ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44114

back

Distances from reference structure (by RMSD)

41, 22, 14, 6, 7, 2, 13, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.010, 0.149, 0.287, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.149 std_dev=0.138
N9 A 0, 0.032, 0.177, 0.322, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.177 std_dev=0.145
C1' B 0, 0.026, 0.175, 0.324, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.175 std_dev=0.149
C5 A 0, 0.028, 0.179, 0.331, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.179 std_dev=0.151
N1 B 0, 0.002, 0.163, 0.325, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.163 std_dev=0.162
C2 B 0, 0.014, 0.178, 0.341, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.178 std_dev=0.164
N3 B 0, 0.018, 0.202, 0.386, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.202 std_dev=0.184
C8 A 0, 0.033, 0.229, 0.425, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.229 std_dev=0.196
N7 A 0, 0.041, 0.247, 0.452, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.247 std_dev=0.205
C4 B 0, 0.011, 0.232, 0.454, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.232 std_dev=0.222
O4 B 0, 0.022, 0.267, 0.511, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.267 std_dev=0.245
N3 A 0, 0.005, 0.255, 0.505, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.255 std_dev=0.250
C6 A 0, -0.010, 0.250, 0.510, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.250 std_dev=0.260
C1' A 0, -0.010, 0.263, 0.536, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.263 std_dev=0.273
O2 B 0, 0.018, 0.326, 0.634, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.326 std_dev=0.308
C2 A 0, 0.002, 0.316, 0.630, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.316 std_dev=0.314
N1 A 0, -0.016, 0.306, 0.628, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.306 std_dev=0.322
C6 B 0, -0.038, 0.322, 0.682, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.322 std_dev=0.360
N6 A 0, -0.016, 0.345, 0.706, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.345 std_dev=0.361
O4' A 0, -0.033, 0.342, 0.717, 2.716 max_d=2.716 avg_d=0.342 std_dev=0.375
C5 B 0, -0.031, 0.351, 0.734, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.351 std_dev=0.382
O4' B 0, -0.049, 0.389, 0.826, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.389 std_dev=0.437
C2' B 0, -0.096, 0.372, 0.840, 1.914 max_d=1.914 avg_d=0.372 std_dev=0.468
C3' B 0, -0.058, 0.425, 0.908, 1.747 max_d=1.747 avg_d=0.425 std_dev=0.483
C4' B 0, -0.062, 0.425, 0.912, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.425 std_dev=0.487
P B 0, -0.009, 0.479, 0.968, 2.356 max_d=2.356 avg_d=0.479 std_dev=0.488
C2' A 0, -0.055, 0.445, 0.945, 2.091 max_d=2.091 avg_d=0.445 std_dev=0.500
C3' A 0, 0.002, 0.542, 1.083, 3.470 max_d=3.470 avg_d=0.542 std_dev=0.541
O3' B 0, -0.033, 0.513, 1.058, 2.138 max_d=2.138 avg_d=0.513 std_dev=0.545
OP2 B 0, 0.042, 0.638, 1.234, 3.130 max_d=3.130 avg_d=0.638 std_dev=0.596
O5' B 0, 0.071, 0.670, 1.268, 2.437 max_d=2.437 avg_d=0.670 std_dev=0.598
O3' A 0, -0.072, 0.580, 1.232, 4.203 max_d=4.203 avg_d=0.580 std_dev=0.652
C4' A 0, -0.041, 0.645, 1.332, 3.503 max_d=3.503 avg_d=0.645 std_dev=0.687
OP1 B 0, 0.002, 0.719, 1.435, 4.520 max_d=4.520 avg_d=0.719 std_dev=0.716
O2' B 0, -0.181, 0.565, 1.311, 3.211 max_d=3.211 avg_d=0.565 std_dev=0.746
C5' B 0, -0.079, 0.715, 1.509, 2.955 max_d=2.955 avg_d=0.715 std_dev=0.794
O2' A 0, -0.135, 0.692, 1.519, 3.044 max_d=3.044 avg_d=0.692 std_dev=0.827
C5' A 0, 0.002, 1.203, 2.404, 5.986 max_d=5.986 avg_d=1.203 std_dev=1.201
O5' A 0, -0.142, 1.218, 2.578, 6.319 max_d=6.319 avg_d=1.218 std_dev=1.360
P A 0, -0.429, 1.768, 3.965, 9.046 max_d=9.046 avg_d=1.768 std_dev=2.197
OP2 A 0, -0.363, 1.993, 4.349, 9.400 max_d=9.400 avg_d=1.993 std_dev=2.356
OP1 A 0, -0.550, 2.276, 5.102, 10.909 max_d=10.909 avg_d=2.276 std_dev=2.826

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.09 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.20 0.01 0.31 0.53 0.53 0.33
C2 0.05 0.00 0.16 0.12 0.01 0.18 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.30 0.18 0.34 0.31 0.53 0.28
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.09 0.02 0.07 0.19 0.09 0.12 0.13 0.16 0.08 0.09 0.05 0.01 0.03 0.02 0.53 0.97 0.76 0.69
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.11 0.01 0.15 0.04 0.15 0.19 0.13 0.11 0.17 0.19 0.11 0.03 0.01 0.05 0.29 0.75 0.32 0.40
C4 0.02 0.01 0.09 0.11 0.00 0.07 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.21 0.09 0.46 0.54 0.72 0.42
C4' 0.04 0.18 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.07 0.19 0.12 0.18 0.08 0.17 0.06 0.21 0.04 0.01 0.02 0.28 0.33 0.08
C5 0.01 0.01 0.07 0.15 0.00 0.07 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.19 0.05 0.63 0.79 0.99 0.66
C5' 0.09 0.24 0.19 0.04 0.19 0.01 0.31 0.00 0.27 0.48 0.21 0.22 0.34 0.47 0.25 0.11 0.20 0.03 0.01 0.26 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.15 0.01 0.07 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.22 0.08 0.58 0.67 0.93 0.57
C8 0.02 0.01 0.12 0.19 0.01 0.19 0.01 0.48 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.29 0.16 0.11 0.83 1.16 1.22 0.98
N1 0.04 0.01 0.13 0.13 0.01 0.12 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.27 0.14 0.44 0.42 0.70 0.36
N3 0.05 0.00 0.16 0.11 0.00 0.18 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.30 0.19 0.31 0.30 0.50 0.25
N6 0.02 0.01 0.08 0.17 0.01 0.08 0.01 0.34 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.17 0.21 0.06 0.68 0.83 1.10 0.72
N7 0.01 0.01 0.09 0.19 0.01 0.17 0.00 0.47 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.27 0.18 0.08 0.84 1.16 1.30 0.99
N9 0.01 0.02 0.05 0.11 0.01 0.06 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.16 0.02 0.54 0.74 0.81 0.57
O2' 0.04 0.21 0.01 0.03 0.10 0.21 0.15 0.11 0.13 0.29 0.15 0.21 0.17 0.27 0.12 0.00 0.09 0.11 0.39 0.91 0.81 0.62
O3' 0.20 0.30 0.03 0.01 0.21 0.04 0.19 0.20 0.22 0.16 0.27 0.30 0.21 0.18 0.16 0.09 0.00 0.14 0.20 0.59 0.32 0.26
O4' 0.01 0.18 0.02 0.05 0.09 0.01 0.05 0.03 0.08 0.11 0.14 0.19 0.06 0.08 0.02 0.11 0.14 0.00 0.13 0.20 0.38 0.15
O5' 0.31 0.34 0.53 0.29 0.46 0.02 0.63 0.01 0.58 0.83 0.44 0.31 0.68 0.84 0.54 0.39 0.20 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.53 0.31 0.97 0.75 0.54 0.28 0.79 0.26 0.67 1.16 0.42 0.30 0.83 1.16 0.74 0.91 0.59 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.53 0.53 0.76 0.32 0.72 0.33 0.99 0.34 0.93 1.22 0.70 0.50 1.10 1.30 0.81 0.81 0.32 0.38 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.33 0.28 0.69 0.40 0.42 0.08 0.66 0.02 0.57 0.98 0.36 0.25 0.72 0.99 0.57 0.62 0.26 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.36 0.47 0.34 0.32 0.27 0.39 0.29 0.33 0.26 0.37 0.46 0.81 0.41 0.35 0.38 0.56 0.53 0.56 0.42
C2 0.53 0.47 0.51 0.64 0.60 0.72 0.77 0.83 0.78 0.59 0.49 0.45 0.68 0.56 0.53 0.72 0.81 0.61 0.73 0.66
C2' 0.54 0.54 0.71 0.65 0.43 0.54 0.40 0.49 0.43 0.50 0.51 0.60 0.90 0.71 0.42 0.56 0.61 0.46 0.40 0.31
C3' 0.44 0.49 0.66 0.58 0.47 0.48 0.35 0.53 0.34 0.42 0.52 0.54 0.86 0.64 0.53 0.41 0.71 0.64 0.43 0.51
C4 0.27 0.29 0.29 0.35 0.41 0.46 0.59 0.57 0.56 0.34 0.33 0.35 0.70 0.39 0.39 0.54 0.67 0.55 0.65 0.53
C4' 0.55 0.71 0.73 0.56 0.62 0.49 0.41 0.59 0.42 0.56 0.74 0.78 0.98 0.63 0.65 0.40 0.57 0.65 0.48 0.48
C5 0.31 0.31 0.32 0.41 0.42 0.52 0.57 0.65 0.56 0.36 0.35 0.36 0.69 0.47 0.40 0.57 0.65 0.54 0.61 0.50
C5' 0.74 1.05 0.79 0.62 1.05 0.61 0.71 0.71 0.64 0.81 1.16 1.13 1.04 0.72 1.16 0.57 0.60 0.74 0.55 0.56
C6 0.44 0.39 0.43 0.56 0.50 0.66 0.66 0.80 0.66 0.48 0.42 0.41 0.69 0.58 0.46 0.67 0.71 0.57 0.64 0.56
C8 0.19 0.27 0.35 0.30 0.32 0.34 0.41 0.41 0.37 0.21 0.31 0.36 0.74 0.42 0.35 0.45 0.55 0.50 0.52 0.39
N1 0.55 0.48 0.54 0.68 0.58 0.76 0.75 0.89 0.76 0.58 0.49 0.46 0.70 0.64 0.52 0.74 0.79 0.61 0.69 0.63
N3 0.38 0.36 0.34 0.45 0.51 0.56 0.71 0.66 0.70 0.46 0.39 0.38 0.67 0.40 0.46 0.61 0.75 0.59 0.73 0.62
N6 0.47 0.41 0.47 0.60 0.50 0.70 0.65 0.85 0.65 0.49 0.43 0.43 0.71 0.65 0.47 0.69 0.69 0.57 0.61 0.54
N7 0.23 0.26 0.31 0.34 0.35 0.43 0.47 0.54 0.45 0.26 0.31 0.34 0.71 0.46 0.37 0.51 0.57 0.52 0.54 0.43
N9 0.20 0.28 0.34 0.28 0.33 0.32 0.46 0.39 0.41 0.23 0.31 0.37 0.74 0.37 0.35 0.45 0.59 0.52 0.57 0.44
O2' 0.90 0.91 1.05 0.92 0.78 0.79 0.74 0.71 0.80 0.88 0.87 0.96 1.16 0.94 0.72 0.80 0.65 0.47 0.51 0.26
O3' 0.50 0.53 0.73 0.62 0.59 0.55 0.53 0.67 0.49 0.50 0.57 0.53 0.85 0.65 0.64 0.46 0.79 0.77 0.58 0.67
O4' 0.28 0.42 0.44 0.31 0.40 0.28 0.41 0.35 0.33 0.29 0.46 0.52 0.77 0.37 0.45 0.34 0.63 0.62 0.53 0.49
O5' 0.51 0.93 0.56 0.37 0.96 0.34 0.56 0.40 0.44 0.62 1.09 1.03 0.87 0.46 1.16 0.38 0.70 0.93 0.67 0.68
OP1 0.71 1.34 0.68 0.44 1.41 0.43 0.84 0.52 0.65 0.89 1.59 1.49 1.00 0.55 1.75 0.49 0.84 1.37 1.06 1.05
OP2 0.58 1.01 0.55 0.62 1.08 0.61 0.69 0.64 0.58 0.69 1.21 1.13 0.79 0.68 1.23 0.61 1.11 1.35 1.02 1.10
P 0.62 1.16 0.61 0.40 1.17 0.37 0.67 0.42 0.53 0.76 1.36 1.31 0.96 0.52 1.42 0.41 0.79 1.13 0.82 0.85

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.14 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.22 0.03 0.01 0.33 0.37 0.40 0.20
C2 0.03 0.00 0.12 0.10 0.03 0.05 0.02 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.20 0.02 0.09 0.42 0.44 0.51 0.29
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.02 0.14 0.20 0.16 0.04 0.08 0.23 0.01 0.06 0.08 0.02 0.40 0.44 0.52 0.34
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.11 0.01 0.13 0.03 0.12 0.07 0.11 0.14 0.03 0.01 0.12 0.02 0.26 0.41 0.40 0.26
C4 0.03 0.03 0.07 0.11 0.00 0.12 0.01 0.44 0.01 0.02 0.01 0.02 0.20 0.15 0.01 0.04 0.49 0.56 0.63 0.40
C4' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.12 0.00 0.18 0.01 0.17 0.08 0.08 0.10 0.12 0.04 0.13 0.01 0.02 0.29 0.36 0.07
C5 0.02 0.02 0.14 0.13 0.01 0.18 0.00 0.50 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.15 0.01 0.08 0.49 0.57 0.65 0.42
C5' 0.14 0.27 0.20 0.03 0.44 0.01 0.50 0.00 0.46 0.30 0.35 0.19 0.11 0.14 0.46 0.03 0.01 0.38 0.37 0.02
C6 0.01 0.01 0.16 0.12 0.01 0.17 0.00 0.46 0.00 0.01 0.02 0.01 0.23 0.15 0.02 0.11 0.47 0.51 0.58 0.35
N1 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.08 0.01 0.30 0.01 0.00 0.02 0.02 0.11 0.17 0.02 0.02 0.42 0.43 0.50 0.28
N3 0.03 0.01 0.08 0.11 0.01 0.08 0.01 0.35 0.02 0.02 0.00 0.02 0.16 0.18 0.01 0.07 0.46 0.49 0.57 0.34
O2 0.05 0.01 0.23 0.14 0.02 0.10 0.02 0.19 0.01 0.02 0.02 0.00 0.28 0.27 0.03 0.16 0.39 0.41 0.46 0.25
O2' 0.02 0.16 0.01 0.03 0.20 0.12 0.25 0.11 0.23 0.11 0.16 0.28 0.00 0.10 0.22 0.07 0.34 0.48 0.58 0.36
O3' 0.22 0.20 0.06 0.01 0.15 0.04 0.15 0.14 0.15 0.17 0.18 0.27 0.10 0.00 0.16 0.22 0.22 0.51 0.41 0.30
O4 0.03 0.02 0.08 0.12 0.01 0.13 0.01 0.46 0.02 0.02 0.01 0.03 0.22 0.16 0.00 0.04 0.49 0.59 0.66 0.43
O4' 0.01 0.09 0.02 0.02 0.04 0.01 0.08 0.03 0.11 0.02 0.07 0.16 0.07 0.22 0.04 0.00 0.40 0.52 0.47 0.39
O5' 0.33 0.42 0.40 0.26 0.49 0.02 0.49 0.01 0.47 0.42 0.46 0.39 0.34 0.22 0.49 0.40 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.37 0.44 0.44 0.41 0.56 0.29 0.57 0.38 0.51 0.43 0.49 0.41 0.48 0.51 0.59 0.52 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.40 0.51 0.52 0.40 0.63 0.36 0.65 0.37 0.58 0.50 0.57 0.46 0.58 0.41 0.66 0.47 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.29 0.34 0.26 0.40 0.07 0.42 0.02 0.35 0.28 0.34 0.25 0.36 0.30 0.43 0.39 0.01 0.01 0.01 0.00