ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44137

back

Distances from reference structure (by RMSD)

34, 21, 3, 0, 15, 19, 10, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.012, 0.132, 0.251, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.132 std_dev=0.120
N1 A 0, 0.030, 0.157, 0.283, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.157 std_dev=0.127
N1 B 0, 0.048, 0.203, 0.359, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.203 std_dev=0.156
N9 B 0, 0.044, 0.213, 0.382, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.213 std_dev=0.169
C5 B 0, -0.012, 0.203, 0.419, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.203 std_dev=0.215
C4 A 0, 0.053, 0.268, 0.484, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.268 std_dev=0.216
C6 A 0, 0.037, 0.255, 0.473, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.255 std_dev=0.218
C2 B 0, -0.005, 0.226, 0.458, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.226 std_dev=0.232
C5 A 0, 0.044, 0.286, 0.528, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.286 std_dev=0.242
N4 A 0, 0.051, 0.299, 0.547, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.299 std_dev=0.248
C1' A 0, 0.053, 0.305, 0.556, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.305 std_dev=0.251
C6 B 0, 0.030, 0.284, 0.538, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.284 std_dev=0.254
N3 B 0, -0.022, 0.258, 0.538, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.258 std_dev=0.280
C8 B 0, -0.005, 0.277, 0.559, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.277 std_dev=0.282
C2 A 0, 0.031, 0.322, 0.613, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.322 std_dev=0.291
C2' A 0, 0.061, 0.365, 0.670, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.365 std_dev=0.305
N3 A 0, 0.050, 0.365, 0.680, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.365 std_dev=0.315
C3' A 0, 0.058, 0.376, 0.693, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.376 std_dev=0.317
C1' B 0, 0.044, 0.363, 0.681, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.363 std_dev=0.319
O4' A 0, 0.064, 0.394, 0.724, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.394 std_dev=0.330
C3' B 0, 0.066, 0.428, 0.789, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.428 std_dev=0.361
C4' A 0, 0.070, 0.449, 0.828, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.449 std_dev=0.379
O4' B 0, -0.059, 0.325, 0.710, 2.595 max_d=2.595 avg_d=0.325 std_dev=0.385
N7 B 0, -0.053, 0.336, 0.724, 1.830 max_d=1.830 avg_d=0.336 std_dev=0.388
O3' A 0, 0.064, 0.468, 0.873, 1.910 max_d=1.910 avg_d=0.468 std_dev=0.405
O2' A 0, 0.048, 0.480, 0.911, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.480 std_dev=0.431
C4' B 0, -0.056, 0.376, 0.808, 2.562 max_d=2.562 avg_d=0.376 std_dev=0.432
C5' A 0, 0.094, 0.531, 0.968, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.531 std_dev=0.437
N6 B 0, -0.021, 0.463, 0.946, 1.790 max_d=1.790 avg_d=0.463 std_dev=0.483
O2 A 0, 0.057, 0.551, 1.045, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.551 std_dev=0.494
O3' B 0, 0.063, 0.678, 1.292, 2.316 max_d=2.316 avg_d=0.678 std_dev=0.614
C2' B 0, -0.001, 0.618, 1.236, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.618 std_dev=0.619
C5' B 0, -0.168, 0.512, 1.192, 4.591 max_d=4.591 avg_d=0.512 std_dev=0.680
O5' B 0, -0.109, 0.646, 1.402, 5.167 max_d=5.167 avg_d=0.646 std_dev=0.755
P B 0, -0.536, 0.531, 1.597, 7.747 max_d=7.747 avg_d=0.531 std_dev=1.066
O5' A 0, 0.079, 1.197, 2.316, 3.251 max_d=3.251 avg_d=1.197 std_dev=1.119
OP1 B 0, -0.409, 0.789, 1.988, 8.689 max_d=8.689 avg_d=0.789 std_dev=1.199
OP2 A 0, 0.061, 1.312, 2.563, 3.871 max_d=3.871 avg_d=1.312 std_dev=1.251
O2' B 0, -0.115, 1.149, 2.413, 3.954 max_d=3.954 avg_d=1.149 std_dev=1.264
P A 0, 0.051, 1.317, 2.582, 4.028 max_d=4.028 avg_d=1.317 std_dev=1.266
OP1 A 0, 0.137, 1.484, 2.831, 4.844 max_d=4.844 avg_d=1.484 std_dev=1.347
OP2 B 0, -0.733, 0.647, 2.026, 9.984 max_d=9.984 avg_d=0.647 std_dev=1.379

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.19 0.22 0.19 0.16
C2 0.02 0.00 0.12 0.16 0.06 0.06 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.17 0.06 0.42 0.38 0.28 0.37
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.02 0.12 0.02 0.09 0.05 0.23 0.01 0.02 0.01 0.31 0.33 0.12 0.25
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.12 0.01 0.11 0.03 0.12 0.07 0.16 0.15 0.24 0.02 0.01 0.01 0.41 0.42 0.12 0.32
C4 0.04 0.06 0.04 0.12 0.00 0.10 0.01 0.20 0.02 0.04 0.02 0.00 0.05 0.05 0.13 0.04 0.60 0.55 0.49 0.57
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.09 0.05 0.08 0.12 0.07 0.04 0.03 0.00 0.02 0.14 0.32 0.03
C5 0.02 0.02 0.09 0.11 0.01 0.11 0.00 0.21 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.13 0.06 0.64 0.57 0.47 0.58
C5' 0.03 0.12 0.02 0.03 0.20 0.01 0.21 0.00 0.17 0.11 0.16 0.24 0.09 0.04 0.05 0.01 0.01 0.20 0.45 0.01
C6 0.01 0.01 0.12 0.12 0.02 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.08 0.14 0.07 0.56 0.46 0.31 0.45
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.40 0.35 0.22 0.33
N3 0.02 0.01 0.09 0.16 0.02 0.08 0.02 0.16 0.04 0.03 0.00 0.01 0.02 0.07 0.17 0.06 0.54 0.48 0.41 0.50
N4 0.02 0.01 0.05 0.15 0.00 0.12 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.16 0.04 0.54 0.50 0.47 0.54
O2 0.03 0.01 0.23 0.24 0.05 0.07 0.02 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.27 0.09 0.32 0.30 0.23 0.29
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.05 0.04 0.06 0.04 0.08 0.02 0.07 0.04 0.19 0.00 0.05 0.05 0.07 0.16 0.16 0.06
O3' 0.02 0.17 0.02 0.01 0.13 0.03 0.13 0.05 0.14 0.06 0.17 0.16 0.27 0.05 0.00 0.02 0.31 0.41 0.17 0.29
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.04 0.09 0.05 0.02 0.00 0.11 0.15 0.35 0.14
O5' 0.19 0.42 0.31 0.41 0.60 0.02 0.64 0.01 0.56 0.40 0.54 0.54 0.32 0.07 0.31 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.22 0.38 0.33 0.42 0.55 0.14 0.57 0.20 0.46 0.35 0.48 0.50 0.30 0.16 0.41 0.15 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.28 0.12 0.12 0.49 0.32 0.47 0.45 0.31 0.22 0.41 0.47 0.23 0.16 0.17 0.35 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.37 0.25 0.32 0.57 0.03 0.58 0.01 0.45 0.33 0.50 0.54 0.29 0.06 0.29 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.51 0.41 0.89 0.28 0.35 0.27 0.25 0.29 0.25 0.29 0.30 0.46 0.25 0.28 0.36 1.31 0.46 0.32 0.34 0.23 0.49 0.31
C2 0.58 0.38 0.83 0.50 0.33 0.52 0.19 0.49 0.17 0.27 0.25 0.46 0.21 0.23 0.38 1.12 0.67 0.50 0.44 0.30 0.46 0.22
C2' 0.49 0.35 0.91 0.30 0.31 0.20 0.20 0.24 0.18 0.26 0.23 0.41 0.17 0.24 0.34 1.23 0.40 0.27 0.47 0.39 0.65 0.50
C3' 0.49 0.41 0.94 0.35 0.39 0.13 0.33 0.25 0.32 0.36 0.34 0.44 0.22 0.34 0.41 1.15 0.35 0.19 0.59 0.72 0.94 0.81
C4 0.46 0.32 0.70 0.46 0.27 0.50 0.17 0.46 0.16 0.23 0.21 0.37 0.22 0.22 0.30 0.89 0.81 0.43 0.43 0.29 0.56 0.22
C4' 0.60 0.61 1.02 0.33 0.57 0.13 0.53 0.15 0.53 0.50 0.56 0.62 0.39 0.50 0.56 1.36 0.30 0.27 0.46 0.69 0.82 0.70
C5 0.32 0.27 0.64 0.33 0.22 0.41 0.23 0.44 0.26 0.25 0.24 0.29 0.32 0.30 0.22 0.85 0.78 0.33 0.44 0.33 0.69 0.36
C5' 0.60 0.71 1.02 0.36 0.66 0.17 0.67 0.23 0.70 0.61 0.70 0.68 0.55 0.65 0.62 1.29 0.31 0.28 0.55 0.87 1.01 0.84
C6 0.33 0.31 0.69 0.28 0.26 0.35 0.26 0.42 0.29 0.27 0.28 0.32 0.33 0.32 0.25 0.96 0.69 0.29 0.45 0.36 0.70 0.42
N1 0.45 0.34 0.79 0.33 0.28 0.35 0.20 0.36 0.20 0.25 0.24 0.39 0.24 0.25 0.30 1.11 0.61 0.34 0.38 0.20 0.53 0.26
N3 0.56 0.38 0.76 0.54 0.33 0.56 0.19 0.52 0.17 0.26 0.25 0.45 0.20 0.22 0.37 0.98 0.77 0.51 0.46 0.37 0.50 0.24
N4 0.41 0.31 0.66 0.29 0.26 0.30 0.18 0.24 0.16 0.24 0.22 0.35 0.18 0.22 0.28 0.82 0.50 0.33 0.38 0.36 0.61 0.23
O2 0.74 0.49 0.94 0.66 0.45 0.68 0.28 0.65 0.24 0.36 0.33 0.58 0.25 0.29 0.50 1.28 0.68 0.67 0.54 0.48 0.47 0.38
O2' 0.56 0.39 0.96 0.28 0.34 0.24 0.19 0.27 0.18 0.27 0.25 0.46 0.22 0.26 0.37 1.44 0.31 0.35 0.39 0.34 0.45 0.38
O3' 0.52 0.42 0.94 0.42 0.43 0.24 0.37 0.38 0.34 0.41 0.36 0.46 0.18 0.36 0.46 1.06 0.31 0.25 0.71 0.96 1.05 1.02
O4' 0.57 0.57 0.97 0.28 0.51 0.18 0.44 0.19 0.46 0.42 0.50 0.59 0.39 0.43 0.49 1.40 0.38 0.29 0.33 0.43 0.60 0.45
O5' 0.42 0.73 0.80 0.34 0.63 0.42 0.70 0.61 0.77 0.57 0.77 0.65 0.59 0.68 0.53 1.08 0.61 0.33 0.66 0.89 1.15 0.90
OP1 0.55 0.89 0.84 0.52 0.80 0.59 0.92 0.75 1.01 0.77 0.98 0.79 0.79 0.91 0.70 1.04 0.67 0.55 0.82 1.18 1.32 1.08
OP2 0.38 0.69 0.79 0.31 0.61 0.35 0.72 0.51 0.80 0.61 0.76 0.60 0.63 0.74 0.53 0.98 0.64 0.27 0.60 0.86 1.13 0.82
P 0.44 0.77 0.80 0.35 0.68 0.44 0.78 0.61 0.86 0.64 0.84 0.68 0.69 0.77 0.57 1.05 0.62 0.38 0.65 0.95 1.16 0.89

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.33 0.00 0.24 0.50 0.23 0.28
C2 0.03 0.00 0.29 0.27 0.01 0.15 0.02 0.27 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.25 0.35 0.15 0.41 0.44 0.58 0.32
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.15 0.02 0.08 0.24 0.13 0.13 0.24 0.28 0.08 0.08 0.03 0.00 0.03 0.02 0.50 0.58 0.53 0.59
C3' 0.02 0.27 0.00 0.00 0.23 0.01 0.30 0.03 0.30 0.31 0.30 0.23 0.27 0.34 0.20 0.02 0.01 0.02 0.11 0.33 0.23 0.13
C4 0.02 0.01 0.15 0.23 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.24 0.22 0.08 0.27 0.49 0.29 0.18
C4' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.09 0.17 0.13 0.15 0.08 0.15 0.07 0.28 0.03 0.00 0.02 0.34 0.19 0.07
C5 0.01 0.02 0.08 0.30 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.14 0.05 0.32 0.58 0.28 0.25
C5' 0.10 0.27 0.24 0.03 0.13 0.01 0.13 0.00 0.14 0.25 0.21 0.25 0.15 0.23 0.11 0.09 0.21 0.02 0.01 0.23 0.21 0.02
C6 0.02 0.04 0.13 0.30 0.01 0.09 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.32 0.17 0.08 0.33 0.52 0.31 0.18
C8 0.01 0.01 0.13 0.31 0.01 0.17 0.01 0.25 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.29 0.14 0.09 0.46 0.79 0.46 0.52
N1 0.03 0.01 0.24 0.30 0.02 0.13 0.01 0.21 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.26 0.12 0.36 0.42 0.46 0.19
N3 0.04 0.00 0.28 0.23 0.00 0.15 0.01 0.25 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.38 0.15 0.37 0.45 0.50 0.30
N6 0.02 0.01 0.08 0.27 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.33 0.12 0.06 0.36 0.39 0.31 0.17
N7 0.01 0.02 0.08 0.34 0.01 0.15 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.33 0.16 0.05 0.45 0.78 0.43 0.49
N9 0.01 0.01 0.03 0.20 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.15 0.01 0.27 0.58 0.26 0.30
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.24 0.28 0.31 0.09 0.32 0.29 0.28 0.22 0.33 0.33 0.20 0.00 0.05 0.19 0.41 0.53 0.45 0.55
O3' 0.33 0.35 0.03 0.01 0.22 0.03 0.14 0.21 0.17 0.14 0.26 0.38 0.12 0.16 0.15 0.05 0.00 0.24 0.24 0.38 0.38 0.22
O4' 0.00 0.15 0.02 0.02 0.08 0.00 0.05 0.02 0.08 0.09 0.12 0.15 0.06 0.05 0.01 0.19 0.24 0.00 0.13 0.51 0.23 0.18
O5' 0.24 0.41 0.50 0.11 0.27 0.02 0.32 0.01 0.33 0.46 0.36 0.37 0.36 0.45 0.27 0.41 0.24 0.13 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.50 0.44 0.58 0.33 0.49 0.34 0.58 0.23 0.52 0.79 0.42 0.45 0.39 0.78 0.58 0.53 0.38 0.51 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.58 0.53 0.23 0.29 0.19 0.28 0.21 0.31 0.46 0.46 0.50 0.31 0.43 0.26 0.45 0.38 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.32 0.59 0.13 0.18 0.07 0.25 0.02 0.18 0.52 0.19 0.30 0.17 0.49 0.30 0.55 0.22 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00