ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44118

back

Distances from reference structure (by RMSD)

27, 30, 9, 51, 24, 13, 29, 17, 8, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.077, 0.241, 0.405, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.241 std_dev=0.164
N1 B 0, 0.041, 0.207, 0.372, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.207 std_dev=0.165
N1 A 0, 0.069, 0.276, 0.483, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.276 std_dev=0.207
N3 A 0, 0.110, 0.329, 0.548, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.329 std_dev=0.219
O4 B 0, -0.023, 0.222, 0.467, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.222 std_dev=0.245
C4 B 0, 0.136, 0.403, 0.670, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.403 std_dev=0.267
C1' A 0, 0.074, 0.343, 0.613, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.343 std_dev=0.269
C1' B 0, 0.082, 0.374, 0.665, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.374 std_dev=0.292
C2 A 0, 0.123, 0.417, 0.711, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.417 std_dev=0.294
N9 A 0, 0.114, 0.420, 0.726, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.420 std_dev=0.306
C2 B 0, 0.045, 0.352, 0.659, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.352 std_dev=0.307
C6 A 0, 0.143, 0.452, 0.760, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.452 std_dev=0.309
C6 B 0, 0.039, 0.358, 0.678, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.358 std_dev=0.319
N3 B 0, 0.105, 0.431, 0.756, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.431 std_dev=0.326
O4' B 0, 0.240, 0.571, 0.902, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.571 std_dev=0.331
C5 B 0, 0.115, 0.454, 0.793, 1.973 max_d=1.973 avg_d=0.454 std_dev=0.339
C5 A 0, 0.155, 0.521, 0.887, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.521 std_dev=0.366
C4' B 0, 0.318, 0.720, 1.122, 2.186 max_d=2.186 avg_d=0.720 std_dev=0.402
P B 0, 0.218, 0.645, 1.073, 1.855 max_d=1.855 avg_d=0.645 std_dev=0.427
O3' A 0, 0.236, 0.669, 1.101, 2.170 max_d=2.170 avg_d=0.669 std_dev=0.432
C2' B 0, 0.126, 0.567, 1.008, 2.304 max_d=2.304 avg_d=0.567 std_dev=0.441
C2' A 0, 0.282, 0.727, 1.171, 1.764 max_d=1.764 avg_d=0.727 std_dev=0.444
C3' A 0, 0.358, 0.830, 1.301, 1.868 max_d=1.868 avg_d=0.830 std_dev=0.471
O4' A 0, 0.341, 0.826, 1.312, 1.940 max_d=1.940 avg_d=0.826 std_dev=0.486
C5' B 0, 0.366, 0.854, 1.341, 2.555 max_d=2.555 avg_d=0.854 std_dev=0.487
O5' B 0, 0.180, 0.674, 1.169, 2.423 max_d=2.423 avg_d=0.674 std_dev=0.495
O2 B 0, 0.033, 0.587, 1.141, 2.916 max_d=2.916 avg_d=0.587 std_dev=0.554
N6 A 0, 0.093, 0.676, 1.259, 2.031 max_d=2.031 avg_d=0.676 std_dev=0.583
O2' B 0, 0.222, 0.809, 1.396, 3.500 max_d=3.500 avg_d=0.809 std_dev=0.587
C8 A 0, 0.209, 0.805, 1.401, 2.357 max_d=2.357 avg_d=0.805 std_dev=0.596
OP1 B 0, 0.205, 0.808, 1.410, 2.911 max_d=2.911 avg_d=0.808 std_dev=0.602
OP2 B 0, 0.157, 0.783, 1.409, 4.142 max_d=4.142 avg_d=0.783 std_dev=0.626
C3' B 0, 0.138, 0.764, 1.391, 2.989 max_d=2.989 avg_d=0.764 std_dev=0.626
N7 A 0, 0.241, 0.891, 1.541, 2.523 max_d=2.523 avg_d=0.891 std_dev=0.650
O2' A 0, 0.380, 1.119, 1.858, 3.511 max_d=3.511 avg_d=1.119 std_dev=0.739
C4' A 0, 0.464, 1.279, 2.095, 2.691 max_d=2.691 avg_d=1.279 std_dev=0.815
O3' B 0, 0.114, 1.247, 2.380, 5.275 max_d=5.275 avg_d=1.247 std_dev=1.133
C5' A 0, 0.768, 2.220, 3.672, 4.571 max_d=4.571 avg_d=2.220 std_dev=1.452
O5' A 0, 0.700, 2.223, 3.746, 4.241 max_d=4.241 avg_d=2.223 std_dev=1.523
P A 0, 0.941, 3.275, 5.609, 6.277 max_d=6.277 avg_d=3.275 std_dev=2.334
OP2 A 0, 0.819, 3.268, 5.717, 6.729 max_d=6.729 avg_d=3.268 std_dev=2.449
OP1 A 0, 1.293, 4.507, 7.720, 8.987 max_d=8.987 avg_d=4.507 std_dev=3.213

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.11 0.03 0.02 0.05 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.16 0.01 0.31 0.81 0.51 0.43
C2 0.05 0.00 0.25 0.11 0.02 0.30 0.03 0.45 0.07 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.50 0.26 0.37 0.43 0.93 1.06 0.60
C2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.13 0.02 0.08 0.16 0.12 0.16 0.20 0.24 0.10 0.10 0.03 0.00 0.03 0.03 0.34 0.93 0.42 0.41
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.07 0.01 0.09 0.03 0.09 0.15 0.09 0.11 0.12 0.14 0.07 0.02 0.01 0.02 0.29 0.59 0.44 0.24
C4 0.02 0.02 0.13 0.07 0.00 0.14 0.00 0.29 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.24 0.16 0.19 0.49 1.14 1.04 0.71
C4' 0.02 0.30 0.02 0.01 0.14 0.00 0.10 0.01 0.14 0.23 0.23 0.29 0.13 0.18 0.07 0.10 0.03 0.01 0.02 0.37 0.30 0.11
C5 0.02 0.03 0.08 0.09 0.00 0.10 0.00 0.34 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.16 0.11 0.09 0.64 1.50 1.32 0.96
C5' 0.11 0.45 0.16 0.03 0.29 0.01 0.34 0.00 0.35 0.51 0.40 0.41 0.36 0.48 0.27 0.12 0.11 0.03 0.01 0.34 0.34 0.02
C6 0.03 0.07 0.12 0.09 0.02 0.14 0.01 0.35 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.23 0.14 0.17 0.61 1.45 1.41 0.94
C8 0.02 0.03 0.16 0.15 0.01 0.23 0.01 0.51 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.33 0.09 0.19 0.80 1.77 1.19 1.12
N1 0.05 0.02 0.20 0.09 0.04 0.23 0.02 0.40 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.40 0.21 0.28 0.53 1.19 1.29 0.79
N3 0.05 0.01 0.24 0.11 0.01 0.29 0.02 0.41 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.48 0.26 0.37 0.39 0.85 0.92 0.53
N6 0.04 0.02 0.10 0.12 0.02 0.13 0.02 0.36 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.22 0.13 0.13 0.41 0.85 0.70 0.48
N7 0.01 0.03 0.10 0.14 0.01 0.18 0.00 0.48 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.25 0.08 0.11 0.81 1.88 1.43 1.20
N9 0.00 0.02 0.03 0.07 0.01 0.07 0.01 0.27 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.10 0.11 0.02 0.53 1.21 0.90 0.73
O2' 0.02 0.50 0.00 0.02 0.24 0.10 0.16 0.12 0.23 0.33 0.40 0.48 0.22 0.25 0.10 0.00 0.07 0.06 0.34 1.04 0.49 0.44
O3' 0.16 0.26 0.03 0.01 0.16 0.03 0.11 0.11 0.14 0.09 0.21 0.26 0.13 0.08 0.11 0.07 0.00 0.15 0.29 0.57 0.56 0.29
O4' 0.01 0.37 0.03 0.02 0.19 0.01 0.09 0.03 0.17 0.19 0.28 0.37 0.13 0.11 0.02 0.06 0.15 0.00 0.29 0.52 0.48 0.31
O5' 0.31 0.43 0.34 0.29 0.49 0.02 0.64 0.01 0.61 0.80 0.53 0.39 0.41 0.81 0.53 0.34 0.29 0.29 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.81 0.93 0.93 0.59 1.14 0.37 1.50 0.34 1.45 1.77 1.19 0.85 0.85 1.88 1.21 1.04 0.57 0.52 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.51 1.06 0.42 0.44 1.04 0.30 1.32 0.34 1.41 1.19 1.29 0.92 0.70 1.43 0.90 0.49 0.56 0.48 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.43 0.60 0.41 0.24 0.71 0.11 0.96 0.02 0.94 1.12 0.79 0.53 0.48 1.20 0.73 0.44 0.29 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.56 0.40 0.49 0.41 0.34 0.49 0.34 0.30 0.30 0.40 0.35 0.49 0.57 0.65 0.30 0.54 0.21 0.37 0.15 0.10
C2 0.50 0.38 0.53 0.52 0.34 0.45 0.32 0.44 0.32 0.36 0.38 0.46 0.65 0.89 0.25 0.39 0.31 0.54 0.25 0.28
C2' 0.56 0.38 0.50 0.43 0.39 0.56 0.41 0.45 0.31 0.38 0.35 0.47 0.57 0.60 0.42 0.60 0.33 0.40 0.20 0.13
C3' 0.47 0.39 0.43 0.35 0.49 0.50 0.58 0.38 0.45 0.38 0.38 0.45 0.45 0.46 0.35 0.52 0.29 0.20 0.21 0.03
C4 0.58 0.47 0.54 0.46 0.38 0.45 0.33 0.32 0.34 0.44 0.44 0.56 0.67 0.78 0.34 0.49 0.23 0.44 0.16 0.16
C4' 0.51 0.60 0.47 0.36 0.82 0.45 0.83 0.28 0.64 0.54 0.69 0.60 0.46 0.46 0.62 0.51 0.23 0.42 0.32 0.18
C5 0.73 0.65 0.67 0.54 0.51 0.54 0.44 0.38 0.49 0.60 0.61 0.77 0.83 0.83 0.47 0.62 0.29 0.41 0.14 0.12
C5' 0.87 1.13 0.78 0.59 1.35 0.61 1.30 0.43 1.07 1.01 1.25 1.11 0.77 0.55 1.06 0.77 0.37 0.51 0.43 0.24
C6 0.67 0.61 0.63 0.52 0.50 0.48 0.43 0.37 0.47 0.55 0.59 0.73 0.81 0.86 0.44 0.54 0.27 0.46 0.16 0.16
C8 0.95 0.84 0.84 0.69 0.64 0.75 0.57 0.53 0.66 0.81 0.76 0.96 1.00 0.85 0.59 0.89 0.42 0.36 0.18 0.13
N1 0.54 0.46 0.54 0.50 0.39 0.43 0.34 0.40 0.36 0.42 0.46 0.56 0.70 0.88 0.32 0.42 0.29 0.50 0.20 0.22
N3 0.48 0.34 0.49 0.48 0.32 0.43 0.31 0.39 0.28 0.33 0.34 0.43 0.60 0.83 0.24 0.38 0.28 0.51 0.24 0.26
N6 0.83 0.83 0.80 0.64 0.71 0.56 0.60 0.36 0.66 0.75 0.84 0.96 0.99 1.04 0.52 0.64 0.29 0.50 0.14 0.16
N7 0.95 0.88 0.86 0.69 0.68 0.73 0.60 0.51 0.68 0.83 0.82 1.01 1.04 0.89 0.63 0.86 0.40 0.37 0.17 0.12
N9 0.68 0.55 0.60 0.49 0.42 0.54 0.37 0.36 0.41 0.53 0.50 0.64 0.72 0.74 0.39 0.62 0.27 0.38 0.14 0.10
O2' 0.76 0.81 0.69 0.57 0.87 0.59 0.88 0.51 0.79 0.77 0.86 0.81 0.73 0.74 0.89 0.66 0.38 0.60 0.29 0.26
O3' 0.43 0.37 0.41 0.32 0.49 0.43 0.60 0.18 0.48 0.35 0.38 0.46 0.37 0.45 0.44 0.45 0.03 0.03 0.03 0.01
O4' 0.46 0.39 0.40 0.32 0.53 0.43 0.52 0.26 0.36 0.36 0.43 0.43 0.45 0.54 0.43 0.48 0.20 0.40 0.26 0.16
O5' 0.90 1.08 0.76 0.52 1.15 0.64 1.06 0.47 0.91 0.96 1.13 1.11 0.81 0.49 1.05 0.84 0.37 0.63 0.66 0.42
OP1 1.96 2.27 1.69 1.28 2.15 1.40 1.91 1.10 1.82 2.04 2.28 2.37 1.81 1.11 1.91 1.77 0.88 0.82 1.01 0.70
OP2 0.87 1.16 0.77 0.65 1.28 0.61 1.09 0.58 0.89 0.96 1.27 1.19 0.81 0.68 1.34 0.76 0.62 0.93 1.14 0.79
P 1.16 1.47 0.95 0.62 1.51 0.74 1.31 0.54 1.14 1.26 1.55 1.53 1.04 0.50 1.43 1.03 0.36 0.63 0.73 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.18 0.02 0.01 0.23 0.23 0.28 0.16
C2 0.03 0.00 0.13 0.14 0.06 0.11 0.02 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.11 0.01 0.12 0.29 0.27 0.43 0.23
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.06 0.02 0.11 0.13 0.13 0.04 0.11 0.25 0.01 0.05 0.08 0.02 0.23 0.31 0.32 0.22
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.29 0.01 0.38 0.02 0.36 0.18 0.19 0.24 0.03 0.01 0.31 0.02 0.19 0.29 0.25 0.16
C4 0.04 0.06 0.06 0.29 0.00 0.15 0.01 0.31 0.02 0.04 0.02 0.04 0.22 0.21 0.01 0.07 0.65 0.55 0.77 0.57
C4' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.15 0.00 0.24 0.01 0.25 0.08 0.10 0.25 0.21 0.03 0.15 0.01 0.02 0.21 0.26 0.19
C5 0.02 0.02 0.11 0.38 0.01 0.24 0.00 0.43 0.00 0.01 0.02 0.02 0.22 0.29 0.01 0.10 0.85 0.71 0.92 0.74
C5' 0.08 0.28 0.13 0.02 0.31 0.01 0.43 0.00 0.42 0.19 0.28 0.47 0.11 0.13 0.27 0.02 0.01 0.25 0.23 0.03
C6 0.02 0.01 0.13 0.36 0.02 0.25 0.00 0.42 0.00 0.01 0.04 0.02 0.19 0.25 0.02 0.13 0.80 0.60 0.72 0.61
N1 0.01 0.01 0.04 0.18 0.04 0.08 0.01 0.19 0.01 0.00 0.03 0.02 0.13 0.11 0.01 0.02 0.44 0.32 0.42 0.28
N3 0.03 0.01 0.11 0.19 0.02 0.10 0.02 0.28 0.04 0.03 0.00 0.01 0.22 0.14 0.01 0.10 0.41 0.35 0.55 0.33
O2 0.05 0.01 0.25 0.24 0.04 0.25 0.02 0.47 0.02 0.02 0.01 0.00 0.25 0.24 0.02 0.20 0.23 0.32 0.45 0.29
O2' 0.02 0.20 0.01 0.03 0.22 0.21 0.22 0.11 0.19 0.13 0.22 0.25 0.00 0.09 0.22 0.15 0.22 0.30 0.33 0.18
O3' 0.18 0.11 0.05 0.01 0.21 0.03 0.29 0.13 0.25 0.11 0.14 0.24 0.09 0.00 0.21 0.12 0.22 0.43 0.32 0.26
O4 0.02 0.01 0.08 0.31 0.01 0.15 0.01 0.27 0.02 0.01 0.01 0.02 0.22 0.21 0.00 0.04 0.26 0.29 0.56 0.29
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.07 0.01 0.10 0.02 0.13 0.02 0.10 0.20 0.15 0.12 0.04 0.00 0.19 0.25 0.32 0.20
O5' 0.23 0.29 0.23 0.19 0.65 0.02 0.85 0.01 0.80 0.44 0.41 0.23 0.22 0.22 0.26 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.27 0.31 0.29 0.55 0.21 0.71 0.25 0.60 0.32 0.35 0.32 0.30 0.43 0.29 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 0.43 0.32 0.25 0.77 0.26 0.92 0.23 0.72 0.42 0.55 0.45 0.33 0.32 0.56 0.32 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.23 0.22 0.16 0.57 0.19 0.74 0.03 0.61 0.28 0.33 0.29 0.18 0.26 0.29 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00