ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44141

back

Distances from reference structure (by RMSD)

7, 21, 79, 102, 17, 10, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.074, 0.154, 0.234, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.154 std_dev=0.080
N1 A 0, 0.095, 0.183, 0.271, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.183 std_dev=0.088
C6 A 0, 0.162, 0.273, 0.383, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.273 std_dev=0.111
N9 B 0, 0.120, 0.231, 0.342, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.231 std_dev=0.111
N3 B 0, 0.102, 0.214, 0.327, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.214 std_dev=0.113
N3 A 0, 0.145, 0.264, 0.382, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.264 std_dev=0.119
C1' B 0, 0.160, 0.287, 0.414, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.287 std_dev=0.127
C5 B 0, 0.154, 0.284, 0.413, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.284 std_dev=0.130
C2 A 0, 0.060, 0.190, 0.320, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.190 std_dev=0.130
C6 B 0, 0.207, 0.347, 0.488, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.347 std_dev=0.141
C4 A 0, 0.209, 0.350, 0.491, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.350 std_dev=0.141
C2 B 0, 0.171, 0.319, 0.467, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.319 std_dev=0.148
C5 A 0, 0.207, 0.360, 0.512, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.360 std_dev=0.152
O4' A 0, 0.275, 0.440, 0.605, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.440 std_dev=0.165
N1 B 0, 0.176, 0.344, 0.513, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.344 std_dev=0.169
C1' A 0, 0.204, 0.384, 0.564, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.384 std_dev=0.180
N6 B 0, 0.278, 0.459, 0.641, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.459 std_dev=0.181
C2' B 0, 0.300, 0.487, 0.674, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.487 std_dev=0.187
C8 B 0, 0.209, 0.398, 0.587, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.398 std_dev=0.189
O4 A 0, 0.316, 0.520, 0.725, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.520 std_dev=0.205
N7 B 0, 0.208, 0.425, 0.641, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.425 std_dev=0.216
O2 A 0, 0.113, 0.342, 0.571, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.342 std_dev=0.229
O4' B 0, 0.498, 0.736, 0.974, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.736 std_dev=0.238
C4' A 0, 0.268, 0.528, 0.787, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.528 std_dev=0.259
C4' B 0, 0.691, 0.981, 1.271, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.981 std_dev=0.290
C5' A 0, 0.349, 0.647, 0.944, 1.751 max_d=1.751 avg_d=0.647 std_dev=0.297
C3' A 0, 0.271, 0.614, 0.957, 1.789 max_d=1.789 avg_d=0.614 std_dev=0.343
O5' A 0, 0.358, 0.710, 1.062, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.710 std_dev=0.352
C3' B 0, 0.697, 1.061, 1.425, 1.990 max_d=1.990 avg_d=1.061 std_dev=0.364
C2' A 0, 0.157, 0.532, 0.906, 1.748 max_d=1.748 avg_d=0.532 std_dev=0.374
C5' B 0, 0.790, 1.219, 1.648, 3.081 max_d=3.081 avg_d=1.219 std_dev=0.429
P A 0, 0.563, 1.001, 1.439, 2.430 max_d=2.430 avg_d=1.001 std_dev=0.438
O5' B 0, 0.876, 1.340, 1.804, 3.036 max_d=3.036 avg_d=1.340 std_dev=0.464
OP1 A 0, 0.638, 1.142, 1.645, 3.694 max_d=3.694 avg_d=1.142 std_dev=0.503
OP2 A 0, 0.767, 1.289, 1.810, 2.888 max_d=2.888 avg_d=1.289 std_dev=0.522
O2' A 0, 0.226, 0.757, 1.288, 2.406 max_d=2.406 avg_d=0.757 std_dev=0.531
O3' A 0, 0.342, 0.907, 1.471, 2.847 max_d=2.847 avg_d=0.907 std_dev=0.565
O3' B 0, 1.105, 1.717, 2.329, 3.036 max_d=3.036 avg_d=1.717 std_dev=0.612
P B 0, 0.561, 1.179, 1.797, 3.621 max_d=3.621 avg_d=1.179 std_dev=0.618
OP2 B 0, 0.595, 1.246, 1.896, 3.763 max_d=3.763 avg_d=1.246 std_dev=0.651
O2' B 0, 0.295, 0.994, 1.693, 3.351 max_d=3.351 avg_d=0.994 std_dev=0.699
OP1 B 0, 0.742, 1.541, 2.340, 4.875 max_d=4.875 avg_d=1.541 std_dev=0.799

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.07 0.08 0.24 0.11
C2 0.03 0.00 0.08 0.09 0.03 0.04 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.02 0.04 0.15 0.15 0.27 0.17
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.06 0.14 0.01 0.02 0.05 0.01 0.10 0.13 0.20 0.08
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.11 0.01 0.12 0.02 0.12 0.07 0.10 0.13 0.02 0.01 0.11 0.02 0.14 0.18 0.17 0.10
C4 0.03 0.03 0.05 0.11 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.14 0.01 0.05 0.22 0.23 0.31 0.22
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.05 0.07 0.03 0.07 0.00 0.02 0.09 0.18 0.05
C5 0.02 0.02 0.06 0.12 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.16 0.01 0.05 0.23 0.24 0.31 0.22
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.06 0.08 0.05 0.06 0.04 0.11 0.02 0.01 0.11 0.14 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.15 0.02 0.05 0.20 0.18 0.28 0.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.07 0.02 0.02 0.14 0.13 0.26 0.15
N3 0.03 0.01 0.06 0.10 0.01 0.05 0.02 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.13 0.02 0.04 0.19 0.20 0.30 0.20
O2 0.04 0.01 0.14 0.13 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.16 0.02 0.06 0.12 0.13 0.26 0.15
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.03 0.07 0.14 0.00 0.05 0.05 0.05 0.05 0.12 0.19 0.06
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.14 0.03 0.16 0.04 0.15 0.07 0.13 0.16 0.05 0.00 0.16 0.02 0.15 0.26 0.18 0.15
O4 0.03 0.02 0.05 0.11 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.16 0.00 0.05 0.22 0.24 0.29 0.21
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.05 0.00 0.09 0.11 0.26 0.14
O5' 0.07 0.15 0.10 0.14 0.22 0.02 0.23 0.01 0.20 0.14 0.19 0.12 0.05 0.15 0.22 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.15 0.13 0.18 0.23 0.09 0.24 0.11 0.18 0.13 0.20 0.13 0.12 0.26 0.24 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.27 0.20 0.17 0.31 0.18 0.31 0.14 0.28 0.26 0.30 0.26 0.19 0.18 0.29 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.17 0.08 0.10 0.22 0.05 0.22 0.02 0.18 0.15 0.20 0.15 0.06 0.15 0.21 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.46 0.59 0.42 0.40 0.32 0.49 0.53 0.53 0.48 0.51 0.40 0.54 0.55 0.36 0.34 0.35 0.20 0.24 0.19 0.15 0.05
C2 0.22 0.40 0.35 0.30 0.25 0.31 0.33 0.48 0.39 0.35 0.41 0.32 0.38 0.41 0.23 0.23 0.34 0.26 0.29 0.22 0.23 0.11
C2' 0.35 0.49 0.70 0.57 0.50 0.42 0.59 0.68 0.60 0.62 0.55 0.45 0.59 0.67 0.48 0.38 0.43 0.28 0.27 0.21 0.15 0.11
C3' 0.27 0.49 0.70 0.42 0.48 0.19 0.59 0.34 0.61 0.60 0.56 0.43 0.67 0.67 0.44 0.44 0.32 0.15 0.15 0.10 0.13 0.02
C4 0.38 0.46 0.27 0.49 0.22 0.46 0.19 0.45 0.30 0.35 0.43 0.37 0.36 0.30 0.28 0.28 0.46 0.50 0.36 0.22 0.31 0.16
C4' 0.25 0.49 0.69 0.42 0.45 0.19 0.56 0.31 0.60 0.55 0.55 0.43 0.67 0.63 0.41 0.47 0.34 0.17 0.12 0.21 0.23 0.10
C5 0.35 0.53 0.31 0.51 0.29 0.52 0.31 0.52 0.45 0.28 0.54 0.42 0.55 0.29 0.25 0.33 0.55 0.54 0.40 0.24 0.35 0.21
C5' 0.26 0.53 0.69 0.37 0.48 0.27 0.60 0.30 0.65 0.54 0.61 0.46 0.77 0.65 0.41 0.58 0.49 0.27 0.20 0.29 0.37 0.19
C6 0.23 0.50 0.37 0.33 0.31 0.37 0.39 0.39 0.50 0.29 0.54 0.40 0.60 0.39 0.21 0.33 0.42 0.39 0.36 0.22 0.31 0.19
N1 0.14 0.44 0.41 0.26 0.29 0.24 0.38 0.38 0.45 0.34 0.47 0.35 0.49 0.42 0.21 0.25 0.29 0.22 0.28 0.18 0.22 0.08
N3 0.30 0.40 0.26 0.33 0.20 0.33 0.25 0.40 0.30 0.35 0.37 0.31 0.32 0.37 0.24 0.25 0.33 0.36 0.31 0.22 0.27 0.12
O2 0.33 0.44 0.46 0.46 0.37 0.48 0.43 0.70 0.46 0.45 0.45 0.39 0.38 0.50 0.36 0.32 0.52 0.37 0.32 0.30 0.24 0.18
O2' 0.54 0.56 0.86 0.86 0.61 0.73 0.68 1.03 0.65 0.73 0.61 0.55 0.59 0.75 0.63 0.48 0.71 0.54 0.33 0.28 0.12 0.16
O3' 0.37 0.49 0.81 0.57 0.53 0.22 0.65 0.38 0.64 0.71 0.57 0.46 0.68 0.76 0.54 0.49 0.33 0.23 0.03 0.03 0.02 0.01
O4 0.51 0.50 0.32 0.63 0.32 0.56 0.26 0.51 0.27 0.50 0.44 0.42 0.29 0.41 0.42 0.29 0.55 0.60 0.36 0.20 0.27 0.18
O4' 0.21 0.47 0.61 0.37 0.40 0.22 0.50 0.37 0.54 0.46 0.53 0.41 0.61 0.54 0.34 0.40 0.32 0.17 0.17 0.20 0.21 0.06
O5' 0.33 0.64 0.70 0.44 0.56 0.42 0.68 0.48 0.75 0.56 0.72 0.56 0.90 0.70 0.46 0.69 0.62 0.38 0.30 0.24 0.35 0.19
OP1 0.46 0.73 0.87 0.56 0.69 0.50 0.83 0.60 0.90 0.74 0.84 0.65 1.07 0.88 0.61 0.98 0.80 0.40 0.32 0.40 0.41 0.28
OP2 0.48 0.76 0.72 0.72 0.65 0.72 0.76 0.83 0.87 0.59 0.85 0.67 1.05 0.74 0.55 0.85 0.95 0.62 0.37 0.28 0.40 0.23
P 0.38 0.68 0.74 0.55 0.60 0.53 0.72 0.63 0.81 0.59 0.78 0.59 0.99 0.74 0.50 0.82 0.78 0.45 0.29 0.29 0.37 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.10 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.34 0.01 0.45 0.62 0.56 0.49
C2 0.05 0.00 0.17 0.09 0.02 0.33 0.03 0.51 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.29 0.51 0.38 0.62 0.61 0.76 0.59
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.10 0.02 0.07 0.22 0.10 0.10 0.14 0.16 0.09 0.06 0.03 0.01 0.04 0.03 0.79 1.03 1.01 0.93
C3' 0.03 0.09 0.01 0.00 0.09 0.01 0.19 0.02 0.16 0.33 0.07 0.10 0.20 0.31 0.15 0.02 0.01 0.04 0.43 0.81 0.43 0.55
C4 0.02 0.02 0.10 0.09 0.00 0.14 0.01 0.29 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.32 0.20 0.65 0.70 0.81 0.66
C4' 0.01 0.33 0.02 0.01 0.14 0.00 0.07 0.01 0.13 0.23 0.25 0.32 0.10 0.16 0.05 0.28 0.03 0.01 0.02 0.36 0.24 0.11
C5 0.02 0.03 0.07 0.19 0.01 0.07 0.00 0.22 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.20 0.10 0.73 0.79 0.97 0.78
C5' 0.10 0.51 0.22 0.02 0.29 0.01 0.22 0.00 0.30 0.25 0.43 0.48 0.27 0.22 0.14 0.10 0.24 0.02 0.01 0.28 0.42 0.02
C6 0.03 0.06 0.10 0.16 0.02 0.13 0.01 0.30 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.14 0.26 0.17 0.73 0.77 0.98 0.77
C8 0.02 0.03 0.10 0.33 0.01 0.23 0.01 0.25 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.50 0.13 0.18 0.75 0.89 0.99 0.84
N1 0.04 0.02 0.14 0.07 0.03 0.25 0.02 0.43 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.16 0.41 0.30 0.68 0.68 0.88 0.68
N3 0.05 0.01 0.16 0.10 0.01 0.32 0.01 0.48 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.30 0.51 0.39 0.58 0.60 0.70 0.56
N6 0.03 0.02 0.09 0.20 0.02 0.10 0.02 0.27 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.22 0.20 0.13 0.79 0.86 1.07 0.84
N7 0.02 0.03 0.06 0.31 0.01 0.16 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.45 0.13 0.10 0.79 0.91 1.08 0.89
N9 0.01 0.03 0.03 0.15 0.01 0.05 0.01 0.14 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.19 0.20 0.02 0.64 0.74 0.79 0.67
O2' 0.02 0.29 0.01 0.02 0.09 0.28 0.21 0.10 0.14 0.50 0.16 0.30 0.22 0.45 0.19 0.00 0.06 0.15 0.46 0.78 0.93 0.68
O3' 0.34 0.51 0.04 0.01 0.32 0.03 0.20 0.24 0.26 0.13 0.41 0.51 0.20 0.13 0.20 0.06 0.00 0.22 0.31 0.45 0.46 0.33
O4' 0.01 0.38 0.03 0.04 0.20 0.01 0.10 0.02 0.17 0.18 0.30 0.39 0.13 0.10 0.02 0.15 0.22 0.00 0.24 0.40 0.23 0.20
O5' 0.45 0.62 0.79 0.43 0.65 0.02 0.73 0.01 0.73 0.75 0.68 0.58 0.79 0.79 0.64 0.46 0.31 0.24 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.62 0.61 1.03 0.81 0.70 0.36 0.79 0.28 0.77 0.89 0.68 0.60 0.86 0.91 0.74 0.78 0.45 0.40 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.56 0.76 1.01 0.43 0.81 0.24 0.97 0.42 0.98 0.99 0.88 0.70 1.07 1.08 0.79 0.93 0.46 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.49 0.59 0.93 0.55 0.66 0.11 0.78 0.02 0.77 0.84 0.68 0.56 0.84 0.89 0.67 0.68 0.33 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00