ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44187

back

Distances from reference structure (by RMSD)

21, 46, 55, 23, 17, 1, 3, 1, 3, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N2 B 0, 0.099, 0.172, 0.244, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.172 std_dev=0.073
C4 B 0, 0.069, 0.167, 0.264, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.167 std_dev=0.098
N3 B 0, 0.104, 0.220, 0.335, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.220 std_dev=0.116
N1 A 0, 0.048, 0.173, 0.298, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.173 std_dev=0.125
C2 A 0, 0.089, 0.234, 0.380, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.234 std_dev=0.145
C2 B 0, 0.095, 0.257, 0.419, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.257 std_dev=0.162
C6 A 0, 0.029, 0.214, 0.399, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.214 std_dev=0.185
C5 A 0, 0.065, 0.254, 0.443, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.254 std_dev=0.189
C5 B 0, 0.066, 0.257, 0.449, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.257 std_dev=0.191
N1 B 0, 0.091, 0.288, 0.485, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.288 std_dev=0.197
N9 B 0, -0.001, 0.197, 0.395, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.197 std_dev=0.198
O6 B 0, -0.009, 0.202, 0.414, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.202 std_dev=0.211
C4 A 0, 0.097, 0.325, 0.553, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.325 std_dev=0.228
C6 B 0, 0.095, 0.324, 0.552, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.324 std_dev=0.228
N3 A 0, 0.085, 0.321, 0.557, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.321 std_dev=0.236
N4 A 0, 0.036, 0.273, 0.509, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.273 std_dev=0.237
O4' B 0, 0.010, 0.251, 0.491, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.251 std_dev=0.240
O2 A 0, 0.092, 0.357, 0.622, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.357 std_dev=0.265
C1' B 0, -0.040, 0.225, 0.491, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.225 std_dev=0.265
C4' B 0, 0.005, 0.287, 0.568, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.287 std_dev=0.281
C1' A 0, -0.046, 0.246, 0.538, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.246 std_dev=0.292
C2' A 0, -0.028, 0.281, 0.590, 1.961 max_d=1.961 avg_d=0.281 std_dev=0.309
C8 B 0, -0.010, 0.303, 0.615, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.303 std_dev=0.313
C3' B 0, -0.013, 0.305, 0.623, 1.929 max_d=1.929 avg_d=0.305 std_dev=0.318
N7 B 0, 0.026, 0.352, 0.677, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.352 std_dev=0.325
O2' A 0, -0.019, 0.345, 0.709, 2.453 max_d=2.453 avg_d=0.345 std_dev=0.364
O3' B 0, -0.001, 0.397, 0.796, 2.442 max_d=2.442 avg_d=0.397 std_dev=0.398
C5' B 0, -0.035, 0.411, 0.857, 2.368 max_d=2.368 avg_d=0.411 std_dev=0.446
C3' A 0, -0.069, 0.388, 0.845, 2.530 max_d=2.530 avg_d=0.388 std_dev=0.457
C2' B 0, -0.138, 0.324, 0.785, 2.347 max_d=2.347 avg_d=0.324 std_dev=0.462
O4' A 0, -0.133, 0.348, 0.829, 2.385 max_d=2.385 avg_d=0.348 std_dev=0.481
C4' A 0, -0.093, 0.430, 0.954, 2.927 max_d=2.927 avg_d=0.430 std_dev=0.523
O5' B 0, -0.123, 0.436, 0.996, 3.193 max_d=3.193 avg_d=0.436 std_dev=0.560
O3' A 0, -0.084, 0.479, 1.042, 3.153 max_d=3.153 avg_d=0.479 std_dev=0.563
P B 0, -0.111, 0.460, 1.032, 3.534 max_d=3.534 avg_d=0.460 std_dev=0.571
OP2 B 0, -0.049, 0.600, 1.249, 3.785 max_d=3.785 avg_d=0.600 std_dev=0.649
C5' A 0, -0.052, 0.615, 1.282, 3.751 max_d=3.751 avg_d=0.615 std_dev=0.667
OP1 B 0, -0.061, 0.617, 1.296, 4.271 max_d=4.271 avg_d=0.617 std_dev=0.679
O2' B 0, -0.279, 0.459, 1.198, 4.052 max_d=4.052 avg_d=0.459 std_dev=0.738
O5' A 0, -0.158, 0.762, 1.683, 5.692 max_d=5.692 avg_d=0.762 std_dev=0.920
P A 0, -0.131, 0.983, 2.097, 6.801 max_d=6.801 avg_d=0.983 std_dev=1.114
OP1 A 0, -0.009, 1.111, 2.231, 7.834 max_d=7.834 avg_d=1.111 std_dev=1.120
OP2 A 0, 0.058, 1.256, 2.453, 6.629 max_d=6.629 avg_d=1.256 std_dev=1.198

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.21 0.21 0.25 0.21
C2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.06 0.04 0.02 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.10 0.04 0.34 0.34 0.45 0.37
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.10 0.03 0.07 0.03 0.15 0.01 0.02 0.01 0.18 0.22 0.17 0.16
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.12 0.01 0.16 0.03 0.15 0.07 0.11 0.12 0.11 0.02 0.01 0.02 0.21 0.27 0.18 0.18
C4 0.05 0.06 0.06 0.12 0.00 0.09 0.01 0.17 0.02 0.04 0.02 0.00 0.04 0.08 0.14 0.04 0.48 0.53 0.67 0.56
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.07 0.10 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.14 0.19 0.04
C5 0.02 0.02 0.08 0.16 0.01 0.11 0.00 0.19 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.19 0.05 0.53 0.56 0.68 0.59
C5' 0.02 0.10 0.02 0.03 0.17 0.01 0.19 0.00 0.16 0.09 0.15 0.21 0.07 0.05 0.04 0.02 0.01 0.20 0.26 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.15 0.02 0.10 0.01 0.16 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.07 0.17 0.05 0.47 0.46 0.53 0.50
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.35 0.34 0.41 0.37
N3 0.02 0.01 0.07 0.11 0.02 0.07 0.03 0.15 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.10 0.12 0.04 0.42 0.45 0.59 0.48
N4 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.02 0.47 0.51 0.67 0.54
O2 0.04 0.01 0.15 0.11 0.04 0.04 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.20 0.15 0.07 0.26 0.27 0.38 0.29
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.08 0.05 0.06 0.05 0.07 0.03 0.10 0.05 0.20 0.00 0.04 0.05 0.07 0.21 0.16 0.09
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.14 0.02 0.19 0.04 0.17 0.07 0.12 0.13 0.15 0.04 0.00 0.02 0.20 0.34 0.30 0.24
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.07 0.05 0.02 0.00 0.18 0.21 0.25 0.21
O5' 0.21 0.34 0.18 0.21 0.48 0.02 0.53 0.01 0.47 0.35 0.42 0.47 0.26 0.07 0.20 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.21 0.34 0.22 0.27 0.53 0.14 0.56 0.20 0.46 0.34 0.45 0.51 0.27 0.21 0.34 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.45 0.17 0.18 0.67 0.19 0.68 0.26 0.53 0.41 0.59 0.67 0.38 0.16 0.30 0.25 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.37 0.16 0.18 0.56 0.04 0.59 0.02 0.50 0.37 0.48 0.54 0.29 0.09 0.24 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.34 0.36 0.26 0.24 0.37 0.22 0.44 0.24 0.44 0.51 0.40 0.09 0.34 0.55 0.39 0.30 0.23 0.30 0.29 0.18 0.18 0.23 0.09
C2 0.29 0.41 0.34 0.29 0.36 0.26 0.42 0.30 0.47 0.37 0.46 0.12 0.37 0.46 0.32 0.32 0.30 0.27 0.41 0.26 0.20 0.34 0.19
C2' 0.32 0.28 0.25 0.25 0.34 0.21 0.44 0.25 0.41 0.56 0.34 0.10 0.27 0.59 0.39 0.28 0.24 0.28 0.34 0.16 0.09 0.28 0.16
C3' 0.31 0.27 0.21 0.19 0.36 0.15 0.47 0.15 0.45 0.60 0.35 0.12 0.26 0.63 0.40 0.25 0.19 0.29 0.11 0.15 0.15 0.10 0.02
C4 0.33 0.45 0.47 0.39 0.39 0.34 0.43 0.38 0.50 0.35 0.50 0.11 0.41 0.41 0.35 0.46 0.40 0.32 0.45 0.18 0.30 0.43 0.28
C4' 0.37 0.26 0.25 0.25 0.35 0.24 0.45 0.28 0.41 0.60 0.32 0.11 0.26 0.61 0.42 0.33 0.25 0.36 0.10 0.15 0.39 0.13 0.15
C5 0.32 0.41 0.44 0.38 0.37 0.33 0.42 0.37 0.48 0.36 0.46 0.09 0.38 0.43 0.34 0.42 0.38 0.31 0.44 0.14 0.33 0.44 0.30
C5' 0.36 0.27 0.27 0.29 0.36 0.27 0.46 0.32 0.43 0.59 0.34 0.12 0.27 0.61 0.42 0.33 0.32 0.37 0.19 0.15 0.55 0.30 0.27
C6 0.30 0.38 0.36 0.31 0.36 0.28 0.42 0.31 0.46 0.40 0.43 0.09 0.36 0.47 0.34 0.34 0.32 0.30 0.39 0.14 0.27 0.39 0.26
N1 0.28 0.37 0.30 0.26 0.35 0.23 0.41 0.26 0.45 0.41 0.42 0.08 0.34 0.48 0.33 0.28 0.26 0.26 0.36 0.18 0.19 0.31 0.17
N3 0.31 0.44 0.41 0.35 0.38 0.31 0.42 0.36 0.49 0.35 0.49 0.13 0.40 0.42 0.33 0.40 0.36 0.29 0.45 0.25 0.26 0.40 0.25
N4 0.19 0.27 0.23 0.26 0.22 0.20 0.23 0.26 0.27 0.21 0.29 0.10 0.23 0.23 0.20 0.24 0.31 0.20 0.32 0.15 0.25 0.37 0.26
O2 0.36 0.46 0.36 0.34 0.42 0.31 0.48 0.33 0.53 0.44 0.51 0.16 0.42 0.52 0.38 0.36 0.33 0.33 0.42 0.35 0.19 0.34 0.20
O2' 0.48 0.34 0.39 0.37 0.44 0.34 0.51 0.37 0.45 0.68 0.38 0.13 0.35 0.66 0.52 0.45 0.34 0.41 0.41 0.18 0.16 0.30 0.21
O3' 0.41 0.36 0.31 0.27 0.45 0.22 0.56 0.21 0.52 0.71 0.43 0.16 0.36 0.71 0.51 0.34 0.24 0.39 0.03 0.17 0.02 0.03 0.01
O4' 0.35 0.31 0.23 0.21 0.34 0.21 0.43 0.24 0.41 0.53 0.36 0.10 0.30 0.56 0.39 0.31 0.21 0.32 0.15 0.16 0.34 0.13 0.08
O5' 0.31 0.30 0.27 0.24 0.35 0.25 0.49 0.25 0.51 0.54 0.41 0.11 0.28 0.63 0.37 0.31 0.26 0.34 0.23 0.16 0.46 0.49 0.31
OP1 0.44 0.37 0.53 0.46 0.39 0.45 0.46 0.43 0.48 0.48 0.42 0.22 0.38 0.55 0.40 0.55 0.45 0.45 0.45 0.25 0.59 0.71 0.48
OP2 0.38 0.40 0.49 0.43 0.42 0.40 0.54 0.40 0.60 0.51 0.52 0.14 0.38 0.61 0.40 0.51 0.44 0.40 0.42 0.17 0.55 0.62 0.43
P 0.31 0.30 0.37 0.31 0.34 0.31 0.47 0.30 0.50 0.48 0.41 0.12 0.29 0.58 0.34 0.40 0.32 0.35 0.32 0.16 0.50 0.59 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.14 0.01 0.12 0.01 0.15 0.26 0.14
C2 0.04 0.00 0.23 0.19 0.01 0.09 0.03 0.15 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.19 0.18 0.17 0.23 0.01 0.20 0.41 0.21
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.12 0.01 0.07 0.10 0.11 0.13 0.19 0.11 0.23 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01 0.20 0.04 0.29 0.30 0.20
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.16 0.00 0.20 0.02 0.21 0.19 0.21 0.08 0.17 0.21 0.13 0.02 0.01 0.01 0.20 0.13 0.27 0.20 0.15
C4 0.02 0.01 0.12 0.16 0.00 0.05 0.00 0.10 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.10 0.09 0.23 0.01 0.20 0.42 0.26
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.07 0.16 0.07 0.03 0.10 0.14 0.06 0.14 0.02 0.00 0.02 0.06 0.17 0.18 0.06
C5 0.02 0.03 0.07 0.20 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.11 0.03 0.32 0.01 0.32 0.57 0.40
C5' 0.04 0.15 0.10 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.14 0.20 0.12 0.03 0.14 0.21 0.09 0.06 0.11 0.02 0.01 0.08 0.12 0.19 0.01
C6 0.03 0.06 0.11 0.21 0.02 0.07 0.01 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.14 0.13 0.07 0.31 0.00 0.32 0.60 0.39
C8 0.01 0.02 0.13 0.19 0.01 0.16 0.01 0.20 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.14 0.12 0.39 0.01 0.40 0.56 0.48
N1 0.05 0.01 0.19 0.21 0.03 0.07 0.02 0.12 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.15 0.15 0.13 0.26 0.01 0.23 0.51 0.29
N2 0.02 0.00 0.11 0.08 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.06 0.07 0.01 0.06 0.11 0.08
N3 0.04 0.01 0.23 0.17 0.01 0.10 0.01 0.14 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.17 0.17 0.20 0.01 0.18 0.35 0.17
N7 0.02 0.03 0.08 0.21 0.00 0.14 0.00 0.21 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.16 0.08 0.41 0.01 0.47 0.68 0.54
N9 0.01 0.02 0.02 0.13 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.06 0.01 0.24 0.01 0.20 0.39 0.27
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.10 0.14 0.14 0.06 0.14 0.23 0.15 0.08 0.19 0.22 0.11 0.00 0.07 0.11 0.16 0.11 0.26 0.33 0.19
O3' 0.14 0.18 0.03 0.01 0.10 0.02 0.11 0.11 0.13 0.14 0.15 0.10 0.17 0.16 0.06 0.07 0.00 0.09 0.24 0.07 0.33 0.23 0.19
O4' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.09 0.00 0.03 0.02 0.07 0.12 0.13 0.06 0.17 0.08 0.01 0.11 0.09 0.00 0.09 0.02 0.16 0.25 0.16
O5' 0.12 0.23 0.20 0.20 0.23 0.02 0.32 0.01 0.31 0.39 0.26 0.07 0.20 0.41 0.24 0.16 0.24 0.09 0.00 0.12 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.04 0.13 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.07 0.02 0.12 0.00 0.13 0.18 0.13
OP1 0.15 0.20 0.29 0.27 0.20 0.17 0.32 0.12 0.32 0.40 0.23 0.06 0.18 0.47 0.20 0.26 0.33 0.16 0.02 0.13 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.41 0.30 0.20 0.42 0.18 0.57 0.19 0.60 0.56 0.51 0.11 0.35 0.68 0.39 0.33 0.23 0.25 0.02 0.18 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.21 0.20 0.15 0.26 0.06 0.40 0.01 0.39 0.48 0.29 0.08 0.17 0.54 0.27 0.19 0.19 0.16 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00