ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44156

back

Distances from reference structure (by RMSD)

36, 28, 14, 14, 3, 8, 45, 7, 13, 5, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.064, 0.153, 0.242, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.153 std_dev=0.089
N1 A 0, 0.082, 0.238, 0.393, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.238 std_dev=0.155
N1 B 0, 0.086, 0.263, 0.441, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.263 std_dev=0.177
C1' B 0, 0.091, 0.288, 0.485, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.288 std_dev=0.197
N3 A 0, 0.077, 0.330, 0.582, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.330 std_dev=0.253
N9 B 0, 0.086, 0.344, 0.602, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.344 std_dev=0.258
O4' B 0, 0.125, 0.396, 0.667, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.396 std_dev=0.271
C2' B 0, 0.142, 0.428, 0.715, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.428 std_dev=0.286
C4' B 0, 0.124, 0.417, 0.709, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.417 std_dev=0.292
C6 A 0, 0.052, 0.361, 0.671, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.361 std_dev=0.310
N3 B 0, 0.022, 0.336, 0.651, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.336 std_dev=0.315
O4 A 0, 0.054, 0.397, 0.739, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.397 std_dev=0.342
C6 B 0, 0.063, 0.414, 0.765, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.414 std_dev=0.351
C2 B 0, 0.061, 0.421, 0.781, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.421 std_dev=0.360
C4 A 0, 0.117, 0.479, 0.842, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.479 std_dev=0.362
C2 A 0, 0.050, 0.420, 0.789, 1.578 max_d=1.578 avg_d=0.420 std_dev=0.369
C3' B 0, 0.136, 0.511, 0.886, 1.971 max_d=1.971 avg_d=0.511 std_dev=0.375
O2' B 0, 0.165, 0.554, 0.943, 2.007 max_d=2.007 avg_d=0.554 std_dev=0.389
C5 B 0, 0.037, 0.441, 0.845, 1.813 max_d=1.813 avg_d=0.441 std_dev=0.404
C1' A 0, 0.125, 0.560, 0.995, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.560 std_dev=0.435
C5' B 0, 0.121, 0.568, 1.016, 2.773 max_d=2.773 avg_d=0.568 std_dev=0.447
C5 A 0, 0.111, 0.615, 1.119, 2.067 max_d=2.067 avg_d=0.615 std_dev=0.504
O6 B 0, -0.100, 0.418, 0.936, 2.350 max_d=2.350 avg_d=0.418 std_dev=0.518
O3' B 0, 0.146, 0.731, 1.317, 3.680 max_d=3.680 avg_d=0.731 std_dev=0.585
N2 B 0, -0.164, 0.477, 1.118, 3.088 max_d=3.088 avg_d=0.477 std_dev=0.641
C8 B 0, 0.065, 0.719, 1.374, 2.682 max_d=2.682 avg_d=0.719 std_dev=0.654
O4' A 0, 0.141, 0.831, 1.520, 2.727 max_d=2.727 avg_d=0.831 std_dev=0.690
C3' A 0, 0.178, 0.870, 1.562, 2.629 max_d=2.629 avg_d=0.870 std_dev=0.692
C2' A 0, 0.085, 0.796, 1.508, 2.784 max_d=2.784 avg_d=0.796 std_dev=0.711
O2 A 0, 0.106, 0.852, 1.599, 2.950 max_d=2.950 avg_d=0.852 std_dev=0.746
N7 B 0, 0.030, 0.797, 1.565, 3.275 max_d=3.275 avg_d=0.797 std_dev=0.768
C4' A 0, 0.185, 1.004, 1.823, 3.385 max_d=3.385 avg_d=1.004 std_dev=0.819
O5' B 0, 0.185, 1.236, 2.288, 2.869 max_d=2.869 avg_d=1.236 std_dev=1.051
O3' A 0, 0.129, 1.210, 2.290, 3.580 max_d=3.580 avg_d=1.210 std_dev=1.080
O5' A 0, 0.228, 1.421, 2.613, 7.097 max_d=7.097 avg_d=1.421 std_dev=1.192
C5' A 0, 0.208, 1.471, 2.733, 6.232 max_d=6.232 avg_d=1.471 std_dev=1.262
P B 0, 0.188, 1.683, 3.177, 4.375 max_d=4.375 avg_d=1.683 std_dev=1.495
O2' A 0, 0.269, 1.780, 3.291, 4.477 max_d=4.477 avg_d=1.780 std_dev=1.511
P A 0, 0.256, 2.012, 3.767, 10.214 max_d=10.214 avg_d=2.012 std_dev=1.756
OP1 A 0, -0.134, 1.780, 3.694, 11.233 max_d=11.233 avg_d=1.780 std_dev=1.914
OP2 B 0, 0.252, 2.194, 4.135, 5.853 max_d=5.853 avg_d=2.194 std_dev=1.942
OP1 B 0, 0.249, 2.418, 4.587, 6.590 max_d=6.590 avg_d=2.418 std_dev=2.169
OP2 A 0, 0.432, 3.038, 5.644, 11.631 max_d=11.631 avg_d=3.038 std_dev=2.606

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.35 0.03 0.01 0.23 0.38 0.34 0.19
C2 0.03 0.00 0.16 0.22 0.07 0.09 0.03 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.27 0.02 0.15 0.32 0.52 0.67 0.35
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.09 0.02 0.11 0.21 0.15 0.04 0.13 0.29 0.01 0.04 0.09 0.02 0.54 0.82 0.39 0.58
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.45 0.01 0.49 0.03 0.44 0.26 0.31 0.19 0.03 0.01 0.27 0.03 0.27 0.35 0.29 0.20
C4 0.04 0.07 0.09 0.45 0.00 0.17 0.01 0.25 0.02 0.04 0.02 0.05 0.33 0.28 0.01 0.06 0.48 0.65 1.09 0.63
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.17 0.00 0.24 0.01 0.25 0.09 0.09 0.20 0.33 0.06 0.12 0.01 0.02 0.31 0.32 0.14
C5 0.02 0.03 0.11 0.49 0.01 0.24 0.00 0.33 0.01 0.02 0.03 0.02 0.39 0.37 0.01 0.10 0.58 0.74 1.19 0.74
C5' 0.08 0.19 0.21 0.03 0.25 0.01 0.33 0.00 0.31 0.13 0.19 0.32 0.14 0.21 0.27 0.02 0.01 0.43 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.44 0.02 0.25 0.01 0.31 0.00 0.01 0.04 0.02 0.35 0.30 0.02 0.14 0.53 0.66 0.93 0.61
N1 0.01 0.01 0.04 0.26 0.04 0.09 0.02 0.13 0.01 0.00 0.03 0.02 0.21 0.15 0.03 0.03 0.32 0.48 0.60 0.33
N3 0.03 0.01 0.13 0.31 0.02 0.09 0.03 0.19 0.04 0.03 0.00 0.01 0.29 0.20 0.02 0.13 0.37 0.59 0.85 0.46
O2 0.04 0.01 0.29 0.19 0.05 0.20 0.02 0.32 0.02 0.02 0.01 0.00 0.23 0.47 0.03 0.22 0.41 0.60 0.65 0.43
O2' 0.02 0.22 0.01 0.03 0.33 0.33 0.39 0.14 0.35 0.21 0.29 0.23 0.00 0.08 0.28 0.23 0.41 0.80 0.38 0.51
O3' 0.35 0.27 0.04 0.01 0.28 0.06 0.37 0.21 0.30 0.15 0.20 0.47 0.08 0.00 0.11 0.26 0.28 0.52 0.50 0.25
O4 0.03 0.02 0.09 0.27 0.01 0.12 0.01 0.27 0.02 0.03 0.02 0.03 0.28 0.11 0.00 0.07 0.38 0.84 0.80 0.47
O4' 0.01 0.15 0.02 0.03 0.06 0.01 0.10 0.02 0.14 0.03 0.13 0.22 0.23 0.26 0.07 0.00 0.15 0.20 0.37 0.24
O5' 0.23 0.32 0.54 0.27 0.48 0.02 0.58 0.01 0.53 0.32 0.37 0.41 0.41 0.28 0.38 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.38 0.52 0.82 0.35 0.65 0.31 0.74 0.43 0.66 0.48 0.59 0.60 0.80 0.52 0.84 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.34 0.67 0.39 0.29 1.09 0.32 1.19 0.38 0.93 0.60 0.85 0.65 0.38 0.50 0.80 0.37 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.35 0.58 0.20 0.63 0.14 0.74 0.02 0.61 0.33 0.46 0.43 0.51 0.25 0.47 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.28 0.41 0.42 0.53 0.32 0.38 0.34 0.40 0.41 0.26 0.44 0.35 0.37 0.31 0.27 0.44 0.72 0.29 0.33 0.35 0.48 0.31 0.19
C2 0.38 0.40 0.61 0.69 0.33 0.45 0.31 0.41 0.33 0.35 0.38 0.52 0.38 0.33 0.34 0.63 0.92 0.33 0.36 0.33 0.51 0.43 0.19
C2' 0.32 0.25 0.48 0.59 0.23 0.46 0.23 0.48 0.24 0.26 0.24 0.31 0.26 0.26 0.25 0.51 0.78 0.33 0.29 0.29 0.64 0.30 0.20
C3' 0.33 0.57 0.28 0.30 0.54 0.26 0.66 0.30 0.72 0.57 0.69 0.30 0.51 0.69 0.47 0.25 0.40 0.34 0.20 0.38 0.38 0.33 0.02
C4 0.44 0.30 0.62 0.66 0.33 0.45 0.33 0.41 0.31 0.42 0.28 0.28 0.32 0.39 0.39 0.64 0.85 0.40 0.41 0.26 0.84 0.68 0.46
C4' 0.46 0.63 0.38 0.35 0.60 0.38 0.73 0.37 0.80 0.64 0.75 0.31 0.57 0.76 0.54 0.41 0.40 0.48 0.26 0.45 0.60 0.53 0.27
C5 0.42 0.28 0.54 0.58 0.31 0.44 0.31 0.42 0.31 0.36 0.28 0.25 0.30 0.35 0.35 0.59 0.75 0.42 0.47 0.31 0.97 0.72 0.56
C5' 0.81 0.86 0.76 0.70 0.86 0.77 0.97 0.71 1.02 0.92 0.96 0.62 0.83 1.03 0.83 0.84 0.72 0.84 0.51 0.54 0.79 0.67 0.39
C6 0.34 0.26 0.41 0.46 0.26 0.36 0.29 0.36 0.32 0.30 0.30 0.23 0.25 0.32 0.28 0.46 0.62 0.37 0.37 0.32 0.86 0.59 0.46
N1 0.25 0.27 0.40 0.49 0.22 0.32 0.24 0.33 0.29 0.24 0.31 0.30 0.25 0.25 0.21 0.43 0.69 0.27 0.26 0.30 0.57 0.38 0.18
N3 0.42 0.37 0.64 0.70 0.34 0.44 0.33 0.39 0.33 0.41 0.34 0.46 0.36 0.39 0.38 0.66 0.92 0.35 0.34 0.29 0.62 0.54 0.26
O2 0.54 0.59 0.81 0.91 0.50 0.63 0.45 0.57 0.46 0.48 0.54 0.77 0.58 0.46 0.49 0.84 1.17 0.45 0.53 0.42 0.57 0.46 0.34
O2' 0.54 0.41 0.75 0.90 0.44 0.77 0.50 0.78 0.49 0.59 0.41 0.43 0.43 0.63 0.48 0.84 1.19 0.53 0.47 0.45 0.92 0.40 0.37
O3' 0.18 0.54 0.22 0.28 0.50 0.23 0.68 0.24 0.76 0.55 0.70 0.24 0.44 0.72 0.39 0.28 0.43 0.22 0.02 0.34 0.03 0.03 0.01
O4 0.27 0.24 0.35 0.35 0.20 0.28 0.19 0.25 0.21 0.23 0.23 0.29 0.23 0.22 0.22 0.42 0.51 0.32 0.29 0.24 0.88 0.41 0.41
O4' 0.37 0.55 0.34 0.38 0.49 0.33 0.58 0.34 0.66 0.46 0.65 0.25 0.49 0.57 0.42 0.38 0.49 0.41 0.26 0.45 0.54 0.42 0.23
O5' 0.86 0.91 0.74 0.65 0.91 0.75 1.01 0.67 1.06 0.97 1.00 0.69 0.89 1.07 0.89 0.82 0.65 0.89 0.44 0.59 0.82 0.74 0.42
OP1 1.32 1.26 1.33 1.25 1.24 1.29 1.26 1.11 1.28 1.24 1.27 1.16 1.28 1.28 1.24 1.48 1.30 1.30 0.74 0.87 1.31 1.00 0.75
OP2 0.95 1.16 0.92 0.91 1.17 0.86 1.39 0.80 1.49 1.31 1.36 0.94 1.08 1.51 1.10 1.02 1.13 0.94 0.66 1.14 1.14 0.88 0.64
P 1.13 1.22 1.01 0.90 1.23 0.99 1.36 0.89 1.42 1.33 1.34 0.84 1.18 1.45 1.20 1.09 0.91 1.15 0.48 0.82 0.91 0.78 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.25 0.02 0.39 0.66 0.36
C2 0.04 0.00 0.25 0.31 0.01 0.11 0.03 0.19 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.20 0.37 0.08 0.63 0.02 1.14 1.11 0.86
C2' 0.00 0.25 0.00 0.01 0.13 0.01 0.07 0.04 0.11 0.11 0.21 0.19 0.25 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.35 0.08 0.51 0.49 0.35
C3' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.18 0.01 0.15 0.03 0.19 0.15 0.29 0.22 0.29 0.13 0.07 0.02 0.01 0.02 0.43 0.12 0.52 0.44 0.35
C4 0.02 0.01 0.13 0.18 0.00 0.08 0.01 0.16 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.18 0.04 0.62 0.02 1.04 1.18 0.85
C4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.10 0.09 0.13 0.10 0.10 0.10 0.05 0.08 0.03 0.01 0.02 0.08 0.29 0.30 0.08
C5 0.01 0.03 0.07 0.15 0.01 0.09 0.00 0.21 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.10 0.15 0.03 0.76 0.02 1.33 1.51 1.09
C5' 0.04 0.19 0.04 0.03 0.16 0.01 0.21 0.00 0.23 0.18 0.23 0.15 0.16 0.22 0.13 0.06 0.07 0.02 0.01 0.19 0.34 0.33 0.02
C6 0.03 0.07 0.11 0.19 0.02 0.10 0.01 0.23 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.13 0.21 0.04 0.79 0.01 1.48 1.57 1.17
C8 0.02 0.02 0.11 0.15 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.10 0.16 0.07 0.69 0.03 1.05 1.49 0.98
N1 0.04 0.02 0.21 0.29 0.03 0.13 0.02 0.23 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.17 0.33 0.05 0.76 0.02 1.39 1.39 1.07
N2 0.05 0.01 0.19 0.22 0.01 0.10 0.02 0.15 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.21 0.28 0.06 0.32 0.03 0.81 0.45 0.42
N3 0.04 0.01 0.25 0.29 0.01 0.10 0.02 0.16 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.32 0.07 0.55 0.02 0.96 0.98 0.74
N7 0.01 0.03 0.08 0.13 0.01 0.10 0.00 0.22 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.14 0.05 0.80 0.03 1.37 1.72 1.18
N9 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.13 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.02 0.53 0.02 0.82 1.10 0.73
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.11 0.08 0.10 0.06 0.13 0.10 0.17 0.21 0.18 0.10 0.06 0.00 0.06 0.06 0.13 0.12 0.36 0.32 0.15
O3' 0.06 0.37 0.02 0.01 0.18 0.03 0.15 0.07 0.21 0.16 0.33 0.28 0.32 0.14 0.06 0.06 0.00 0.04 0.38 0.15 0.58 0.47 0.31
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.06 0.07 0.05 0.02 0.06 0.04 0.00 0.18 0.04 0.25 0.59 0.22
O5' 0.25 0.63 0.35 0.43 0.62 0.02 0.76 0.01 0.79 0.69 0.76 0.32 0.55 0.80 0.53 0.13 0.38 0.18 0.00 0.36 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.08 0.12 0.02 0.08 0.02 0.19 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.12 0.15 0.04 0.36 0.00 1.15 0.64 0.56
OP1 0.39 1.14 0.51 0.52 1.04 0.29 1.33 0.34 1.48 1.05 1.39 0.81 0.96 1.37 0.82 0.36 0.58 0.25 0.03 1.15 0.00 0.02 0.01
OP2 0.66 1.11 0.49 0.44 1.18 0.30 1.51 0.33 1.57 1.49 1.39 0.45 0.98 1.72 1.10 0.32 0.47 0.59 0.02 0.64 0.02 0.00 0.01
P 0.36 0.86 0.35 0.35 0.85 0.08 1.09 0.02 1.17 0.98 1.07 0.42 0.74 1.18 0.73 0.15 0.31 0.22 0.01 0.56 0.01 0.01 0.00