ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44152

back

Distances from reference structure (by RMSD)

36, 21, 1, 18, 56, 10, 5, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.073, 0.165, 0.257, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.165 std_dev=0.092
N1 A 0, 0.077, 0.201, 0.325, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.201 std_dev=0.124
N3 B 0, 0.040, 0.182, 0.324, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.182 std_dev=0.142
N9 B 0, 0.104, 0.260, 0.415, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.260 std_dev=0.156
C5 B 0, 0.096, 0.266, 0.437, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.266 std_dev=0.170
C4 A 0, 0.061, 0.246, 0.430, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.246 std_dev=0.185
C2 B 0, 0.114, 0.301, 0.487, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.301 std_dev=0.186
N4 A 0, 0.071, 0.290, 0.509, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.290 std_dev=0.219
C1' B 0, 0.123, 0.343, 0.564, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.343 std_dev=0.220
C8 B 0, 0.110, 0.350, 0.591, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.350 std_dev=0.241
N1 B 0, 0.142, 0.385, 0.629, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.385 std_dev=0.243
C6 B 0, 0.128, 0.373, 0.618, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.373 std_dev=0.245
C1' A 0, 0.107, 0.355, 0.604, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.355 std_dev=0.248
N7 B 0, 0.096, 0.354, 0.611, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.354 std_dev=0.258
C2 A 0, 0.080, 0.344, 0.608, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.344 std_dev=0.264
C6 A 0, -0.029, 0.253, 0.536, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.253 std_dev=0.282
N3 A 0, 0.010, 0.296, 0.582, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.296 std_dev=0.286
C5 A 0, 0.056, 0.343, 0.631, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.343 std_dev=0.287
O4' A 0, 0.078, 0.374, 0.670, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.374 std_dev=0.296
N6 B 0, 0.156, 0.518, 0.881, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.518 std_dev=0.362
C2' A 0, 0.179, 0.546, 0.912, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.546 std_dev=0.366
C4' A 0, 0.082, 0.458, 0.833, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.458 std_dev=0.375
C3' A 0, 0.158, 0.600, 1.042, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.600 std_dev=0.442
O4' B 0, 0.049, 0.495, 0.941, 1.862 max_d=1.862 avg_d=0.495 std_dev=0.446
O2 A 0, 0.087, 0.578, 1.070, 2.599 max_d=2.599 avg_d=0.578 std_dev=0.492
O2' A 0, 0.222, 0.847, 1.472, 2.228 max_d=2.228 avg_d=0.847 std_dev=0.625
C4' B 0, -0.088, 0.619, 1.327, 2.902 max_d=2.902 avg_d=0.619 std_dev=0.707
C5' A 0, -0.203, 0.508, 1.219, 2.893 max_d=2.893 avg_d=0.508 std_dev=0.711
C2' B 0, -0.188, 0.529, 1.246, 3.065 max_d=3.065 avg_d=0.529 std_dev=0.717
O3' A 0, 0.216, 0.942, 1.669, 2.664 max_d=2.664 avg_d=0.942 std_dev=0.726
C3' B 0, -0.179, 0.569, 1.316, 3.000 max_d=3.000 avg_d=0.569 std_dev=0.747
O3' B 0, -0.168, 0.619, 1.405, 3.127 max_d=3.127 avg_d=0.619 std_dev=0.787
O2' B 0, -0.345, 0.676, 1.696, 4.285 max_d=4.285 avg_d=0.676 std_dev=1.021
C5' B 0, -0.245, 0.895, 2.034, 4.707 max_d=4.707 avg_d=0.895 std_dev=1.139
O5' A 0, 0.410, 1.602, 2.794, 3.620 max_d=3.620 avg_d=1.602 std_dev=1.192
O5' B 0, -0.324, 0.950, 2.224, 5.398 max_d=5.398 avg_d=0.950 std_dev=1.274
OP2 B 0, -0.045, 1.332, 2.709, 5.708 max_d=5.708 avg_d=1.332 std_dev=1.377
P B 0, -0.348, 1.298, 2.943, 6.835 max_d=6.835 avg_d=1.298 std_dev=1.645
P A 0, 0.715, 2.582, 4.450, 5.749 max_d=5.749 avg_d=2.582 std_dev=1.868
OP1 B 0, -0.219, 1.712, 3.643, 7.958 max_d=7.958 avg_d=1.712 std_dev=1.931
OP1 A 0, 0.829, 3.020, 5.210, 7.608 max_d=7.608 avg_d=3.020 std_dev=2.191
OP2 A 0, 1.255, 4.236, 7.216, 7.986 max_d=7.986 avg_d=4.236 std_dev=2.981

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.18 0.00 0.22 0.12 0.28 0.22
C2 0.02 0.00 0.09 0.15 0.05 0.04 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.10 0.04 0.49 0.37 0.91 0.65
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.14 0.09 0.02 0.07 0.05 0.16 0.00 0.01 0.01 0.33 0.33 0.30 0.23
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.22 0.00 0.22 0.02 0.19 0.14 0.19 0.22 0.13 0.01 0.01 0.02 0.42 0.54 0.19 0.25
C4 0.04 0.05 0.05 0.22 0.00 0.10 0.01 0.20 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.20 0.13 0.05 0.73 0.73 1.76 1.12
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.06 0.08 0.04 0.19 0.02 0.00 0.02 0.16 0.56 0.12
C5 0.02 0.02 0.08 0.22 0.01 0.11 0.00 0.21 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.19 0.16 0.04 0.78 0.81 1.88 1.20
C5' 0.07 0.13 0.14 0.02 0.20 0.01 0.21 0.00 0.18 0.13 0.16 0.18 0.10 0.07 0.13 0.01 0.01 0.39 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.19 0.02 0.10 0.00 0.18 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.16 0.12 0.05 0.68 0.63 1.39 0.96
N1 0.01 0.01 0.02 0.14 0.04 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.06 0.02 0.48 0.37 0.85 0.62
N3 0.02 0.01 0.07 0.19 0.02 0.06 0.02 0.16 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.18 0.09 0.04 0.62 0.54 1.35 0.89
N4 0.01 0.01 0.05 0.22 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.16 0.02 0.83 0.90 2.15 1.34
O2 0.03 0.01 0.16 0.13 0.03 0.04 0.02 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.19 0.06 0.36 0.21 0.56 0.43
O2' 0.02 0.14 0.00 0.01 0.20 0.19 0.19 0.07 0.16 0.11 0.18 0.19 0.15 0.00 0.03 0.13 0.18 0.19 0.71 0.23
O3' 0.18 0.10 0.01 0.01 0.13 0.02 0.16 0.13 0.12 0.06 0.09 0.16 0.19 0.03 0.00 0.14 0.35 0.63 0.63 0.26
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.13 0.14 0.00 0.10 0.13 0.28 0.11
O5' 0.22 0.49 0.33 0.42 0.73 0.02 0.78 0.01 0.68 0.48 0.62 0.83 0.36 0.18 0.35 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.37 0.33 0.54 0.73 0.16 0.81 0.39 0.63 0.37 0.54 0.90 0.21 0.19 0.63 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.91 0.30 0.19 1.76 0.56 1.88 0.39 1.39 0.85 1.35 2.15 0.56 0.71 0.63 0.28 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.65 0.23 0.25 1.12 0.12 1.20 0.02 0.96 0.62 0.89 1.34 0.43 0.23 0.26 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.51 0.36 0.26 0.42 0.63 0.53 1.13 0.63 0.40 0.59 0.42 0.75 0.53 0.33 0.78 0.30 0.47 1.09 0.92 1.36 1.34
C2 0.35 0.50 0.29 0.46 0.47 0.88 0.57 1.32 0.62 0.52 0.58 0.44 0.73 0.60 0.44 0.41 0.51 0.73 1.12 0.73 1.48 1.27
C2' 0.22 0.43 0.29 0.29 0.39 0.70 0.52 1.25 0.58 0.46 0.52 0.36 0.70 0.57 0.33 0.75 0.30 0.53 1.27 1.13 1.48 1.52
C3' 0.24 0.38 0.53 0.27 0.27 0.59 0.33 1.17 0.40 0.26 0.39 0.33 0.44 0.37 0.19 1.08 0.40 0.38 1.27 1.38 1.61 1.70
C4 0.32 0.34 0.43 0.32 0.30 0.58 0.35 0.93 0.40 0.32 0.38 0.32 0.48 0.38 0.28 0.64 0.39 0.52 0.67 0.32 1.21 0.82
C4' 0.41 0.50 0.73 0.28 0.41 0.34 0.46 0.83 0.55 0.33 0.54 0.45 0.58 0.43 0.35 1.25 0.38 0.19 0.91 1.09 1.24 1.33
C5 0.43 0.37 0.68 0.49 0.31 0.43 0.29 0.70 0.35 0.24 0.36 0.39 0.40 0.28 0.30 0.93 0.55 0.39 0.47 0.24 1.03 0.66
C5' 0.84 0.69 1.23 0.78 0.66 0.41 0.58 0.45 0.60 0.58 0.64 0.72 0.48 0.53 0.68 1.69 0.80 0.41 0.47 0.76 0.96 0.91
C6 0.41 0.39 0.67 0.42 0.31 0.40 0.32 0.76 0.40 0.23 0.40 0.38 0.48 0.31 0.28 0.99 0.49 0.33 0.59 0.35 1.11 0.84
N1 0.21 0.40 0.36 0.24 0.33 0.61 0.43 1.08 0.51 0.34 0.48 0.33 0.63 0.45 0.26 0.70 0.31 0.48 0.94 0.66 1.34 1.16
N3 0.37 0.45 0.33 0.41 0.43 0.82 0.51 1.22 0.55 0.48 0.52 0.41 0.65 0.54 0.42 0.45 0.47 0.71 0.96 0.54 1.41 1.09
N4 0.15 0.20 0.29 0.17 0.16 0.46 0.26 0.82 0.31 0.24 0.27 0.15 0.41 0.31 0.14 0.46 0.18 0.43 0.49 0.30 1.16 0.69
O2 0.59 0.71 0.51 0.78 0.70 1.16 0.77 1.58 0.82 0.73 0.78 0.66 0.92 0.79 0.67 0.36 0.83 0.97 1.39 0.96 1.61 1.48
O2' 0.47 0.70 0.39 0.61 0.68 0.89 0.84 1.39 0.89 0.78 0.81 0.61 1.06 0.90 0.63 0.62 0.47 0.74 1.50 1.38 1.54 1.68
O3' 0.30 0.31 0.31 0.65 0.37 1.02 0.52 1.60 0.52 0.61 0.40 0.27 0.59 0.67 0.41 0.74 0.61 0.83 1.84 2.08 2.02 2.32
O4' 0.33 0.52 0.59 0.21 0.41 0.40 0.49 0.88 0.61 0.33 0.59 0.44 0.69 0.46 0.32 1.07 0.28 0.26 0.88 0.86 1.19 1.21
O5' 0.87 0.66 1.24 0.80 0.68 0.55 0.60 0.54 0.59 0.65 0.61 0.71 0.50 0.58 0.73 1.64 0.74 0.56 0.50 0.46 0.81 0.71
OP1 1.53 1.15 1.87 1.46 1.26 1.24 1.15 1.05 1.06 1.33 1.06 1.25 0.98 1.18 1.38 2.14 1.28 1.28 1.02 0.77 1.05 0.81
OP2 1.16 1.22 1.59 1.32 1.13 0.87 1.16 0.57 1.26 1.03 1.26 1.17 1.28 1.11 1.08 1.81 1.24 0.80 0.63 1.08 0.47 0.55
P 1.06 0.77 1.49 1.11 0.80 0.76 0.70 0.51 0.67 0.79 0.70 0.84 0.47 0.68 0.88 1.81 1.02 0.72 0.43 0.47 0.53 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.21 0.00 0.16 0.29 0.28 0.12
C2 0.03 0.00 0.36 0.35 0.01 0.13 0.03 0.20 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.23 0.27 0.24 0.36 0.70 0.36 0.34
C2' 0.00 0.36 0.00 0.00 0.19 0.02 0.11 0.15 0.19 0.18 0.29 0.35 0.16 0.11 0.03 0.00 0.02 0.01 0.21 0.26 0.50 0.29
C3' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.28 0.00 0.31 0.02 0.37 0.19 0.38 0.29 0.41 0.26 0.18 0.02 0.01 0.02 0.20 0.25 0.26 0.20
C4 0.01 0.01 0.19 0.28 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.17 0.12 0.38 0.70 0.34 0.34
C4' 0.01 0.13 0.02 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.12 0.17 0.12 0.12 0.16 0.17 0.07 0.20 0.02 0.00 0.02 0.19 0.19 0.07
C5 0.01 0.03 0.11 0.31 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.21 0.05 0.51 0.95 0.38 0.49
C5' 0.07 0.20 0.15 0.02 0.12 0.01 0.14 0.00 0.16 0.20 0.17 0.18 0.18 0.20 0.09 0.08 0.14 0.02 0.01 0.17 0.21 0.02
C6 0.02 0.05 0.19 0.37 0.01 0.12 0.01 0.16 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.12 0.29 0.11 0.53 1.02 0.39 0.53
C8 0.01 0.02 0.18 0.19 0.01 0.17 0.01 0.20 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.36 0.10 0.15 0.52 0.87 0.35 0.47
N1 0.03 0.01 0.29 0.38 0.02 0.12 0.01 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.30 0.18 0.45 0.89 0.37 0.44
N3 0.03 0.01 0.35 0.29 0.01 0.12 0.01 0.18 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.21 0.24 0.30 0.57 0.34 0.27
N6 0.02 0.01 0.16 0.41 0.01 0.16 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.18 0.34 0.08 0.57 1.17 0.29 0.57
N7 0.01 0.03 0.11 0.26 0.01 0.17 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.33 0.17 0.09 0.59 1.07 0.40 0.58
N9 0.00 0.02 0.03 0.18 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.09 0.01 0.36 0.60 0.31 0.29
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.07 0.20 0.16 0.08 0.12 0.36 0.13 0.25 0.18 0.33 0.14 0.00 0.04 0.14 0.15 0.28 0.44 0.24
O3' 0.21 0.27 0.02 0.01 0.17 0.02 0.21 0.14 0.29 0.10 0.30 0.21 0.34 0.17 0.09 0.04 0.00 0.15 0.19 0.29 0.22 0.24
O4' 0.00 0.24 0.01 0.02 0.12 0.00 0.05 0.02 0.11 0.15 0.18 0.24 0.08 0.09 0.01 0.14 0.15 0.00 0.17 0.38 0.24 0.18
O5' 0.16 0.36 0.21 0.20 0.38 0.02 0.51 0.01 0.53 0.52 0.45 0.30 0.57 0.59 0.36 0.15 0.19 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.29 0.70 0.26 0.25 0.70 0.19 0.95 0.17 1.02 0.87 0.89 0.57 1.17 1.07 0.60 0.28 0.29 0.38 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.36 0.50 0.26 0.34 0.19 0.38 0.21 0.39 0.35 0.37 0.34 0.29 0.40 0.31 0.44 0.22 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.34 0.29 0.20 0.34 0.07 0.49 0.02 0.53 0.47 0.44 0.27 0.57 0.58 0.29 0.24 0.24 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00