ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44123

back

Distances from reference structure (by RMSD)

37, 20, 2, 4, 4, 12, 47, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.059, 0.206, 0.354, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.206 std_dev=0.148
N6 A 0, 0.055, 0.206, 0.356, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.206 std_dev=0.150
C6 A 0, 0.069, 0.222, 0.375, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.222 std_dev=0.153
N1 A 0, 0.102, 0.271, 0.440, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.271 std_dev=0.169
C5 A 0, 0.079, 0.261, 0.443, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.261 std_dev=0.182
C4 A 0, 0.058, 0.261, 0.465, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.261 std_dev=0.203
C2 A 0, 0.090, 0.299, 0.507, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.299 std_dev=0.208
N3 A 0, 0.075, 0.293, 0.512, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.293 std_dev=0.219
C6 B 0, 0.125, 0.365, 0.605, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.365 std_dev=0.240
C1' B 0, 0.058, 0.301, 0.544, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.301 std_dev=0.243
N7 A 0, 0.104, 0.358, 0.611, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.358 std_dev=0.254
N9 A 0, 0.083, 0.352, 0.622, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.352 std_dev=0.269
C2 B 0, 0.105, 0.384, 0.663, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.384 std_dev=0.279
C8 A 0, 0.116, 0.397, 0.678, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.397 std_dev=0.281
C5 B 0, 0.125, 0.429, 0.733, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.429 std_dev=0.304
O4' B 0, 0.149, 0.474, 0.799, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.474 std_dev=0.325
O2 B 0, 0.127, 0.483, 0.840, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.483 std_dev=0.356
C1' A 0, 0.088, 0.462, 0.835, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.462 std_dev=0.374
O4' A 0, -0.087, 0.298, 0.683, 2.458 max_d=2.458 avg_d=0.298 std_dev=0.385
C2' B 0, 0.048, 0.476, 0.904, 2.452 max_d=2.452 avg_d=0.476 std_dev=0.428
C4' B 0, 0.109, 0.556, 1.002, 1.847 max_d=1.847 avg_d=0.556 std_dev=0.446
C4' A 0, -0.066, 0.401, 0.868, 3.134 max_d=3.134 avg_d=0.401 std_dev=0.467
C3' B 0, 0.098, 0.570, 1.043, 2.094 max_d=2.094 avg_d=0.570 std_dev=0.472
N3 B 0, 0.135, 0.607, 1.080, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.607 std_dev=0.472
C4 B 0, 0.110, 0.586, 1.062, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.586 std_dev=0.476
C3' A 0, 0.038, 0.554, 1.071, 3.247 max_d=3.247 avg_d=0.554 std_dev=0.517
O2' B 0, 0.046, 0.584, 1.121, 3.629 max_d=3.629 avg_d=0.584 std_dev=0.538
O3' B 0, 0.103, 0.661, 1.219, 2.835 max_d=2.835 avg_d=0.661 std_dev=0.558
O3' A 0, -0.117, 0.464, 1.045, 3.449 max_d=3.449 avg_d=0.464 std_dev=0.581
C5' B 0, 0.106, 0.706, 1.307, 2.866 max_d=2.866 avg_d=0.706 std_dev=0.601
O4 B 0, 0.131, 0.817, 1.502, 2.302 max_d=2.302 avg_d=0.817 std_dev=0.685
O5' B 0, 0.113, 0.830, 1.547, 2.782 max_d=2.782 avg_d=0.830 std_dev=0.717
C2' A 0, 0.132, 0.883, 1.634, 2.680 max_d=2.680 avg_d=0.883 std_dev=0.751
P B 0, 0.025, 0.845, 1.666, 4.055 max_d=4.055 avg_d=0.845 std_dev=0.820
C5' A 0, -0.183, 0.654, 1.491, 5.657 max_d=5.657 avg_d=0.654 std_dev=0.837
OP1 B 0, -0.017, 1.125, 2.268, 6.146 max_d=6.146 avg_d=1.125 std_dev=1.142
O5' A 0, -0.499, 0.694, 1.887, 6.391 max_d=6.391 avg_d=0.694 std_dev=1.193
OP2 B 0, 0.049, 1.247, 2.445, 5.916 max_d=5.916 avg_d=1.247 std_dev=1.198
O2' A 0, 0.211, 1.549, 2.886, 4.291 max_d=4.291 avg_d=1.549 std_dev=1.338
P A 0, -0.505, 1.094, 2.692, 8.798 max_d=8.798 avg_d=1.094 std_dev=1.599
OP2 A 0, -0.504, 1.298, 3.100, 10.311 max_d=10.311 avg_d=1.298 std_dev=1.802
OP1 A 0, -0.566, 1.343, 3.252, 10.581 max_d=10.581 avg_d=1.343 std_dev=1.909

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.31 0.01 0.27 0.30 0.33 0.21
C2 0.03 0.00 0.34 0.23 0.01 0.18 0.03 0.31 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.29 0.22 0.26 0.37 0.61 0.61 0.47
C2' 0.00 0.34 0.00 0.00 0.15 0.01 0.06 0.25 0.11 0.25 0.22 0.35 0.07 0.19 0.05 0.00 0.03 0.02 0.59 0.78 0.75 0.65
C3' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.20 0.01 0.22 0.02 0.25 0.17 0.23 0.21 0.16 0.20 0.14 0.02 0.01 0.04 0.20 0.44 0.19 0.21
C4 0.01 0.01 0.15 0.20 0.00 0.08 0.00 0.21 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.17 0.13 0.33 0.42 0.53 0.34
C4' 0.02 0.18 0.01 0.01 0.08 0.00 0.07 0.01 0.09 0.16 0.14 0.18 0.07 0.13 0.05 0.30 0.03 0.01 0.01 0.14 0.22 0.05
C5 0.01 0.03 0.06 0.22 0.00 0.07 0.00 0.25 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.14 0.05 0.41 0.45 0.65 0.42
C5' 0.10 0.31 0.25 0.02 0.21 0.01 0.25 0.00 0.26 0.33 0.30 0.29 0.18 0.33 0.19 0.07 0.26 0.02 0.01 0.15 0.22 0.02
C6 0.02 0.07 0.11 0.25 0.02 0.09 0.01 0.26 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.27 0.13 0.10 0.38 0.50 0.67 0.43
C8 0.01 0.03 0.25 0.17 0.01 0.16 0.01 0.33 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.45 0.15 0.16 0.57 0.51 0.70 0.55
N1 0.04 0.02 0.22 0.23 0.03 0.14 0.02 0.30 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.25 0.18 0.20 0.38 0.59 0.65 0.46
N3 0.03 0.01 0.35 0.21 0.01 0.18 0.01 0.29 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.24 0.26 0.35 0.53 0.56 0.42
N6 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.11 0.06 0.26 0.23 0.58 0.31
N7 0.01 0.03 0.19 0.20 0.01 0.13 0.00 0.33 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.46 0.15 0.09 0.54 0.52 0.78 0.56
N9 0.00 0.01 0.05 0.14 0.01 0.05 0.01 0.19 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.17 0.01 0.36 0.36 0.47 0.33
O2' 0.03 0.29 0.00 0.02 0.17 0.30 0.31 0.07 0.27 0.45 0.25 0.30 0.12 0.46 0.20 0.00 0.07 0.18 0.49 0.74 0.87 0.60
O3' 0.31 0.22 0.03 0.01 0.17 0.03 0.14 0.26 0.13 0.15 0.18 0.24 0.11 0.15 0.17 0.07 0.00 0.21 0.24 0.32 0.25 0.21
O4' 0.01 0.26 0.02 0.04 0.13 0.01 0.05 0.02 0.10 0.16 0.20 0.26 0.06 0.09 0.01 0.18 0.21 0.00 0.11 0.13 0.29 0.22
O5' 0.27 0.37 0.59 0.20 0.33 0.01 0.41 0.01 0.38 0.57 0.38 0.35 0.26 0.54 0.36 0.49 0.24 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.30 0.61 0.78 0.44 0.42 0.14 0.45 0.15 0.50 0.51 0.59 0.53 0.23 0.52 0.36 0.74 0.32 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 0.61 0.75 0.19 0.53 0.22 0.65 0.22 0.67 0.70 0.65 0.56 0.58 0.78 0.47 0.87 0.25 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.47 0.65 0.21 0.34 0.05 0.42 0.02 0.43 0.55 0.46 0.42 0.31 0.56 0.33 0.60 0.21 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.40 0.67 0.62 0.62 0.85 0.37 0.76 0.28 0.60 0.56 0.79 0.64 0.66 0.77 0.95 0.24 0.31 0.22 0.39 0.24
C2 0.25 0.54 0.43 0.36 0.79 0.20 0.63 0.20 0.42 0.38 0.72 0.52 0.54 0.47 0.96 0.18 0.23 0.45 0.40 0.21
C2' 0.50 0.74 0.77 0.84 0.82 0.53 0.71 0.40 0.59 0.62 0.82 0.76 0.82 1.06 0.85 0.31 0.44 0.38 0.37 0.24
C3' 0.39 0.53 0.57 0.65 0.61 0.45 0.56 0.44 0.48 0.47 0.60 0.52 0.59 0.80 0.62 0.31 0.47 0.32 0.43 0.34
C4 0.25 0.54 0.47 0.42 0.77 0.21 0.62 0.19 0.43 0.39 0.71 0.53 0.55 0.56 0.91 0.15 0.23 0.36 0.39 0.15
C4' 0.29 0.36 0.45 0.53 0.44 0.37 0.41 0.39 0.33 0.32 0.41 0.36 0.49 0.74 0.45 0.30 0.36 0.34 0.46 0.30
C5 0.25 0.53 0.47 0.42 0.75 0.22 0.59 0.25 0.39 0.37 0.70 0.53 0.55 0.56 0.91 0.19 0.31 0.44 0.48 0.23
C5' 0.54 0.46 0.61 0.70 0.37 0.63 0.34 0.69 0.37 0.45 0.42 0.52 0.67 0.93 0.29 0.60 0.57 0.55 0.58 0.45
C6 0.23 0.50 0.44 0.38 0.73 0.22 0.56 0.27 0.35 0.33 0.68 0.50 0.54 0.51 0.91 0.21 0.34 0.50 0.50 0.27
C8 0.31 0.58 0.54 0.52 0.75 0.27 0.63 0.27 0.46 0.44 0.71 0.57 0.59 0.69 0.88 0.21 0.31 0.39 0.48 0.21
N1 0.22 0.53 0.42 0.35 0.77 0.19 0.60 0.22 0.38 0.35 0.71 0.52 0.53 0.48 0.96 0.18 0.27 0.47 0.45 0.22
N3 0.27 0.56 0.46 0.40 0.79 0.22 0.65 0.20 0.45 0.41 0.72 0.54 0.55 0.53 0.94 0.17 0.21 0.40 0.36 0.19
N6 0.25 0.26 0.43 0.25 0.24 0.16 0.22 0.23 0.20 0.22 0.26 0.31 0.61 0.17 0.17 0.16 0.32 0.44 0.51 0.22
N7 0.30 0.56 0.51 0.48 0.75 0.27 0.60 0.30 0.42 0.40 0.71 0.56 0.58 0.63 0.89 0.23 0.36 0.48 0.54 0.28
N9 0.30 0.58 0.52 0.50 0.78 0.25 0.66 0.20 0.48 0.45 0.73 0.56 0.58 0.66 0.90 0.16 0.23 0.27 0.38 0.11
O2' 0.81 1.13 1.13 1.17 1.22 0.75 1.07 0.54 0.92 0.96 1.23 1.15 1.16 1.37 1.27 0.52 0.67 0.64 0.42 0.37
O3' 0.28 0.28 0.41 0.42 0.39 0.31 0.37 0.29 0.29 0.26 0.34 0.28 0.38 0.47 0.38 0.31 0.35 0.29 0.42 0.39
O4' 0.20 0.39 0.39 0.42 0.59 0.24 0.54 0.26 0.40 0.32 0.51 0.35 0.42 0.61 0.66 0.19 0.25 0.18 0.42 0.18
O5' 0.69 0.63 0.81 0.92 0.52 0.80 0.45 0.86 0.47 0.59 0.60 0.71 0.87 1.19 0.48 0.71 0.71 0.50 0.61 0.44
OP1 1.19 1.17 1.42 1.47 0.94 1.26 0.84 1.14 0.90 1.08 1.09 1.29 1.57 1.84 0.81 1.09 0.82 0.59 0.60 0.46
OP2 0.76 0.81 1.02 1.07 0.72 0.83 0.59 0.81 0.55 0.69 0.81 0.91 1.12 1.40 0.74 0.67 0.62 0.59 0.84 0.46
P 0.85 0.84 1.07 1.13 0.69 0.93 0.59 0.91 0.60 0.75 0.80 0.94 1.18 1.48 0.64 0.78 0.67 0.54 0.64 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.09 0.02 0.01 0.14 0.21 0.58 0.20
C2 0.03 0.00 0.08 0.18 0.03 0.06 0.02 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.15 0.01 0.05 0.35 0.52 0.67 0.30
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.07 0.01 0.08 0.08 0.09 0.03 0.07 0.14 0.00 0.02 0.07 0.01 0.17 0.24 0.44 0.21
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.25 0.01 0.23 0.02 0.19 0.15 0.22 0.15 0.02 0.01 0.26 0.02 0.21 0.22 0.32 0.17
C4 0.03 0.03 0.07 0.25 0.00 0.16 0.01 0.34 0.01 0.02 0.01 0.02 0.15 0.25 0.01 0.03 0.54 0.83 0.75 0.47
C4' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.16 0.00 0.18 0.01 0.16 0.08 0.10 0.06 0.13 0.02 0.16 0.01 0.01 0.16 0.30 0.11
C5 0.02 0.02 0.08 0.23 0.01 0.18 0.00 0.37 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.24 0.01 0.06 0.54 0.81 0.76 0.48
C5' 0.06 0.19 0.08 0.02 0.34 0.01 0.37 0.00 0.31 0.20 0.26 0.13 0.07 0.10 0.36 0.01 0.01 0.21 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.16 0.00 0.31 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.18 0.02 0.07 0.45 0.58 0.73 0.36
N1 0.01 0.01 0.03 0.15 0.02 0.08 0.01 0.20 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.12 0.02 0.02 0.32 0.44 0.66 0.27
N3 0.02 0.00 0.07 0.22 0.01 0.10 0.02 0.26 0.02 0.02 0.00 0.01 0.14 0.21 0.01 0.04 0.46 0.71 0.72 0.39
O2 0.05 0.01 0.14 0.15 0.02 0.06 0.02 0.13 0.02 0.02 0.01 0.00 0.19 0.14 0.01 0.09 0.28 0.44 0.63 0.24
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.15 0.13 0.16 0.07 0.14 0.08 0.14 0.19 0.00 0.05 0.16 0.10 0.13 0.24 0.33 0.15
O3' 0.09 0.15 0.02 0.01 0.25 0.02 0.24 0.10 0.18 0.12 0.21 0.14 0.05 0.00 0.28 0.07 0.26 0.28 0.28 0.19
O4 0.02 0.01 0.07 0.26 0.01 0.16 0.01 0.36 0.02 0.02 0.01 0.01 0.16 0.28 0.00 0.03 0.56 0.83 0.61 0.44
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.04 0.09 0.10 0.07 0.03 0.00 0.12 0.18 0.59 0.24
O5' 0.14 0.35 0.17 0.21 0.54 0.01 0.54 0.01 0.45 0.32 0.46 0.28 0.13 0.26 0.56 0.12 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.21 0.52 0.24 0.22 0.83 0.16 0.81 0.21 0.58 0.44 0.71 0.44 0.24 0.28 0.83 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.58 0.67 0.44 0.32 0.75 0.30 0.76 0.21 0.73 0.66 0.72 0.63 0.33 0.28 0.61 0.59 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.30 0.21 0.17 0.47 0.11 0.48 0.02 0.36 0.27 0.39 0.24 0.15 0.19 0.44 0.24 0.00 0.01 0.01 0.00