ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44177

back

Distances from reference structure (by RMSD)

34, 37, 30, 8, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' B 0, 0.024, 0.083, 0.142, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.083 std_dev=0.059
N1 B 0, 0.025, 0.091, 0.158, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.091 std_dev=0.066
C4 A 0, 0.034, 0.110, 0.187, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.110 std_dev=0.077
N1 A 0, 0.039, 0.134, 0.230, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.134 std_dev=0.095
N9 A 0, 0.050, 0.149, 0.247, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.149 std_dev=0.099
C6 A 0, 0.057, 0.175, 0.293, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.175 std_dev=0.118
C5 A 0, 0.047, 0.166, 0.284, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.166 std_dev=0.118
N3 A 0, 0.042, 0.170, 0.298, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.170 std_dev=0.128
C6 B 0, 0.007, 0.136, 0.265, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.136 std_dev=0.129
C2 A 0, 0.035, 0.165, 0.294, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.165 std_dev=0.130
C4 B 0, 0.051, 0.191, 0.331, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.191 std_dev=0.140
C1' A 0, 0.052, 0.195, 0.337, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.195 std_dev=0.143
C5 B 0, -0.014, 0.146, 0.307, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.146 std_dev=0.160
C2' B 0, 0.036, 0.198, 0.361, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.198 std_dev=0.162
O4' B 0, -0.044, 0.124, 0.292, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.124 std_dev=0.168
C8 A 0, 0.051, 0.222, 0.394, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.222 std_dev=0.172
N4 B 0, -0.032, 0.148, 0.328, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.148 std_dev=0.180
C2 B 0, 0.075, 0.256, 0.437, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.256 std_dev=0.181
C2' A 0, 0.040, 0.241, 0.442, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.241 std_dev=0.201
N3 B 0, 0.077, 0.281, 0.485, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.281 std_dev=0.204
N6 A 0, 0.071, 0.277, 0.483, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.277 std_dev=0.206
N7 A 0, 0.053, 0.260, 0.467, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.260 std_dev=0.207
OP2 B 0, 0.042, 0.255, 0.468, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.255 std_dev=0.213
O4' A 0, 0.027, 0.240, 0.454, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.240 std_dev=0.213
C4' B 0, -0.019, 0.205, 0.429, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.205 std_dev=0.224
P B 0, -0.016, 0.220, 0.456, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.220 std_dev=0.236
C4' A 0, 0.027, 0.267, 0.508, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.267 std_dev=0.241
C3' A 0, -0.011, 0.245, 0.500, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.245 std_dev=0.255
O2' B 0, 0.038, 0.311, 0.585, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.311 std_dev=0.273
O2' A 0, 0.067, 0.350, 0.633, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.350 std_dev=0.283
O2 B 0, 0.110, 0.400, 0.690, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.400 std_dev=0.290
O5' B 0, -0.028, 0.262, 0.553, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.262 std_dev=0.290
C3' B 0, 0.019, 0.328, 0.636, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.328 std_dev=0.308
O3' A 0, -0.056, 0.282, 0.619, 2.504 max_d=2.504 avg_d=0.282 std_dev=0.338
C5' B 0, -0.049, 0.312, 0.673, 2.101 max_d=2.101 avg_d=0.312 std_dev=0.361
C5' A 0, -0.009, 0.387, 0.783, 2.693 max_d=2.693 avg_d=0.387 std_dev=0.396
O5' A 0, -0.031, 0.412, 0.855, 3.178 max_d=3.178 avg_d=0.412 std_dev=0.443
O3' B 0, 0.024, 0.534, 1.044, 2.903 max_d=2.903 avg_d=0.534 std_dev=0.510
OP1 B 0, -0.098, 0.442, 0.982, 3.833 max_d=3.833 avg_d=0.442 std_dev=0.540
P A 0, -0.070, 0.557, 1.183, 4.551 max_d=4.551 avg_d=0.557 std_dev=0.627
OP2 A 0, -0.048, 0.596, 1.240, 4.837 max_d=4.837 avg_d=0.596 std_dev=0.644
OP1 A 0, -0.118, 0.663, 1.445, 6.319 max_d=6.319 avg_d=0.663 std_dev=0.782

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.08 0.05
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.09 0.04 0.09 0.13 0.16 0.12
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.07 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.07 0.11 0.07
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.02 0.08 0.09 0.07 0.06 0.09 0.10 0.06 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.10 0.07
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.07 0.02 0.09 0.11 0.14 0.10
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.07 0.03 0.02 0.06 0.07 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.02 0.11 0.14 0.18 0.13
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.04 0.10 0.10 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.12 0.16 0.20 0.15
C8 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.11 0.04 0.11 0.12 0.13 0.10
N1 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.03 0.11 0.15 0.19 0.14
N3 0.02 0.00 0.07 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.08 0.04 0.08 0.11 0.13 0.10
N6 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.12 0.02 0.14 0.19 0.24 0.18
N7 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.12 0.03 0.13 0.16 0.19 0.14
N9 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.09 0.11 0.07
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.05 0.04 0.05 0.06 0.03 0.09 0.10 0.06 0.03 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04 0.07 0.08 0.04
O3' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.07 0.01 0.10 0.03 0.10 0.11 0.09 0.08 0.12 0.12 0.06 0.03 0.00 0.01 0.08 0.12 0.11 0.08
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.06 0.06 0.04
O5' 0.04 0.09 0.06 0.06 0.09 0.02 0.11 0.01 0.12 0.11 0.11 0.08 0.14 0.13 0.07 0.04 0.08 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.06 0.13 0.07 0.08 0.11 0.05 0.14 0.05 0.16 0.12 0.15 0.11 0.19 0.16 0.09 0.07 0.12 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.16 0.11 0.10 0.14 0.04 0.18 0.03 0.20 0.13 0.19 0.13 0.24 0.19 0.11 0.08 0.11 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.12 0.07 0.07 0.10 0.02 0.13 0.01 0.15 0.10 0.14 0.10 0.18 0.14 0.07 0.04 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.39 0.16 0.23 0.25 0.25 0.25 0.36 0.22 0.24 0.39 0.21 0.54 0.23 0.36 0.29 0.11 0.28 0.15 0.19
C2 0.20 0.39 0.15 0.20 0.28 0.26 0.27 0.41 0.24 0.23 0.39 0.30 0.55 0.27 0.33 0.27 0.19 0.19 0.18 0.12
C2' 0.19 0.32 0.17 0.31 0.18 0.29 0.23 0.39 0.20 0.18 0.30 0.18 0.45 0.19 0.47 0.29 0.16 0.21 0.20 0.18
C3' 0.24 0.35 0.23 0.43 0.24 0.34 0.20 0.38 0.20 0.23 0.37 0.21 0.44 0.20 0.58 0.33 0.24 0.48 0.18 0.37
C4 0.18 0.38 0.13 0.22 0.26 0.25 0.25 0.38 0.22 0.21 0.40 0.24 0.53 0.23 0.42 0.26 0.14 0.28 0.15 0.18
C4' 0.25 0.42 0.20 0.33 0.32 0.27 0.23 0.30 0.22 0.27 0.47 0.19 0.50 0.20 0.43 0.30 0.21 0.56 0.16 0.37
C5 0.16 0.37 0.15 0.27 0.27 0.27 0.23 0.37 0.21 0.19 0.40 0.23 0.52 0.25 0.50 0.25 0.17 0.36 0.18 0.24
C5' 0.25 0.41 0.21 0.38 0.41 0.32 0.26 0.36 0.25 0.28 0.50 0.26 0.48 0.20 0.48 0.31 0.35 0.77 0.28 0.49
C6 0.15 0.37 0.14 0.25 0.27 0.26 0.24 0.37 0.21 0.19 0.40 0.26 0.52 0.26 0.48 0.25 0.17 0.33 0.18 0.22
C8 0.19 0.37 0.19 0.34 0.27 0.30 0.23 0.37 0.21 0.21 0.41 0.19 0.50 0.24 0.55 0.28 0.21 0.48 0.21 0.32
N1 0.17 0.38 0.14 0.21 0.27 0.25 0.25 0.39 0.22 0.21 0.39 0.28 0.54 0.26 0.40 0.25 0.17 0.25 0.17 0.16
N3 0.21 0.39 0.15 0.20 0.27 0.27 0.27 0.41 0.24 0.24 0.39 0.28 0.56 0.26 0.32 0.28 0.18 0.18 0.18 0.12
N6 0.15 0.36 0.16 0.28 0.27 0.28 0.23 0.37 0.20 0.18 0.40 0.25 0.51 0.27 0.54 0.25 0.19 0.38 0.21 0.26
N7 0.18 0.36 0.19 0.34 0.28 0.31 0.23 0.38 0.21 0.20 0.41 0.21 0.50 0.26 0.58 0.28 0.22 0.48 0.23 0.33
N9 0.18 0.38 0.15 0.26 0.26 0.26 0.24 0.36 0.21 0.21 0.40 0.21 0.52 0.22 0.44 0.27 0.13 0.34 0.15 0.23
O2' 0.21 0.27 0.16 0.26 0.19 0.31 0.28 0.42 0.25 0.18 0.21 0.17 0.44 0.17 0.33 0.31 0.22 0.06 0.30 0.12
O3' 0.29 0.30 0.32 0.54 0.21 0.42 0.18 0.40 0.20 0.24 0.30 0.27 0.36 0.27 0.65 0.38 0.33 0.48 0.16 0.41
O4' 0.24 0.43 0.18 0.24 0.30 0.23 0.25 0.30 0.23 0.27 0.46 0.19 0.56 0.26 0.34 0.28 0.11 0.45 0.13 0.28
O5' 0.25 0.41 0.21 0.40 0.40 0.35 0.26 0.40 0.24 0.28 0.49 0.25 0.49 0.19 0.53 0.33 0.36 0.81 0.34 0.52
OP1 0.28 0.36 0.24 0.48 0.44 0.45 0.32 0.54 0.30 0.28 0.47 0.39 0.41 0.21 0.58 0.39 0.55 1.01 0.52 0.66
OP2 0.26 0.41 0.21 0.43 0.43 0.40 0.27 0.47 0.24 0.27 0.50 0.32 0.49 0.19 0.59 0.36 0.43 0.85 0.46 0.55
P 0.26 0.40 0.21 0.42 0.44 0.39 0.29 0.46 0.26 0.28 0.50 0.29 0.47 0.19 0.55 0.35 0.44 0.90 0.44 0.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.08 0.20 0.12 0.09
C2 0.02 0.00 0.07 0.15 0.07 0.10 0.03 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.04 0.18 0.30 0.25 0.24
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.11 0.01 0.12 0.05 0.12 0.04 0.05 0.04 0.15 0.00 0.01 0.01 0.16 0.16 0.30 0.17
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.18 0.00 0.23 0.01 0.22 0.09 0.14 0.18 0.24 0.01 0.01 0.01 0.16 0.22 0.41 0.28
C4 0.05 0.07 0.11 0.18 0.00 0.08 0.00 0.11 0.02 0.05 0.02 0.00 0.05 0.12 0.19 0.04 0.24 0.38 0.20 0.23
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.13 0.04 0.09 0.07 0.14 0.09 0.01 0.00 0.02 0.12 0.21 0.08
C5 0.01 0.03 0.12 0.23 0.00 0.12 0.00 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.25 0.02 0.29 0.35 0.18 0.19
C5' 0.02 0.14 0.05 0.01 0.11 0.01 0.16 0.00 0.17 0.06 0.15 0.11 0.21 0.05 0.06 0.01 0.01 0.12 0.15 0.02
C6 0.01 0.01 0.12 0.22 0.02 0.13 0.00 0.17 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.23 0.03 0.27 0.26 0.16 0.15
N1 0.01 0.01 0.04 0.09 0.05 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.16 0.24 0.14 0.14
N3 0.02 0.01 0.05 0.14 0.02 0.09 0.02 0.15 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.04 0.22 0.37 0.29 0.29
N4 0.01 0.01 0.04 0.18 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.12 0.16 0.02 0.27 0.53 0.21 0.26
O2 0.03 0.01 0.15 0.24 0.05 0.14 0.02 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.23 0.05 0.17 0.30 0.32 0.28
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.12 0.09 0.09 0.05 0.07 0.05 0.08 0.12 0.08 0.00 0.03 0.07 0.10 0.18 0.32 0.15
O3' 0.07 0.11 0.01 0.01 0.19 0.01 0.25 0.06 0.23 0.07 0.10 0.16 0.23 0.03 0.00 0.06 0.17 0.32 0.61 0.40
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07 0.06 0.00 0.07 0.26 0.09 0.15
O5' 0.08 0.18 0.16 0.16 0.24 0.02 0.29 0.01 0.27 0.16 0.22 0.27 0.17 0.10 0.17 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.20 0.30 0.16 0.22 0.38 0.12 0.35 0.12 0.26 0.24 0.37 0.53 0.30 0.18 0.32 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.25 0.30 0.41 0.20 0.21 0.18 0.15 0.16 0.14 0.29 0.21 0.32 0.32 0.61 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.24 0.17 0.28 0.23 0.08 0.19 0.02 0.15 0.14 0.29 0.26 0.28 0.15 0.40 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00