ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44135

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 19, 37, 88, 50, 13, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.090, 0.166, 0.243, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.166 std_dev=0.076
N1 B 0, 0.094, 0.181, 0.268, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.181 std_dev=0.087
N3 A 0, 0.101, 0.212, 0.322, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.212 std_dev=0.111
C5 A 0, 0.159, 0.272, 0.384, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.272 std_dev=0.112
C2 B 0, 0.142, 0.270, 0.399, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.270 std_dev=0.129
C6 A 0, 0.190, 0.345, 0.500, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.345 std_dev=0.155
N9 A 0, 0.146, 0.303, 0.459, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.303 std_dev=0.156
C5 B 0, 0.191, 0.351, 0.510, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.351 std_dev=0.160
C6 B 0, 0.123, 0.284, 0.446, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.284 std_dev=0.162
C2 A 0, 0.182, 0.356, 0.530, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.356 std_dev=0.174
N6 A 0, 0.266, 0.447, 0.628, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.447 std_dev=0.181
N3 B 0, 0.217, 0.399, 0.581, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.399 std_dev=0.182
C4 B 0, 0.205, 0.390, 0.574, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.390 std_dev=0.184
N1 A 0, 0.212, 0.399, 0.586, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.399 std_dev=0.187
C1' A 0, 0.208, 0.400, 0.591, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.400 std_dev=0.192
N7 A 0, 0.216, 0.424, 0.632, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.424 std_dev=0.208
C1' B 0, 0.139, 0.348, 0.557, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.348 std_dev=0.209
O2 B 0, 0.184, 0.406, 0.627, 1.705 max_d=1.705 avg_d=0.406 std_dev=0.222
O4' A 0, 0.243, 0.482, 0.720, 2.346 max_d=2.346 avg_d=0.482 std_dev=0.238
C8 A 0, 0.203, 0.443, 0.682, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.443 std_dev=0.239
C3' A 0, 0.232, 0.476, 0.721, 2.993 max_d=2.993 avg_d=0.476 std_dev=0.245
N4 B 0, 0.241, 0.490, 0.738, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.490 std_dev=0.249
O3' A 0, 0.262, 0.541, 0.819, 2.754 max_d=2.754 avg_d=0.541 std_dev=0.279
C4' A 0, 0.197, 0.499, 0.802, 3.202 max_d=3.202 avg_d=0.499 std_dev=0.303
C2' A 0, 0.134, 0.450, 0.765, 2.592 max_d=2.592 avg_d=0.450 std_dev=0.316
O4' B 0, 0.239, 0.561, 0.882, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.561 std_dev=0.322
OP2 B 0, 0.473, 0.820, 1.166, 1.965 max_d=1.965 avg_d=0.820 std_dev=0.346
P B 0, 0.358, 0.727, 1.096, 2.428 max_d=2.428 avg_d=0.727 std_dev=0.369
C2' B 0, 0.312, 0.689, 1.065, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.689 std_dev=0.376
O2' A 0, 0.292, 0.672, 1.051, 4.033 max_d=4.033 avg_d=0.672 std_dev=0.380
O5' B 0, 0.354, 0.811, 1.269, 2.412 max_d=2.412 avg_d=0.811 std_dev=0.457
C3' B 0, 0.327, 0.787, 1.246, 1.985 max_d=1.985 avg_d=0.787 std_dev=0.459
C4' B 0, 0.246, 0.716, 1.185, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.716 std_dev=0.470
OP1 B 0, 0.432, 0.954, 1.477, 3.344 max_d=3.344 avg_d=0.954 std_dev=0.522
C5' A 0, 0.184, 0.708, 1.231, 5.566 max_d=5.566 avg_d=0.708 std_dev=0.524
C5' B 0, 0.295, 0.876, 1.457, 2.583 max_d=2.583 avg_d=0.876 std_dev=0.581
O5' A 0, 0.180, 0.873, 1.566, 7.245 max_d=7.245 avg_d=0.873 std_dev=0.693
O3' B 0, 0.361, 1.176, 1.991, 2.971 max_d=2.971 avg_d=1.176 std_dev=0.815
O2' B 0, 0.353, 1.189, 2.025, 3.410 max_d=3.410 avg_d=1.189 std_dev=0.836
P A 0, 0.419, 1.329, 2.239, 10.271 max_d=10.271 avg_d=1.329 std_dev=0.910
OP2 A 0, 0.549, 1.747, 2.946, 11.087 max_d=11.087 avg_d=1.747 std_dev=1.198
OP1 A 0, 0.664, 1.908, 3.152, 11.750 max_d=11.750 avg_d=1.908 std_dev=1.244

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.23 0.41 0.62 0.31
C2 0.04 0.00 0.23 0.28 0.01 0.16 0.03 0.25 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.20 0.35 0.15 0.50 1.05 0.65 0.61
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.13 0.01 0.08 0.04 0.13 0.11 0.18 0.23 0.09 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.18 0.29 0.37 0.19
C3' 0.01 0.28 0.01 0.00 0.17 0.01 0.15 0.02 0.20 0.16 0.24 0.26 0.18 0.14 0.08 0.02 0.01 0.01 0.20 0.29 0.22 0.18
C4 0.02 0.01 0.13 0.17 0.00 0.09 0.01 0.17 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.19 0.08 0.44 0.94 0.64 0.56
C4' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.09 0.00 0.09 0.01 0.11 0.12 0.14 0.15 0.12 0.11 0.05 0.08 0.02 0.00 0.02 0.20 0.44 0.08
C5 0.02 0.03 0.08 0.15 0.01 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.17 0.04 0.53 1.17 0.68 0.67
C5' 0.05 0.25 0.04 0.02 0.17 0.01 0.19 0.00 0.22 0.21 0.24 0.22 0.20 0.22 0.13 0.06 0.06 0.02 0.01 0.38 0.37 0.02
C6 0.03 0.07 0.13 0.20 0.02 0.11 0.01 0.22 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.10 0.24 0.07 0.55 1.28 0.68 0.70
C8 0.02 0.03 0.11 0.16 0.01 0.12 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.12 0.16 0.09 0.53 0.98 0.72 0.65
N1 0.04 0.02 0.18 0.24 0.03 0.14 0.02 0.24 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.15 0.31 0.12 0.53 1.20 0.65 0.66
N3 0.04 0.01 0.23 0.26 0.01 0.15 0.01 0.22 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.31 0.15 0.43 0.89 0.63 0.54
N6 0.03 0.01 0.09 0.18 0.02 0.12 0.02 0.20 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.08 0.22 0.04 0.40 1.61 0.48 0.70
N7 0.02 0.03 0.07 0.14 0.01 0.11 0.00 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.10 0.15 0.06 0.57 1.24 0.73 0.74
N9 0.01 0.02 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.13 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.07 0.02 0.40 0.76 0.65 0.50
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.09 0.08 0.06 0.06 0.10 0.12 0.15 0.19 0.08 0.10 0.04 0.00 0.06 0.07 0.09 0.19 0.44 0.14
O3' 0.05 0.35 0.02 0.01 0.19 0.02 0.17 0.06 0.24 0.16 0.31 0.31 0.22 0.15 0.07 0.06 0.00 0.04 0.20 0.42 0.23 0.22
O4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.08 0.00 0.04 0.02 0.07 0.09 0.12 0.15 0.04 0.06 0.02 0.07 0.04 0.00 0.19 0.29 0.71 0.29
O5' 0.23 0.50 0.18 0.20 0.44 0.02 0.53 0.01 0.55 0.53 0.53 0.43 0.40 0.57 0.40 0.09 0.20 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.41 1.05 0.29 0.29 0.94 0.20 1.17 0.38 1.28 0.98 1.20 0.89 1.61 1.24 0.76 0.19 0.42 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.62 0.65 0.37 0.22 0.64 0.44 0.68 0.37 0.68 0.72 0.65 0.63 0.48 0.73 0.65 0.44 0.23 0.71 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.61 0.19 0.18 0.56 0.08 0.67 0.02 0.70 0.65 0.66 0.54 0.70 0.74 0.50 0.14 0.22 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.41 0.22 0.23 0.45 0.23 0.42 0.30 0.36 0.35 0.45 0.51 0.42 0.22 0.26 0.34 0.27 0.15 0.13 0.13
C2 0.53 0.39 0.57 0.62 0.51 0.74 0.52 0.84 0.53 0.45 0.47 0.44 0.40 0.54 0.78 0.66 0.79 0.59 0.46 0.53
C2' 0.37 0.42 0.31 0.34 0.45 0.34 0.44 0.40 0.41 0.39 0.44 0.50 0.42 0.31 0.37 0.42 0.37 0.27 0.18 0.26
C3' 0.29 0.37 0.42 0.35 0.47 0.32 0.48 0.39 0.40 0.34 0.42 0.53 0.34 0.35 0.41 0.35 0.39 0.35 0.27 0.35
C4 0.31 0.29 0.32 0.31 0.33 0.39 0.31 0.53 0.30 0.26 0.34 0.29 0.34 0.31 0.35 0.35 0.53 0.31 0.28 0.31
C4' 0.24 0.39 0.39 0.27 0.54 0.24 0.52 0.32 0.40 0.33 0.48 0.65 0.36 0.32 0.36 0.30 0.31 0.36 0.29 0.32
C5 0.35 0.33 0.35 0.33 0.33 0.39 0.32 0.51 0.30 0.30 0.34 0.28 0.40 0.36 0.34 0.38 0.51 0.28 0.32 0.29
C5' 0.33 0.53 0.54 0.36 0.71 0.29 0.65 0.36 0.49 0.45 0.64 0.83 0.50 0.54 0.45 0.32 0.39 0.49 0.44 0.42
C6 0.46 0.36 0.46 0.44 0.46 0.55 0.49 0.65 0.45 0.39 0.38 0.42 0.41 0.47 0.54 0.54 0.64 0.41 0.40 0.40
C8 0.39 0.50 0.32 0.37 0.51 0.31 0.41 0.34 0.36 0.42 0.54 0.58 0.53 0.34 0.34 0.38 0.34 0.22 0.33 0.23
N1 0.55 0.42 0.56 0.58 0.56 0.71 0.57 0.79 0.55 0.48 0.49 0.52 0.43 0.54 0.75 0.67 0.75 0.53 0.44 0.49
N3 0.39 0.29 0.45 0.48 0.39 0.58 0.40 0.73 0.41 0.32 0.37 0.32 0.33 0.42 0.58 0.48 0.69 0.50 0.37 0.45
N6 0.38 0.33 0.38 0.33 0.46 0.46 0.47 0.55 0.40 0.34 0.37 0.49 0.40 0.45 0.52 0.46 0.53 0.38 0.33 0.35
N7 0.38 0.47 0.34 0.36 0.42 0.32 0.31 0.39 0.30 0.38 0.49 0.43 0.52 0.39 0.30 0.36 0.39 0.22 0.34 0.24
N9 0.31 0.39 0.24 0.25 0.41 0.24 0.35 0.36 0.30 0.32 0.43 0.45 0.42 0.24 0.23 0.30 0.35 0.16 0.20 0.17
O2' 0.50 0.51 0.37 0.39 0.49 0.42 0.47 0.40 0.46 0.48 0.52 0.51 0.54 0.48 0.43 0.54 0.32 0.23 0.11 0.20
O3' 0.25 0.30 0.46 0.33 0.42 0.30 0.43 0.36 0.35 0.28 0.35 0.48 0.27 0.38 0.43 0.32 0.35 0.37 0.24 0.35
O4' 0.27 0.41 0.28 0.21 0.52 0.19 0.49 0.26 0.38 0.34 0.48 0.64 0.40 0.22 0.28 0.31 0.24 0.23 0.18 0.19
O5' 0.59 0.81 0.74 0.50 0.97 0.42 0.90 0.45 0.74 0.71 0.91 1.12 0.78 0.79 0.51 0.49 0.50 0.59 0.51 0.48
OP1 0.86 1.22 0.95 0.63 1.46 0.53 1.29 0.52 1.06 1.05 1.40 1.64 1.20 1.10 0.69 0.66 0.60 0.93 0.84 0.70
OP2 0.83 1.20 0.82 0.85 1.39 0.62 1.15 0.55 0.94 0.99 1.37 1.68 1.20 0.86 0.91 0.69 0.62 0.74 0.80 0.61
P 0.66 0.96 0.76 0.58 1.15 0.46 1.00 0.46 0.81 0.81 1.10 1.34 0.94 0.85 0.63 0.54 0.53 0.70 0.66 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.09 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.32 0.01 0.24 0.34 0.34 0.23
C2 0.03 0.00 0.18 0.28 0.06 0.07 0.03 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.23 0.23 0.10 0.27 0.26 0.39 0.25
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.06 0.02 0.14 0.21 0.18 0.03 0.13 0.06 0.34 0.01 0.04 0.02 0.44 0.66 0.69 0.57
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.40 0.01 0.38 0.02 0.33 0.24 0.34 0.40 0.26 0.02 0.01 0.03 0.10 0.35 0.27 0.17
C4 0.05 0.06 0.06 0.40 0.00 0.18 0.01 0.25 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.38 0.24 0.06 0.35 0.37 0.51 0.38
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.18 0.00 0.21 0.01 0.20 0.10 0.10 0.17 0.09 0.31 0.04 0.01 0.02 0.23 0.18 0.06
C5 0.03 0.03 0.14 0.38 0.01 0.21 0.00 0.28 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.41 0.27 0.11 0.36 0.36 0.48 0.38
C5' 0.09 0.15 0.21 0.02 0.25 0.01 0.28 0.00 0.24 0.15 0.20 0.23 0.14 0.13 0.23 0.02 0.01 0.21 0.15 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.33 0.02 0.20 0.00 0.24 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.35 0.21 0.13 0.31 0.27 0.37 0.28
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.04 0.10 0.02 0.15 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.22 0.14 0.02 0.26 0.25 0.34 0.22
N3 0.03 0.01 0.13 0.34 0.02 0.10 0.02 0.20 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.32 0.19 0.08 0.30 0.29 0.45 0.31
N4 0.03 0.02 0.06 0.40 0.01 0.17 0.01 0.23 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.41 0.22 0.04 0.35 0.39 0.51 0.41
O2 0.05 0.01 0.34 0.26 0.04 0.09 0.02 0.14 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.23 0.38 0.17 0.26 0.30 0.38 0.24
O2' 0.02 0.23 0.01 0.02 0.38 0.31 0.41 0.13 0.35 0.22 0.32 0.41 0.23 0.00 0.06 0.22 0.32 0.60 0.80 0.52
O3' 0.32 0.23 0.04 0.01 0.24 0.04 0.27 0.23 0.21 0.14 0.19 0.22 0.38 0.06 0.00 0.23 0.33 0.41 0.43 0.35
O4' 0.01 0.10 0.02 0.03 0.06 0.01 0.11 0.02 0.13 0.02 0.08 0.04 0.17 0.22 0.23 0.00 0.19 0.23 0.22 0.15
O5' 0.24 0.27 0.44 0.10 0.35 0.02 0.36 0.01 0.31 0.26 0.30 0.35 0.26 0.32 0.33 0.19 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.34 0.26 0.66 0.35 0.37 0.23 0.36 0.21 0.27 0.25 0.29 0.39 0.30 0.60 0.41 0.23 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.34 0.39 0.69 0.27 0.51 0.18 0.48 0.15 0.37 0.34 0.45 0.51 0.38 0.80 0.43 0.22 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.25 0.57 0.17 0.38 0.06 0.38 0.02 0.28 0.22 0.31 0.41 0.24 0.52 0.35 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00