ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44178

back

Distances from reference structure (by RMSD)

40, 21, 7, 0, 7, 13, 13, 32, 17, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.044, 0.166, 0.288, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.166 std_dev=0.122
C4 A 0, 0.047, 0.186, 0.326, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.186 std_dev=0.140
C2 B 0, 0.060, 0.278, 0.495, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.278 std_dev=0.217
C6 A 0, 0.036, 0.256, 0.477, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.256 std_dev=0.221
C6 B 0, 0.112, 0.349, 0.585, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.349 std_dev=0.237
O6 A 0, -0.019, 0.291, 0.601, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.291 std_dev=0.310
C1' B 0, 0.101, 0.425, 0.749, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.425 std_dev=0.324
C5 A 0, 0.039, 0.388, 0.736, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.388 std_dev=0.349
C1' A 0, 0.108, 0.457, 0.806, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.457 std_dev=0.349
N3 B 0, 0.079, 0.443, 0.807, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.443 std_dev=0.364
C5 B 0, 0.128, 0.497, 0.867, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.497 std_dev=0.369
N1 A 0, 0.044, 0.421, 0.798, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.421 std_dev=0.377
O2 B 0, 0.120, 0.499, 0.877, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.499 std_dev=0.379
N3 A 0, 0.062, 0.442, 0.822, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.442 std_dev=0.380
N9 A 0, 0.061, 0.443, 0.825, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.443 std_dev=0.382
C4 B 0, 0.091, 0.522, 0.954, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.522 std_dev=0.432
C2' B 0, 0.086, 0.567, 1.048, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.567 std_dev=0.481
O4' B 0, 0.150, 0.641, 1.132, 1.711 max_d=1.711 avg_d=0.641 std_dev=0.491
N4 B 0, 0.102, 0.668, 1.234, 2.138 max_d=2.138 avg_d=0.668 std_dev=0.566
C2 A 0, 0.041, 0.608, 1.175, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.608 std_dev=0.567
C3' B 0, 0.032, 0.609, 1.186, 2.439 max_d=2.439 avg_d=0.609 std_dev=0.577
C4' B 0, 0.140, 0.788, 1.436, 2.441 max_d=2.441 avg_d=0.788 std_dev=0.648
O2' B 0, 0.173, 0.834, 1.495, 2.535 max_d=2.535 avg_d=0.834 std_dev=0.661
O4' A 0, 0.177, 0.921, 1.665, 2.481 max_d=2.481 avg_d=0.921 std_dev=0.744
O5' B 0, 0.201, 0.952, 1.703, 3.159 max_d=3.159 avg_d=0.952 std_dev=0.751
C5' B 0, 0.247, 1.001, 1.754, 2.635 max_d=2.635 avg_d=1.001 std_dev=0.754
C8 A 0, 0.060, 0.833, 1.606, 2.373 max_d=2.373 avg_d=0.833 std_dev=0.773
N7 A 0, 0.060, 0.837, 1.614, 2.356 max_d=2.356 avg_d=0.837 std_dev=0.777
N2 A 0, -0.201, 0.626, 1.452, 2.923 max_d=2.923 avg_d=0.626 std_dev=0.827
O3' A 0, 0.288, 1.160, 2.031, 2.679 max_d=2.679 avg_d=1.160 std_dev=0.872
O3' B 0, -0.017, 0.877, 1.771, 3.505 max_d=3.505 avg_d=0.877 std_dev=0.894
C3' A 0, 0.232, 1.218, 2.203, 2.901 max_d=2.901 avg_d=1.218 std_dev=0.986
C4' A 0, 0.327, 1.321, 2.315, 3.269 max_d=3.269 avg_d=1.321 std_dev=0.994
P B 0, 0.301, 1.317, 2.333, 3.866 max_d=3.866 avg_d=1.317 std_dev=1.016
OP2 B 0, 0.417, 1.460, 2.504, 3.991 max_d=3.991 avg_d=1.460 std_dev=1.043
C2' A 0, 0.086, 1.142, 2.197, 2.805 max_d=2.805 avg_d=1.142 std_dev=1.056
OP1 B 0, 0.396, 1.667, 2.939, 4.635 max_d=4.635 avg_d=1.667 std_dev=1.271
O2' A 0, 0.132, 1.558, 2.984, 4.187 max_d=4.187 avg_d=1.558 std_dev=1.426
C5' A 0, 0.700, 2.267, 3.834, 5.380 max_d=5.380 avg_d=2.267 std_dev=1.567
O5' A 0, 0.362, 2.248, 4.134, 5.601 max_d=5.601 avg_d=2.248 std_dev=1.886
P A 0, 0.412, 2.895, 5.378, 7.073 max_d=7.073 avg_d=2.895 std_dev=2.483
OP2 A 0, 0.863, 3.392, 5.921, 7.689 max_d=7.689 avg_d=3.392 std_dev=2.529
OP1 A 0, 0.703, 3.535, 6.366, 8.102 max_d=8.102 avg_d=3.535 std_dev=2.831

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.07 0.04 0.02 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.02 0.37 0.01 0.32 0.03 0.27 0.37 0.28
C2 0.06 0.00 0.36 0.34 0.02 0.16 0.04 0.19 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.26 0.39 0.23 0.70 0.03 0.50 1.16 0.82
C2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.19 0.02 0.09 0.21 0.15 0.21 0.27 0.36 0.37 0.13 0.03 0.01 0.04 0.03 0.37 0.10 0.50 0.55 0.38
C3' 0.02 0.34 0.01 0.00 0.31 0.01 0.38 0.03 0.41 0.33 0.38 0.33 0.30 0.39 0.24 0.03 0.01 0.02 0.20 0.40 0.55 0.51 0.33
C4 0.03 0.02 0.19 0.31 0.00 0.10 0.01 0.18 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.22 0.12 0.74 0.02 0.57 1.19 0.88
C4' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.10 0.00 0.16 0.01 0.16 0.26 0.13 0.17 0.15 0.25 0.12 0.32 0.03 0.01 0.02 0.18 0.44 0.36 0.17
C5 0.02 0.04 0.09 0.38 0.01 0.16 0.00 0.29 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.40 0.14 0.05 0.95 0.02 0.91 1.68 1.24
C5' 0.07 0.19 0.21 0.03 0.18 0.01 0.29 0.00 0.29 0.37 0.22 0.18 0.17 0.40 0.18 0.13 0.22 0.02 0.01 0.33 0.27 0.29 0.02
C6 0.04 0.07 0.15 0.41 0.03 0.16 0.01 0.29 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.39 0.19 0.10 0.99 0.01 0.98 1.81 1.32
C8 0.02 0.03 0.21 0.33 0.01 0.26 0.01 0.37 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.47 0.13 0.16 0.95 0.03 0.92 1.53 1.21
N1 0.05 0.02 0.27 0.38 0.03 0.13 0.02 0.22 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.33 0.29 0.18 0.85 0.03 0.74 1.52 1.09
N2 0.07 0.01 0.36 0.33 0.02 0.17 0.01 0.18 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.18 0.45 0.18 0.54 0.05 0.37 0.78 0.54
N3 0.06 0.01 0.37 0.30 0.01 0.15 0.02 0.17 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.24 0.40 0.23 0.59 0.03 0.39 0.92 0.66
N7 0.02 0.04 0.13 0.39 0.01 0.25 0.01 0.40 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.51 0.16 0.10 1.07 0.03 1.15 1.92 1.45
N9 0.01 0.02 0.03 0.24 0.01 0.12 0.01 0.18 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.26 0.15 0.02 0.68 0.03 0.51 1.00 0.78
O2' 0.02 0.26 0.01 0.03 0.26 0.32 0.40 0.13 0.39 0.47 0.33 0.18 0.24 0.51 0.26 0.00 0.07 0.24 0.31 0.43 0.47 0.70 0.37
O3' 0.37 0.39 0.04 0.01 0.22 0.03 0.14 0.22 0.19 0.13 0.29 0.45 0.40 0.16 0.15 0.07 0.00 0.23 0.19 0.17 0.66 0.63 0.40
O4' 0.01 0.23 0.03 0.02 0.12 0.01 0.05 0.02 0.10 0.16 0.18 0.18 0.23 0.10 0.02 0.24 0.23 0.00 0.33 0.04 0.31 0.39 0.32
O5' 0.32 0.70 0.37 0.20 0.74 0.02 0.95 0.01 0.99 0.95 0.85 0.54 0.59 1.07 0.68 0.31 0.19 0.33 0.00 0.95 0.03 0.03 0.01
O6 0.03 0.03 0.10 0.40 0.02 0.18 0.02 0.33 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.43 0.17 0.04 0.95 0.00 0.96 1.81 1.27
OP1 0.27 0.50 0.50 0.55 0.57 0.44 0.91 0.27 0.98 0.92 0.74 0.37 0.39 1.15 0.51 0.47 0.66 0.31 0.03 0.96 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 1.16 0.55 0.51 1.19 0.36 1.68 0.29 1.81 1.53 1.52 0.78 0.92 1.92 1.00 0.70 0.63 0.39 0.03 1.81 0.02 0.00 0.01
P 0.28 0.82 0.38 0.33 0.88 0.17 1.24 0.02 1.32 1.21 1.09 0.54 0.66 1.45 0.78 0.37 0.40 0.32 0.01 1.27 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.47 0.39 0.42 0.45 0.49 0.66 0.46 0.80 0.46 0.40 0.49 0.49 0.42 0.46 0.50 0.64 0.74 1.11 1.02 1.01
C2 0.63 0.82 0.64 0.60 0.97 0.60 0.87 0.61 0.74 0.70 0.95 1.03 0.84 0.65 0.66 0.58 0.57 0.61 0.59 0.57
C2' 0.59 0.43 0.52 0.64 0.58 0.94 0.52 1.19 0.58 0.47 0.61 0.69 0.46 0.54 0.68 0.89 1.13 1.63 1.45 1.50
C3' 1.17 0.81 1.09 1.19 0.73 1.44 1.01 1.62 1.15 1.04 0.66 0.56 0.76 1.12 1.20 1.42 1.62 1.99 1.89 1.91
C4 0.39 0.33 0.36 0.40 0.44 0.58 0.38 0.67 0.36 0.29 0.45 0.50 0.39 0.42 0.53 0.55 0.60 0.87 0.78 0.79
C4' 1.13 0.89 1.10 1.16 0.89 1.34 1.09 1.48 1.16 1.06 0.81 0.82 0.85 1.12 1.19 1.31 1.51 1.86 1.83 1.77
C5 0.56 0.34 0.52 0.58 0.35 0.75 0.45 0.82 0.52 0.44 0.34 0.35 0.40 0.56 0.73 0.72 0.78 0.98 0.93 0.93
C5' 1.65 1.48 1.64 1.70 1.56 1.80 1.72 1.90 1.74 1.63 1.44 1.52 1.40 1.64 1.72 1.77 1.97 2.24 2.28 2.18
C6 0.46 0.35 0.45 0.51 0.39 0.65 0.40 0.71 0.42 0.35 0.41 0.44 0.44 0.50 0.70 0.60 0.67 0.83 0.76 0.78
C8 0.89 0.69 0.84 0.90 0.70 1.05 0.86 1.13 0.92 0.83 0.62 0.63 0.65 0.86 0.97 1.04 1.12 1.35 1.35 1.31
N1 0.50 0.62 0.51 0.51 0.73 0.57 0.64 0.61 0.56 0.52 0.73 0.78 0.68 0.54 0.64 0.53 0.57 0.67 0.60 0.61
N2 0.74 0.90 0.73 0.69 1.15 0.61 1.13 0.61 0.99 0.88 1.03 1.19 0.81 0.71 0.65 0.64 0.65 0.57 0.62 0.56
N3 0.49 0.68 0.50 0.45 0.86 0.51 0.71 0.54 0.57 0.54 0.83 0.94 0.70 0.51 0.52 0.49 0.46 0.64 0.56 0.56
N7 0.92 0.72 0.87 0.92 0.70 1.06 0.85 1.11 0.91 0.85 0.65 0.64 0.69 0.89 1.02 1.05 1.10 1.27 1.28 1.25
N9 0.54 0.35 0.50 0.55 0.39 0.74 0.48 0.86 0.53 0.45 0.37 0.35 0.38 0.53 0.63 0.72 0.81 1.11 1.05 1.04
O2' 0.81 1.37 0.89 0.69 1.62 0.52 1.18 0.58 0.93 1.03 1.67 1.75 1.40 0.87 0.66 0.55 0.41 0.99 0.78 0.79
O3' 1.03 0.69 0.99 1.09 0.62 1.31 0.87 1.50 1.01 0.90 0.57 0.47 0.66 1.03 1.10 1.26 1.53 1.95 1.86 1.84
O4' 0.76 0.57 0.72 0.76 0.56 0.94 0.70 1.05 0.76 0.69 0.52 0.52 0.56 0.75 0.80 0.92 1.05 1.38 1.36 1.30
O5' 2.14 2.00 2.08 2.08 1.99 2.21 2.09 2.26 2.14 2.11 1.93 1.90 1.95 2.11 2.08 2.24 2.26 2.40 2.39 2.38
O6 0.49 0.38 0.48 0.57 0.38 0.69 0.38 0.68 0.39 0.40 0.36 0.35 0.44 0.50 0.91 0.63 0.61 0.75 0.71 0.70
OP1 2.68 2.73 2.72 2.61 2.73 2.59 2.64 2.50 2.65 2.70 2.74 2.60 2.73 2.79 2.63 2.61 2.51 2.48 2.53 2.48
OP2 2.81 2.85 2.72 2.57 2.61 2.67 2.49 2.55 2.60 2.77 2.79 2.39 2.93 2.85 2.56 2.78 2.45 2.33 2.27 2.35
P 2.55 2.54 2.50 2.41 2.47 2.49 2.42 2.43 2.47 2.53 2.51 2.34 2.55 2.58 2.41 2.55 2.40 2.40 2.39 2.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.18 0.01 0.15 0.18 0.23 0.18
C2 0.02 0.00 0.11 0.13 0.05 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.17 0.06 0.23 0.26 0.36 0.27
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.01 0.08 0.11 0.09 0.03 0.09 0.06 0.19 0.01 0.03 0.01 0.25 0.31 0.29 0.26
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.20 0.01 0.22 0.02 0.20 0.12 0.17 0.21 0.14 0.02 0.01 0.01 0.19 0.23 0.18 0.17
C4 0.04 0.05 0.06 0.20 0.00 0.08 0.01 0.12 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.21 0.11 0.05 0.31 0.36 0.48 0.37
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.05 0.09 0.06 0.16 0.03 0.01 0.02 0.10 0.12 0.03
C5 0.03 0.02 0.08 0.22 0.01 0.11 0.00 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.20 0.15 0.06 0.33 0.37 0.48 0.38
C5' 0.04 0.07 0.11 0.02 0.12 0.01 0.14 0.00 0.12 0.07 0.09 0.14 0.08 0.07 0.12 0.02 0.01 0.12 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.20 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.17 0.13 0.07 0.29 0.31 0.38 0.31
N1 0.01 0.01 0.03 0.12 0.04 0.05 0.02 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.12 0.08 0.02 0.23 0.25 0.32 0.25
N3 0.02 0.01 0.09 0.17 0.02 0.05 0.02 0.09 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.19 0.13 0.05 0.28 0.32 0.43 0.33
N4 0.02 0.02 0.06 0.21 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.21 0.13 0.04 0.32 0.39 0.48 0.40
O2 0.05 0.01 0.19 0.14 0.04 0.06 0.02 0.08 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.18 0.29 0.09 0.20 0.23 0.32 0.24
O2' 0.02 0.15 0.01 0.02 0.21 0.16 0.20 0.07 0.17 0.12 0.19 0.21 0.18 0.00 0.05 0.11 0.14 0.24 0.29 0.19
O3' 0.18 0.17 0.03 0.01 0.11 0.03 0.15 0.12 0.13 0.08 0.13 0.13 0.29 0.05 0.00 0.13 0.23 0.38 0.33 0.28
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.05 0.04 0.09 0.11 0.13 0.00 0.12 0.12 0.21 0.16
O5' 0.15 0.23 0.25 0.19 0.31 0.02 0.33 0.01 0.29 0.23 0.28 0.32 0.20 0.14 0.23 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.26 0.31 0.23 0.36 0.10 0.37 0.12 0.31 0.25 0.32 0.39 0.23 0.24 0.38 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.36 0.29 0.18 0.48 0.12 0.48 0.18 0.38 0.32 0.43 0.48 0.32 0.29 0.33 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.27 0.26 0.17 0.37 0.03 0.38 0.02 0.31 0.25 0.33 0.40 0.24 0.19 0.28 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00