ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44142

back

Distances from reference structure (by RMSD)

48, 9, 18, 0, 11, 8, 14, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.013, 0.108, 0.202, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.108 std_dev=0.094
N9 A 0, 0.019, 0.153, 0.288, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.153 std_dev=0.134
N1 B 0, 0.022, 0.163, 0.305, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.163 std_dev=0.142
N1 A 0, 0.025, 0.174, 0.323, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.174 std_dev=0.149
C2 B 0, 0.029, 0.237, 0.445, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.237 std_dev=0.208
C5 B 0, 0.021, 0.238, 0.456, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.238 std_dev=0.218
C4 B 0, 0.013, 0.236, 0.459, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.236 std_dev=0.223
C1' A 0, 0.002, 0.243, 0.483, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.243 std_dev=0.241
C6 B 0, 0.019, 0.272, 0.526, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.272 std_dev=0.253
N6 A 0, -0.023, 0.236, 0.496, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.236 std_dev=0.259
C1' B 0, 0.012, 0.275, 0.537, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.275 std_dev=0.263
C5 A 0, -0.011, 0.254, 0.518, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.254 std_dev=0.264
C6 A 0, 0.001, 0.266, 0.531, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.266 std_dev=0.265
N3 B 0, 0.012, 0.306, 0.600, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.306 std_dev=0.294
N3 A 0, -0.019, 0.284, 0.588, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.284 std_dev=0.303
C2 A 0, -0.016, 0.290, 0.595, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.290 std_dev=0.306
N4 B 0, 0.030, 0.354, 0.678, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.354 std_dev=0.324
O4' B 0, -0.006, 0.320, 0.646, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.320 std_dev=0.326
O2 B 0, 0.033, 0.393, 0.753, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.393 std_dev=0.360
C8 A 0, -0.019, 0.359, 0.736, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.359 std_dev=0.378
C2' B 0, -0.014, 0.426, 0.865, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.426 std_dev=0.440
C4' B 0, -0.048, 0.441, 0.931, 2.135 max_d=2.135 avg_d=0.441 std_dev=0.490
N7 A 0, -0.049, 0.451, 0.950, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.451 std_dev=0.500
C3' B 0, -0.039, 0.506, 1.052, 2.136 max_d=2.136 avg_d=0.506 std_dev=0.546
C2' A 0, -0.085, 0.491, 1.067, 3.134 max_d=3.134 avg_d=0.491 std_dev=0.576
C5' B 0, -0.058, 0.534, 1.126, 2.412 max_d=2.412 avg_d=0.534 std_dev=0.592
O2' B 0, -0.039, 0.553, 1.146, 3.020 max_d=3.020 avg_d=0.553 std_dev=0.593
O3' B 0, -0.113, 0.661, 1.435, 3.639 max_d=3.639 avg_d=0.661 std_dev=0.774
O4' A 0, -0.133, 0.653, 1.439, 2.181 max_d=2.181 avg_d=0.653 std_dev=0.786
C3' A 0, -0.128, 0.699, 1.526, 3.695 max_d=3.695 avg_d=0.699 std_dev=0.827
C4' A 0, -0.123, 0.759, 1.642, 2.429 max_d=2.429 avg_d=0.759 std_dev=0.883
O2' A 0, -0.164, 0.735, 1.633, 4.047 max_d=4.047 avg_d=0.735 std_dev=0.899
OP1 B 0, -0.141, 0.910, 1.962, 5.237 max_d=5.237 avg_d=0.910 std_dev=1.051
O5' B 0, -0.176, 0.891, 1.958, 3.299 max_d=3.299 avg_d=0.891 std_dev=1.067
O3' A 0, -0.158, 0.920, 1.998, 5.037 max_d=5.037 avg_d=0.920 std_dev=1.078
P B 0, -0.319, 1.267, 2.854, 4.588 max_d=4.588 avg_d=1.267 std_dev=1.587
C5' A 0, -0.311, 1.440, 3.192, 5.009 max_d=5.009 avg_d=1.440 std_dev=1.751
OP2 B 0, -0.635, 1.987, 4.609, 7.315 max_d=7.315 avg_d=1.987 std_dev=2.622
O5' A 0, -0.594, 2.225, 5.043, 6.789 max_d=6.789 avg_d=2.225 std_dev=2.818
P A 0, -0.901, 3.041, 6.984, 9.282 max_d=9.282 avg_d=3.041 std_dev=3.943
OP2 A 0, -0.933, 3.409, 7.752, 10.303 max_d=10.303 avg_d=3.409 std_dev=4.343
OP1 A 0, -1.044, 3.636, 8.317, 11.206 max_d=11.206 avg_d=3.636 std_dev=4.680

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.23 0.20 0.42 0.29
C2 0.04 0.00 0.33 0.24 0.01 0.19 0.03 0.32 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.35 0.33 0.31 0.39 0.60 0.85 0.45
C2' 0.01 0.33 0.00 0.00 0.18 0.02 0.10 0.02 0.15 0.16 0.28 0.33 0.09 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.31 0.33 0.31 0.28
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.14 0.01 0.13 0.02 0.16 0.14 0.23 0.22 0.14 0.12 0.07 0.02 0.01 0.03 0.40 0.54 0.26 0.32
C4 0.02 0.01 0.18 0.14 0.00 0.08 0.01 0.12 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.17 0.16 0.35 0.27 0.96 0.53
C4' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.08 0.00 0.05 0.01 0.07 0.18 0.12 0.19 0.07 0.15 0.05 0.06 0.02 0.00 0.02 0.19 0.40 0.07
C5 0.01 0.03 0.10 0.13 0.01 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.16 0.08 0.58 0.56 1.45 0.89
C5' 0.03 0.32 0.02 0.02 0.12 0.01 0.12 0.00 0.13 0.34 0.22 0.30 0.16 0.29 0.11 0.06 0.05 0.02 0.01 0.39 0.40 0.03
C6 0.03 0.06 0.15 0.16 0.02 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.14 0.21 0.15 0.48 0.44 1.45 0.80
C8 0.02 0.02 0.16 0.14 0.01 0.18 0.01 0.34 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.16 0.16 0.18 1.00 1.07 1.65 1.28
N1 0.04 0.02 0.28 0.23 0.03 0.12 0.02 0.22 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.28 0.31 0.23 0.35 0.38 1.14 0.54
N3 0.04 0.01 0.33 0.22 0.01 0.19 0.02 0.30 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.33 0.29 0.30 0.35 0.53 0.68 0.38
N6 0.02 0.01 0.09 0.14 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.08 0.19 0.07 0.44 0.54 1.26 0.73
N7 0.02 0.03 0.08 0.12 0.01 0.15 0.01 0.29 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.10 0.14 0.10 0.96 1.08 1.89 1.34
N9 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.51 0.45 0.97 0.68
O2' 0.02 0.35 0.01 0.02 0.15 0.06 0.08 0.06 0.14 0.16 0.28 0.33 0.08 0.10 0.03 0.00 0.05 0.05 0.09 0.21 0.45 0.14
O3' 0.02 0.33 0.02 0.01 0.17 0.02 0.16 0.05 0.21 0.16 0.31 0.29 0.19 0.14 0.06 0.05 0.00 0.02 0.33 0.56 0.49 0.21
O4' 0.01 0.31 0.01 0.03 0.16 0.00 0.08 0.02 0.15 0.18 0.23 0.30 0.07 0.10 0.01 0.05 0.02 0.00 0.13 0.19 0.30 0.18
O5' 0.23 0.39 0.31 0.40 0.35 0.02 0.58 0.01 0.48 1.00 0.35 0.35 0.44 0.96 0.51 0.09 0.33 0.13 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.20 0.60 0.33 0.54 0.27 0.19 0.56 0.39 0.44 1.07 0.38 0.53 0.54 1.08 0.45 0.21 0.56 0.19 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.42 0.85 0.31 0.26 0.96 0.40 1.45 0.40 1.45 1.65 1.14 0.68 1.26 1.89 0.97 0.45 0.49 0.30 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.29 0.45 0.28 0.32 0.53 0.07 0.89 0.03 0.80 1.28 0.54 0.38 0.73 1.34 0.68 0.14 0.21 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.44 0.35 0.50 0.61 0.33 0.39 0.40 0.28 0.42 0.39 0.32 0.29 0.40 0.64 0.81 0.35 0.84 0.76 1.92 1.39
C2 0.35 0.41 0.36 0.43 0.38 0.30 0.36 0.41 0.36 0.36 0.41 0.40 0.47 0.58 0.67 0.33 0.89 0.84 1.81 1.31
C2' 0.31 0.35 0.32 0.43 0.38 0.37 0.41 0.49 0.39 0.33 0.37 0.25 0.38 0.41 0.46 0.34 1.08 0.82 1.90 1.47
C3' 0.58 0.77 0.44 0.39 0.83 0.56 0.79 0.80 0.71 0.69 0.84 0.79 0.78 0.48 0.32 0.69 1.58 1.24 2.60 2.10
C4 0.26 0.25 0.32 0.44 0.25 0.29 0.30 0.40 0.30 0.25 0.25 0.23 0.31 0.52 0.66 0.27 1.05 0.91 2.14 1.51
C4' 0.26 0.37 0.33 0.40 0.47 0.21 0.48 0.43 0.40 0.31 0.45 0.41 0.38 0.57 0.65 0.32 1.16 1.11 2.39 1.85
C5 0.28 0.36 0.33 0.44 0.37 0.37 0.37 0.49 0.34 0.31 0.38 0.33 0.42 0.51 0.64 0.34 1.24 1.03 2.43 1.68
C5' 0.51 0.77 0.43 0.39 0.91 0.41 0.85 0.67 0.72 0.66 0.89 0.81 0.76 0.66 0.62 0.65 1.45 1.42 2.89 2.19
C6 0.31 0.37 0.37 0.47 0.38 0.40 0.37 0.52 0.36 0.33 0.39 0.34 0.42 0.56 0.68 0.37 1.21 1.02 2.35 1.63
C8 0.28 0.42 0.30 0.43 0.44 0.35 0.41 0.45 0.36 0.33 0.47 0.39 0.49 0.44 0.59 0.33 1.29 1.05 2.63 1.79
N1 0.28 0.29 0.35 0.46 0.29 0.36 0.31 0.49 0.31 0.28 0.30 0.29 0.34 0.56 0.68 0.32 1.06 0.95 2.08 1.47
N3 0.40 0.43 0.40 0.46 0.39 0.29 0.39 0.36 0.39 0.40 0.42 0.40 0.49 0.61 0.71 0.34 0.85 0.81 1.79 1.30
N6 0.30 0.32 0.34 0.37 0.32 0.31 0.32 0.32 0.32 0.30 0.33 0.30 0.35 0.55 0.53 0.32 0.84 0.93 1.63 1.16
N7 0.36 0.53 0.36 0.45 0.55 0.41 0.49 0.52 0.44 0.43 0.58 0.51 0.61 0.50 0.61 0.42 1.37 1.11 2.71 1.83
N9 0.26 0.24 0.33 0.46 0.26 0.30 0.31 0.37 0.31 0.24 0.25 0.20 0.31 0.50 0.66 0.25 1.08 0.91 2.26 1.58
O2' 0.67 0.65 0.63 0.71 0.66 0.68 0.68 0.56 0.69 0.67 0.64 0.53 0.64 0.61 0.73 0.67 0.62 0.60 1.10 0.86
O3' 0.87 1.05 0.72 0.64 1.11 0.82 1.06 1.04 0.99 0.98 1.12 1.04 1.05 0.70 0.51 0.96 1.71 1.35 2.41 2.19
O4' 0.41 0.30 0.54 0.62 0.31 0.31 0.38 0.25 0.39 0.33 0.29 0.21 0.35 0.77 0.90 0.29 0.95 0.94 2.22 1.63
O5' 0.59 0.96 0.44 0.40 1.07 0.50 0.94 0.78 0.78 0.77 1.09 1.10 1.00 0.72 0.68 0.82 1.63 1.47 3.16 2.32
OP1 0.67 1.10 0.69 0.68 1.29 0.54 1.13 0.85 0.91 0.88 1.29 1.27 1.12 1.10 1.07 0.91 1.61 1.66 3.21 2.36
OP2 0.73 1.29 0.62 0.62 1.28 0.48 0.98 0.56 0.80 0.93 1.44 1.23 1.46 0.89 0.78 0.91 1.30 0.88 2.71 1.75
P 0.69 1.15 0.59 0.54 1.23 0.51 1.03 0.71 0.85 0.89 1.30 1.20 1.22 0.92 0.82 0.90 1.52 1.30 3.07 2.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.22 0.01 0.36 0.24 0.52 0.35
C2 0.02 0.00 0.10 0.09 0.04 0.07 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.23 0.11 0.35 0.29 0.57 0.38
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.08 0.01 0.09 0.14 0.10 0.04 0.10 0.09 0.16 0.00 0.05 0.02 0.66 0.47 0.94 0.63
C3' 0.03 0.09 0.01 0.00 0.17 0.01 0.22 0.02 0.19 0.10 0.13 0.15 0.10 0.03 0.01 0.02 0.40 0.38 0.52 0.33
C4 0.04 0.04 0.08 0.17 0.00 0.08 0.01 0.19 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.24 0.13 0.05 0.61 0.38 1.15 0.78
C4' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.17 0.05 0.06 0.08 0.17 0.16 0.03 0.01 0.03 0.18 0.22 0.11
C5 0.02 0.02 0.09 0.22 0.01 0.16 0.00 0.29 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.28 0.13 0.09 0.83 0.50 1.52 1.03
C5' 0.06 0.12 0.14 0.02 0.19 0.01 0.29 0.00 0.28 0.13 0.13 0.19 0.19 0.07 0.16 0.02 0.01 0.16 0.13 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.19 0.01 0.17 0.00 0.28 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.26 0.10 0.12 0.83 0.46 1.37 0.96
N1 0.01 0.01 0.04 0.10 0.03 0.05 0.02 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.12 0.14 0.02 0.51 0.27 0.80 0.55
N3 0.02 0.01 0.10 0.13 0.01 0.06 0.02 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.19 0.19 0.09 0.43 0.33 0.76 0.51
N4 0.03 0.01 0.09 0.15 0.01 0.08 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.25 0.11 0.05 0.59 0.33 1.25 0.81
O2 0.05 0.01 0.16 0.10 0.03 0.17 0.02 0.19 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.23 0.36 0.21 0.29 0.39 0.38 0.28
O2' 0.02 0.15 0.00 0.03 0.24 0.16 0.28 0.07 0.26 0.12 0.19 0.25 0.23 0.00 0.08 0.10 0.62 0.54 1.04 0.65
O3' 0.22 0.23 0.05 0.01 0.13 0.03 0.13 0.16 0.10 0.14 0.19 0.11 0.36 0.08 0.00 0.14 0.25 0.40 0.41 0.27
O4' 0.01 0.11 0.02 0.02 0.05 0.01 0.09 0.02 0.12 0.02 0.09 0.05 0.21 0.10 0.14 0.00 0.15 0.24 0.25 0.16
O5' 0.36 0.35 0.66 0.40 0.61 0.03 0.83 0.01 0.83 0.51 0.43 0.59 0.29 0.62 0.25 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.24 0.29 0.47 0.38 0.38 0.18 0.50 0.16 0.46 0.27 0.33 0.33 0.39 0.54 0.40 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.52 0.57 0.94 0.52 1.15 0.22 1.52 0.13 1.37 0.80 0.76 1.25 0.38 1.04 0.41 0.25 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.35 0.38 0.63 0.33 0.78 0.11 1.03 0.02 0.96 0.55 0.51 0.81 0.28 0.65 0.27 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00