ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44150

back

Distances from reference structure (by RMSD)

42, 15, 7, 17, 4, 6, 14, 10, 6, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.005, 0.207, 0.408, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.207 std_dev=0.201
N3 A 0, 0.055, 0.275, 0.494, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.275 std_dev=0.220
N1 A 0, -0.006, 0.219, 0.445, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.219 std_dev=0.226
C5 B 0, 0.055, 0.288, 0.521, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.288 std_dev=0.233
N3 B 0, 0.017, 0.254, 0.491, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.254 std_dev=0.237
N9 B 0, 0.002, 0.243, 0.485, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.243 std_dev=0.242
C2 A 0, 0.048, 0.291, 0.534, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.291 std_dev=0.243
O4 A 0, 0.148, 0.403, 0.657, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.403 std_dev=0.255
C4 A 0, 0.061, 0.326, 0.590, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.326 std_dev=0.265
C1' A 0, 0.037, 0.314, 0.590, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.314 std_dev=0.277
C6 B 0, 0.060, 0.338, 0.616, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.338 std_dev=0.278
O6 B 0, -0.017, 0.268, 0.553, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.268 std_dev=0.285
C8 B 0, 0.029, 0.337, 0.644, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.337 std_dev=0.307
C1' B 0, -0.023, 0.285, 0.593, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.285 std_dev=0.308
C2 B 0, -0.007, 0.304, 0.616, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.304 std_dev=0.311
O4' A 0, 0.056, 0.367, 0.679, 1.835 max_d=1.835 avg_d=0.367 std_dev=0.311
N7 B 0, 0.060, 0.373, 0.685, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.373 std_dev=0.313
N1 B 0, 0.008, 0.323, 0.639, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.323 std_dev=0.316
N2 B 0, -0.091, 0.246, 0.582, 1.918 max_d=1.918 avg_d=0.246 std_dev=0.337
C6 A 0, -0.018, 0.411, 0.841, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.411 std_dev=0.429
C4' A 0, 0.073, 0.525, 0.977, 2.226 max_d=2.226 avg_d=0.525 std_dev=0.452
O2 A 0, 0.018, 0.493, 0.969, 2.116 max_d=2.116 avg_d=0.493 std_dev=0.475
C5 A 0, 0.008, 0.484, 0.960, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.484 std_dev=0.476
C2' A 0, 0.003, 0.482, 0.961, 1.965 max_d=1.965 avg_d=0.482 std_dev=0.479
O4' B 0, -0.060, 0.452, 0.963, 2.274 max_d=2.274 avg_d=0.452 std_dev=0.512
C5' A 0, 0.055, 0.636, 1.216, 2.640 max_d=2.640 avg_d=0.636 std_dev=0.581
C3' A 0, 0.018, 0.600, 1.183, 2.481 max_d=2.481 avg_d=0.600 std_dev=0.583
C2' B 0, -0.132, 0.462, 1.057, 2.845 max_d=2.845 avg_d=0.462 std_dev=0.594
O2' A 0, 0.002, 0.646, 1.291, 2.482 max_d=2.482 avg_d=0.646 std_dev=0.644
O5' A 0, 0.000, 0.713, 1.426, 3.429 max_d=3.429 avg_d=0.713 std_dev=0.713
C3' B 0, -0.108, 0.605, 1.319, 3.325 max_d=3.325 avg_d=0.605 std_dev=0.714
C4' B 0, -0.110, 0.618, 1.346, 3.361 max_d=3.361 avg_d=0.618 std_dev=0.728
O2' B 0, -0.165, 0.593, 1.352, 3.876 max_d=3.876 avg_d=0.593 std_dev=0.758
O3' A 0, 0.052, 0.857, 1.663, 3.379 max_d=3.379 avg_d=0.857 std_dev=0.806
P A 0, -0.020, 0.832, 1.684, 3.742 max_d=3.742 avg_d=0.832 std_dev=0.852
O3' B 0, -0.062, 0.794, 1.650, 3.384 max_d=3.384 avg_d=0.794 std_dev=0.856
OP2 A 0, -0.013, 0.876, 1.764, 3.898 max_d=3.898 avg_d=0.876 std_dev=0.888
OP1 A 0, 0.005, 0.964, 1.923, 4.469 max_d=4.469 avg_d=0.964 std_dev=0.959
C5' B 0, -0.231, 0.879, 1.989, 5.564 max_d=5.564 avg_d=0.879 std_dev=1.110
O5' B 0, -0.110, 1.237, 2.584, 6.291 max_d=6.291 avg_d=1.237 std_dev=1.347
P B 0, -0.270, 1.522, 3.315, 8.237 max_d=8.237 avg_d=1.522 std_dev=1.792
OP2 B 0, -0.138, 1.978, 4.094, 7.656 max_d=7.656 avg_d=1.978 std_dev=2.116
OP1 B 0, -0.147, 2.153, 4.452, 9.711 max_d=9.711 avg_d=2.153 std_dev=2.300

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.11 0.02 0.00 0.10 0.11 0.16 0.11
C2 0.02 0.00 0.12 0.12 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.13 0.01 0.10 0.18 0.17 0.26 0.20
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.02 0.11 0.07 0.14 0.03 0.10 0.22 0.00 0.02 0.07 0.01 0.18 0.22 0.22 0.18
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.16 0.01 0.18 0.02 0.17 0.09 0.14 0.14 0.02 0.01 0.17 0.02 0.13 0.22 0.14 0.12
C4 0.02 0.02 0.06 0.16 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.14 0.13 0.01 0.04 0.27 0.29 0.40 0.31
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.04 0.04 0.09 0.13 0.02 0.08 0.00 0.02 0.10 0.11 0.03
C5 0.02 0.01 0.11 0.18 0.01 0.11 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.18 0.01 0.07 0.29 0.31 0.40 0.33
C5' 0.03 0.10 0.07 0.02 0.15 0.01 0.18 0.00 0.16 0.08 0.11 0.13 0.08 0.09 0.15 0.02 0.01 0.09 0.12 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.17 0.01 0.11 0.00 0.16 0.00 0.01 0.02 0.02 0.19 0.17 0.02 0.10 0.26 0.24 0.30 0.26
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.07 0.02 0.02 0.17 0.16 0.23 0.18
N3 0.02 0.01 0.10 0.14 0.01 0.04 0.01 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.12 0.01 0.07 0.22 0.23 0.34 0.25
O2 0.04 0.01 0.22 0.14 0.02 0.09 0.01 0.13 0.02 0.02 0.01 0.00 0.22 0.22 0.02 0.17 0.16 0.16 0.24 0.19
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.14 0.13 0.20 0.08 0.19 0.08 0.12 0.22 0.00 0.04 0.14 0.09 0.12 0.20 0.25 0.15
O3' 0.11 0.13 0.02 0.01 0.13 0.02 0.18 0.09 0.17 0.07 0.12 0.22 0.04 0.00 0.15 0.08 0.16 0.33 0.21 0.20
O4 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.08 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.02 0.14 0.15 0.00 0.04 0.27 0.31 0.44 0.33
O4' 0.00 0.10 0.01 0.02 0.04 0.00 0.07 0.02 0.10 0.02 0.07 0.17 0.09 0.08 0.04 0.00 0.09 0.10 0.18 0.13
O5' 0.10 0.18 0.18 0.13 0.27 0.02 0.29 0.01 0.26 0.17 0.22 0.16 0.12 0.16 0.27 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.17 0.22 0.22 0.29 0.10 0.31 0.09 0.24 0.16 0.23 0.16 0.20 0.33 0.31 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.26 0.22 0.14 0.40 0.11 0.40 0.12 0.30 0.23 0.34 0.24 0.25 0.21 0.44 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.20 0.18 0.12 0.31 0.03 0.33 0.02 0.26 0.18 0.25 0.19 0.15 0.20 0.33 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.55 0.58 0.66 0.60 0.52 0.63 0.48 0.79 0.51 0.49 0.56 0.47 0.55 0.45 0.52 0.76 0.64 0.58 1.00 0.39 1.55 1.88 1.37
C2 0.34 0.54 0.44 0.40 0.39 0.43 0.38 0.64 0.47 0.35 0.55 0.47 0.45 0.36 0.34 0.52 0.42 0.36 0.98 0.41 1.72 1.88 1.34
C2' 0.72 0.65 0.80 0.72 0.63 0.77 0.57 0.88 0.56 0.61 0.60 0.58 0.66 0.53 0.66 0.93 0.75 0.75 1.06 0.39 1.68 1.85 1.40
C3' 0.90 0.72 1.03 1.01 0.74 1.06 0.66 1.20 0.62 0.75 0.66 0.62 0.76 0.64 0.80 1.16 1.07 0.96 1.32 0.46 1.69 1.98 1.65
C4 0.44 0.62 0.53 0.54 0.48 0.54 0.51 0.73 0.58 0.49 0.65 0.50 0.52 0.52 0.45 0.58 0.57 0.46 1.02 0.51 1.68 1.95 1.35
C4' 0.78 0.65 0.92 0.91 0.64 0.95 0.58 1.10 0.57 0.64 0.61 0.54 0.67 0.56 0.69 1.05 0.98 0.85 1.21 0.44 1.55 1.90 1.54
C5 0.62 0.69 0.73 0.75 0.62 0.73 0.65 0.89 0.68 0.66 0.71 0.51 0.63 0.67 0.62 0.77 0.79 0.62 1.12 0.54 1.64 2.05 1.44
C5' 0.86 0.69 1.03 1.05 0.69 1.06 0.64 1.22 0.62 0.72 0.65 0.59 0.71 0.63 0.76 1.15 1.15 0.92 1.32 0.53 1.65 2.00 1.67
C6 0.65 0.68 0.76 0.77 0.63 0.77 0.64 0.92 0.66 0.67 0.69 0.51 0.64 0.66 0.64 0.82 0.82 0.67 1.14 0.51 1.61 2.03 1.47
N1 0.49 0.59 0.59 0.56 0.49 0.59 0.49 0.76 0.54 0.48 0.59 0.47 0.53 0.47 0.48 0.68 0.60 0.51 1.02 0.44 1.63 1.92 1.38
N3 0.35 0.57 0.42 0.41 0.40 0.44 0.42 0.64 0.51 0.38 0.60 0.50 0.47 0.40 0.35 0.49 0.43 0.37 0.99 0.46 1.73 1.87 1.32
O2 0.42 0.56 0.50 0.48 0.46 0.48 0.45 0.68 0.49 0.48 0.55 0.49 0.51 0.47 0.43 0.55 0.49 0.42 1.03 0.37 1.80 1.89 1.39
O2' 0.70 0.63 0.78 0.63 0.60 0.66 0.52 0.73 0.52 0.56 0.57 0.58 0.65 0.48 0.63 0.91 0.64 0.71 0.86 0.32 1.58 1.81 1.28
O3' 1.08 0.81 1.21 1.18 0.84 1.27 0.70 1.41 0.64 0.82 0.70 0.68 0.88 0.66 0.93 1.37 1.25 1.16 1.44 0.41 1.71 1.84 1.72
O4 0.43 0.64 0.52 0.52 0.49 0.52 0.51 0.69 0.59 0.49 0.67 0.50 0.54 0.52 0.45 0.56 0.55 0.44 1.00 0.49 1.71 1.91 1.31
O4' 0.63 0.60 0.76 0.73 0.55 0.76 0.51 0.92 0.53 0.54 0.58 0.48 0.58 0.48 0.57 0.86 0.79 0.68 1.09 0.42 1.50 1.91 1.45
O5' 0.87 0.69 1.06 1.10 0.71 1.09 0.66 1.25 0.63 0.77 0.65 0.54 0.71 0.68 0.78 1.16 1.21 0.92 1.37 0.52 1.72 2.14 1.73
OP1 0.96 0.72 1.19 1.25 0.75 1.20 0.68 1.35 0.64 0.81 0.67 0.53 0.75 0.69 0.84 1.31 1.40 1.00 1.43 0.52 1.85 2.12 1.79
OP2 0.92 0.77 1.12 1.17 0.77 1.13 0.73 1.29 0.71 0.84 0.74 0.65 0.77 0.75 0.84 1.21 1.29 0.94 1.44 0.65 1.84 2.31 1.81
P 0.90 0.72 1.11 1.17 0.74 1.13 0.69 1.29 0.66 0.80 0.69 0.58 0.74 0.71 0.81 1.21 1.29 0.95 1.40 0.58 1.77 2.18 1.77

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.12 0.01 0.29 0.02 0.46 0.64 0.33
C2 0.04 0.00 0.29 0.25 0.01 0.19 0.03 0.33 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.29 0.31 0.28 0.58 0.01 1.05 0.90 0.58
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.15 0.02 0.09 0.09 0.14 0.14 0.23 0.25 0.28 0.08 0.03 0.00 0.04 0.01 0.32 0.08 0.43 0.46 0.26
C3' 0.02 0.25 0.00 0.00 0.19 0.01 0.21 0.04 0.24 0.20 0.26 0.19 0.22 0.22 0.13 0.02 0.01 0.02 0.34 0.21 0.47 0.35 0.26
C4 0.02 0.01 0.15 0.19 0.00 0.10 0.01 0.22 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.18 0.15 0.58 0.01 1.03 0.92 0.58
C4' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.12 0.19 0.15 0.20 0.18 0.17 0.07 0.15 0.02 0.00 0.02 0.11 0.25 0.34 0.13
C5 0.02 0.03 0.09 0.21 0.01 0.11 0.00 0.26 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.19 0.07 0.71 0.01 1.35 1.13 0.77
C5' 0.06 0.33 0.09 0.04 0.22 0.01 0.26 0.00 0.29 0.32 0.31 0.34 0.30 0.33 0.17 0.09 0.10 0.02 0.01 0.24 0.37 0.38 0.02
C6 0.02 0.07 0.14 0.24 0.02 0.12 0.01 0.29 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.12 0.24 0.13 0.73 0.01 1.43 1.16 0.80
C8 0.02 0.02 0.14 0.20 0.01 0.19 0.01 0.32 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.27 0.18 0.15 0.76 0.03 1.28 1.14 0.82
N1 0.05 0.02 0.23 0.26 0.04 0.15 0.02 0.31 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.20 0.29 0.22 0.68 0.01 1.28 1.04 0.70
N2 0.03 0.00 0.25 0.19 0.01 0.20 0.01 0.34 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.30 0.18 0.27 0.38 0.02 0.64 0.51 0.35
N3 0.04 0.01 0.28 0.22 0.01 0.18 0.01 0.30 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.27 0.28 0.52 0.01 0.91 0.81 0.50
N7 0.02 0.03 0.08 0.22 0.01 0.17 0.00 0.33 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.20 0.09 0.82 0.03 1.54 1.27 0.93
N9 0.01 0.02 0.03 0.13 0.01 0.07 0.01 0.17 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.09 0.02 0.54 0.02 0.89 0.88 0.55
O2' 0.02 0.29 0.00 0.02 0.11 0.15 0.10 0.09 0.12 0.27 0.20 0.30 0.28 0.22 0.09 0.00 0.08 0.11 0.15 0.07 0.25 0.39 0.19
O3' 0.12 0.31 0.04 0.01 0.18 0.02 0.19 0.10 0.24 0.18 0.29 0.18 0.27 0.20 0.09 0.08 0.00 0.09 0.31 0.18 0.60 0.44 0.32
O4' 0.01 0.28 0.01 0.02 0.15 0.00 0.07 0.02 0.13 0.15 0.22 0.27 0.28 0.09 0.02 0.11 0.09 0.00 0.21 0.08 0.30 0.68 0.36
O5' 0.29 0.58 0.32 0.34 0.58 0.02 0.71 0.01 0.73 0.76 0.68 0.38 0.52 0.82 0.54 0.15 0.31 0.21 0.00 0.51 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.08 0.21 0.01 0.11 0.01 0.24 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.18 0.08 0.51 0.00 1.05 0.81 0.55
OP1 0.46 1.05 0.43 0.47 1.03 0.25 1.35 0.37 1.43 1.28 1.28 0.64 0.91 1.54 0.89 0.25 0.60 0.30 0.02 1.05 0.00 0.01 0.01
OP2 0.64 0.90 0.46 0.35 0.92 0.34 1.13 0.38 1.16 1.14 1.04 0.51 0.81 1.27 0.88 0.39 0.44 0.68 0.02 0.81 0.01 0.00 0.01
P 0.33 0.58 0.26 0.26 0.58 0.13 0.77 0.02 0.80 0.82 0.70 0.35 0.50 0.93 0.55 0.19 0.32 0.36 0.01 0.55 0.01 0.01 0.00