ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44132

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 117, 46, 28, 4, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.040, 0.095, 0.151, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.095 std_dev=0.056
N1 B 0, 0.018, 0.087, 0.156, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.087 std_dev=0.069
N3 A 0, 0.080, 0.168, 0.255, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.168 std_dev=0.087
N9 A 0, 0.083, 0.176, 0.268, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.176 std_dev=0.092
C2 B 0, 0.139, 0.234, 0.329, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.234 std_dev=0.095
C5 A 0, 0.080, 0.178, 0.277, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.178 std_dev=0.099
C6 A 0, 0.071, 0.177, 0.282, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.177 std_dev=0.105
C6 B 0, 0.100, 0.209, 0.318, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.209 std_dev=0.109
C2 A 0, 0.105, 0.221, 0.337, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.221 std_dev=0.116
N1 A 0, 0.056, 0.181, 0.307, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.181 std_dev=0.125
C1' A 0, 0.054, 0.180, 0.307, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.180 std_dev=0.126
C5 B 0, 0.103, 0.236, 0.369, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.236 std_dev=0.133
N3 B 0, 0.178, 0.312, 0.446, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.312 std_dev=0.134
C4 B 0, 0.101, 0.248, 0.396, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.248 std_dev=0.147
C1' B 0, 0.023, 0.186, 0.350, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.186 std_dev=0.163
C8 A 0, 0.142, 0.309, 0.476, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.309 std_dev=0.167
N6 A 0, 0.094, 0.261, 0.429, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.261 std_dev=0.168
O2 B 0, 0.199, 0.378, 0.557, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.378 std_dev=0.179
N7 A 0, 0.127, 0.316, 0.505, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.316 std_dev=0.189
N4 B 0, 0.151, 0.355, 0.559, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.355 std_dev=0.204
O4' B 0, 0.166, 0.413, 0.660, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.413 std_dev=0.247
C2' B 0, 0.249, 0.507, 0.765, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.507 std_dev=0.258
C2' A 0, -0.035, 0.280, 0.596, 2.736 max_d=2.736 avg_d=0.280 std_dev=0.315
O5' B 0, 0.559, 0.879, 1.199, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.879 std_dev=0.320
C3' B 0, 0.366, 0.695, 1.024, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.695 std_dev=0.329
P B 0, 0.251, 0.586, 0.920, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.586 std_dev=0.335
O4' A 0, -0.053, 0.302, 0.656, 2.971 max_d=2.971 avg_d=0.302 std_dev=0.354
C4' B 0, 0.290, 0.644, 0.999, 1.718 max_d=1.718 avg_d=0.644 std_dev=0.355
C3' A 0, -0.150, 0.251, 0.652, 2.833 max_d=2.833 avg_d=0.251 std_dev=0.401
OP2 B 0, 0.317, 0.767, 1.216, 2.694 max_d=2.694 avg_d=0.767 std_dev=0.450
O2' B 0, 0.115, 0.567, 1.019, 3.265 max_d=3.265 avg_d=0.567 std_dev=0.452
C4' A 0, -0.138, 0.318, 0.774, 3.675 max_d=3.675 avg_d=0.318 std_dev=0.456
C5' B 0, 0.472, 0.957, 1.442, 2.706 max_d=2.706 avg_d=0.957 std_dev=0.485
O3' A 0, -0.070, 0.436, 0.942, 4.543 max_d=4.543 avg_d=0.436 std_dev=0.506
O2' A 0, 0.018, 0.557, 1.096, 3.936 max_d=3.936 avg_d=0.557 std_dev=0.539
O3' B 0, 0.471, 1.012, 1.553, 2.354 max_d=2.354 avg_d=1.012 std_dev=0.541
OP1 B 0, 0.233, 0.797, 1.361, 4.258 max_d=4.258 avg_d=0.797 std_dev=0.564
O5' A 0, -0.062, 0.599, 1.261, 5.082 max_d=5.082 avg_d=0.599 std_dev=0.661
C5' A 0, -0.197, 0.539, 1.276, 5.952 max_d=5.952 avg_d=0.539 std_dev=0.736
P A 0, 0.133, 0.964, 1.794, 5.208 max_d=5.208 avg_d=0.964 std_dev=0.831
OP1 A 0, 0.261, 1.189, 2.117, 5.789 max_d=5.789 avg_d=1.189 std_dev=0.928
OP2 A 0, 0.257, 1.218, 2.179, 6.151 max_d=6.151 avg_d=1.218 std_dev=0.961

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.00 0.19 0.27 0.27 0.18
C2 0.03 0.00 0.21 0.16 0.01 0.17 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.25 0.22 0.21 0.26 0.46 0.26
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.12 0.01 0.07 0.10 0.11 0.10 0.17 0.20 0.08 0.06 0.03 0.00 0.04 0.02 0.25 0.35 0.29 0.23
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.14 0.00 0.17 0.02 0.19 0.16 0.18 0.14 0.18 0.18 0.11 0.02 0.01 0.01 0.13 0.38 0.24 0.20
C4 0.02 0.01 0.12 0.14 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.16 0.12 0.24 0.29 0.50 0.32
C4' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.08 0.15 0.13 0.16 0.07 0.12 0.05 0.13 0.02 0.00 0.01 0.22 0.15 0.09
C5 0.01 0.01 0.07 0.17 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.13 0.05 0.32 0.40 0.67 0.47
C5' 0.05 0.20 0.10 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.10 0.26 0.15 0.19 0.11 0.22 0.10 0.07 0.10 0.02 0.01 0.11 0.12 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.19 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.16 0.10 0.30 0.39 0.68 0.46
C8 0.01 0.01 0.10 0.16 0.01 0.15 0.01 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.25 0.10 0.12 0.42 0.49 0.70 0.57
N1 0.02 0.00 0.17 0.18 0.01 0.13 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.21 0.17 0.25 0.30 0.58 0.35
N3 0.03 0.00 0.20 0.14 0.00 0.16 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.24 0.22 0.19 0.25 0.39 0.21
N6 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.15 0.07 0.33 0.46 0.77 0.53
N7 0.01 0.01 0.06 0.18 0.00 0.12 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.21 0.12 0.07 0.41 0.53 0.79 0.61
N9 0.01 0.01 0.03 0.11 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.10 0.01 0.28 0.31 0.48 0.35
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.13 0.13 0.11 0.07 0.13 0.25 0.20 0.27 0.12 0.21 0.09 0.00 0.06 0.09 0.18 0.38 0.32 0.21
O3' 0.17 0.25 0.04 0.01 0.16 0.02 0.13 0.10 0.16 0.10 0.21 0.24 0.15 0.12 0.10 0.06 0.00 0.13 0.16 0.46 0.35 0.26
O4' 0.00 0.22 0.02 0.01 0.12 0.00 0.05 0.02 0.10 0.12 0.17 0.22 0.07 0.07 0.01 0.09 0.13 0.00 0.16 0.26 0.23 0.19
O5' 0.19 0.21 0.25 0.13 0.24 0.01 0.32 0.01 0.30 0.42 0.25 0.19 0.33 0.41 0.28 0.18 0.16 0.16 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.27 0.26 0.35 0.38 0.29 0.22 0.40 0.11 0.39 0.49 0.30 0.25 0.46 0.53 0.31 0.38 0.46 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.46 0.29 0.24 0.50 0.15 0.67 0.12 0.68 0.70 0.58 0.39 0.77 0.79 0.48 0.32 0.35 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.26 0.23 0.20 0.32 0.09 0.47 0.02 0.46 0.57 0.35 0.21 0.53 0.61 0.35 0.21 0.26 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.21 0.33 0.18 0.26 0.24 0.23 0.34 0.20 0.17 0.26 0.28 0.23 0.42 0.25 0.25 0.28 0.50 0.36 0.30
C2 0.23 0.32 0.38 0.23 0.34 0.27 0.27 0.40 0.21 0.20 0.38 0.41 0.39 0.56 0.36 0.20 0.26 0.33 0.31 0.18
C2' 0.34 0.31 0.44 0.35 0.30 0.34 0.30 0.37 0.31 0.32 0.31 0.26 0.32 0.48 0.38 0.35 0.30 0.45 0.22 0.24
C3' 0.35 0.26 0.43 0.38 0.24 0.41 0.22 0.44 0.25 0.28 0.25 0.25 0.29 0.50 0.43 0.39 0.42 0.48 0.26 0.37
C4 0.21 0.25 0.35 0.20 0.29 0.28 0.24 0.42 0.21 0.18 0.31 0.35 0.30 0.48 0.29 0.25 0.31 0.41 0.34 0.23
C4' 0.31 0.31 0.37 0.28 0.36 0.36 0.31 0.42 0.28 0.28 0.35 0.38 0.33 0.47 0.33 0.37 0.40 0.52 0.29 0.39
C5 0.25 0.27 0.36 0.24 0.30 0.34 0.26 0.48 0.24 0.21 0.32 0.36 0.32 0.48 0.31 0.31 0.35 0.40 0.35 0.25
C5' 0.37 0.36 0.42 0.35 0.41 0.45 0.34 0.49 0.30 0.32 0.40 0.47 0.38 0.53 0.40 0.44 0.47 0.53 0.28 0.42
C6 0.25 0.31 0.36 0.24 0.33 0.33 0.28 0.48 0.25 0.22 0.36 0.39 0.37 0.49 0.32 0.29 0.33 0.32 0.34 0.20
C8 0.28 0.24 0.36 0.26 0.27 0.38 0.25 0.50 0.25 0.23 0.27 0.31 0.27 0.46 0.32 0.37 0.40 0.54 0.36 0.34
N1 0.23 0.33 0.36 0.23 0.35 0.29 0.28 0.43 0.24 0.22 0.39 0.42 0.40 0.52 0.33 0.23 0.28 0.29 0.31 0.17
N3 0.20 0.28 0.37 0.21 0.31 0.24 0.24 0.37 0.19 0.18 0.34 0.38 0.33 0.53 0.33 0.19 0.26 0.38 0.33 0.20
N6 0.27 0.32 0.36 0.28 0.34 0.37 0.29 0.51 0.27 0.25 0.38 0.40 0.39 0.48 0.35 0.33 0.36 0.30 0.33 0.22
N7 0.29 0.26 0.37 0.28 0.28 0.41 0.26 0.53 0.27 0.24 0.30 0.33 0.30 0.47 0.34 0.38 0.41 0.49 0.37 0.32
N9 0.22 0.23 0.34 0.21 0.27 0.30 0.24 0.42 0.22 0.19 0.27 0.31 0.26 0.45 0.28 0.29 0.34 0.49 0.35 0.30
O2' 0.38 0.44 0.46 0.36 0.49 0.29 0.48 0.28 0.44 0.42 0.48 0.42 0.43 0.46 0.37 0.34 0.26 0.44 0.39 0.23
O3' 0.44 0.41 0.50 0.47 0.41 0.46 0.40 0.46 0.39 0.41 0.41 0.42 0.42 0.54 0.50 0.46 0.47 0.51 0.40 0.46
O4' 0.28 0.33 0.37 0.24 0.39 0.31 0.33 0.39 0.28 0.28 0.38 0.39 0.34 0.48 0.29 0.32 0.36 0.51 0.35 0.36
O5' 0.29 0.26 0.40 0.33 0.34 0.37 0.27 0.42 0.22 0.23 0.32 0.40 0.28 0.51 0.41 0.34 0.39 0.48 0.28 0.35
OP1 0.53 0.58 0.52 0.45 0.64 0.51 0.58 0.52 0.53 0.54 0.63 0.73 0.58 0.58 0.47 0.56 0.51 0.53 0.43 0.48
OP2 0.45 0.36 0.56 0.49 0.35 0.50 0.30 0.50 0.31 0.36 0.36 0.41 0.39 0.66 0.56 0.47 0.49 0.48 0.40 0.44
P 0.35 0.35 0.43 0.35 0.42 0.39 0.34 0.41 0.29 0.31 0.40 0.51 0.36 0.53 0.42 0.39 0.40 0.44 0.28 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.10 0.01 0.09 0.24 0.26 0.17
C2 0.02 0.00 0.09 0.13 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.05 0.13 0.32 0.28 0.20
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.07 0.02 0.09 0.07 0.10 0.03 0.08 0.07 0.17 0.00 0.04 0.01 0.18 0.25 0.27 0.19
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.17 0.01 0.15 0.02 0.14 0.10 0.15 0.12 0.15 0.02 0.01 0.01 0.14 0.19 0.14 0.10
C4 0.03 0.04 0.07 0.17 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.15 0.18 0.04 0.19 0.41 0.35 0.25
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.04 0.05 0.05 0.13 0.06 0.00 0.01 0.12 0.14 0.06
C5 0.02 0.02 0.09 0.15 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.17 0.05 0.21 0.43 0.37 0.27
C5' 0.03 0.05 0.07 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.09 0.05 0.07 0.09 0.05 0.08 0.11 0.02 0.01 0.10 0.08 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.14 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.15 0.14 0.05 0.19 0.38 0.32 0.25
N1 0.01 0.01 0.03 0.10 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.01 0.13 0.31 0.27 0.20
N3 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.16 0.04 0.16 0.37 0.31 0.23
N4 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.18 0.03 0.17 0.34 0.34 0.27
O2 0.03 0.01 0.17 0.15 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.18 0.07 0.11 0.29 0.27 0.18
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.15 0.13 0.18 0.08 0.15 0.08 0.13 0.09 0.13 0.00 0.05 0.09 0.12 0.20 0.30 0.16
O3' 0.10 0.14 0.04 0.01 0.18 0.06 0.17 0.11 0.14 0.09 0.16 0.18 0.18 0.05 0.00 0.07 0.19 0.30 0.25 0.21
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.04 0.03 0.07 0.09 0.07 0.00 0.10 0.24 0.29 0.21
O5' 0.09 0.13 0.18 0.14 0.19 0.01 0.21 0.01 0.19 0.13 0.16 0.17 0.11 0.12 0.19 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.24 0.32 0.25 0.19 0.41 0.12 0.43 0.10 0.38 0.31 0.37 0.34 0.29 0.20 0.30 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.28 0.27 0.14 0.35 0.14 0.37 0.08 0.32 0.27 0.31 0.34 0.27 0.30 0.25 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.20 0.19 0.10 0.25 0.06 0.27 0.01 0.25 0.20 0.23 0.27 0.18 0.16 0.21 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00