ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44119

back

Distances from reference structure (by RMSD)

17, 17, 1, 16, 38, 11, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N2 B 0, 0.047, 0.094, 0.140, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.094 std_dev=0.047
O6 B 0, 0.051, 0.117, 0.184, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.117 std_dev=0.066
N4 A 0, 0.112, 0.202, 0.291, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.202 std_dev=0.090
O2 A 0, 0.223, 0.489, 0.755, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.489 std_dev=0.266
N9 B 0, 0.137, 0.445, 0.752, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.445 std_dev=0.308
N7 B 0, 0.176, 0.563, 0.950, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.563 std_dev=0.387
C8 B 0, 0.185, 0.612, 1.039, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.612 std_dev=0.427
C4 B 0, -0.957, 1.219, 3.394, 6.103 max_d=6.103 avg_d=1.219 std_dev=2.175
C4 A 0, -1.044, 1.152, 3.349, 6.047 max_d=6.047 avg_d=1.152 std_dev=2.197
C5 A 0, -0.986, 1.292, 3.571, 6.411 max_d=6.411 avg_d=1.292 std_dev=2.279
C5 B 0, -0.908, 1.382, 3.673, 6.634 max_d=6.634 avg_d=1.382 std_dev=2.290
N3 A 0, -1.210, 1.464, 4.137, 7.400 max_d=7.400 avg_d=1.464 std_dev=2.674
N3 B 0, -1.302, 1.428, 4.159, 7.739 max_d=7.739 avg_d=1.428 std_dev=2.731
C6 B 0, -1.162, 1.702, 4.567, 8.068 max_d=8.068 avg_d=1.702 std_dev=2.864
C6 A 0, -1.375, 1.521, 4.417, 8.272 max_d=8.272 avg_d=1.521 std_dev=2.896
O5' B 0, -0.711, 2.204, 5.118, 9.513 max_d=9.513 avg_d=2.204 std_dev=2.914
O5' A 0, 0.576, 3.497, 6.419, 10.155 max_d=10.155 avg_d=3.497 std_dev=2.921
OP2 B 0, -0.812, 2.143, 5.098, 9.681 max_d=9.681 avg_d=2.143 std_dev=2.955
P B 0, -1.004, 2.001, 5.007, 9.904 max_d=9.904 avg_d=2.001 std_dev=3.005
C5' A 0, 0.704, 3.728, 6.752, 9.929 max_d=9.929 avg_d=3.728 std_dev=3.024
OP1 B 0, -0.933, 2.093, 5.118, 10.138 max_d=10.138 avg_d=2.093 std_dev=3.026
C2 A 0, -1.374, 1.740, 4.854, 8.499 max_d=8.499 avg_d=1.740 std_dev=3.114
P A 0, 1.035, 4.183, 7.330, 11.270 max_d=11.270 avg_d=4.183 std_dev=3.148
O4' B 0, -0.887, 2.266, 5.419, 9.224 max_d=9.224 avg_d=2.266 std_dev=3.153
C3' A 0, -0.464, 2.725, 5.914, 10.409 max_d=10.409 avg_d=2.725 std_dev=3.189
C2 B 0, -1.483, 1.729, 4.941, 9.060 max_d=9.060 avg_d=1.729 std_dev=3.212
OP2 A 0, 1.420, 4.671, 7.922, 10.211 max_d=10.211 avg_d=4.671 std_dev=3.251
N1 B 0, -1.401, 1.868, 5.138, 9.011 max_d=9.011 avg_d=1.868 std_dev=3.270
C1' B 0, -1.189, 2.107, 5.402, 9.294 max_d=9.294 avg_d=2.107 std_dev=3.295
N1 A 0, -1.601, 1.694, 4.989, 9.178 max_d=9.178 avg_d=1.694 std_dev=3.295
C4' A 0, -0.363, 3.002, 6.368, 10.392 max_d=10.392 avg_d=3.002 std_dev=3.366
C5' B 0, -0.963, 2.416, 5.795, 10.649 max_d=10.649 avg_d=2.416 std_dev=3.379
C2' A 0, -0.637, 2.753, 6.144, 10.755 max_d=10.755 avg_d=2.753 std_dev=3.391
O4' A 0, -0.787, 2.618, 6.023, 10.099 max_d=10.099 avg_d=2.618 std_dev=3.405
OP1 A 0, 1.231, 4.708, 8.185, 13.127 max_d=13.127 avg_d=4.708 std_dev=3.477
C1' A 0, -1.640, 1.857, 5.355, 9.841 max_d=9.841 avg_d=1.857 std_dev=3.497
C4' B 0, -1.218, 2.389, 5.996, 10.599 max_d=10.599 avg_d=2.389 std_dev=3.607
C2' B 0, -1.605, 2.197, 5.999, 10.744 max_d=10.744 avg_d=2.197 std_dev=3.802
C3' B 0, -1.599, 2.254, 6.106, 10.905 max_d=10.905 avg_d=2.254 std_dev=3.852
O3' A 0, -0.986, 2.881, 6.748, 12.593 max_d=12.593 avg_d=2.881 std_dev=3.867
O2' A 0, -0.328, 3.834, 7.996, 13.243 max_d=13.243 avg_d=3.834 std_dev=4.162
O2' B 0, -1.766, 2.577, 6.920, 12.473 max_d=12.473 avg_d=2.577 std_dev=4.343
O3' B 0, -1.933, 2.421, 6.775, 11.987 max_d=11.987 avg_d=2.421 std_dev=4.354

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.75 0.01 0.02 0.62 0.01 0.03 0.07 0.92 1.42 0.23 0.02 0.03 0.02 0.37 0.01 0.23 0.49 0.47 0.32
C2 0.75 0.00 0.65 0.63 0.05 0.75 0.05 0.75 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.63 0.77 0.89 0.83 1.20 1.00 1.03
C2' 0.01 0.65 0.00 0.01 0.63 0.02 0.16 0.20 1.00 1.29 0.47 0.08 0.48 0.01 0.03 0.02 0.54 0.50 0.62 0.55
C3' 0.02 0.63 0.01 0.00 0.76 0.01 0.38 0.02 0.96 1.27 0.47 0.43 0.14 0.03 0.01 0.03 0.38 0.51 0.27 0.33
C4 0.62 0.05 0.63 0.76 0.00 0.58 0.02 0.51 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.59 0.54 0.51 0.44 0.41 0.96 0.45
C4' 0.01 0.75 0.02 0.01 0.58 0.00 0.31 0.01 1.07 1.39 0.23 0.16 0.36 0.32 0.03 0.01 0.02 0.31 0.29 0.06
C5 0.03 0.05 0.16 0.38 0.02 0.31 0.00 0.46 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.59 0.15 0.21 0.42 0.68 0.84 0.51
C5' 0.07 0.75 0.20 0.02 0.51 0.01 0.46 0.00 1.13 1.34 0.24 0.27 0.48 0.13 0.24 0.02 0.01 0.39 0.36 0.02
C6 0.92 0.03 1.00 0.96 0.01 1.07 0.02 1.13 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 1.21 1.00 1.05 1.12 1.38 1.08 1.18
N1 1.42 0.02 1.29 1.27 0.02 1.39 0.01 1.34 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 1.33 1.37 1.45 1.34 1.60 1.22 1.39
N3 0.23 0.01 0.47 0.47 0.01 0.23 0.01 0.24 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.39 0.29 0.31 0.35 0.67 0.93 0.62
N4 0.02 0.01 0.08 0.43 0.00 0.16 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.36 0.13 0.05 0.27 0.38 1.01 0.46
O2 0.03 0.01 0.48 0.14 0.02 0.36 0.01 0.48 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.53 0.34 0.55 0.53 0.81 0.90 0.76
O2' 0.02 0.63 0.01 0.03 0.59 0.32 0.59 0.13 1.21 1.33 0.39 0.36 0.53 0.00 0.07 0.22 0.34 0.37 0.41 0.30
O3' 0.37 0.77 0.03 0.01 0.54 0.03 0.15 0.24 1.00 1.37 0.29 0.13 0.34 0.07 0.00 0.24 0.46 0.79 0.59 0.55
O4' 0.01 0.89 0.02 0.03 0.51 0.01 0.21 0.02 1.05 1.45 0.31 0.05 0.55 0.22 0.24 0.00 0.25 0.56 0.44 0.32
O5' 0.23 0.83 0.54 0.38 0.44 0.02 0.42 0.01 1.12 1.34 0.35 0.27 0.53 0.34 0.46 0.25 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.49 1.20 0.50 0.51 0.41 0.31 0.68 0.39 1.38 1.60 0.67 0.38 0.81 0.37 0.79 0.56 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 1.00 0.62 0.27 0.96 0.29 0.84 0.36 1.08 1.22 0.93 1.01 0.90 0.41 0.59 0.44 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.32 1.03 0.55 0.33 0.45 0.06 0.51 0.02 1.18 1.39 0.62 0.46 0.76 0.30 0.55 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.73 1.08 0.85 1.47 1.04 1.50 0.69 2.07 0.68 0.42 0.87 0.09 1.22 0.16 0.46 0.73 1.39 1.13 2.14 0.14 2.57 3.42 2.69
C2 1.49 0.18 1.63 2.29 0.39 2.15 0.90 2.50 0.93 0.61 0.52 0.09 0.33 0.33 0.57 1.37 2.25 1.81 2.39 0.14 2.34 3.42 2.62
C2' 0.73 1.34 0.94 1.56 1.32 1.62 1.15 2.25 1.25 0.23 1.31 0.07 1.41 0.58 0.16 0.81 1.51 1.13 2.38 0.12 2.84 3.67 2.94
C3' 0.56 1.76 0.72 1.12 1.71 1.15 1.58 1.80 1.64 0.64 1.72 0.10 1.80 0.84 0.56 0.69 1.02 0.69 2.06 0.14 2.56 3.42 2.72
C4 1.31 0.26 1.68 2.41 0.19 2.10 0.48 2.43 0.52 0.28 0.33 0.08 0.33 0.12 0.30 1.39 2.43 1.57 2.28 0.11 2.03 3.02 2.35
C4' 0.32 1.60 0.38 0.82 1.56 0.84 1.38 1.53 1.39 0.21 1.51 0.13 1.67 0.31 0.19 0.58 0.78 0.34 1.79 0.16 2.42 3.12 2.47
C5 0.77 0.95 1.13 1.95 0.61 1.74 0.33 2.20 0.48 0.13 0.72 0.09 0.97 0.22 0.18 0.96 2.06 1.14 2.05 0.12 2.06 2.75 2.20
C5' 0.86 2.03 0.76 0.67 1.97 0.72 1.89 1.32 1.94 0.46 2.02 0.27 2.04 0.47 0.45 1.09 0.78 0.50 1.60 0.26 2.34 2.75 2.27
C6 0.72 1.13 0.94 1.72 0.66 1.66 0.29 2.16 0.45 0.18 0.78 0.09 1.14 0.17 0.25 0.84 1.83 1.16 2.03 0.13 2.27 2.87 2.30
N1 1.10 0.65 1.22 1.94 0.32 1.90 0.43 2.34 0.42 0.39 0.28 0.08 0.76 0.14 0.42 1.05 1.97 1.50 2.24 0.14 2.42 3.22 2.53
N3 1.66 0.40 1.90 2.56 0.53 2.30 1.01 2.59 1.07 0.58 0.76 0.09 0.32 0.31 0.53 1.59 2.51 1.90 2.45 0.13 2.20 3.36 2.57
N4 0.34 0.19 0.29 0.33 0.10 0.44 0.19 0.50 0.33 0.20 0.33 0.09 0.11 0.15 0.20 0.28 0.22 0.48 0.59 0.11 0.43 0.68 0.56
O2 0.83 0.24 0.63 0.59 0.47 0.88 0.34 0.93 0.20 0.78 0.19 0.12 0.39 0.52 0.71 0.66 0.43 1.05 0.24 0.17 0.64 0.42 0.34
O2' 1.43 1.03 1.55 2.14 1.15 2.36 0.91 2.94 0.92 0.57 0.95 0.12 1.21 0.23 0.76 1.50 2.09 1.93 3.06 0.14 3.61 4.16 3.60
O3' 0.60 1.49 0.75 1.21 1.49 1.35 1.37 2.00 1.40 0.31 1.47 0.08 1.55 0.48 0.25 0.65 1.06 0.95 2.21 0.11 2.74 3.55 2.89
O4' 0.38 1.32 0.39 1.01 1.25 1.00 0.99 1.62 0.99 0.37 1.16 0.08 1.40 0.30 0.36 0.40 0.97 0.64 1.79 0.14 2.34 3.09 2.40
O5' 1.13 2.38 0.93 0.42 2.36 0.42 2.30 0.95 2.33 0.33 2.38 0.29 2.39 0.32 0.33 1.28 0.54 0.62 1.18 0.22 1.90 2.22 1.77
OP1 1.50 2.52 1.30 0.53 2.53 0.47 2.61 0.65 2.65 0.38 2.61 0.41 2.51 0.50 0.33 1.78 0.72 0.92 0.99 0.46 1.72 1.84 1.49
OP2 2.04 3.32 1.87 1.02 3.31 0.93 3.34 0.69 3.35 0.55 3.37 0.16 3.29 0.50 0.60 2.21 0.91 1.45 0.96 0.19 1.44 1.51 1.32
P 1.54 2.69 1.30 0.46 2.67 0.44 2.75 0.58 2.78 0.12 2.77 0.12 2.66 0.18 0.11 1.72 0.60 0.96 0.88 0.14 1.65 1.73 1.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.73 0.01 0.01 0.67 0.01 0.04 0.05 0.92 0.02 1.39 0.02 0.25 0.02 0.00 0.02 0.27 0.00 0.28 0.01 0.33 0.66 0.21
C2 0.73 0.00 0.55 0.57 0.10 0.91 0.05 1.12 0.06 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.59 0.64 1.02 1.44 0.01 1.84 0.96 1.42
C2' 0.01 0.55 0.00 0.00 0.72 0.02 0.11 0.15 0.79 0.05 1.16 0.05 0.42 0.06 0.03 0.00 0.02 0.02 0.54 0.03 0.53 0.53 0.50
C3' 0.01 0.57 0.00 0.00 0.85 0.01 0.33 0.02 0.66 0.16 1.11 0.05 0.40 0.18 0.09 0.02 0.01 0.02 0.42 0.04 0.32 0.43 0.33
C4 0.67 0.10 0.72 0.85 0.00 0.61 0.02 0.46 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.50 0.68 0.49 0.70 0.01 0.55 1.10 0.56
C4' 0.01 0.91 0.02 0.01 0.61 0.00 0.20 0.01 0.92 0.13 1.40 0.03 0.14 0.14 0.06 0.26 0.03 0.00 0.02 0.03 0.17 0.48 0.11
C5 0.04 0.05 0.11 0.33 0.02 0.20 0.00 0.36 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.28 0.18 0.14 0.87 0.01 0.69 1.25 0.78
C5' 0.05 1.12 0.15 0.02 0.46 0.01 0.36 0.00 0.94 0.23 1.44 0.02 0.26 0.26 0.12 0.12 0.19 0.02 0.01 0.05 0.16 0.38 0.01
C6 0.92 0.06 0.79 0.66 0.02 0.92 0.03 0.94 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 1.05 0.89 1.01 1.25 0.00 1.26 0.95 1.06
C8 0.02 0.02 0.05 0.16 0.01 0.13 0.01 0.23 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.17 0.04 0.89 0.01 0.54 0.77 0.72
N1 1.39 0.02 1.16 1.11 0.07 1.40 0.02 1.44 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 1.23 1.26 1.51 1.67 0.01 1.79 1.03 1.49
N2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.02 0.04 0.01 0.05 0.09 0.06
N3 0.25 0.02 0.42 0.40 0.01 0.14 0.04 0.26 0.08 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.40 0.33 0.12 0.72 0.01 1.20 0.65 0.74
N7 0.02 0.03 0.06 0.18 0.01 0.14 0.01 0.26 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.20 0.04 1.01 0.01 0.69 0.96 0.90
N9 0.00 0.01 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.08 0.01 0.64 0.01 0.35 0.65 0.48
O2' 0.02 0.59 0.00 0.02 0.50 0.26 0.28 0.12 1.05 0.03 1.23 0.09 0.40 0.04 0.03 0.00 0.04 0.19 0.27 0.05 0.39 0.58 0.37
O3' 0.27 0.64 0.02 0.01 0.68 0.03 0.18 0.19 0.89 0.17 1.26 0.07 0.33 0.20 0.08 0.04 0.00 0.18 0.24 0.05 0.47 0.39 0.25
O4' 0.00 1.02 0.02 0.02 0.49 0.00 0.14 0.02 1.01 0.04 1.51 0.02 0.12 0.04 0.01 0.19 0.18 0.00 0.15 0.01 0.23 0.80 0.28
O5' 0.28 1.44 0.54 0.42 0.70 0.02 0.87 0.01 1.25 0.89 1.67 0.04 0.72 1.01 0.64 0.27 0.24 0.15 0.00 0.07 0.03 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.07 0.00 0.10 0.12 0.10
OP1 0.33 1.84 0.53 0.32 0.55 0.17 0.69 0.16 1.26 0.54 1.79 0.05 1.20 0.69 0.35 0.39 0.47 0.23 0.03 0.10 0.00 0.01 0.01
OP2 0.66 0.96 0.53 0.43 1.10 0.48 1.25 0.38 0.95 0.77 1.03 0.09 0.65 0.96 0.65 0.58 0.39 0.80 0.02 0.12 0.01 0.00 0.01
P 0.21 1.42 0.50 0.33 0.56 0.11 0.78 0.01 1.06 0.72 1.49 0.06 0.74 0.90 0.48 0.37 0.25 0.28 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00