ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44181

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 54, 53, 43, 35, 41, 11, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.070, 0.153, 0.236, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.153 std_dev=0.083
C4 B 0, 0.085, 0.189, 0.294, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.189 std_dev=0.104
N3 B 0, 0.144, 0.275, 0.405, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.275 std_dev=0.131
C6 A 0, 0.163, 0.303, 0.442, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.303 std_dev=0.140
C2 A 0, 0.256, 0.399, 0.542, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.399 std_dev=0.143
C1' A 0, 0.154, 0.323, 0.493, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.323 std_dev=0.169
C6 B 0, 0.114, 0.285, 0.456, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.285 std_dev=0.171
N9 B 0, 0.122, 0.296, 0.470, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.296 std_dev=0.174
N1 B 0, 0.135, 0.311, 0.487, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.311 std_dev=0.176
C5 B 0, 0.126, 0.305, 0.485, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.305 std_dev=0.179
C1' B 0, 0.113, 0.293, 0.474, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.293 std_dev=0.180
C2 B 0, 0.190, 0.379, 0.567, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.379 std_dev=0.189
N3 A 0, 0.285, 0.484, 0.682, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.484 std_dev=0.199
C2' A 0, 0.182, 0.393, 0.604, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.393 std_dev=0.211
O4' A 0, 0.242, 0.460, 0.677, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.460 std_dev=0.218
C5 A 0, 0.188, 0.429, 0.670, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.429 std_dev=0.241
O2 A 0, 0.412, 0.659, 0.906, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.659 std_dev=0.247
O6 B 0, 0.103, 0.377, 0.651, 2.071 max_d=2.071 avg_d=0.377 std_dev=0.274
C4 A 0, 0.142, 0.435, 0.729, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.435 std_dev=0.293
O4' B 0, 0.192, 0.486, 0.781, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.486 std_dev=0.295
C3' A 0, 0.150, 0.451, 0.752, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.451 std_dev=0.301
N7 B 0, 0.202, 0.512, 0.822, 2.557 max_d=2.557 avg_d=0.512 std_dev=0.310
C8 B 0, 0.182, 0.507, 0.832, 2.149 max_d=2.149 avg_d=0.507 std_dev=0.325
O2' A 0, 0.302, 0.638, 0.974, 3.094 max_d=3.094 avg_d=0.638 std_dev=0.336
N2 B 0, 0.276, 0.647, 1.019, 2.417 max_d=2.417 avg_d=0.647 std_dev=0.372
C4' A 0, 0.186, 0.568, 0.949, 1.751 max_d=1.751 avg_d=0.568 std_dev=0.381
O3' A 0, 0.212, 0.620, 1.027, 2.912 max_d=2.912 avg_d=0.620 std_dev=0.407
C2' B 0, 0.282, 0.694, 1.105, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.694 std_dev=0.412
O4 A 0, 0.376, 0.788, 1.201, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.788 std_dev=0.413
O5' B 0, 0.234, 0.682, 1.129, 2.918 max_d=2.918 avg_d=0.682 std_dev=0.447
P B 0, 0.138, 0.610, 1.081, 4.514 max_d=4.514 avg_d=0.610 std_dev=0.471
C4' B 0, 0.291, 0.820, 1.348, 1.875 max_d=1.875 avg_d=0.820 std_dev=0.528
C5' B 0, 0.291, 0.842, 1.392, 2.114 max_d=2.114 avg_d=0.842 std_dev=0.551
O5' A 0, 0.329, 0.886, 1.443, 3.198 max_d=3.198 avg_d=0.886 std_dev=0.557
OP2 B 0, 0.196, 0.765, 1.334, 5.699 max_d=5.699 avg_d=0.765 std_dev=0.569
C5' A 0, 0.207, 0.786, 1.364, 2.742 max_d=2.742 avg_d=0.786 std_dev=0.579
P A 0, 0.610, 1.259, 1.908, 3.746 max_d=3.746 avg_d=1.259 std_dev=0.649
OP2 A 0, 0.680, 1.335, 1.990, 4.943 max_d=4.943 avg_d=1.335 std_dev=0.655
C3' B 0, 0.407, 1.081, 1.754, 2.338 max_d=2.338 avg_d=1.081 std_dev=0.674
OP1 B 0, 0.013, 0.715, 1.416, 6.806 max_d=6.806 avg_d=0.715 std_dev=0.701
O2' B 0, 0.516, 1.295, 2.073, 2.837 max_d=2.837 avg_d=1.295 std_dev=0.779
OP1 A 0, 1.133, 1.971, 2.810, 6.291 max_d=6.291 avg_d=1.971 std_dev=0.839
O3' B 0, 0.723, 1.927, 3.131, 3.720 max_d=3.720 avg_d=1.927 std_dev=1.204

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.09 0.03 0.01 0.16 0.26 0.31 0.19
C2 0.03 0.00 0.10 0.14 0.06 0.06 0.03 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.02 0.04 0.27 0.39 0.39 0.30
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.07 0.02 0.09 0.06 0.11 0.03 0.08 0.20 0.00 0.03 0.06 0.01 0.20 0.36 0.26 0.19
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.15 0.01 0.17 0.03 0.17 0.09 0.15 0.20 0.02 0.01 0.13 0.02 0.22 0.41 0.21 0.20
C4 0.05 0.06 0.07 0.15 0.00 0.10 0.01 0.19 0.02 0.05 0.02 0.05 0.14 0.15 0.01 0.06 0.39 0.54 0.55 0.44
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.08 0.08 0.10 0.03 0.10 0.01 0.02 0.18 0.24 0.07
C5 0.03 0.03 0.09 0.17 0.01 0.11 0.00 0.20 0.01 0.02 0.02 0.02 0.14 0.19 0.02 0.07 0.42 0.56 0.60 0.47
C5' 0.04 0.12 0.06 0.03 0.19 0.01 0.20 0.00 0.17 0.11 0.16 0.12 0.07 0.09 0.21 0.02 0.01 0.17 0.24 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.17 0.02 0.10 0.01 0.17 0.00 0.01 0.04 0.02 0.12 0.17 0.02 0.07 0.38 0.46 0.50 0.40
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.05 0.05 0.02 0.11 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.08 0.02 0.02 0.27 0.36 0.39 0.29
N3 0.02 0.01 0.08 0.15 0.02 0.08 0.02 0.16 0.04 0.02 0.00 0.01 0.12 0.15 0.01 0.05 0.33 0.46 0.47 0.37
O2 0.05 0.01 0.20 0.20 0.05 0.08 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.17 0.24 0.02 0.07 0.23 0.37 0.34 0.25
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.14 0.10 0.14 0.07 0.12 0.07 0.12 0.17 0.00 0.06 0.09 0.08 0.12 0.35 0.29 0.16
O3' 0.09 0.15 0.03 0.01 0.15 0.03 0.19 0.09 0.17 0.08 0.15 0.24 0.06 0.00 0.16 0.06 0.27 0.59 0.33 0.34
O4 0.03 0.02 0.06 0.13 0.01 0.10 0.02 0.21 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.16 0.00 0.06 0.44 0.55 0.64 0.50
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.05 0.07 0.08 0.06 0.06 0.00 0.16 0.23 0.36 0.24
O5' 0.16 0.27 0.20 0.22 0.39 0.02 0.42 0.01 0.38 0.27 0.33 0.23 0.12 0.27 0.44 0.16 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.26 0.39 0.36 0.41 0.54 0.18 0.56 0.17 0.46 0.36 0.46 0.37 0.35 0.59 0.55 0.23 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.39 0.26 0.21 0.55 0.24 0.60 0.24 0.50 0.39 0.47 0.34 0.29 0.33 0.64 0.36 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.30 0.19 0.20 0.44 0.07 0.47 0.02 0.40 0.29 0.37 0.25 0.16 0.34 0.50 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.24 0.32 0.33 0.31 0.19 0.35 0.19 0.44 0.23 0.29 0.29 0.44 0.28 0.30 0.18 0.33 0.34 0.30 0.37 0.22 0.13 0.16 0.10
C2 0.42 0.40 0.44 0.48 0.38 0.45 0.35 0.48 0.35 0.40 0.38 0.30 0.41 0.39 0.39 0.50 0.45 0.45 0.43 0.29 0.21 0.37 0.22
C2' 0.23 0.32 0.31 0.31 0.23 0.33 0.25 0.45 0.28 0.27 0.31 0.38 0.29 0.31 0.20 0.30 0.34 0.30 0.41 0.22 0.08 0.25 0.17
C3' 0.29 0.34 0.36 0.20 0.30 0.19 0.31 0.24 0.32 0.33 0.32 0.30 0.33 0.36 0.29 0.31 0.28 0.30 0.16 0.24 0.13 0.07 0.02
C4 0.43 0.56 0.43 0.53 0.51 0.38 0.54 0.37 0.60 0.44 0.60 0.43 0.53 0.51 0.45 0.52 0.51 0.40 0.35 0.62 0.33 0.41 0.25
C4' 0.30 0.36 0.38 0.20 0.29 0.29 0.27 0.33 0.28 0.32 0.31 0.45 0.35 0.33 0.27 0.30 0.24 0.33 0.13 0.20 0.31 0.16 0.13
C5 0.33 0.45 0.35 0.50 0.41 0.31 0.47 0.33 0.52 0.41 0.50 0.36 0.41 0.49 0.37 0.42 0.52 0.32 0.34 0.62 0.42 0.44 0.31
C5' 0.36 0.35 0.43 0.26 0.31 0.33 0.30 0.32 0.30 0.35 0.31 0.38 0.35 0.37 0.32 0.36 0.30 0.40 0.18 0.26 0.51 0.35 0.28
C6 0.27 0.32 0.31 0.42 0.29 0.28 0.35 0.32 0.37 0.37 0.35 0.25 0.29 0.42 0.29 0.36 0.44 0.28 0.32 0.47 0.36 0.38 0.26
N1 0.28 0.29 0.33 0.38 0.24 0.33 0.25 0.39 0.27 0.32 0.28 0.28 0.28 0.34 0.26 0.38 0.37 0.32 0.34 0.30 0.18 0.26 0.13
N3 0.48 0.54 0.48 0.54 0.51 0.44 0.50 0.45 0.53 0.46 0.54 0.37 0.53 0.48 0.48 0.56 0.49 0.47 0.41 0.45 0.26 0.41 0.24
O2 0.53 0.47 0.55 0.54 0.46 0.58 0.40 0.62 0.40 0.49 0.44 0.41 0.48 0.44 0.49 0.60 0.56 0.58 0.57 0.34 0.32 0.49 0.35
O2' 0.28 0.50 0.38 0.37 0.37 0.48 0.40 0.63 0.46 0.39 0.49 0.60 0.44 0.44 0.29 0.33 0.46 0.38 0.56 0.33 0.22 0.33 0.27
O3' 0.42 0.44 0.45 0.22 0.43 0.24 0.42 0.22 0.41 0.44 0.41 0.35 0.44 0.44 0.43 0.35 0.28 0.44 0.02 0.23 0.03 0.03 0.01
O4 0.55 0.78 0.55 0.52 0.68 0.43 0.71 0.37 0.81 0.55 0.83 0.48 0.72 0.62 0.59 0.63 0.53 0.49 0.36 0.63 0.35 0.37 0.23
O4' 0.24 0.34 0.33 0.22 0.21 0.31 0.20 0.37 0.24 0.27 0.30 0.49 0.31 0.30 0.19 0.29 0.28 0.29 0.23 0.22 0.27 0.12 0.07
O5' 0.30 0.27 0.50 0.26 0.25 0.33 0.28 0.37 0.33 0.26 0.30 0.25 0.27 0.33 0.24 0.44 0.33 0.34 0.24 0.40 0.50 0.35 0.29
OP1 0.63 0.49 0.93 0.67 0.49 0.68 0.46 0.73 0.49 0.46 0.49 0.52 0.52 0.45 0.52 0.85 0.61 0.60 0.59 0.51 0.84 0.60 0.63
OP2 0.41 0.46 0.61 0.38 0.43 0.40 0.49 0.44 0.58 0.41 0.54 0.35 0.43 0.49 0.40 0.61 0.46 0.43 0.36 0.65 0.65 0.47 0.42
P 0.37 0.32 0.63 0.36 0.30 0.41 0.33 0.46 0.40 0.28 0.36 0.29 0.32 0.35 0.30 0.57 0.38 0.39 0.32 0.48 0.61 0.40 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.10 0.03 0.02 0.05 0.08 0.05 0.02 0.01 0.02 0.36 0.01 0.26 0.03 0.26 0.37 0.27
C2 0.05 0.00 0.38 0.36 0.02 0.09 0.03 0.14 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.19 0.38 0.22 0.22 0.02 0.23 0.37 0.23
C2' 0.01 0.38 0.00 0.01 0.20 0.02 0.11 0.24 0.19 0.17 0.30 0.50 0.37 0.09 0.03 0.00 0.04 0.02 0.50 0.17 0.58 0.58 0.51
C3' 0.02 0.36 0.01 0.00 0.33 0.01 0.42 0.02 0.45 0.35 0.42 0.38 0.30 0.42 0.26 0.02 0.01 0.02 0.17 0.56 0.31 0.25 0.17
C4 0.03 0.02 0.20 0.33 0.00 0.07 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.22 0.12 0.22 0.02 0.22 0.37 0.23
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.12 0.21 0.10 0.12 0.09 0.20 0.10 0.32 0.03 0.01 0.02 0.18 0.17 0.15 0.06
C5 0.02 0.03 0.11 0.42 0.01 0.13 0.00 0.15 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.30 0.21 0.06 0.26 0.01 0.25 0.41 0.26
C5' 0.10 0.14 0.24 0.02 0.11 0.01 0.15 0.00 0.16 0.18 0.15 0.13 0.14 0.21 0.09 0.10 0.23 0.02 0.01 0.20 0.14 0.16 0.02
C6 0.03 0.07 0.19 0.45 0.02 0.12 0.01 0.16 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.27 0.26 0.10 0.28 0.01 0.28 0.44 0.28
C8 0.02 0.02 0.17 0.35 0.01 0.21 0.01 0.18 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.39 0.19 0.13 0.25 0.02 0.26 0.43 0.27
N1 0.05 0.02 0.30 0.42 0.03 0.10 0.02 0.15 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.21 0.32 0.19 0.26 0.01 0.27 0.42 0.26
N2 0.08 0.01 0.50 0.38 0.02 0.12 0.02 0.13 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.26 0.44 0.29 0.17 0.03 0.21 0.33 0.17
N3 0.05 0.01 0.37 0.30 0.01 0.09 0.01 0.14 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.18 0.39 0.21 0.22 0.02 0.23 0.35 0.23
N7 0.02 0.03 0.09 0.42 0.01 0.20 0.00 0.21 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.41 0.25 0.07 0.30 0.03 0.28 0.45 0.29
N9 0.01 0.02 0.03 0.26 0.01 0.10 0.01 0.09 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.22 0.14 0.01 0.22 0.02 0.22 0.38 0.24
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.18 0.32 0.30 0.10 0.27 0.39 0.21 0.26 0.18 0.41 0.22 0.00 0.07 0.23 0.36 0.35 0.48 0.63 0.42
O3' 0.36 0.38 0.04 0.01 0.22 0.03 0.21 0.23 0.26 0.19 0.32 0.44 0.39 0.25 0.14 0.07 0.00 0.26 0.34 0.35 0.62 0.51 0.44
O4' 0.01 0.22 0.02 0.02 0.12 0.01 0.06 0.02 0.10 0.13 0.19 0.29 0.21 0.07 0.01 0.23 0.26 0.00 0.14 0.08 0.19 0.27 0.21
O5' 0.26 0.22 0.50 0.17 0.22 0.02 0.26 0.01 0.28 0.25 0.26 0.17 0.22 0.30 0.22 0.36 0.34 0.14 0.00 0.32 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.17 0.56 0.02 0.18 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.35 0.35 0.08 0.32 0.00 0.30 0.47 0.28
OP1 0.26 0.23 0.58 0.31 0.22 0.17 0.25 0.14 0.28 0.26 0.27 0.21 0.23 0.28 0.22 0.48 0.62 0.19 0.03 0.30 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.37 0.58 0.25 0.37 0.15 0.41 0.16 0.44 0.43 0.42 0.33 0.35 0.45 0.38 0.63 0.51 0.27 0.02 0.47 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.23 0.51 0.17 0.23 0.06 0.26 0.02 0.28 0.27 0.26 0.17 0.23 0.29 0.24 0.42 0.44 0.21 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00