ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44121

back

Distances from reference structure (by RMSD)

42, 8, 55, 59, 13, 13, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.027, 0.099, 0.171, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.099 std_dev=0.072
N1 A 0, 0.055, 0.128, 0.202, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.128 std_dev=0.073
N3 B 0, 0.028, 0.141, 0.254, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.141 std_dev=0.113
N9 B 0, 0.041, 0.176, 0.310, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.176 std_dev=0.135
C5 B 0, 0.084, 0.224, 0.363, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.224 std_dev=0.140
C2 B 0, 0.046, 0.188, 0.329, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.188 std_dev=0.142
N1 B 0, 0.085, 0.235, 0.385, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.235 std_dev=0.150
C1' A 0, 0.124, 0.302, 0.480, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.302 std_dev=0.178
C4 A 0, 0.144, 0.323, 0.501, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.323 std_dev=0.178
C6 B 0, 0.099, 0.281, 0.464, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.281 std_dev=0.183
C1' B 0, 0.071, 0.255, 0.438, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.255 std_dev=0.183
C8 B 0, 0.103, 0.306, 0.508, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.306 std_dev=0.203
N3 A 0, 0.084, 0.291, 0.497, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.291 std_dev=0.207
C2 A 0, 0.021, 0.233, 0.444, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.233 std_dev=0.212
N6 B 0, -0.020, 0.200, 0.420, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.200 std_dev=0.220
N7 B 0, 0.129, 0.351, 0.572, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.351 std_dev=0.221
C6 A 0, 0.046, 0.282, 0.519, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.282 std_dev=0.237
C5 A 0, 0.119, 0.385, 0.651, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.385 std_dev=0.266
O4 A 0, 0.164, 0.462, 0.759, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.462 std_dev=0.297
O4' A 0, 0.251, 0.661, 1.071, 2.227 max_d=2.227 avg_d=0.661 std_dev=0.410
O2 A 0, 0.046, 0.462, 0.878, 1.771 max_d=1.771 avg_d=0.462 std_dev=0.416
C2' B 0, 0.086, 0.639, 1.193, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.639 std_dev=0.554
C3' A 0, 0.234, 0.792, 1.350, 1.987 max_d=1.987 avg_d=0.792 std_dev=0.558
O3' A 0, 0.272, 0.866, 1.461, 2.248 max_d=2.248 avg_d=0.866 std_dev=0.594
C4' A 0, 0.398, 1.050, 1.703, 2.219 max_d=2.219 avg_d=1.050 std_dev=0.652
O4' B 0, 0.051, 0.728, 1.406, 1.955 max_d=1.955 avg_d=0.728 std_dev=0.678
C2' A 0, 0.023, 0.740, 1.458, 1.905 max_d=1.905 avg_d=0.740 std_dev=0.718
O2' B 0, 0.168, 0.901, 1.633, 2.442 max_d=2.442 avg_d=0.901 std_dev=0.733
C4' B 0, 0.009, 0.974, 1.938, 2.863 max_d=2.863 avg_d=0.974 std_dev=0.965
C3' B 0, -0.032, 0.961, 1.954, 2.908 max_d=2.908 avg_d=0.961 std_dev=0.993
O5' A 0, 0.465, 1.547, 2.629, 5.433 max_d=5.433 avg_d=1.547 std_dev=1.082
C5' A 0, 0.639, 1.776, 2.912, 4.309 max_d=4.309 avg_d=1.776 std_dev=1.136
C5' B 0, 0.018, 1.253, 2.488, 3.579 max_d=3.579 avg_d=1.253 std_dev=1.235
O2' A 0, -0.047, 1.263, 2.573, 3.412 max_d=3.412 avg_d=1.263 std_dev=1.310
O3' B 0, 0.039, 1.350, 2.662, 3.760 max_d=3.760 avg_d=1.350 std_dev=1.311
P B 0, 0.118, 1.430, 2.742, 3.975 max_d=3.975 avg_d=1.430 std_dev=1.312
P A 0, 0.584, 1.900, 3.216, 7.975 max_d=7.975 avg_d=1.900 std_dev=1.316
OP1 A 0, 0.622, 1.980, 3.339, 8.360 max_d=8.360 avg_d=1.980 std_dev=1.359
OP1 B 0, 0.213, 1.759, 3.305, 4.603 max_d=4.603 avg_d=1.759 std_dev=1.546
O5' B 0, -0.120, 1.456, 3.031, 4.408 max_d=4.408 avg_d=1.456 std_dev=1.575
OP2 A 0, 1.052, 2.806, 4.559, 9.254 max_d=9.254 avg_d=2.806 std_dev=1.753
OP2 B 0, 0.081, 1.927, 3.773, 5.396 max_d=5.396 avg_d=1.927 std_dev=1.846

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.34 0.02 0.01 0.23 0.65 0.33 0.30
C2 0.03 0.00 0.25 0.37 0.06 0.13 0.02 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.17 0.01 0.15 0.47 0.71 0.60 0.55
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.05 0.02 0.18 0.21 0.23 0.02 0.18 0.44 0.00 0.03 0.05 0.02 0.49 0.38 0.58 0.35
C3' 0.02 0.37 0.00 0.00 0.41 0.01 0.35 0.02 0.27 0.25 0.44 0.36 0.02 0.01 0.50 0.02 0.35 0.43 0.49 0.27
C4 0.04 0.06 0.05 0.41 0.00 0.16 0.00 0.25 0.02 0.04 0.02 0.04 0.41 0.19 0.00 0.04 0.60 0.83 0.88 0.74
C4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.16 0.00 0.20 0.01 0.18 0.09 0.16 0.17 0.31 0.03 0.21 0.00 0.02 0.46 0.25 0.14
C5 0.02 0.02 0.18 0.35 0.00 0.20 0.00 0.30 0.00 0.01 0.02 0.01 0.46 0.18 0.01 0.11 0.60 0.90 0.93 0.79
C5' 0.08 0.17 0.21 0.02 0.25 0.01 0.30 0.00 0.27 0.13 0.21 0.24 0.13 0.21 0.33 0.02 0.01 0.26 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.23 0.27 0.02 0.18 0.00 0.27 0.00 0.01 0.04 0.01 0.42 0.12 0.01 0.15 0.51 0.86 0.74 0.69
N1 0.01 0.01 0.02 0.25 0.04 0.09 0.01 0.13 0.01 0.00 0.03 0.02 0.23 0.11 0.02 0.01 0.40 0.72 0.53 0.51
N3 0.03 0.01 0.18 0.44 0.02 0.16 0.02 0.21 0.04 0.03 0.00 0.01 0.32 0.19 0.01 0.11 0.57 0.76 0.75 0.66
O2 0.04 0.01 0.44 0.36 0.04 0.17 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.00 0.41 0.29 0.02 0.26 0.47 0.70 0.60 0.54
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.41 0.31 0.46 0.13 0.42 0.23 0.32 0.41 0.00 0.06 0.47 0.22 0.47 0.55 0.61 0.38
O3' 0.34 0.17 0.03 0.01 0.19 0.03 0.18 0.21 0.12 0.11 0.19 0.29 0.06 0.00 0.28 0.24 0.28 0.46 0.49 0.27
O4 0.02 0.01 0.05 0.50 0.00 0.21 0.01 0.33 0.01 0.02 0.01 0.02 0.47 0.28 0.00 0.03 0.62 0.83 1.09 0.90
O4' 0.01 0.15 0.02 0.02 0.04 0.00 0.11 0.02 0.15 0.01 0.11 0.26 0.22 0.24 0.03 0.00 0.13 0.76 0.28 0.39
O5' 0.23 0.47 0.49 0.35 0.60 0.02 0.60 0.01 0.51 0.40 0.57 0.47 0.47 0.28 0.62 0.13 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.65 0.71 0.38 0.43 0.83 0.46 0.90 0.26 0.86 0.72 0.76 0.70 0.55 0.46 0.83 0.76 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.60 0.58 0.49 0.88 0.25 0.93 0.28 0.74 0.53 0.75 0.60 0.61 0.49 1.09 0.28 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.55 0.35 0.27 0.74 0.14 0.79 0.02 0.69 0.51 0.66 0.54 0.38 0.27 0.90 0.39 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 0.24 0.41 0.20 0.22 0.35 0.21 0.28 0.23 0.22 0.22 0.26 0.22 0.23 0.25 0.35 0.27 0.69 0.16 0.51 0.36 0.14
C2 0.33 0.26 0.58 0.51 0.23 0.37 0.26 0.53 0.30 0.26 0.27 0.26 0.23 0.30 0.24 0.45 0.42 0.50 0.67 1.16 0.32 0.57
C2' 0.60 0.65 0.30 0.23 0.62 0.47 0.62 0.34 0.63 0.59 0.63 0.64 0.30 0.61 0.60 0.32 0.28 0.96 0.18 0.91 0.13 0.29
C3' 0.28 0.26 0.63 0.32 0.25 0.25 0.29 0.31 0.30 0.28 0.27 0.26 0.30 0.33 0.25 0.59 0.21 0.48 0.15 0.39 0.38 0.02
C4 0.29 0.38 0.69 0.71 0.32 0.60 0.41 0.91 0.48 0.35 0.45 0.33 0.24 0.44 0.28 0.49 0.64 0.28 0.98 1.28 0.33 0.70
C4' 0.61 0.64 1.04 0.54 0.62 0.43 0.59 0.46 0.60 0.56 0.63 0.65 0.29 0.55 0.60 1.06 0.38 0.44 0.14 0.24 0.68 0.22
C5 0.38 0.48 0.73 0.68 0.42 0.61 0.49 0.92 0.56 0.43 0.53 0.42 0.24 0.52 0.38 0.55 0.61 0.34 0.84 1.10 0.20 0.55
C5' 1.07 1.10 1.37 0.87 1.09 0.88 1.01 0.93 0.98 0.97 1.05 1.13 0.35 0.93 1.06 1.41 0.75 0.84 0.26 0.29 0.75 0.18
C6 0.33 0.37 0.65 0.52 0.32 0.43 0.39 0.70 0.45 0.35 0.41 0.33 0.22 0.43 0.30 0.51 0.43 0.36 0.58 0.89 0.21 0.37
N1 0.25 0.21 0.53 0.37 0.17 0.24 0.24 0.45 0.29 0.22 0.25 0.18 0.21 0.29 0.17 0.40 0.27 0.45 0.44 0.89 0.13 0.33
N3 0.29 0.30 0.65 0.65 0.26 0.49 0.33 0.74 0.39 0.30 0.35 0.27 0.23 0.37 0.24 0.48 0.56 0.35 0.93 1.33 0.43 0.73
O2 0.53 0.40 0.62 0.57 0.38 0.56 0.32 0.55 0.32 0.35 0.34 0.44 0.25 0.32 0.41 0.58 0.56 0.75 0.62 1.16 0.44 0.58
O2' 1.01 0.97 0.37 0.53 0.91 1.06 0.81 0.91 0.80 0.77 0.87 0.99 0.44 0.72 0.91 0.45 0.68 1.52 0.50 0.77 0.36 0.27
O3' 0.45 0.41 1.05 0.60 0.40 0.25 0.37 0.21 0.37 0.37 0.40 0.43 0.45 0.36 0.41 0.99 0.36 0.22 0.02 0.03 0.02 0.01
O4 0.37 0.40 0.84 0.93 0.36 0.83 0.37 1.16 0.39 0.36 0.42 0.38 0.25 0.37 0.35 0.56 0.90 0.36 1.25 1.53 0.48 0.89
O4' 0.39 0.53 0.82 0.38 0.48 0.27 0.52 0.33 0.57 0.42 0.57 0.50 0.24 0.50 0.42 0.79 0.24 0.37 0.12 0.31 0.61 0.22
O5' 1.07 1.09 1.34 0.98 1.04 1.07 0.92 1.20 0.91 0.87 1.00 1.12 0.28 0.82 1.01 1.34 0.91 0.96 0.56 0.43 0.73 0.24
OP1 1.20 1.36 1.46 1.03 1.27 1.03 1.25 1.09 1.30 1.11 1.33 1.35 0.75 1.19 1.19 1.53 0.98 0.99 0.60 0.67 0.80 0.44
OP2 1.43 1.65 1.55 1.23 1.51 1.32 1.45 1.33 1.51 1.25 1.60 1.62 0.51 1.31 1.40 1.64 1.26 1.32 0.80 0.68 1.27 0.69
P 1.05 1.14 1.25 0.91 1.06 1.00 0.99 1.11 1.02 0.88 1.08 1.15 0.17 0.91 1.00 1.30 0.89 0.93 0.51 0.48 0.91 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.32 0.01 0.28 0.26 0.54 0.22
C2 0.03 0.00 0.42 0.31 0.01 0.18 0.03 0.38 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.30 0.20 0.38 0.41 0.37 0.40 0.25
C2' 0.00 0.42 0.00 0.00 0.22 0.01 0.11 0.27 0.20 0.22 0.33 0.41 0.09 0.12 0.02 0.00 0.03 0.01 0.23 0.42 1.20 0.73
C3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.29 0.00 0.36 0.02 0.40 0.31 0.36 0.26 0.28 0.37 0.23 0.02 0.01 0.02 0.15 0.24 0.96 0.45
C4 0.01 0.01 0.22 0.29 0.00 0.07 0.00 0.28 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.10 0.20 0.51 0.38 0.39 0.27
C4' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.07 0.19 0.14 0.17 0.10 0.15 0.06 0.33 0.02 0.00 0.01 0.25 0.56 0.18
C5 0.01 0.03 0.11 0.36 0.00 0.07 0.00 0.26 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.13 0.10 0.68 0.49 0.69 0.44
C5' 0.15 0.38 0.27 0.02 0.28 0.01 0.26 0.00 0.29 0.17 0.37 0.35 0.12 0.20 0.19 0.08 0.25 0.02 0.01 0.36 0.27 0.01
C6 0.02 0.06 0.20 0.40 0.02 0.07 0.01 0.29 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.17 0.16 0.17 0.67 0.52 0.79 0.48
C8 0.01 0.02 0.22 0.31 0.01 0.19 0.01 0.17 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.46 0.18 0.20 0.79 0.48 0.57 0.43
N1 0.04 0.02 0.33 0.36 0.03 0.14 0.02 0.37 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.17 0.13 0.31 0.53 0.45 0.61 0.37
N3 0.03 0.01 0.41 0.26 0.00 0.17 0.01 0.35 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.23 0.37 0.36 0.33 0.33 0.20
N6 0.02 0.01 0.09 0.28 0.01 0.10 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.20 0.13 0.04 0.29 0.32 0.37 0.32
N7 0.01 0.03 0.12 0.37 0.00 0.15 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.43 0.23 0.10 0.84 0.56 0.86 0.56
N9 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.06 0.01 0.19 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.08 0.01 0.53 0.35 0.32 0.22
O2' 0.02 0.30 0.00 0.02 0.11 0.33 0.22 0.08 0.17 0.46 0.17 0.31 0.20 0.43 0.19 0.00 0.05 0.22 0.12 0.38 1.43 0.72
O3' 0.32 0.20 0.03 0.01 0.10 0.02 0.13 0.25 0.16 0.18 0.13 0.23 0.13 0.23 0.08 0.05 0.00 0.27 0.21 0.47 0.85 0.28
O4' 0.01 0.38 0.01 0.02 0.20 0.00 0.10 0.02 0.17 0.20 0.31 0.37 0.04 0.10 0.01 0.22 0.27 0.00 0.37 0.44 0.31 0.23
O5' 0.28 0.41 0.23 0.15 0.51 0.01 0.68 0.01 0.67 0.79 0.53 0.36 0.29 0.84 0.53 0.12 0.21 0.37 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.26 0.37 0.42 0.24 0.38 0.25 0.49 0.36 0.52 0.48 0.45 0.33 0.32 0.56 0.35 0.38 0.47 0.44 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.54 0.40 1.20 0.96 0.39 0.56 0.69 0.27 0.79 0.57 0.61 0.33 0.37 0.86 0.32 1.43 0.85 0.31 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.25 0.73 0.45 0.27 0.18 0.44 0.01 0.48 0.43 0.37 0.20 0.32 0.56 0.22 0.72 0.28 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00