ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 44192

back

Distances from reference structure (by RMSD)

32, 37, 5, 0, 0, 11, 11, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 A 0, 0.042, 0.090, 0.138, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.090 std_dev=0.048
O6 A 0, 0.072, 0.155, 0.238, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.155 std_dev=0.083
C8 A 0, 0.039, 0.123, 0.207, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.123 std_dev=0.084
N7 A 0, 0.026, 0.123, 0.220, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.123 std_dev=0.097
N2 A 0, 0.050, 0.150, 0.249, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.150 std_dev=0.100
O4 B 0, 0.051, 0.157, 0.263, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.157 std_dev=0.106
O2 B 0, 0.056, 0.172, 0.288, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.172 std_dev=0.116
N3 B 0, -0.841, 1.664, 4.169, 5.806 max_d=5.806 avg_d=1.664 std_dev=2.505
N3 A 0, -0.912, 1.703, 4.319, 6.070 max_d=6.070 avg_d=1.703 std_dev=2.615
C2 B 0, -0.929, 1.751, 4.431, 6.290 max_d=6.290 avg_d=1.751 std_dev=2.680
C2 A 0, -0.929, 1.752, 4.433, 6.196 max_d=6.196 avg_d=1.752 std_dev=2.681
C4 A 0, -1.110, 1.940, 4.991, 6.987 max_d=6.987 avg_d=1.940 std_dev=3.051
C4 B 0, -1.077, 2.020, 5.117, 7.112 max_d=7.112 avg_d=2.020 std_dev=3.097
N1 A 0, -1.171, 2.104, 5.379, 7.543 max_d=7.543 avg_d=2.104 std_dev=3.275
N1 B 0, -1.286, 2.204, 5.694, 8.137 max_d=8.137 avg_d=2.204 std_dev=3.490
C5 A 0, -1.413, 2.457, 6.326, 8.865 max_d=8.865 avg_d=2.457 std_dev=3.869
C6 A 0, -1.435, 2.530, 6.494, 9.083 max_d=9.083 avg_d=2.530 std_dev=3.964
C5 B 0, -1.416, 2.620, 6.656, 9.244 max_d=9.244 avg_d=2.620 std_dev=4.036
C6 B 0, -1.500, 2.701, 6.903, 9.759 max_d=9.759 avg_d=2.701 std_dev=4.201
O2' B 0, -1.471, 3.095, 7.661, 10.742 max_d=10.742 avg_d=3.095 std_dev=4.566
C2' B 0, -1.660, 3.092, 7.843, 10.930 max_d=10.930 avg_d=3.092 std_dev=4.751
O2' A 0, -1.682, 3.326, 8.333, 12.935 max_d=12.935 avg_d=3.326 std_dev=5.008
C1' B 0, -1.862, 3.212, 8.286, 11.601 max_d=11.601 avg_d=3.212 std_dev=5.074
C2' A 0, -1.817, 3.325, 8.467, 12.226 max_d=12.226 avg_d=3.325 std_dev=5.142
C1' A 0, -1.940, 3.392, 8.725, 12.222 max_d=12.222 avg_d=3.392 std_dev=5.333
C3' B 0, -2.078, 3.808, 9.694, 13.548 max_d=13.548 avg_d=3.808 std_dev=5.886
O4' B 0, -2.202, 3.942, 10.086, 14.036 max_d=14.036 avg_d=3.942 std_dev=6.144
O3' B 0, -2.163, 4.052, 10.267, 14.387 max_d=14.387 avg_d=4.052 std_dev=6.215
C3' A 0, -2.204, 4.045, 10.293, 14.658 max_d=14.658 avg_d=4.045 std_dev=6.249
O4' A 0, -2.312, 4.071, 10.453, 14.522 max_d=14.522 avg_d=4.071 std_dev=6.382
O3' A 0, -2.265, 4.267, 10.800, 15.925 max_d=15.925 avg_d=4.267 std_dev=6.532
C4' B 0, -2.375, 4.298, 10.970, 15.266 max_d=15.266 avg_d=4.298 std_dev=6.672
O5' B 0, -2.226, 4.581, 11.389, 15.829 max_d=15.829 avg_d=4.581 std_dev=6.807
C4' A 0, -2.506, 4.503, 11.513, 16.154 max_d=16.154 avg_d=4.503 std_dev=7.009
C5' B 0, -2.490, 4.803, 12.096, 16.801 max_d=16.801 avg_d=4.803 std_dev=7.293
OP2 B 0, -2.379, 5.017, 12.414, 17.291 max_d=17.291 avg_d=5.017 std_dev=7.396
P B 0, -2.597, 4.934, 12.465, 17.376 max_d=17.376 avg_d=4.934 std_dev=7.531
C5' A 0, -2.723, 5.018, 12.759, 17.901 max_d=17.901 avg_d=5.018 std_dev=7.741
O5' A 0, -2.652, 5.131, 12.915, 18.282 max_d=18.282 avg_d=5.131 std_dev=7.783
OP1 A 0, -2.689, 5.531, 13.751, 19.437 max_d=19.437 avg_d=5.531 std_dev=8.220
P A 0, -2.779, 5.479, 13.736, 19.113 max_d=19.113 avg_d=5.479 std_dev=8.257
OP1 B 0, -2.813, 5.480, 13.773, 19.225 max_d=19.225 avg_d=5.480 std_dev=8.293
OP2 A 0, -2.737, 5.567, 13.872, 19.643 max_d=19.643 avg_d=5.567 std_dev=8.305

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.85 0.01 0.01 0.76 0.01 0.05 0.07 1.08 0.01 1.61 0.04 0.27 0.01 0.01 0.02 0.32 0.01 0.39 0.03 0.86 0.48 0.43
C2 0.85 0.00 0.49 0.48 0.11 0.81 0.04 0.89 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.72 0.77 1.00 1.40 0.02 2.21 1.54 1.58
C2' 0.01 0.49 0.00 0.00 0.85 0.02 0.07 0.19 1.02 0.03 1.31 0.08 0.57 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.67 0.06 1.16 0.59 0.72
C3' 0.01 0.48 0.00 0.00 1.02 0.01 0.31 0.02 0.83 0.06 1.22 0.07 0.59 0.06 0.03 0.02 0.01 0.03 0.34 0.06 0.54 0.23 0.28
C4 0.76 0.11 0.85 1.02 0.00 0.71 0.03 0.50 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.53 0.79 0.55 0.28 0.02 1.41 0.64 0.62
C4' 0.01 0.81 0.02 0.01 0.71 0.00 0.06 0.01 1.22 0.06 1.59 0.05 0.26 0.06 0.03 0.32 0.03 0.01 0.02 0.05 0.22 0.24 0.04
C5 0.05 0.04 0.07 0.31 0.03 0.06 0.00 0.24 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.25 0.16 0.15 1.02 0.02 2.19 1.22 1.37
C5' 0.07 0.89 0.19 0.02 0.50 0.01 0.24 0.00 1.39 0.10 1.65 0.05 0.09 0.11 0.06 0.13 0.23 0.02 0.01 0.11 0.22 0.25 0.02
C6 1.08 0.02 1.02 0.83 0.01 1.22 0.04 1.39 0.00 0.02 0.01 0.02 0.10 0.01 0.02 1.16 0.93 1.33 2.12 0.01 3.05 2.08 2.33
C8 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.28 0.03 0.22 0.24 0.20
N1 1.61 0.01 1.31 1.22 0.08 1.59 0.02 1.65 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 1.43 1.40 1.75 2.22 0.02 2.94 2.13 2.32
N2 0.04 0.01 0.08 0.07 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.10 0.03 0.20 0.03 0.21 0.23 0.17
N3 0.27 0.02 0.57 0.59 0.01 0.26 0.04 0.09 0.10 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.34 0.06 0.52 0.02 1.54 0.90 0.84
N7 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03 0.31 0.03 0.26 0.27 0.24
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.22 0.03 0.19 0.21 0.15
O2' 0.02 0.72 0.00 0.02 0.53 0.32 0.25 0.13 1.16 0.02 1.43 0.12 0.33 0.03 0.02 0.00 0.04 0.22 0.31 0.07 0.83 0.38 0.39
O3' 0.32 0.77 0.02 0.01 0.79 0.03 0.16 0.23 0.93 0.06 1.40 0.10 0.34 0.07 0.03 0.04 0.00 0.20 0.14 0.08 0.25 0.29 0.12
O4' 0.01 1.00 0.02 0.03 0.55 0.01 0.15 0.02 1.33 0.02 1.75 0.03 0.06 0.03 0.01 0.22 0.20 0.00 0.16 0.04 0.43 0.37 0.16
O5' 0.39 1.40 0.67 0.34 0.28 0.02 1.02 0.01 2.12 0.28 2.22 0.20 0.52 0.31 0.22 0.31 0.14 0.16 0.00 0.32 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.06 0.06 0.02 0.05 0.02 0.11 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.07 0.08 0.04 0.32 0.00 0.29 0.32 0.27
OP1 0.86 2.21 1.16 0.54 1.41 0.22 2.19 0.22 3.05 0.22 2.94 0.21 1.54 0.26 0.19 0.83 0.25 0.43 0.02 0.29 0.00 0.02 0.01
OP2 0.48 1.54 0.59 0.23 0.64 0.24 1.22 0.25 2.08 0.24 2.13 0.23 0.90 0.27 0.21 0.38 0.29 0.37 0.02 0.32 0.02 0.00 0.01
P 0.43 1.58 0.72 0.28 0.62 0.04 1.37 0.02 2.33 0.20 2.32 0.17 0.84 0.24 0.15 0.39 0.12 0.16 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.63 1.01 0.92 1.04 0.37 0.73 0.20 0.29 0.59 1.16 0.27 0.12 0.79 1.24 0.15 0.49 0.31 0.64 0.60 0.74
C2 0.21 0.30 0.25 0.33 0.93 0.17 0.59 0.44 0.14 0.56 0.51 0.13 0.26 0.38 0.15 0.32 0.75 0.96 0.84 1.04
C2' 0.25 0.53 0.55 0.70 0.75 0.38 0.62 0.21 0.18 0.60 0.19 0.13 0.45 1.00 0.16 0.14 0.68 1.06 1.11 1.22
C3' 0.12 0.42 0.32 0.46 0.81 0.20 0.69 0.38 0.19 0.52 0.27 0.13 0.28 0.76 0.16 0.14 0.87 1.27 1.38 1.44
C4 1.53 1.74 1.76 1.80 0.61 1.62 0.78 1.21 1.30 1.79 1.12 0.12 1.61 1.82 0.16 1.43 0.79 0.49 0.46 0.35
C4' 0.48 0.86 0.73 0.84 0.49 0.57 0.36 0.18 0.37 0.95 0.18 0.12 0.64 1.10 0.15 0.36 0.55 0.98 1.04 1.11
C5 1.24 1.26 1.54 1.58 0.34 1.42 0.51 1.05 0.93 1.34 0.75 0.14 1.42 1.61 0.16 1.17 0.62 0.41 0.29 0.22
C5' 0.83 1.07 1.07 1.18 0.22 0.97 0.19 0.48 0.56 1.12 0.45 0.12 1.01 1.45 0.17 0.74 0.29 0.66 0.80 0.80
C6 0.34 0.44 0.71 0.77 0.43 0.56 0.23 0.29 0.28 0.61 0.14 0.15 0.56 0.79 0.16 0.29 0.27 0.36 0.50 0.51
C8 0.12 0.11 0.12 0.12 0.14 0.11 0.17 0.20 0.16 0.12 0.11 0.13 0.24 0.19 0.16 0.12 0.27 0.26 0.24 0.15
N1 0.40 0.16 0.13 0.17 1.07 0.23 0.76 0.52 0.25 0.19 0.75 0.14 0.29 0.22 0.16 0.49 0.84 0.98 0.99 1.12
N2 0.13 0.12 0.12 0.12 0.13 0.11 0.14 0.18 0.13 0.12 0.11 0.14 0.20 0.16 0.15 0.13 0.25 0.19 0.28 0.16
N3 0.84 1.28 1.08 1.16 0.14 0.90 0.28 0.52 0.89 1.43 0.51 0.12 0.90 1.19 0.16 0.70 0.28 0.34 0.27 0.35
N7 0.13 0.12 0.13 0.13 0.14 0.12 0.16 0.21 0.15 0.12 0.11 0.14 0.24 0.20 0.16 0.13 0.26 0.25 0.25 0.15
N9 0.10 0.10 0.11 0.09 0.14 0.09 0.17 0.19 0.15 0.11 0.10 0.12 0.23 0.17 0.16 0.11 0.26 0.24 0.23 0.13
O2' 0.48 0.77 0.80 0.99 0.60 0.59 0.48 0.22 0.31 0.84 0.20 0.16 0.68 1.34 0.18 0.33 0.53 0.93 0.89 1.06
O3' 0.19 0.47 0.16 0.25 0.81 0.16 0.69 0.62 0.23 0.58 0.26 0.15 0.32 0.53 0.17 0.29 1.10 1.57 1.63 1.72
O4' 0.82 1.20 1.08 1.17 0.22 0.90 0.16 0.43 0.74 1.33 0.46 0.12 0.98 1.37 0.16 0.68 0.25 0.58 0.57 0.67
O5' 1.73 1.82 2.02 2.13 0.62 1.90 0.69 1.37 1.24 1.82 1.23 0.24 2.00 2.43 0.23 1.64 0.78 0.46 0.25 0.27
O6 0.15 0.14 0.16 0.16 0.15 0.14 0.15 0.21 0.14 0.14 0.14 0.17 0.23 0.22 0.17 0.15 0.27 0.22 0.28 0.17
OP1 3.34 3.09 3.65 3.77 2.01 3.60 2.00 3.04 2.45 3.01 2.63 0.30 3.71 4.11 0.26 3.29 2.34 1.92 1.53 1.65
OP2 2.28 2.29 2.50 2.56 1.19 2.47 1.26 1.97 1.77 2.30 1.76 0.27 2.48 2.76 0.30 2.25 1.36 1.02 0.67 0.78
P 2.37 2.28 2.67 2.77 1.14 2.59 1.18 2.06 1.69 2.26 1.75 0.23 2.69 3.06 0.23 2.31 1.42 1.03 0.71 0.78

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.86 0.01 0.01 0.77 0.01 0.04 0.11 1.07 1.64 0.27 0.04 0.03 0.31 0.02 0.01 0.21 0.19 0.36 0.22
C2 0.86 0.00 0.66 0.62 0.12 0.85 0.07 0.98 0.04 0.02 0.02 0.01 0.88 0.90 0.02 0.95 0.99 1.04 0.74 0.99
C2' 0.01 0.66 0.00 0.01 0.77 0.01 0.08 0.24 1.07 1.45 0.42 0.15 0.01 0.02 0.05 0.01 0.50 0.44 0.96 0.68
C3' 0.01 0.62 0.01 0.00 0.93 0.00 0.22 0.02 0.95 1.38 0.46 0.10 0.03 0.01 0.04 0.02 0.10 0.10 0.62 0.24
C4 0.77 0.12 0.77 0.93 0.00 0.65 0.02 0.40 0.01 0.07 0.02 0.02 0.51 0.73 0.01 0.56 0.29 0.18 0.49 0.16
C4' 0.01 0.85 0.01 0.00 0.65 0.00 0.14 0.01 1.33 1.68 0.22 0.05 0.32 0.03 0.07 0.01 0.02 0.09 0.37 0.09
C5 0.04 0.07 0.08 0.22 0.02 0.14 0.00 0.44 0.03 0.02 0.03 0.02 0.22 0.11 0.02 0.17 0.48 0.71 0.26 0.51
C5' 0.11 0.98 0.24 0.02 0.40 0.01 0.44 0.00 1.56 1.78 0.16 0.12 0.10 0.22 0.23 0.02 0.01 0.16 0.26 0.01
C6 1.07 0.04 1.07 0.95 0.01 1.33 0.03 1.56 0.00 0.01 0.08 0.02 1.14 1.05 0.02 1.35 1.52 1.61 0.85 1.42
N1 1.64 0.02 1.45 1.38 0.07 1.68 0.02 1.78 0.01 0.00 0.04 0.02 1.52 1.57 0.02 1.75 1.70 1.70 1.19 1.58
N3 0.27 0.02 0.42 0.46 0.02 0.22 0.03 0.16 0.08 0.04 0.00 0.02 0.23 0.24 0.02 0.10 0.27 0.38 0.24 0.33
O2 0.04 0.01 0.15 0.10 0.02 0.05 0.02 0.12 0.02 0.02 0.02 0.00 0.23 0.11 0.03 0.08 0.20 0.14 0.30 0.13
O2' 0.03 0.88 0.01 0.03 0.51 0.32 0.22 0.10 1.14 1.52 0.23 0.23 0.00 0.06 0.10 0.23 0.37 0.29 1.12 0.63
O3' 0.31 0.90 0.02 0.01 0.73 0.03 0.11 0.22 1.05 1.57 0.24 0.11 0.06 0.00 0.08 0.23 0.22 0.46 0.45 0.16
O4 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.07 0.02 0.23 0.02 0.02 0.02 0.03 0.10 0.08 0.00 0.03 0.22 0.20 0.26 0.17
O4' 0.01 0.95 0.01 0.02 0.56 0.01 0.17 0.02 1.35 1.75 0.10 0.08 0.23 0.23 0.03 0.00 0.13 0.17 0.19 0.14
O5' 0.21 0.99 0.50 0.10 0.29 0.02 0.48 0.01 1.52 1.70 0.27 0.20 0.37 0.22 0.22 0.13 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.19 1.04 0.44 0.10 0.18 0.09 0.71 0.16 1.61 1.70 0.38 0.14 0.29 0.46 0.20 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.74 0.96 0.62 0.49 0.37 0.26 0.26 0.85 1.19 0.24 0.30 1.12 0.45 0.26 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.99 0.68 0.24 0.16 0.09 0.51 0.01 1.42 1.58 0.33 0.13 0.63 0.16 0.17 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00