ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44169

back

Distances from reference structure (by RMSD)

50, 0, 4, 8, 6, 2, 5, 55, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.066, 0.216, 0.366, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.216 std_dev=0.150
C2 A 0, 0.022, 0.228, 0.434, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.228 std_dev=0.206
N3 A 0, 0.079, 0.288, 0.496, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.288 std_dev=0.208
N9 A 0, 0.082, 0.312, 0.543, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.312 std_dev=0.230
C2 B 0, 0.079, 0.321, 0.563, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.321 std_dev=0.242
N1 A 0, 0.094, 0.336, 0.578, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.336 std_dev=0.242
C5 A 0, 0.076, 0.343, 0.611, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.343 std_dev=0.268
N1 B 0, 0.055, 0.327, 0.599, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.327 std_dev=0.272
C4 B 0, 0.072, 0.363, 0.655, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.363 std_dev=0.292
C5 B 0, 0.104, 0.406, 0.708, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.406 std_dev=0.302
C8 A 0, 0.086, 0.406, 0.726, 1.690 max_d=1.690 avg_d=0.406 std_dev=0.320
C6 A 0, 0.100, 0.440, 0.780, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.440 std_dev=0.340
C1' A 0, 0.130, 0.472, 0.814, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.472 std_dev=0.342
N7 A 0, 0.112, 0.496, 0.880, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.496 std_dev=0.384
N3 B 0, 0.077, 0.490, 0.904, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.490 std_dev=0.414
C6 B 0, 0.103, 0.529, 0.954, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.529 std_dev=0.426
O2 B 0, 0.141, 0.609, 1.077, 1.600 max_d=1.600 avg_d=0.609 std_dev=0.468
N6 A 0, 0.156, 0.697, 1.238, 2.088 max_d=2.088 avg_d=0.697 std_dev=0.541
C1' B 0, 0.077, 0.649, 1.221, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.649 std_dev=0.572
N4 B 0, 0.134, 0.712, 1.289, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.712 std_dev=0.577
O2' B 0, 0.211, 1.001, 1.790, 2.325 max_d=2.325 avg_d=1.001 std_dev=0.790
C2' B 0, 0.087, 0.936, 1.785, 2.058 max_d=2.058 avg_d=0.936 std_dev=0.849
O3' A 0, -0.129, 0.725, 1.578, 4.519 max_d=4.519 avg_d=0.725 std_dev=0.853
C3' A 0, 0.065, 0.928, 1.790, 3.771 max_d=3.771 avg_d=0.928 std_dev=0.863
C2' A 0, 0.181, 1.087, 1.993, 2.243 max_d=2.243 avg_d=1.087 std_dev=0.906
O4' A 0, 0.177, 1.093, 2.009, 3.642 max_d=3.642 avg_d=1.093 std_dev=0.916
O4' B 0, 0.124, 1.053, 1.981, 2.224 max_d=2.224 avg_d=1.053 std_dev=0.928
C4' A 0, 0.139, 1.255, 2.371, 4.597 max_d=4.597 avg_d=1.255 std_dev=1.116
C3' B 0, 0.115, 1.353, 2.592, 2.896 max_d=2.896 avg_d=1.353 std_dev=1.238
C4' B 0, 0.134, 1.420, 2.705, 3.061 max_d=3.061 avg_d=1.420 std_dev=1.285
C5' B 0, 0.226, 1.738, 3.251, 3.862 max_d=3.862 avg_d=1.738 std_dev=1.513
O3' B 0, 0.207, 1.800, 3.392, 3.857 max_d=3.857 avg_d=1.800 std_dev=1.593
O2' A 0, 0.219, 1.923, 3.627, 4.065 max_d=4.065 avg_d=1.923 std_dev=1.704
O5' A 0, 0.347, 2.090, 3.833, 6.576 max_d=6.576 avg_d=2.090 std_dev=1.743
C5' A 0, 0.191, 2.225, 4.260, 6.861 max_d=6.861 avg_d=2.225 std_dev=2.035
OP2 A 0, 0.435, 3.054, 5.673, 8.695 max_d=8.695 avg_d=3.054 std_dev=2.619
P A 0, 0.432, 3.117, 5.803, 8.215 max_d=8.215 avg_d=3.117 std_dev=2.686
O5' B 0, 0.148, 2.875, 5.602, 6.050 max_d=6.050 avg_d=2.875 std_dev=2.727
OP2 B 0, 0.230, 3.156, 6.083, 6.615 max_d=6.615 avg_d=3.156 std_dev=2.927
P B 0, 0.102, 3.439, 6.775, 7.259 max_d=7.259 avg_d=3.439 std_dev=3.337
OP1 A 0, 0.535, 4.075, 7.615, 10.524 max_d=10.524 avg_d=4.075 std_dev=3.540
OP1 B 0, 0.047, 4.735, 9.424, 10.109 max_d=10.109 avg_d=4.735 std_dev=4.688

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.37 0.01 0.26 0.41 0.27 0.36
C2 0.03 0.00 0.54 0.25 0.01 0.39 0.01 0.54 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.55 0.26 0.58 0.76 1.33 0.79 1.15
C2' 0.00 0.54 0.00 0.00 0.29 0.01 0.16 0.14 0.27 0.25 0.43 0.53 0.20 0.12 0.03 0.00 0.03 0.04 0.59 0.55 0.57 0.64
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.26 0.01 0.35 0.03 0.36 0.33 0.31 0.20 0.40 0.38 0.23 0.02 0.01 0.02 0.36 0.31 0.17 0.29
C4 0.02 0.01 0.29 0.26 0.00 0.14 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.18 0.31 0.55 0.87 0.54 0.78
C4' 0.02 0.39 0.01 0.01 0.14 0.00 0.05 0.01 0.11 0.35 0.28 0.38 0.07 0.26 0.09 0.31 0.03 0.00 0.02 0.18 0.28 0.07
C5 0.01 0.01 0.16 0.35 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.09 0.16 0.56 0.86 0.58 0.76
C5' 0.04 0.54 0.14 0.03 0.20 0.01 0.14 0.00 0.19 0.51 0.40 0.49 0.16 0.41 0.14 0.17 0.21 0.02 0.01 0.24 0.41 0.02
C6 0.02 0.02 0.27 0.36 0.01 0.11 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.11 0.29 0.64 1.06 0.69 0.93
C8 0.01 0.01 0.25 0.33 0.01 0.35 0.01 0.51 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.65 0.13 0.29 0.54 0.63 0.55 0.51
N1 0.03 0.00 0.43 0.31 0.01 0.28 0.01 0.40 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.17 0.47 0.73 1.28 0.78 1.11
N3 0.03 0.00 0.53 0.20 0.00 0.38 0.01 0.49 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.55 0.30 0.57 0.68 1.15 0.68 1.01
N6 0.02 0.01 0.20 0.40 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.11 0.21 0.64 1.06 0.72 0.91
N7 0.01 0.02 0.12 0.38 0.01 0.26 0.00 0.41 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.54 0.13 0.13 0.57 0.73 0.61 0.61
N9 0.01 0.01 0.03 0.23 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.17 0.02 0.41 0.58 0.38 0.50
O2' 0.02 0.55 0.00 0.02 0.14 0.31 0.19 0.17 0.12 0.65 0.33 0.55 0.18 0.54 0.23 0.00 0.06 0.19 0.23 0.21 0.46 0.33
O3' 0.37 0.26 0.03 0.01 0.18 0.03 0.09 0.21 0.11 0.13 0.17 0.30 0.11 0.13 0.17 0.06 0.00 0.22 0.17 0.34 0.30 0.17
O4' 0.01 0.58 0.04 0.02 0.31 0.00 0.16 0.02 0.29 0.29 0.47 0.57 0.21 0.13 0.02 0.19 0.22 0.00 0.14 0.33 0.33 0.23
O5' 0.26 0.76 0.59 0.36 0.55 0.02 0.56 0.01 0.64 0.54 0.73 0.68 0.64 0.57 0.41 0.23 0.17 0.14 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.41 1.33 0.55 0.31 0.87 0.18 0.86 0.24 1.06 0.63 1.28 1.15 1.06 0.73 0.58 0.21 0.34 0.33 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.79 0.57 0.17 0.54 0.28 0.58 0.41 0.69 0.55 0.78 0.68 0.72 0.61 0.38 0.46 0.30 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.36 1.15 0.64 0.29 0.78 0.07 0.76 0.02 0.93 0.51 1.11 1.01 0.91 0.61 0.50 0.33 0.17 0.23 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.72 0.24 0.84 1.11 0.16 1.21 0.35 1.42 0.60 0.51 0.15 0.33 0.23 0.81 1.23 1.00 2.31 3.45 1.92 2.76
C2 0.67 0.19 0.82 1.12 0.29 1.21 0.32 1.44 0.52 0.43 0.26 0.50 0.17 0.82 1.29 0.97 2.32 3.69 2.12 2.84
C2' 0.26 0.44 0.47 0.90 0.63 0.98 0.29 1.38 0.18 0.17 0.66 0.85 0.49 0.40 1.09 0.59 2.33 3.62 2.31 3.00
C3' 0.46 0.45 0.59 0.92 0.86 1.12 0.59 1.42 0.29 0.26 0.75 1.19 0.40 0.64 1.10 0.81 2.36 3.51 1.98 2.90
C4 0.74 0.18 0.86 1.18 0.23 1.32 0.30 1.57 0.56 0.47 0.22 0.48 0.18 0.87 1.35 1.07 2.54 3.98 2.26 3.07
C4' 1.25 0.54 1.28 1.45 0.36 1.68 0.43 1.76 0.86 0.88 0.30 0.72 0.60 1.37 1.53 1.59 2.51 3.19 1.59 2.66
C5 0.80 0.20 0.91 1.25 0.29 1.44 0.29 1.71 0.58 0.49 0.30 0.58 0.23 0.94 1.45 1.17 2.77 4.34 2.48 3.31
C5' 1.62 0.69 1.54 1.63 0.80 2.04 0.65 2.00 0.97 1.08 0.57 1.40 0.77 1.77 1.71 2.05 2.72 3.24 1.43 2.63
C6 0.78 0.19 0.90 1.25 0.30 1.43 0.27 1.70 0.55 0.46 0.32 0.61 0.22 0.94 1.45 1.16 2.74 4.34 2.49 3.30
C8 0.85 0.28 0.94 1.28 0.32 1.49 0.36 1.76 0.65 0.55 0.34 0.57 0.29 0.97 1.45 1.24 2.84 4.35 2.46 3.35
N1 0.72 0.15 0.85 1.18 0.29 1.32 0.28 1.57 0.52 0.43 0.28 0.56 0.16 0.87 1.38 1.06 2.53 4.04 2.32 3.07
N3 0.68 0.21 0.81 1.10 0.26 1.19 0.32 1.41 0.53 0.45 0.23 0.44 0.19 0.80 1.26 0.95 2.28 3.59 2.05 2.79
N6 0.83 0.23 0.94 1.30 0.34 1.52 0.27 1.79 0.57 0.49 0.38 0.68 0.28 1.01 1.52 1.24 2.89 4.57 2.63 3.45
N7 0.87 0.30 0.96 1.31 0.35 1.54 0.34 1.82 0.63 0.55 0.39 0.64 0.32 1.01 1.51 1.27 2.93 4.55 2.59 3.46
N9 0.77 0.20 0.88 1.19 0.21 1.34 0.32 1.59 0.60 0.50 0.21 0.46 0.20 0.88 1.34 1.10 2.59 3.97 2.24 3.09
O2' 0.33 0.34 0.62 1.06 0.40 0.93 0.46 1.34 0.47 0.33 0.40 0.43 0.37 0.42 1.22 0.50 2.18 3.25 2.39 2.83
O3' 0.72 0.33 0.99 1.33 0.54 1.39 0.39 1.69 0.35 0.42 0.43 0.77 0.36 0.99 1.52 0.99 2.52 3.32 2.27 3.04
O4' 1.25 0.64 1.27 1.42 0.32 1.60 0.61 1.68 0.99 0.96 0.36 0.37 0.67 1.33 1.49 1.53 2.49 3.36 1.68 2.70
O5' 1.80 1.03 1.67 1.69 0.95 2.03 0.92 1.94 1.34 1.40 0.86 1.17 1.06 1.85 1.73 2.12 2.61 3.16 1.39 2.53
OP1 2.79 1.70 2.57 2.33 1.17 2.74 1.05 2.34 1.62 2.07 1.22 1.68 1.94 3.03 2.40 2.95 2.83 3.03 1.24 2.44
OP2 1.73 0.88 1.59 1.61 1.11 2.09 0.78 2.00 1.05 1.17 0.99 1.63 0.92 1.94 1.73 2.12 2.87 3.69 1.68 2.85
P 2.22 1.31 2.04 1.94 0.99 2.33 0.95 2.11 1.45 1.68 0.98 1.32 1.42 2.37 2.01 2.48 2.77 3.27 1.38 2.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.27 0.39 0.25 0.26
C2 0.03 0.00 0.11 0.12 0.04 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.07 0.36 0.51 0.63 0.38
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.10 0.02 0.12 0.03 0.08 0.05 0.20 0.00 0.02 0.01 0.21 0.37 0.34 0.22
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.14 0.00 0.15 0.02 0.16 0.07 0.13 0.15 0.18 0.02 0.01 0.02 0.39 0.61 0.38 0.38
C4 0.03 0.04 0.05 0.14 0.00 0.14 0.01 0.29 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.06 0.14 0.04 0.46 0.53 0.91 0.48
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.14 0.00 0.15 0.01 0.14 0.07 0.10 0.15 0.06 0.05 0.02 0.00 0.02 0.17 0.15 0.04
C5 0.02 0.01 0.10 0.15 0.01 0.15 0.00 0.30 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.18 0.07 0.48 0.51 0.84 0.47
C5' 0.04 0.17 0.02 0.02 0.29 0.01 0.30 0.00 0.25 0.16 0.23 0.32 0.13 0.05 0.04 0.02 0.01 0.26 0.22 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.16 0.02 0.14 0.00 0.25 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.18 0.08 0.45 0.49 0.63 0.41
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.07 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.07 0.02 0.36 0.45 0.51 0.34
N3 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.10 0.02 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.14 0.06 0.43 0.56 0.81 0.45
N4 0.02 0.01 0.05 0.15 0.01 0.15 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.16 0.04 0.40 0.34 1.02 0.42
O2 0.04 0.01 0.20 0.18 0.03 0.06 0.01 0.13 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.21 0.22 0.11 0.31 0.51 0.55 0.35
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.06 0.05 0.07 0.05 0.08 0.04 0.10 0.06 0.21 0.00 0.05 0.08 0.14 0.29 0.22 0.16
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.14 0.02 0.18 0.04 0.18 0.07 0.14 0.16 0.22 0.05 0.00 0.02 0.64 1.03 0.40 0.63
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.07 0.02 0.08 0.02 0.06 0.04 0.11 0.08 0.02 0.00 0.41 0.57 0.14 0.39
O5' 0.27 0.36 0.21 0.39 0.46 0.02 0.48 0.01 0.45 0.36 0.43 0.40 0.31 0.14 0.64 0.41 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.39 0.51 0.37 0.61 0.53 0.17 0.51 0.26 0.49 0.45 0.56 0.34 0.51 0.29 1.03 0.57 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.63 0.34 0.38 0.91 0.15 0.84 0.22 0.63 0.51 0.81 1.02 0.55 0.22 0.40 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.38 0.22 0.38 0.48 0.04 0.47 0.02 0.41 0.34 0.45 0.42 0.35 0.16 0.63 0.39 0.01 0.01 0.01 0.00