64 0.77 0.43 0.28 0.41 0.52 0.32 0.37 0.41 0.56 0.29
OP1 0.80 1.63 0.67 0.68 1.09 0.75 0.99 0.69 1.16 0.80 1.48 2.03 1.44 0.87 0.84 0.67 0.75 0.84 0.71 0.98 0.76 1.15 0.67
OP2 0.95 1.77 0.85 0.93 1.19 0.99 1.02 0.86 1.18 0.82 1.55 2.24 1.61 0.88 0.92 0.88 1.03 0.99 0.98 0.96 0.69 1.01 0.72
P 0.60 1.37 0.47 0.51 0.84 0.57 0.74 0.47 0.88 0.71 1.19 1.78 1.20 0.75 0.62 0.48 0.60 0.66 0.59 0.70 0.58 0.89 0.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.14 0.03 0.02 0.05 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.40 0.03 0.37 0.60 0.39
C2 0.05 0.00 0.15 0.16 0.01 0.47 0.02 0.82 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.43 0.35 0.45 0.24 0.02 0.39 0.34 0.24
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.02 0.06 0.19 0.08 0.11 0.11 0.15 0.15 0.09 0.03 0.00 0.05 0.02 0.39 0.07 0.59 0.34 0.34
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.10 0.01 0.12 0.03 0.13 0.17 0.14 0.20 0.15 0.16 0.09 0.02 0.01 0.02 0.17 0.10 0.55 0.19 0.22
C4 0.02 0.01 0.08 0.10 0.00 0.26 0.01 0.56 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.23 0.23 0.30 0.02 0.51 0.52 0.42
C4' 0.01 0.47 0.02 0.01 0.26 0.00 0.19 0.01 0.26 0.16 0.39 0.56 0.44 0.12 0.08 0.16 0.03 0.01 0.02 0.22 0.32 0.30 0.06
C5 0.02 0.02 0.06 0.12 0.01 0.19 0.00 0.49 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.16 0.10 0.47 0.01 0.74 0.68 0.63
C5' 0.14 0.82 0.19 0.03 0.56 0.01 0.49 0.00 0.61 0.25 0.76 0.92 0.74 0.32 0.30 0.10 0.16 0.02 0.01 0.57 0.33 0.19 0.02
C6 0.03 0.04 0.08 0.13 0.01 0.26 0.01 0.61 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.29 0.21 0.18 0.37 0.01 0.71 0.58 0.55
C8 0.02 0.02 0.11 0.17 0.01 0.16 0.01 0.25 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.30 0.09 0.21 0.87 0.03 0.92 0.98 0.94
N1 0.05 0.01 0.11 0.14 0.03 0.39 0.01 0.76 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.36 0.28 0.34 0.23 0.01 0.52 0.40 0.35
N2 0.06 0.00 0.15 0.20 0.01 0.56 0.01 0.92 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.50 0.41 0.52 0.37 0.03 0.32 0.31 0.24
N3 0.05 0.01 0.15 0.15 0.01 0.44 0.01 0.74 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.40 0.35 0.46 0.19 0.02 0.36 0.36 0.23
N7 0.01 0.03 0.09 0.16 0.01 0.12 0.01 0.32 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.27 0.10 0.12 0.78 0.02 1.01 0.95 0.94
N9 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.08 0.01 0.30 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.14 0.15 0.01 0.51 0.02 0.56 0.69 0.57
O2' 0.02 0.43 0.00 0.02 0.25 0.16 0.24 0.10 0.29 0.30 0.36 0.50 0.40 0.27 0.14 0.00 0.08 0.11 0.35 0.27 0.68 0.31 0.32
O3' 0.23 0.35 0.05 0.01 0.23 0.03 0.16 0.16 0.21 0.09 0.28 0.41 0.35 0.10 0.15 0.08 0.00 0.20 0.21 0.17 0.55 0.20 0.27
O4' 0.01 0.45 0.02 0.02 0.23 0.01 0.10 0.02 0.18 0.21 0.34 0.52 0.46 0.12 0.01 0.11 0.20 0.00 0.39 0.12 0.34 0.76 0.49
O5' 0.40 0.24 0.39 0.17 0.30 0.02 0.47 0.01 0.37 0.87 0.23 0.37 0.19 0.78 0.51 0.35 0.21 0.39 0.00 0.47 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.07 0.10 0.02 0.22 0.01 0.57 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.27 0.17 0.12 0.47 0.00 0.88 0.69 0.69
OP1 0.37 0.39 0.59 0.55 0.51 0.32 0.74 0.33 0.71 0.92 0.52 0.32 0.36 1.01 0.56 0.68 0.55 0.34 0.02 0.88 0.00 0.01 0.01
OP2 0.60 0.34 0.34 0.19 0.52 0.30 0.68 0.19 0.58 0.98 0.40 0.31 0.36 0.95 0.69 0.31 0.20 0.76 0.02 0.69 0.01 0.00 0.01
P 0.39 0.24 0.34 0.22 0.42 0.06 0.63 0.02 0.55 0.94 0.35 0.24 0.23 0.94 0.57 0.32 0.27 0.49 0.01 0.69 0.01 0.01 0.00