ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44189

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 10, 60, 21, 7, 23, 12, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.082, 0.185, 0.288, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.185 std_dev=0.103
C4 A 0, 0.201, 0.334, 0.468, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.334 std_dev=0.133
N1 A 0, 0.051, 0.199, 0.347, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.199 std_dev=0.148
C6 B 0, 0.175, 0.324, 0.474, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.324 std_dev=0.149
C5 B 0, 0.154, 0.335, 0.516, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.335 std_dev=0.181
N3 A 0, 0.147, 0.337, 0.528, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.337 std_dev=0.191
C6 A 0, 0.163, 0.358, 0.554, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.358 std_dev=0.195
N1 B 0, 0.092, 0.289, 0.487, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.289 std_dev=0.197
N9 B 0, 0.104, 0.302, 0.500, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.302 std_dev=0.198
N4 A 0, 0.299, 0.517, 0.735, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.517 std_dev=0.218
C5 A 0, 0.261, 0.486, 0.711, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.486 std_dev=0.225
N3 B 0, 0.092, 0.323, 0.554, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.323 std_dev=0.231
C2 B 0, 0.165, 0.421, 0.677, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.421 std_dev=0.256
C2 A 0, 0.102, 0.360, 0.617, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.360 std_dev=0.257
C1' B 0, 0.046, 0.314, 0.581, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.314 std_dev=0.268
C1' A 0, 0.077, 0.349, 0.620, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.349 std_dev=0.272
O4' B 0, 0.150, 0.425, 0.700, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.425 std_dev=0.275
O6 B 0, 0.016, 0.309, 0.602, 1.985 max_d=1.985 avg_d=0.309 std_dev=0.293
C3' A 0, 0.466, 0.777, 1.089, 2.138 max_d=2.138 avg_d=0.777 std_dev=0.312
O4' A 0, 0.258, 0.571, 0.883, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.571 std_dev=0.312
C2' A 0, 0.156, 0.508, 0.860, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.508 std_dev=0.352
C8 B 0, 0.191, 0.553, 0.915, 2.676 max_d=2.676 avg_d=0.553 std_dev=0.362
N7 B 0, 0.233, 0.604, 0.976, 2.850 max_d=2.850 avg_d=0.604 std_dev=0.372
C4' B 0, 0.433, 0.818, 1.204, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.818 std_dev=0.385
O3' A 0, 0.573, 0.979, 1.385, 2.864 max_d=2.864 avg_d=0.979 std_dev=0.406
C4' A 0, 0.415, 0.824, 1.232, 1.992 max_d=1.992 avg_d=0.824 std_dev=0.408
N2 B 0, -0.022, 0.425, 0.872, 3.085 max_d=3.085 avg_d=0.425 std_dev=0.447
O2 A 0, 0.206, 0.675, 1.144, 2.339 max_d=2.339 avg_d=0.675 std_dev=0.469
O5' B 0, 0.781, 1.320, 1.859, 3.141 max_d=3.141 avg_d=1.320 std_dev=0.539
O2' A 0, 0.126, 0.673, 1.219, 2.754 max_d=2.754 avg_d=0.673 std_dev=0.547
C2' B 0, 0.002, 0.582, 1.162, 2.198 max_d=2.198 avg_d=0.582 std_dev=0.580
C3' B 0, 0.268, 0.867, 1.466, 2.407 max_d=2.407 avg_d=0.867 std_dev=0.599
C5' B 0, 0.538, 1.223, 1.908, 2.808 max_d=2.808 avg_d=1.223 std_dev=0.685
O2' B 0, 0.044, 0.748, 1.452, 2.703 max_d=2.703 avg_d=0.748 std_dev=0.704
C5' A 0, 0.426, 1.134, 1.841, 3.251 max_d=3.251 avg_d=1.134 std_dev=0.707
P B 0, 0.878, 1.585, 2.293, 4.191 max_d=4.191 avg_d=1.585 std_dev=0.707
O3' B 0, 0.291, 1.169, 2.048, 3.431 max_d=3.431 avg_d=1.169 std_dev=0.879
O5' A 0, 0.789, 1.729, 2.670, 5.158 max_d=5.158 avg_d=1.729 std_dev=0.941
OP2 B 0, 0.986, 2.102, 3.218, 6.118 max_d=6.118 avg_d=2.102 std_dev=1.116
OP1 B 0, 1.306, 2.436, 3.566, 5.956 max_d=5.956 avg_d=2.436 std_dev=1.130
P A 0, 1.032, 2.314, 3.597, 6.393 max_d=6.393 avg_d=2.314 std_dev=1.282
OP1 A 0, 1.403, 2.870, 4.338, 7.279 max_d=7.279 avg_d=2.870 std_dev=1.467
OP2 A 0, 0.635, 2.662, 4.689, 8.497 max_d=8.497 avg_d=2.662 std_dev=2.027

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.22 0.74 0.43 0.26
C2 0.02 0.00 0.15 0.18 0.03 0.07 0.02 0.13 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.20 0.06 0.46 0.81 0.44 0.28
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.05 0.02 0.11 0.05 0.14 0.02 0.11 0.06 0.27 0.01 0.03 0.02 0.26 0.43 0.33 0.17
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.15 0.01 0.18 0.02 0.20 0.09 0.18 0.14 0.27 0.02 0.01 0.01 0.34 0.23 0.40 0.24
C4 0.03 0.03 0.05 0.15 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.11 0.16 0.04 0.63 0.82 0.76 0.40
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.10 0.06 0.09 0.11 0.09 0.09 0.03 0.01 0.02 0.36 0.39 0.18
C5 0.02 0.02 0.11 0.18 0.01 0.11 0.00 0.20 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.13 0.22 0.07 0.64 0.81 0.78 0.39
C5' 0.04 0.13 0.05 0.02 0.19 0.01 0.20 0.00 0.16 0.11 0.17 0.20 0.12 0.06 0.06 0.02 0.01 0.18 0.22 0.03
C6 0.02 0.02 0.14 0.20 0.01 0.10 0.01 0.16 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.13 0.21 0.09 0.56 0.81 0.53 0.28
N1 0.01 0.01 0.02 0.09 0.02 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.08 0.02 0.43 0.80 0.38 0.24
N3 0.02 0.01 0.11 0.18 0.01 0.09 0.02 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.20 0.05 0.55 0.82 0.59 0.34
N4 0.02 0.02 0.06 0.14 0.00 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.17 0.04 0.67 0.80 0.89 0.45
O2 0.04 0.01 0.27 0.27 0.02 0.09 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.22 0.33 0.11 0.38 0.80 0.41 0.28
O2' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.11 0.09 0.13 0.06 0.13 0.07 0.14 0.06 0.22 0.00 0.06 0.07 0.09 0.47 0.48 0.24
O3' 0.07 0.20 0.03 0.01 0.16 0.03 0.22 0.06 0.21 0.08 0.20 0.17 0.33 0.06 0.00 0.05 0.26 0.34 0.48 0.31
O4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.09 0.02 0.05 0.04 0.11 0.07 0.05 0.00 0.13 0.80 0.59 0.40
O5' 0.22 0.46 0.26 0.34 0.63 0.02 0.64 0.01 0.56 0.43 0.55 0.67 0.38 0.09 0.26 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.74 0.81 0.43 0.23 0.82 0.36 0.81 0.18 0.81 0.80 0.82 0.80 0.80 0.47 0.34 0.80 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.43 0.44 0.33 0.40 0.76 0.39 0.78 0.22 0.53 0.38 0.59 0.89 0.41 0.48 0.48 0.59 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.28 0.17 0.24 0.40 0.18 0.39 0.03 0.28 0.24 0.34 0.45 0.28 0.24 0.31 0.40 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.52 0.57 0.91 0.87 0.44 0.48 0.34 0.24 0.38 0.32 0.48 0.26 0.56 0.31 0.41 1.05 1.24 0.32 0.24 0.29 0.28 0.31 0.12
C2 0.49 0.46 0.87 0.87 0.39 0.53 0.33 0.31 0.34 0.35 0.38 0.25 0.47 0.35 0.39 0.97 1.23 0.36 0.45 0.32 0.46 0.62 0.35
C2' 0.45 0.45 0.79 0.80 0.37 0.43 0.32 0.22 0.34 0.35 0.39 0.29 0.45 0.34 0.37 0.88 1.15 0.28 0.28 0.29 0.26 0.41 0.17
C3' 0.36 0.42 0.69 0.71 0.32 0.37 0.30 0.19 0.34 0.28 0.38 0.26 0.40 0.30 0.29 0.75 0.99 0.20 0.09 0.30 0.16 0.14 0.02
C4 0.34 0.42 0.68 0.73 0.38 0.37 0.44 0.25 0.46 0.44 0.43 0.20 0.39 0.52 0.36 0.77 1.10 0.30 0.32 0.32 0.53 0.59 0.35
C4' 0.58 0.71 0.93 0.88 0.56 0.52 0.48 0.31 0.55 0.37 0.65 0.31 0.68 0.38 0.49 1.04 1.16 0.36 0.12 0.35 0.35 0.19 0.16
C5 0.40 0.52 0.66 0.70 0.47 0.37 0.55 0.32 0.57 0.55 0.53 0.19 0.48 0.63 0.45 0.74 1.05 0.40 0.31 0.31 0.57 0.55 0.38
C5' 0.56 0.76 0.86 0.83 0.60 0.51 0.57 0.38 0.66 0.43 0.74 0.35 0.71 0.48 0.51 0.95 1.07 0.38 0.23 0.43 0.55 0.40 0.28
C6 0.39 0.51 0.70 0.73 0.43 0.36 0.48 0.30 0.51 0.49 0.50 0.17 0.47 0.56 0.40 0.80 1.08 0.34 0.27 0.29 0.50 0.49 0.34
N1 0.41 0.46 0.80 0.80 0.36 0.41 0.33 0.21 0.36 0.33 0.40 0.20 0.45 0.36 0.33 0.92 1.17 0.24 0.24 0.28 0.33 0.43 0.19
N3 0.42 0.40 0.79 0.82 0.35 0.48 0.35 0.30 0.36 0.36 0.36 0.25 0.41 0.40 0.35 0.88 1.18 0.32 0.44 0.33 0.52 0.66 0.38
N4 0.35 0.43 0.65 0.72 0.40 0.37 0.48 0.25 0.49 0.49 0.44 0.19 0.39 0.56 0.39 0.74 1.09 0.35 0.36 0.30 0.58 0.55 0.37
O2 0.68 0.59 1.01 1.00 0.54 0.71 0.43 0.48 0.42 0.47 0.49 0.32 0.62 0.41 0.55 1.13 1.33 0.57 0.65 0.36 0.59 0.77 0.51
O2' 0.65 0.61 0.95 0.92 0.53 0.57 0.44 0.33 0.44 0.46 0.52 0.35 0.62 0.40 0.54 1.08 1.29 0.49 0.39 0.31 0.32 0.44 0.22
O3' 0.33 0.41 0.59 0.63 0.34 0.35 0.35 0.23 0.39 0.33 0.40 0.31 0.38 0.36 0.31 0.60 0.82 0.20 0.03 0.33 0.02 0.02 0.01
O4' 0.60 0.72 0.99 0.92 0.55 0.52 0.44 0.27 0.51 0.34 0.64 0.29 0.70 0.34 0.48 1.14 1.26 0.36 0.15 0.35 0.33 0.17 0.11
O5' 0.60 0.91 1.02 0.93 0.66 0.50 0.56 0.41 0.66 0.36 0.82 0.27 0.85 0.43 0.52 1.15 1.22 0.36 0.45 0.39 0.87 0.70 0.58
OP1 0.73 0.91 0.75 0.87 0.90 0.74 1.10 0.78 1.19 1.03 1.06 0.43 0.84 1.22 0.85 0.86 1.19 0.84 0.85 0.56 1.29 0.94 0.83
OP2 0.58 0.77 1.04 1.02 0.58 0.60 0.63 0.60 0.67 0.66 0.68 0.25 0.74 0.80 0.52 1.26 1.45 0.53 0.73 0.39 1.26 1.04 0.87
P 0.47 0.64 0.85 0.86 0.47 0.53 0.52 0.55 0.59 0.51 0.60 0.34 0.60 0.64 0.41 1.03 1.23 0.47 0.63 0.49 1.10 0.86 0.72

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.04 0.02 0.05 0.05 0.06 0.02 0.01 0.02 0.13 0.01 0.31 0.03 0.28 0.48 0.18
C2 0.06 0.00 0.23 0.27 0.03 0.11 0.03 0.21 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.18 0.27 0.07 0.49 0.02 0.61 0.66 0.36
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.10 0.02 0.06 0.09 0.10 0.11 0.18 0.21 0.23 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.26 0.08 0.36 0.41 0.27
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.18 0.01 0.21 0.02 0.23 0.22 0.25 0.22 0.24 0.23 0.13 0.02 0.01 0.02 0.22 0.20 0.47 0.29 0.31
C4 0.02 0.03 0.10 0.18 0.00 0.08 0.01 0.22 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.13 0.04 0.46 0.02 0.56 0.64 0.32
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.12 0.18 0.11 0.09 0.10 0.17 0.09 0.16 0.02 0.01 0.01 0.10 0.30 0.25 0.10
C5 0.02 0.03 0.06 0.21 0.01 0.12 0.00 0.29 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.14 0.14 0.04 0.48 0.01 0.70 0.73 0.39
C5' 0.09 0.21 0.09 0.02 0.22 0.01 0.29 0.00 0.29 0.35 0.25 0.15 0.18 0.36 0.22 0.07 0.13 0.03 0.02 0.19 0.36 0.37 0.03
C6 0.04 0.06 0.10 0.23 0.02 0.12 0.01 0.29 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.15 0.17 0.04 0.50 0.01 0.76 0.76 0.42
C8 0.02 0.04 0.11 0.22 0.01 0.18 0.02 0.35 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.14 0.20 0.06 0.44 0.03 0.61 0.68 0.35
N1 0.05 0.01 0.18 0.25 0.04 0.11 0.02 0.25 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.17 0.23 0.06 0.51 0.02 0.70 0.72 0.40
N2 0.05 0.01 0.21 0.22 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.15 0.22 0.11 0.34 0.02 0.69 0.50 0.42
N3 0.06 0.01 0.23 0.24 0.01 0.10 0.01 0.18 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.17 0.24 0.07 0.46 0.02 0.52 0.61 0.31
N7 0.02 0.03 0.07 0.23 0.01 0.17 0.00 0.36 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.15 0.20 0.05 0.46 0.03 0.76 0.77 0.41
N9 0.01 0.04 0.02 0.13 0.01 0.09 0.02 0.22 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.09 0.07 0.02 0.41 0.03 0.46 0.59 0.28
O2' 0.02 0.18 0.01 0.02 0.12 0.16 0.14 0.07 0.15 0.14 0.17 0.15 0.17 0.15 0.09 0.00 0.06 0.12 0.15 0.10 0.37 0.35 0.25
O3' 0.13 0.27 0.02 0.01 0.13 0.02 0.14 0.13 0.17 0.20 0.23 0.22 0.24 0.20 0.07 0.06 0.00 0.10 0.29 0.18 0.66 0.39 0.47
O4' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.06 0.06 0.11 0.07 0.05 0.02 0.12 0.10 0.00 0.31 0.05 0.26 0.53 0.24
O5' 0.31 0.49 0.26 0.22 0.46 0.01 0.48 0.02 0.50 0.44 0.51 0.34 0.46 0.46 0.41 0.15 0.29 0.31 0.00 0.34 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.08 0.20 0.02 0.10 0.01 0.19 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.10 0.18 0.05 0.34 0.00 0.81 0.70 0.48
OP1 0.28 0.61 0.36 0.47 0.56 0.30 0.70 0.36 0.76 0.61 0.70 0.69 0.52 0.76 0.46 0.37 0.66 0.26 0.02 0.81 0.00 0.02 0.01
OP2 0.48 0.66 0.41 0.29 0.64 0.25 0.73 0.37 0.76 0.68 0.72 0.50 0.61 0.77 0.59 0.35 0.39 0.53 0.02 0.70 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.36 0.27 0.31 0.32 0.10 0.39 0.03 0.42 0.35 0.40 0.42 0.31 0.41 0.28 0.25 0.47 0.24 0.01 0.48 0.01 0.01 0.00