ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44172

back

Distances from reference structure (by RMSD)

43, 12, 0, 6, 39, 19, 6, 5, 8, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.039, 0.153, 0.266, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.153 std_dev=0.114
N1 A 0, 0.028, 0.142, 0.256, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.142 std_dev=0.114
C1' A 0, 0.055, 0.252, 0.449, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.252 std_dev=0.197
C1' B 0, 0.096, 0.303, 0.510, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.303 std_dev=0.207
C6 A 0, 0.021, 0.249, 0.477, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.249 std_dev=0.228
O4' B 0, 0.151, 0.384, 0.617, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.384 std_dev=0.233
N9 B 0, 0.103, 0.369, 0.635, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.369 std_dev=0.266
N1 B 0, 0.051, 0.333, 0.614, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.333 std_dev=0.281
N4 A 0, -0.006, 0.284, 0.574, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.284 std_dev=0.290
C2 A 0, -0.017, 0.287, 0.592, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.287 std_dev=0.305
C5 A 0, 0.015, 0.320, 0.625, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.320 std_dev=0.305
C4 A 0, -0.004, 0.304, 0.613, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.304 std_dev=0.309
C2' B 0, 0.287, 0.599, 0.910, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.599 std_dev=0.311
C6 B 0, 0.083, 0.404, 0.724, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.404 std_dev=0.321
N3 B 0, 0.093, 0.451, 0.809, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.451 std_dev=0.358
C5 B 0, 0.098, 0.460, 0.823, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.460 std_dev=0.363
N3 A 0, -0.035, 0.331, 0.696, 1.724 max_d=1.724 avg_d=0.331 std_dev=0.365
C2 B 0, 0.143, 0.592, 1.040, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.592 std_dev=0.449
O2' B 0, 0.679, 1.138, 1.596, 2.155 max_d=2.155 avg_d=1.138 std_dev=0.459
O6 B 0, -0.032, 0.432, 0.897, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.432 std_dev=0.464
C3' B 0, 0.126, 0.626, 1.126, 1.967 max_d=1.967 avg_d=0.626 std_dev=0.500
O2 A 0, -0.021, 0.495, 1.012, 2.615 max_d=2.615 avg_d=0.495 std_dev=0.517
C2' A 0, 0.044, 0.568, 1.092, 2.405 max_d=2.405 avg_d=0.568 std_dev=0.524
C4' B 0, 0.127, 0.661, 1.195, 2.160 max_d=2.160 avg_d=0.661 std_dev=0.534
C8 B 0, 0.191, 0.809, 1.427, 1.774 max_d=1.774 avg_d=0.809 std_dev=0.618
N7 B 0, 0.182, 0.879, 1.576, 2.001 max_d=2.001 avg_d=0.879 std_dev=0.697
O3' B 0, 0.400, 1.100, 1.800, 3.068 max_d=3.068 avg_d=1.100 std_dev=0.700
OP1 B 0, 0.175, 0.880, 1.584, 3.848 max_d=3.848 avg_d=0.880 std_dev=0.704
O4' A 0, -0.089, 0.667, 1.423, 3.286 max_d=3.286 avg_d=0.667 std_dev=0.756
N2 B 0, -0.053, 0.730, 1.512, 2.284 max_d=2.284 avg_d=0.730 std_dev=0.783
O5' B 0, 0.351, 1.145, 1.940, 2.822 max_d=2.822 avg_d=1.145 std_dev=0.795
C5' B 0, 0.290, 1.090, 1.890, 3.284 max_d=3.284 avg_d=1.090 std_dev=0.800
O2' A 0, 0.247, 1.120, 1.994, 2.856 max_d=2.856 avg_d=1.120 std_dev=0.874
C3' A 0, 0.128, 1.081, 2.033, 4.043 max_d=4.043 avg_d=1.081 std_dev=0.953
C4' A 0, -0.080, 0.993, 2.066, 4.566 max_d=4.566 avg_d=0.993 std_dev=1.073
P B 0, 0.569, 1.799, 3.030, 3.784 max_d=3.784 avg_d=1.799 std_dev=1.230
O3' A 0, 0.382, 1.718, 3.055, 4.485 max_d=4.485 avg_d=1.718 std_dev=1.336
C5' A 0, -0.320, 1.235, 2.791, 6.787 max_d=6.787 avg_d=1.235 std_dev=1.556
O5' A 0, -0.095, 1.604, 3.303, 8.440 max_d=8.440 avg_d=1.604 std_dev=1.699
P A 0, -0.275, 1.998, 4.271, 11.268 max_d=11.268 avg_d=1.998 std_dev=2.273
OP2 A 0, -0.357, 1.996, 4.350, 12.583 max_d=12.583 avg_d=1.996 std_dev=2.354
OP2 B 0, 0.893, 3.347, 5.801, 6.394 max_d=6.394 avg_d=3.347 std_dev=2.454
OP1 A 0, -0.279, 2.375, 5.029, 12.089 max_d=12.089 avg_d=2.375 std_dev=2.654

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.10 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.31 0.01 0.27 0.21 0.44 0.25
C2 0.03 0.00 0.20 0.28 0.07 0.10 0.03 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.14 0.15 0.34 0.32 0.47 0.29
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.11 0.03 0.12 0.21 0.17 0.04 0.17 0.08 0.34 0.01 0.03 0.02 0.50 0.43 0.58 0.46
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.47 0.01 0.45 0.02 0.38 0.27 0.36 0.43 0.23 0.03 0.01 0.03 0.36 0.41 0.25 0.30
C4 0.05 0.07 0.11 0.47 0.00 0.18 0.01 0.22 0.02 0.04 0.02 0.01 0.05 0.34 0.31 0.06 0.48 0.42 0.68 0.46
C4' 0.01 0.10 0.03 0.01 0.18 0.00 0.23 0.01 0.23 0.09 0.09 0.11 0.19 0.35 0.03 0.01 0.02 0.15 0.28 0.07
C5 0.02 0.03 0.12 0.45 0.01 0.23 0.00 0.29 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.40 0.34 0.13 0.57 0.49 0.79 0.59
C5' 0.10 0.19 0.21 0.02 0.22 0.01 0.29 0.00 0.28 0.13 0.19 0.19 0.32 0.15 0.23 0.02 0.01 0.16 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.38 0.02 0.23 0.01 0.28 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.36 0.24 0.17 0.53 0.42 0.71 0.52
N1 0.01 0.01 0.04 0.27 0.04 0.09 0.01 0.13 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.22 0.09 0.02 0.35 0.26 0.51 0.31
N3 0.03 0.01 0.17 0.36 0.02 0.09 0.02 0.19 0.04 0.03 0.00 0.01 0.02 0.34 0.16 0.12 0.39 0.36 0.54 0.34
N4 0.02 0.01 0.08 0.43 0.01 0.11 0.01 0.19 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.30 0.33 0.04 0.40 0.26 0.51 0.33
O2 0.05 0.01 0.34 0.23 0.05 0.19 0.02 0.32 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.38 0.29 0.25 0.39 0.44 0.48 0.37
O2' 0.03 0.29 0.01 0.03 0.34 0.35 0.40 0.15 0.36 0.22 0.34 0.30 0.38 0.00 0.05 0.23 0.47 0.46 0.59 0.42
O3' 0.31 0.14 0.03 0.01 0.31 0.03 0.34 0.23 0.24 0.09 0.16 0.33 0.29 0.05 0.00 0.23 0.40 0.78 0.49 0.52
O4' 0.01 0.15 0.02 0.03 0.06 0.01 0.13 0.02 0.17 0.02 0.12 0.04 0.25 0.23 0.23 0.00 0.17 0.15 0.43 0.20
O5' 0.27 0.34 0.50 0.36 0.48 0.02 0.57 0.01 0.53 0.35 0.39 0.40 0.39 0.47 0.40 0.17 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.21 0.32 0.43 0.41 0.42 0.15 0.49 0.16 0.42 0.26 0.36 0.26 0.44 0.46 0.78 0.15 0.02 0.00 0.04 0.01
OP2 0.44 0.47 0.58 0.25 0.68 0.28 0.79 0.31 0.71 0.51 0.54 0.51 0.48 0.59 0.49 0.43 0.03 0.04 0.00 0.01
P 0.25 0.29 0.46 0.30 0.46 0.07 0.59 0.02 0.52 0.31 0.34 0.33 0.37 0.42 0.52 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.30 0.32 0.46 0.34 0.24 0.37 0.32 0.48 0.30 0.52 0.30 0.45 0.27 0.52 0.31 0.40 0.35 0.33 0.44 0.30 0.27 0.56 0.60
C2 0.36 0.56 0.44 0.33 0.37 0.37 0.42 0.45 0.42 0.58 0.49 0.79 0.48 0.61 0.38 0.40 0.34 0.39 0.48 0.35 0.27 0.83 0.70
C2' 0.31 0.63 0.47 0.30 0.48 0.33 0.51 0.50 0.61 0.39 0.66 0.73 0.55 0.47 0.36 0.43 0.34 0.34 0.48 0.73 0.31 1.03 0.86
C3' 0.70 0.28 0.90 0.89 0.39 1.03 0.35 1.23 0.31 0.57 0.26 0.17 0.35 0.44 0.54 0.92 0.91 0.77 1.06 0.34 0.52 1.25 1.30
C4 0.35 0.64 0.42 0.31 0.41 0.35 0.45 0.44 0.50 0.53 0.60 0.90 0.54 0.56 0.37 0.38 0.33 0.38 0.45 0.48 0.26 0.75 0.66
C4' 0.55 0.38 0.66 0.58 0.40 0.74 0.39 0.84 0.37 0.50 0.36 0.34 0.39 0.45 0.47 0.66 0.59 0.60 0.51 0.25 0.34 0.30 0.46
C5 0.31 0.50 0.46 0.34 0.33 0.38 0.39 0.49 0.43 0.51 0.49 0.71 0.40 0.53 0.33 0.41 0.36 0.35 0.46 0.42 0.27 0.64 0.64
C5' 0.63 0.56 0.71 0.63 0.54 0.80 0.53 0.85 0.54 0.56 0.55 0.44 0.56 0.54 0.56 0.72 0.64 0.68 0.47 0.23 0.37 0.34 0.34
C6 0.31 0.42 0.47 0.35 0.29 0.39 0.36 0.50 0.38 0.50 0.41 0.59 0.34 0.52 0.32 0.42 0.37 0.35 0.45 0.37 0.27 0.57 0.61
N1 0.32 0.43 0.45 0.33 0.30 0.37 0.36 0.47 0.36 0.53 0.40 0.61 0.36 0.55 0.33 0.40 0.34 0.35 0.45 0.33 0.25 0.66 0.64
N3 0.38 0.66 0.44 0.32 0.43 0.36 0.45 0.44 0.49 0.57 0.60 0.93 0.56 0.61 0.40 0.40 0.33 0.40 0.48 0.43 0.27 0.86 0.72
N4 0.25 0.50 0.30 0.26 0.23 0.26 0.20 0.33 0.29 0.36 0.46 0.63 0.39 0.31 0.22 0.31 0.28 0.25 0.41 0.21 0.26 0.72 0.62
O2 0.41 0.60 0.43 0.33 0.41 0.39 0.43 0.42 0.41 0.61 0.50 0.85 0.55 0.65 0.41 0.40 0.35 0.45 0.48 0.34 0.33 0.91 0.70
O2' 0.72 0.90 0.67 0.53 0.81 0.57 0.79 0.41 0.84 0.65 0.89 1.01 0.88 0.72 0.73 0.65 0.56 0.81 0.32 0.89 0.71 0.91 0.47
O3' 1.18 0.71 1.29 1.29 0.82 1.54 0.65 1.75 0.53 0.90 0.56 0.66 0.83 0.67 0.98 1.33 1.28 1.31 1.52 0.35 0.58 1.64 1.66
O4' 0.44 0.30 0.53 0.43 0.34 0.52 0.41 0.58 0.38 0.58 0.32 0.29 0.29 0.56 0.43 0.50 0.44 0.45 0.39 0.31 0.39 0.30 0.33
O5' 0.76 0.62 0.85 0.81 0.61 0.98 0.62 1.03 0.65 0.65 0.64 0.43 0.62 0.65 0.64 0.92 0.85 0.82 0.71 0.35 0.39 0.45 0.63
OP1 0.92 1.00 0.97 0.89 0.87 1.09 0.86 1.06 0.95 0.69 0.99 0.79 0.96 0.76 0.81 1.06 0.92 0.97 0.72 0.57 0.54 0.49 0.51
OP2 0.87 0.78 0.95 0.94 0.73 1.10 0.75 1.14 0.81 0.74 0.81 0.44 0.76 0.75 0.75 1.04 1.00 0.94 0.85 0.46 0.54 0.61 0.78
P 0.88 0.86 0.92 0.86 0.79 1.04 0.79 1.04 0.85 0.72 0.86 0.59 0.84 0.75 0.77 1.01 0.89 0.93 0.71 0.38 0.43 0.40 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.03 0.02 0.06 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.29 0.01 0.22 0.02 0.28 0.49 0.27
C2 0.05 0.00 0.33 0.32 0.02 0.12 0.03 0.13 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.34 0.48 0.22 0.39 0.02 0.38 0.98 0.51
C2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.18 0.02 0.09 0.20 0.15 0.19 0.24 0.44 0.33 0.13 0.05 0.01 0.09 0.02 0.47 0.12 0.53 0.76 0.54
C3' 0.02 0.32 0.01 0.00 0.27 0.01 0.31 0.03 0.34 0.27 0.33 0.36 0.28 0.31 0.20 0.04 0.02 0.02 0.22 0.34 0.28 0.21 0.19
C4 0.02 0.02 0.18 0.27 0.00 0.07 0.01 0.17 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.32 0.11 0.42 0.01 0.38 1.00 0.52
C4' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.12 0.21 0.11 0.13 0.12 0.20 0.09 0.29 0.04 0.01 0.02 0.14 0.23 0.29 0.05
C5 0.02 0.03 0.09 0.31 0.01 0.13 0.00 0.27 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.27 0.04 0.54 0.01 0.45 1.32 0.69
C5' 0.09 0.13 0.20 0.03 0.17 0.01 0.27 0.00 0.26 0.37 0.17 0.17 0.13 0.38 0.20 0.13 0.27 0.02 0.01 0.29 0.35 0.48 0.02
C6 0.03 0.07 0.15 0.34 0.02 0.12 0.01 0.26 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.34 0.33 0.07 0.56 0.00 0.47 1.42 0.73
C8 0.02 0.02 0.19 0.27 0.01 0.21 0.01 0.37 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.36 0.16 0.16 0.55 0.02 0.45 1.21 0.65
N1 0.06 0.02 0.24 0.33 0.04 0.11 0.02 0.17 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.31 0.40 0.17 0.47 0.02 0.43 1.22 0.62
N2 0.06 0.00 0.44 0.36 0.02 0.13 0.01 0.17 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.31 0.61 0.26 0.25 0.04 0.34 0.73 0.34
N3 0.05 0.01 0.33 0.28 0.01 0.12 0.01 0.13 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.33 0.46 0.22 0.33 0.01 0.35 0.82 0.42
N7 0.02 0.03 0.13 0.31 0.01 0.20 0.01 0.38 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.39 0.22 0.10 0.62 0.02 0.51 1.48 0.78
N9 0.01 0.02 0.05 0.20 0.01 0.09 0.01 0.20 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.20 0.19 0.02 0.39 0.02 0.35 0.88 0.47
O2' 0.03 0.34 0.01 0.04 0.25 0.29 0.32 0.13 0.34 0.36 0.31 0.31 0.33 0.39 0.20 0.00 0.16 0.20 0.36 0.33 0.49 0.80 0.48
O3' 0.29 0.48 0.09 0.02 0.32 0.04 0.27 0.27 0.33 0.16 0.40 0.61 0.46 0.22 0.19 0.16 0.00 0.20 0.33 0.34 0.42 0.48 0.45
O4' 0.01 0.22 0.02 0.02 0.11 0.01 0.04 0.02 0.07 0.16 0.17 0.26 0.22 0.10 0.02 0.20 0.20 0.00 0.17 0.05 0.26 0.29 0.19
O5' 0.22 0.39 0.47 0.22 0.42 0.02 0.54 0.01 0.56 0.55 0.47 0.25 0.33 0.62 0.39 0.36 0.33 0.17 0.00 0.51 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.12 0.34 0.01 0.14 0.01 0.29 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.33 0.34 0.05 0.51 0.00 0.47 1.50 0.70
OP1 0.28 0.38 0.53 0.28 0.38 0.23 0.45 0.35 0.47 0.45 0.43 0.34 0.35 0.51 0.35 0.49 0.42 0.26 0.03 0.47 0.00 0.02 0.01
OP2 0.49 0.98 0.76 0.21 1.00 0.29 1.32 0.48 1.42 1.21 1.22 0.73 0.82 1.48 0.88 0.80 0.48 0.29 0.02 1.50 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.51 0.54 0.19 0.52 0.05 0.69 0.02 0.73 0.65 0.62 0.34 0.42 0.78 0.47 0.48 0.45 0.19 0.01 0.70 0.01 0.01 0.00