ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44160

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 10, 13, 44, 27, 4, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.071, 0.191, 0.311, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.191 std_dev=0.120
N1 B 0, 0.067, 0.203, 0.340, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.203 std_dev=0.136
C6 B 0, 0.088, 0.225, 0.362, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.225 std_dev=0.137
N9 A 0, 0.183, 0.328, 0.474, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.328 std_dev=0.145
C2 B 0, 0.116, 0.270, 0.424, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.270 std_dev=0.154
C1' A 0, 0.152, 0.308, 0.464, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.308 std_dev=0.156
N3 B 0, 0.095, 0.263, 0.431, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.263 std_dev=0.168
N3 A 0, 0.206, 0.395, 0.584, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.395 std_dev=0.189
C4 B 0, 0.127, 0.317, 0.507, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.317 std_dev=0.190
C5 B 0, 0.110, 0.311, 0.512, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.311 std_dev=0.201
O4' B 0, 0.177, 0.383, 0.589, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.383 std_dev=0.206
N1 A 0, 0.157, 0.366, 0.574, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.366 std_dev=0.208
C6 A 0, 0.199, 0.409, 0.619, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.409 std_dev=0.210
C2 A 0, 0.280, 0.495, 0.711, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.495 std_dev=0.216
C1' B 0, 0.134, 0.351, 0.567, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.351 std_dev=0.217
O3' A 0, 0.201, 0.435, 0.669, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.435 std_dev=0.234
O2 B 0, 0.199, 0.443, 0.687, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.443 std_dev=0.244
C4' B 0, 0.153, 0.406, 0.660, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.406 std_dev=0.253
C5 A 0, 0.121, 0.385, 0.648, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.385 std_dev=0.263
P B 0, 0.110, 0.378, 0.646, 1.887 max_d=1.887 avg_d=0.378 std_dev=0.268
C3' B 0, 0.187, 0.478, 0.768, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.478 std_dev=0.290
C2' B 0, 0.166, 0.476, 0.786, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.476 std_dev=0.310
N4 B 0, 0.020, 0.358, 0.696, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.358 std_dev=0.338
C8 A 0, 0.280, 0.636, 0.991, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.636 std_dev=0.355
C5' B 0, 0.116, 0.482, 0.849, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.482 std_dev=0.367
O5' B 0, 0.097, 0.475, 0.853, 2.079 max_d=2.079 avg_d=0.475 std_dev=0.378
OP1 B 0, 0.200, 0.586, 0.972, 2.583 max_d=2.583 avg_d=0.586 std_dev=0.386
OP2 B 0, 0.260, 0.707, 1.154, 2.711 max_d=2.711 avg_d=0.707 std_dev=0.447
N6 A 0, 0.333, 0.784, 1.236, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.784 std_dev=0.451
N7 A 0, 0.220, 0.682, 1.145, 1.910 max_d=1.910 avg_d=0.682 std_dev=0.463
O3' B 0, 0.253, 0.768, 1.282, 2.427 max_d=2.427 avg_d=0.768 std_dev=0.514
O2' B 0, 0.161, 0.698, 1.234, 2.718 max_d=2.718 avg_d=0.698 std_dev=0.537
C3' A 0, 0.470, 1.111, 1.751, 2.428 max_d=2.428 avg_d=1.111 std_dev=0.641
C2' A 0, 0.339, 1.104, 1.869, 2.559 max_d=2.559 avg_d=1.104 std_dev=0.765
O4' A 0, 0.445, 1.419, 2.392, 3.237 max_d=3.237 avg_d=1.419 std_dev=0.973
C4' A 0, 0.563, 1.735, 2.907, 3.944 max_d=3.944 avg_d=1.735 std_dev=1.172
O2' A 0, 0.292, 1.682, 3.072, 4.324 max_d=4.324 avg_d=1.682 std_dev=1.390
C5' A 0, 0.784, 2.884, 4.984, 6.544 max_d=6.544 avg_d=2.884 std_dev=2.100
O5' A 0, 0.363, 2.720, 5.077, 6.925 max_d=6.925 avg_d=2.720 std_dev=2.357
OP1 A 0, 1.223, 4.051, 6.879, 9.840 max_d=9.840 avg_d=4.051 std_dev=2.828
P A 0, 0.308, 3.379, 6.450, 9.439 max_d=9.439 avg_d=3.379 std_dev=3.071
OP2 A 0, 0.424, 3.639, 6.854, 10.742 max_d=10.742 avg_d=3.639 std_dev=3.215

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.04 0.16 0.01 0.41 0.55 0.65 0.44
C2 0.06 0.00 0.33 0.40 0.02 0.63 0.03 1.23 0.07 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.51 0.15 0.50 1.30 1.81 1.57 1.52
C2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.14 0.03 0.07 0.10 0.12 0.18 0.26 0.33 0.08 0.11 0.04 0.00 0.05 0.04 0.57 0.97 0.68 0.64
C3' 0.02 0.40 0.01 0.00 0.17 0.01 0.08 0.03 0.15 0.18 0.31 0.37 0.13 0.11 0.02 0.02 0.01 0.01 0.38 0.79 0.36 0.38
C4 0.03 0.02 0.14 0.17 0.00 0.29 0.01 0.56 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.12 0.26 0.63 0.93 0.98 0.69
C4' 0.01 0.63 0.03 0.01 0.29 0.00 0.15 0.01 0.28 0.28 0.49 0.60 0.26 0.17 0.04 0.05 0.04 0.01 0.03 0.41 0.36 0.11
C5 0.02 0.03 0.07 0.08 0.01 0.15 0.00 0.33 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.13 0.13 0.58 1.01 1.18 0.72
C5' 0.08 1.23 0.10 0.03 0.56 0.01 0.33 0.00 0.57 0.53 0.97 1.12 0.53 0.36 0.16 0.07 0.06 0.03 0.01 0.36 0.35 0.03
C6 0.03 0.07 0.12 0.15 0.02 0.28 0.01 0.57 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.24 0.12 0.23 0.67 1.21 1.21 0.81
C8 0.02 0.03 0.18 0.18 0.01 0.28 0.01 0.53 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.24 0.21 0.25 1.07 1.30 1.64 1.25
N1 0.05 0.02 0.26 0.31 0.03 0.49 0.02 0.97 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.40 0.13 0.39 1.02 1.59 1.38 1.22
N3 0.06 0.01 0.33 0.37 0.01 0.60 0.01 1.12 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.49 0.14 0.50 1.17 1.47 1.33 1.29
N6 0.02 0.02 0.08 0.13 0.01 0.26 0.01 0.53 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.21 0.12 0.20 0.47 1.01 0.91 0.56
N7 0.02 0.03 0.11 0.11 0.01 0.17 0.01 0.36 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.17 0.18 0.13 0.91 1.26 1.63 1.13
N9 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.16 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.15 0.02 0.57 0.78 0.99 0.65
O2' 0.04 0.51 0.00 0.02 0.25 0.05 0.15 0.07 0.24 0.24 0.40 0.49 0.21 0.17 0.06 0.00 0.08 0.05 0.56 1.08 0.72 0.68
O3' 0.16 0.15 0.05 0.01 0.12 0.04 0.13 0.06 0.12 0.21 0.13 0.14 0.12 0.18 0.15 0.08 0.00 0.11 0.29 0.74 0.46 0.31
O4' 0.01 0.50 0.04 0.01 0.26 0.01 0.13 0.03 0.23 0.25 0.39 0.50 0.20 0.13 0.02 0.05 0.11 0.00 0.35 0.33 0.59 0.30
O5' 0.41 1.30 0.57 0.38 0.63 0.03 0.58 0.01 0.67 1.07 1.02 1.17 0.47 0.91 0.57 0.56 0.29 0.35 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.55 1.81 0.97 0.79 0.93 0.41 1.01 0.36 1.21 1.30 1.59 1.47 1.01 1.26 0.78 1.08 0.74 0.33 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.65 1.57 0.68 0.36 0.98 0.36 1.18 0.35 1.21 1.64 1.38 1.33 0.91 1.63 0.99 0.72 0.46 0.59 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.44 1.52 0.64 0.38 0.69 0.11 0.72 0.03 0.81 1.25 1.22 1.29 0.56 1.13 0.65 0.68 0.31 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.39 0.38 0.32 0.22 0.44 0.24 0.43 0.30 0.37 0.37 0.40 0.46 0.39 0.39 0.23 0.34 0.20 0.24 0.20 0.14
C2 0.55 0.48 0.52 0.49 0.42 0.53 0.40 0.58 0.38 0.46 0.45 0.54 0.56 0.62 0.50 0.54 0.43 0.19 0.30 0.21
C2' 0.70 0.58 0.62 0.50 0.50 0.61 0.48 0.55 0.49 0.58 0.51 0.72 0.64 0.73 0.49 0.72 0.38 0.16 0.25 0.08
C3' 0.70 0.70 0.59 0.43 0.63 0.47 0.61 0.37 0.66 0.70 0.64 0.49 0.72 0.62 0.36 0.68 0.35 0.30 0.13 0.03
C4 0.42 0.38 0.37 0.31 0.44 0.35 0.42 0.43 0.34 0.35 0.40 0.52 0.43 0.49 0.33 0.38 0.26 0.19 0.22 0.11
C4' 0.65 0.87 0.53 0.34 1.02 0.33 0.98 0.32 0.86 0.80 0.94 0.30 0.83 0.50 0.29 0.54 0.27 0.51 0.48 0.15
C5 0.46 0.41 0.43 0.35 0.47 0.41 0.44 0.45 0.35 0.37 0.43 0.54 0.47 0.58 0.38 0.42 0.28 0.23 0.22 0.11
C5' 1.15 1.59 0.95 0.62 1.83 0.56 1.73 0.37 1.51 1.44 1.74 0.34 1.53 0.88 0.44 0.94 0.43 0.76 0.54 0.18
C6 0.48 0.42 0.45 0.39 0.48 0.45 0.44 0.49 0.34 0.38 0.44 0.53 0.50 0.61 0.42 0.45 0.30 0.20 0.25 0.11
C8 0.50 0.44 0.46 0.35 0.50 0.42 0.48 0.41 0.40 0.42 0.45 0.53 0.49 0.59 0.38 0.47 0.32 0.34 0.23 0.21
N1 0.54 0.48 0.52 0.48 0.45 0.52 0.42 0.56 0.37 0.44 0.46 0.55 0.56 0.65 0.49 0.53 0.39 0.18 0.27 0.17
N3 0.46 0.40 0.42 0.40 0.40 0.44 0.38 0.52 0.34 0.38 0.39 0.51 0.45 0.51 0.41 0.45 0.36 0.18 0.28 0.18
N6 0.37 0.45 0.37 0.31 0.56 0.37 0.50 0.34 0.40 0.38 0.54 0.30 0.47 0.39 0.36 0.37 0.28 0.17 0.27 0.13
N7 0.50 0.44 0.47 0.37 0.50 0.44 0.47 0.44 0.38 0.41 0.45 0.54 0.50 0.63 0.41 0.47 0.31 0.32 0.23 0.18
N9 0.43 0.40 0.37 0.27 0.46 0.32 0.44 0.36 0.37 0.38 0.42 0.51 0.43 0.48 0.29 0.38 0.24 0.25 0.20 0.14
O2' 0.69 0.67 0.64 0.56 1.01 0.76 0.98 0.76 0.69 0.62 0.83 0.92 0.65 0.82 0.63 0.75 0.43 0.32 0.52 0.17
O3' 0.34 0.38 0.27 0.19 0.46 0.18 0.46 0.22 0.40 0.37 0.42 0.50 0.37 0.27 0.24 0.35 0.03 0.03 0.03 0.01
O4' 0.45 0.58 0.36 0.23 0.69 0.26 0.66 0.32 0.56 0.52 0.63 0.31 0.56 0.39 0.25 0.38 0.17 0.35 0.42 0.15
O5' 1.35 1.81 1.17 0.84 2.03 0.71 1.89 0.47 1.65 1.63 1.96 0.30 1.77 1.12 0.64 1.08 0.64 0.67 0.73 0.41
OP1 1.58 2.10 1.40 1.05 2.28 0.95 1.99 0.80 1.73 1.82 2.28 0.68 2.12 1.44 0.96 1.26 0.85 1.31 0.99 0.91
OP2 1.81 2.46 1.74 1.44 2.84 1.14 2.58 0.89 2.20 2.18 2.73 1.23 2.42 1.62 1.27 1.44 1.14 0.79 1.26 0.82
P 1.54 2.15 1.36 0.95 2.45 0.78 2.21 0.50 1.87 1.87 2.38 0.34 2.11 1.31 0.73 1.20 0.68 0.80 0.75 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.07 0.02 0.12 0.00 0.15 0.15 0.43 0.19
C2 0.04 0.00 0.09 0.14 0.07 0.05 0.03 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.16 0.14 0.05 0.28 0.22 0.43 0.24
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.08 0.02 0.08 0.08 0.08 0.03 0.08 0.06 0.18 0.00 0.02 0.01 0.24 0.30 0.41 0.22
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.17 0.01 0.20 0.02 0.19 0.11 0.16 0.20 0.19 0.02 0.01 0.02 0.26 0.38 0.23 0.17
C4 0.06 0.07 0.08 0.17 0.00 0.10 0.01 0.20 0.02 0.05 0.02 0.01 0.05 0.19 0.12 0.06 0.39 0.31 0.45 0.32
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.05 0.07 0.12 0.09 0.14 0.02 0.00 0.02 0.17 0.33 0.09
C5 0.03 0.03 0.08 0.20 0.01 0.13 0.00 0.23 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.15 0.17 0.05 0.42 0.31 0.44 0.32
C5' 0.04 0.12 0.08 0.02 0.20 0.01 0.23 0.00 0.20 0.11 0.16 0.24 0.11 0.07 0.10 0.02 0.01 0.19 0.30 0.03
C6 0.02 0.01 0.08 0.19 0.02 0.12 0.01 0.20 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.11 0.15 0.05 0.36 0.24 0.41 0.25
N1 0.02 0.01 0.03 0.11 0.05 0.05 0.02 0.11 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.10 0.07 0.03 0.27 0.19 0.42 0.21
N3 0.03 0.01 0.08 0.16 0.02 0.07 0.02 0.16 0.04 0.03 0.00 0.02 0.02 0.19 0.13 0.04 0.36 0.27 0.43 0.28
N4 0.03 0.02 0.06 0.20 0.01 0.12 0.02 0.24 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.20 0.16 0.06 0.56 0.44 0.54 0.42
O2 0.07 0.01 0.18 0.19 0.05 0.09 0.02 0.11 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.20 0.25 0.08 0.24 0.21 0.45 0.23
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.19 0.14 0.15 0.07 0.11 0.10 0.19 0.20 0.20 0.00 0.05 0.10 0.14 0.27 0.44 0.19
O3' 0.12 0.14 0.02 0.01 0.12 0.02 0.17 0.10 0.15 0.07 0.13 0.16 0.25 0.05 0.00 0.08 0.26 0.54 0.23 0.27
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.06 0.08 0.10 0.08 0.00 0.13 0.15 0.49 0.25
O5' 0.15 0.28 0.24 0.26 0.39 0.02 0.42 0.01 0.36 0.27 0.36 0.56 0.24 0.14 0.26 0.13 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.15 0.22 0.30 0.38 0.31 0.17 0.31 0.19 0.24 0.19 0.27 0.44 0.21 0.27 0.54 0.15 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.43 0.43 0.41 0.23 0.45 0.33 0.44 0.30 0.41 0.42 0.43 0.54 0.45 0.44 0.23 0.49 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.24 0.22 0.17 0.32 0.09 0.32 0.03 0.25 0.21 0.28 0.42 0.23 0.19 0.27 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00