ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44155

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 55, 63, 42, 54, 81, 52, 21, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.089, 0.201, 0.313, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.201 std_dev=0.112
C4 B 0, 0.102, 0.228, 0.354, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.228 std_dev=0.126
C6 A 0, 0.149, 0.277, 0.405, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.277 std_dev=0.128
C5 A 0, 0.202, 0.353, 0.503, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.353 std_dev=0.151
C4 A 0, 0.204, 0.375, 0.547, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.375 std_dev=0.172
N3 B 0, 0.107, 0.288, 0.468, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.288 std_dev=0.181
C2 A 0, 0.070, 0.256, 0.442, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.256 std_dev=0.186
C1' A 0, 0.191, 0.395, 0.599, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.395 std_dev=0.204
N3 A 0, 0.093, 0.313, 0.533, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.313 std_dev=0.220
O4 A 0, 0.328, 0.555, 0.783, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.555 std_dev=0.228
C6 B 0, 0.179, 0.411, 0.643, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.411 std_dev=0.232
C5 B 0, 0.114, 0.358, 0.601, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.358 std_dev=0.244
N1 B 0, 0.224, 0.502, 0.779, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.502 std_dev=0.278
O2 A 0, 0.136, 0.436, 0.736, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.436 std_dev=0.300
N9 B 0, 0.213, 0.526, 0.839, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.526 std_dev=0.313
C2 B 0, 0.154, 0.475, 0.796, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.475 std_dev=0.321
C2' A 0, 0.374, 0.718, 1.062, 2.299 max_d=2.299 avg_d=0.718 std_dev=0.344
O4' A 0, 0.211, 0.564, 0.918, 2.811 max_d=2.811 avg_d=0.564 std_dev=0.354
C1' B 0, 0.308, 0.668, 1.027, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.668 std_dev=0.360
C2' B 0, 0.696, 1.089, 1.483, 2.061 max_d=2.061 avg_d=1.089 std_dev=0.393
O6 B 0, 0.358, 0.752, 1.147, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.752 std_dev=0.394
O2' B 0, 1.175, 1.570, 1.966, 2.302 max_d=2.302 avg_d=1.570 std_dev=0.395
O3' B 0, 1.078, 1.500, 1.923, 2.807 max_d=2.807 avg_d=1.500 std_dev=0.422
O4' B 0, 0.173, 0.607, 1.041, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.607 std_dev=0.434
N7 B 0, 0.214, 0.693, 1.172, 1.953 max_d=1.953 avg_d=0.693 std_dev=0.479
C3' B 0, 0.470, 0.970, 1.470, 2.036 max_d=2.036 avg_d=0.970 std_dev=0.500
C4' B 0, 0.227, 0.733, 1.240, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.733 std_dev=0.507
C8 B 0, 0.267, 0.775, 1.283, 1.970 max_d=1.970 avg_d=0.775 std_dev=0.508
O5' B 0, 0.518, 1.063, 1.609, 4.095 max_d=4.095 avg_d=1.063 std_dev=0.546
OP2 B 0, 1.454, 2.008, 2.562, 5.025 max_d=5.025 avg_d=2.008 std_dev=0.554
C4' A 0, 0.188, 0.754, 1.321, 3.177 max_d=3.177 avg_d=0.754 std_dev=0.566
P B 0, 0.554, 1.122, 1.690, 4.783 max_d=4.783 avg_d=1.122 std_dev=0.568
C5' B 0, 0.372, 0.982, 1.591, 2.852 max_d=2.852 avg_d=0.982 std_dev=0.610
C3' A 0, 0.380, 0.996, 1.612, 3.049 max_d=3.049 avg_d=0.996 std_dev=0.616
O2' A 0, 0.418, 1.058, 1.699, 4.135 max_d=4.135 avg_d=1.058 std_dev=0.640
N2 B 0, 0.361, 1.012, 1.663, 2.304 max_d=2.304 avg_d=1.012 std_dev=0.651
C5' A 0, 0.215, 0.947, 1.679, 5.537 max_d=5.537 avg_d=0.947 std_dev=0.732
O3' A 0, 1.145, 1.892, 2.639, 3.729 max_d=3.729 avg_d=1.892 std_dev=0.747
OP1 A 0, 1.786, 2.930, 4.074, 10.464 max_d=10.464 avg_d=2.930 std_dev=1.144
OP1 B 0, 0.801, 2.035, 3.269, 7.632 max_d=7.632 avg_d=2.035 std_dev=1.234
O5' A 0, 0.533, 1.960, 3.388, 6.355 max_d=6.355 avg_d=1.960 std_dev=1.427
P A 0, 1.081, 2.520, 3.960, 9.122 max_d=9.122 avg_d=2.520 std_dev=1.440
OP2 A 0, 1.862, 3.886, 5.911, 10.416 max_d=10.416 avg_d=3.886 std_dev=2.025

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.31 0.03 0.01 0.50 0.81 0.41 0.48
C2 0.03 0.00 0.15 0.19 0.05 0.06 0.02 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.27 0.02 0.09 0.81 1.28 0.76 0.84
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.06 0.02 0.12 0.22 0.15 0.03 0.12 0.27 0.01 0.05 0.06 0.02 0.52 0.93 0.57 0.63
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.32 0.01 0.36 0.02 0.32 0.20 0.25 0.17 0.02 0.01 0.36 0.02 0.22 0.47 0.43 0.31
C4 0.04 0.05 0.06 0.32 0.00 0.12 0.01 0.23 0.02 0.04 0.02 0.04 0.32 0.18 0.01 0.05 1.12 1.66 1.23 1.17
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.12 0.00 0.16 0.01 0.16 0.07 0.08 0.11 0.28 0.03 0.13 0.01 0.02 0.29 0.28 0.10
C5 0.02 0.02 0.12 0.36 0.01 0.16 0.00 0.26 0.01 0.02 0.02 0.02 0.32 0.24 0.01 0.08 1.17 1.63 1.29 1.18
C5' 0.09 0.16 0.22 0.02 0.23 0.01 0.26 0.00 0.24 0.15 0.19 0.19 0.11 0.22 0.22 0.02 0.01 0.40 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.32 0.02 0.16 0.01 0.24 0.00 0.01 0.03 0.02 0.28 0.20 0.02 0.11 1.06 1.39 1.02 1.00
N1 0.01 0.01 0.03 0.20 0.04 0.07 0.02 0.15 0.01 0.00 0.02 0.02 0.18 0.17 0.02 0.02 0.82 1.18 0.72 0.79
N3 0.03 0.01 0.12 0.25 0.02 0.08 0.02 0.19 0.03 0.02 0.00 0.01 0.31 0.21 0.01 0.07 0.97 1.51 0.99 1.02
O2 0.05 0.01 0.27 0.17 0.04 0.11 0.02 0.19 0.02 0.02 0.01 0.00 0.35 0.42 0.02 0.16 0.66 1.16 0.62 0.73
O2' 0.03 0.26 0.01 0.02 0.32 0.28 0.32 0.11 0.28 0.18 0.31 0.35 0.00 0.08 0.36 0.19 0.44 0.99 0.60 0.61
O3' 0.31 0.27 0.05 0.01 0.18 0.03 0.24 0.22 0.20 0.17 0.21 0.42 0.08 0.00 0.19 0.22 0.33 0.57 0.55 0.39
O4 0.03 0.02 0.06 0.36 0.01 0.13 0.01 0.22 0.02 0.02 0.01 0.02 0.36 0.19 0.00 0.04 1.26 1.89 1.42 1.33
O4' 0.01 0.09 0.02 0.02 0.05 0.01 0.08 0.02 0.11 0.02 0.07 0.16 0.19 0.22 0.04 0.00 0.41 0.56 0.42 0.38
O5' 0.50 0.81 0.52 0.22 1.12 0.02 1.17 0.01 1.06 0.82 0.97 0.66 0.44 0.33 1.26 0.41 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.81 1.28 0.93 0.47 1.66 0.29 1.63 0.40 1.39 1.18 1.51 1.16 0.99 0.57 1.89 0.56 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.41 0.76 0.57 0.43 1.23 0.28 1.29 0.33 1.02 0.72 0.99 0.62 0.60 0.55 1.42 0.42 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.48 0.84 0.63 0.31 1.17 0.10 1.18 0.02 1.00 0.79 1.02 0.73 0.61 0.39 1.33 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.54 0.38 1.01 0.71 0.35 0.47 0.41 0.39 0.48 0.34 0.44 0.40 0.39 0.44 0.36 1.00 0.63 0.33 0.25 0.54 0.56 0.52 0.16
C2 0.50 0.37 0.97 0.69 0.33 0.45 0.40 0.36 0.50 0.32 0.45 0.40 0.37 0.44 0.33 0.94 0.59 0.30 0.23 0.59 0.56 0.47 0.19
C2' 0.68 0.43 1.16 0.81 0.41 0.68 0.40 0.66 0.48 0.37 0.46 0.55 0.46 0.40 0.46 1.22 0.75 0.53 0.47 0.53 0.27 0.47 0.39
C3' 1.12 0.66 1.51 1.18 0.71 1.16 0.55 1.17 0.51 0.69 0.56 0.89 0.77 0.53 0.84 1.58 1.04 1.03 0.96 0.57 0.60 0.29 0.83
C4 0.53 0.41 0.98 0.65 0.35 0.40 0.40 0.31 0.51 0.32 0.48 0.50 0.40 0.41 0.36 1.05 0.60 0.30 0.21 0.61 0.54 0.49 0.20
C4' 0.79 0.47 1.23 0.93 0.45 0.75 0.44 0.66 0.51 0.42 0.48 0.58 0.51 0.46 0.52 1.30 0.81 0.60 0.43 0.67 0.38 0.58 0.18
C5 0.56 0.44 1.00 0.64 0.38 0.41 0.41 0.34 0.51 0.35 0.49 0.52 0.42 0.42 0.39 1.11 0.62 0.34 0.22 0.57 0.55 0.55 0.22
C5' 0.89 0.56 1.31 0.93 0.55 0.73 0.52 0.65 0.58 0.53 0.57 0.67 0.61 0.53 0.63 1.52 0.80 0.66 0.45 0.78 0.43 0.61 0.24
C6 0.57 0.41 1.01 0.66 0.36 0.42 0.39 0.36 0.48 0.34 0.46 0.49 0.41 0.40 0.38 1.11 0.63 0.34 0.22 0.55 0.54 0.55 0.20
N1 0.53 0.37 1.00 0.68 0.33 0.44 0.38 0.35 0.47 0.31 0.43 0.43 0.37 0.40 0.34 1.02 0.61 0.31 0.22 0.55 0.54 0.50 0.15
N3 0.50 0.37 0.97 0.67 0.32 0.42 0.39 0.33 0.49 0.30 0.45 0.43 0.36 0.42 0.32 0.97 0.58 0.29 0.22 0.61 0.55 0.46 0.18
O2 0.49 0.41 0.95 0.72 0.38 0.49 0.48 0.42 0.57 0.39 0.50 0.37 0.40 0.53 0.36 0.86 0.60 0.32 0.28 0.62 0.60 0.49 0.25
O2' 0.31 0.45 0.77 0.46 0.39 0.38 0.57 0.38 0.69 0.41 0.61 0.33 0.36 0.61 0.30 0.77 0.60 0.33 0.23 0.70 0.44 0.67 0.31
O3' 1.20 0.61 1.49 1.27 0.69 1.42 0.55 1.52 0.54 0.71 0.53 0.77 0.75 0.56 0.86 1.52 1.14 1.24 1.27 0.49 0.93 0.51 1.27
O4 0.52 0.40 0.97 0.63 0.33 0.40 0.40 0.31 0.51 0.29 0.48 0.52 0.38 0.41 0.33 1.02 0.54 0.30 0.20 0.63 0.56 0.44 0.19
O4' 0.58 0.43 1.01 0.74 0.40 0.46 0.47 0.34 0.55 0.40 0.50 0.46 0.43 0.52 0.40 1.02 0.65 0.33 0.25 0.67 0.82 0.63 0.21
O5' 1.86 1.38 2.32 1.79 1.43 1.44 1.20 1.10 1.11 1.34 1.21 1.51 1.52 1.12 1.55 2.60 1.43 1.47 1.09 1.13 0.61 0.53 0.71
OP1 2.40 1.96 2.81 2.03 1.99 1.70 1.71 1.29 1.58 1.84 1.72 1.85 2.12 1.61 2.10 3.50 1.79 1.89 1.23 1.41 0.97 0.66 0.86
OP2 2.12 1.96 2.45 1.76 1.98 1.48 1.90 1.19 1.87 1.93 1.90 2.38 2.01 1.86 2.02 2.88 1.42 1.67 1.29 2.27 1.06 0.70 1.06
P 1.97 1.56 2.37 1.72 1.61 1.40 1.43 1.09 1.35 1.56 1.41 1.71 1.68 1.40 1.72 2.88 1.40 1.52 1.02 1.47 0.73 0.47 0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.35 0.01 0.27 0.02 0.43 0.39 0.28
C2 0.03 0.00 0.43 0.38 0.01 0.07 0.03 0.13 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.19 0.29 0.24 0.40 0.02 0.71 0.70 0.46
C2' 0.01 0.43 0.00 0.01 0.22 0.02 0.12 0.22 0.20 0.20 0.34 0.52 0.42 0.11 0.03 0.00 0.05 0.02 0.62 0.15 0.76 0.60 0.65
C3' 0.02 0.38 0.01 0.00 0.34 0.01 0.42 0.02 0.45 0.33 0.44 0.37 0.32 0.41 0.26 0.03 0.01 0.03 0.31 0.48 0.23 0.44 0.29
C4 0.02 0.01 0.22 0.34 0.00 0.06 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.20 0.13 0.40 0.02 0.68 0.70 0.45
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.11 0.22 0.08 0.10 0.08 0.21 0.10 0.35 0.03 0.00 0.02 0.15 0.24 0.28 0.05
C5 0.01 0.03 0.12 0.42 0.01 0.13 0.00 0.17 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.20 0.06 0.49 0.01 0.82 0.91 0.56
C5' 0.08 0.13 0.22 0.02 0.11 0.01 0.17 0.00 0.16 0.23 0.14 0.15 0.13 0.25 0.10 0.15 0.24 0.02 0.01 0.21 0.38 0.41 0.02
C6 0.02 0.07 0.20 0.45 0.02 0.11 0.01 0.16 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.28 0.24 0.11 0.51 0.01 0.88 0.98 0.61
C8 0.02 0.02 0.20 0.33 0.01 0.22 0.01 0.23 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.43 0.16 0.16 0.48 0.03 0.73 0.84 0.52
N1 0.04 0.02 0.34 0.44 0.03 0.08 0.02 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.17 0.26 0.19 0.48 0.01 0.82 0.87 0.56
N2 0.04 0.01 0.52 0.37 0.01 0.10 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.28 0.33 0.29 0.20 0.02 0.83 0.38 0.29
N3 0.03 0.01 0.42 0.32 0.01 0.08 0.01 0.13 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.31 0.24 0.36 0.02 0.63 0.61 0.41
N7 0.02 0.03 0.11 0.41 0.01 0.21 0.00 0.25 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.45 0.23 0.09 0.54 0.02 0.86 1.02 0.62
N9 0.01 0.01 0.03 0.26 0.01 0.10 0.01 0.10 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.23 0.14 0.01 0.37 0.02 0.60 0.62 0.40
O2' 0.02 0.19 0.00 0.03 0.17 0.35 0.31 0.15 0.28 0.43 0.17 0.28 0.20 0.45 0.23 0.00 0.07 0.25 0.38 0.33 0.71 0.35 0.47
O3' 0.35 0.29 0.05 0.01 0.20 0.03 0.20 0.24 0.24 0.16 0.26 0.33 0.31 0.23 0.14 0.07 0.00 0.25 0.27 0.27 0.48 0.44 0.33
O4' 0.01 0.24 0.02 0.03 0.13 0.00 0.06 0.02 0.11 0.16 0.19 0.29 0.24 0.09 0.01 0.25 0.25 0.00 0.10 0.08 0.27 0.31 0.15
O5' 0.27 0.40 0.62 0.31 0.40 0.02 0.49 0.01 0.51 0.48 0.48 0.20 0.36 0.54 0.37 0.38 0.27 0.10 0.00 0.38 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.15 0.48 0.02 0.15 0.01 0.21 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.33 0.27 0.08 0.38 0.00 1.18 0.82 0.51
OP1 0.43 0.71 0.76 0.23 0.68 0.24 0.82 0.38 0.88 0.73 0.82 0.83 0.63 0.86 0.60 0.71 0.48 0.27 0.02 1.18 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.70 0.60 0.44 0.70 0.28 0.91 0.41 0.98 0.84 0.87 0.38 0.61 1.02 0.62 0.35 0.44 0.31 0.02 0.82 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.46 0.65 0.29 0.45 0.05 0.56 0.02 0.61 0.52 0.56 0.29 0.41 0.62 0.40 0.47 0.33 0.15 0.01 0.51 0.01 0.01 0.00