ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48037

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 14, 12, 8, 4, 6, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.015, 0.031, 0.048, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.031 std_dev=0.017
N4 A 0, 0.020, 0.040, 0.059, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.040 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.007, 0.075, 0.143, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.075 std_dev=0.068
C2' A 0, 0.019, 0.093, 0.166, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.093 std_dev=0.074
O2' A 0, 0.036, 0.117, 0.199, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.117 std_dev=0.082
C4' A 0, 0.018, 0.142, 0.265, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.142 std_dev=0.123
C3' A 0, 0.030, 0.162, 0.294, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.162 std_dev=0.132
P B 0, 0.117, 0.275, 0.432, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.275 std_dev=0.158
O5' A 0, 0.056, 0.223, 0.390, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.223 std_dev=0.167
C5' A 0, 0.042, 0.210, 0.378, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.210 std_dev=0.168
OP1 B 0, 0.135, 0.309, 0.483, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.309 std_dev=0.174
O5' B 0, 0.161, 0.365, 0.568, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.365 std_dev=0.203
P A 0, 0.046, 0.272, 0.499, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.272 std_dev=0.227
C5' B 0, 0.144, 0.378, 0.612, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.378 std_dev=0.234
OP2 B 0, 0.099, 0.337, 0.575, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.337 std_dev=0.238
O3' A 0, 0.043, 0.290, 0.537, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.290 std_dev=0.247
C4' B 0, 0.139, 0.406, 0.673, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.406 std_dev=0.267
OP2 A 0, 0.064, 0.333, 0.601, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.333 std_dev=0.269
O4' B 0, 0.140, 0.417, 0.695, 1.805 max_d=1.805 avg_d=0.417 std_dev=0.278
OP1 A 0, 0.036, 0.340, 0.644, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.340 std_dev=0.304
C3' B 0, 0.125, 0.448, 0.771, 2.070 max_d=2.070 avg_d=0.448 std_dev=0.323
O3' B 0, 0.128, 0.452, 0.776, 2.035 max_d=2.035 avg_d=0.452 std_dev=0.324
C6 B 0, 0.120, 0.466, 0.812, 2.147 max_d=2.147 avg_d=0.466 std_dev=0.346
C1' B 0, 0.133, 0.480, 0.827, 2.265 max_d=2.265 avg_d=0.480 std_dev=0.347
C2' B 0, 0.134, 0.499, 0.864, 2.386 max_d=2.386 avg_d=0.499 std_dev=0.365
O2' B 0, 0.155, 0.526, 0.898, 2.379 max_d=2.379 avg_d=0.526 std_dev=0.371
C5 B 0, 0.114, 0.505, 0.897, 2.348 max_d=2.348 avg_d=0.505 std_dev=0.391
N1 B 0, 0.117, 0.511, 0.905, 2.496 max_d=2.496 avg_d=0.511 std_dev=0.394
C4 B 0, 0.095, 0.591, 1.087, 2.932 max_d=2.932 avg_d=0.591 std_dev=0.496
C2 B 0, 0.109, 0.611, 1.113, 3.100 max_d=3.100 avg_d=0.611 std_dev=0.502
N4 B 0, 0.090, 0.637, 1.185, 3.144 max_d=3.144 avg_d=0.637 std_dev=0.547
N3 B 0, 0.094, 0.647, 1.200, 3.300 max_d=3.300 avg_d=0.647 std_dev=0.553
O2 B 0, 0.121, 0.677, 1.234, 3.448 max_d=3.448 avg_d=0.677 std_dev=0.557

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.05 0.06 0.05
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.12 0.02 0.06 0.06 0.09 0.06
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.05 0.08 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.02 0.06 0.04 0.08 0.08 0.08 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.07 0.05
C4 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.18 0.02 0.09 0.09 0.13 0.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.02 0.10 0.09 0.13 0.09
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.07 0.03 0.04 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.02 0.08 0.06 0.10 0.07
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.05 0.05 0.08 0.06
N3 0.02 0.00 0.06 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.15 0.02 0.08 0.07 0.12 0.07
N4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.20 0.02 0.10 0.10 0.15 0.10
O2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.10 0.02 0.05 0.05 0.09 0.05
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.06 0.05 0.10 0.00 0.17 0.03 0.04 0.05 0.06 0.05
O3' 0.02 0.12 0.04 0.00 0.18 0.04 0.17 0.05 0.14 0.10 0.15 0.20 0.10 0.17 0.00 0.02 0.14 0.12 0.21 0.16
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.07 0.06 0.07
O5' 0.03 0.06 0.03 0.04 0.09 0.01 0.10 0.01 0.08 0.05 0.08 0.10 0.05 0.04 0.14 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.06 0.04 0.04 0.09 0.04 0.09 0.03 0.06 0.05 0.07 0.10 0.05 0.05 0.12 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.09 0.05 0.07 0.13 0.02 0.13 0.02 0.10 0.08 0.12 0.15 0.09 0.06 0.21 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.04 0.05 0.09 0.03 0.09 0.01 0.07 0.06 0.07 0.10 0.05 0.05 0.16 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.15 0.11 0.10 0.15 0.10 0.13 0.10 0.12 0.13 0.16 0.17 0.17 0.13 0.10 0.12 0.10 0.14 0.18 0.12
C2 0.14 0.18 0.13 0.11 0.16 0.11 0.14 0.11 0.12 0.14 0.18 0.17 0.20 0.16 0.11 0.13 0.11 0.14 0.18 0.12
C2' 0.11 0.14 0.10 0.09 0.14 0.10 0.12 0.10 0.11 0.11 0.15 0.16 0.15 0.12 0.10 0.11 0.10 0.15 0.17 0.13
C3' 0.10 0.12 0.09 0.09 0.14 0.09 0.12 0.10 0.11 0.10 0.14 0.16 0.13 0.11 0.10 0.10 0.10 0.17 0.19 0.16
C4 0.15 0.17 0.14 0.12 0.16 0.12 0.14 0.11 0.13 0.15 0.17 0.17 0.20 0.16 0.12 0.14 0.11 0.14 0.18 0.12
C4' 0.10 0.13 0.09 0.08 0.14 0.08 0.12 0.09 0.11 0.10 0.14 0.16 0.14 0.10 0.08 0.09 0.09 0.14 0.19 0.13
C5 0.12 0.14 0.11 0.10 0.14 0.10 0.13 0.10 0.11 0.12 0.14 0.15 0.16 0.14 0.10 0.12 0.10 0.14 0.19 0.12
C5' 0.10 0.12 0.09 0.08 0.13 0.09 0.12 0.10 0.11 0.10 0.13 0.16 0.13 0.09 0.09 0.10 0.09 0.14 0.21 0.14
C6 0.12 0.13 0.11 0.10 0.14 0.10 0.13 0.10 0.11 0.12 0.14 0.15 0.15 0.12 0.10 0.12 0.10 0.14 0.19 0.12
N1 0.12 0.15 0.11 0.10 0.15 0.10 0.13 0.10 0.11 0.12 0.16 0.16 0.17 0.13 0.10 0.12 0.10 0.14 0.18 0.12
N3 0.16 0.19 0.14 0.12 0.17 0.13 0.14 0.12 0.13 0.16 0.19 0.18 0.22 0.17 0.13 0.15 0.12 0.15 0.18 0.12
N4 0.17 0.19 0.16 0.13 0.17 0.14 0.15 0.13 0.14 0.16 0.19 0.18 0.21 0.19 0.14 0.16 0.13 0.15 0.19 0.13
O2 0.15 0.19 0.14 0.11 0.17 0.12 0.14 0.11 0.13 0.15 0.19 0.19 0.22 0.16 0.12 0.14 0.11 0.15 0.17 0.12
O2' 0.12 0.14 0.10 0.09 0.15 0.10 0.13 0.10 0.11 0.12 0.15 0.17 0.16 0.12 0.10 0.11 0.10 0.15 0.17 0.13
O3' 0.22 0.21 0.23 0.23 0.21 0.23 0.22 0.24 0.22 0.22 0.21 0.22 0.21 0.22 0.23 0.23 0.25 0.29 0.29 0.23
O4' 0.12 0.16 0.11 0.10 0.16 0.10 0.14 0.10 0.13 0.13 0.17 0.18 0.17 0.12 0.10 0.12 0.10 0.14 0.20 0.13
O5' 0.10 0.11 0.09 0.09 0.13 0.09 0.12 0.10 0.10 0.10 0.12 0.15 0.11 0.09 0.09 0.10 0.10 0.16 0.22 0.15
OP1 0.12 0.13 0.12 0.12 0.14 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.14 0.16 0.14 0.12 0.12 0.12 0.10 0.12 0.22 0.13
OP2 0.14 0.13 0.13 0.13 0.15 0.14 0.14 0.14 0.13 0.13 0.14 0.17 0.14 0.13 0.14 0.15 0.15 0.19 0.27 0.18
P 0.10 0.11 0.10 0.10 0.13 0.10 0.12 0.11 0.11 0.10 0.13 0.16 0.12 0.10 0.10 0.11 0.10 0.14 0.22 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.16 0.06 0.10
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.02 0.06 0.14 0.08 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.03 0.08
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.04 0.05 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.09 0.12 0.15 0.11
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.11 0.03 0.06
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.11 0.12 0.16 0.12
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.08 0.05 0.07 0.10 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.09 0.12 0.13 0.10
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.13 0.08 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.07 0.13 0.11 0.10
N4 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.11 0.12 0.17 0.12
O2 0.01 0.00 0.08 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.09 0.02 0.04 0.16 0.07 0.10
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.08 0.00 0.03 0.03 0.05 0.19 0.08 0.12
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.03 0.07 0.02 0.05 0.05 0.09 0.03 0.00 0.01 0.04 0.10 0.11 0.06
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.14 0.06 0.10
O5' 0.03 0.06 0.01 0.02 0.09 0.01 0.11 0.01 0.09 0.06 0.07 0.11 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.16 0.14 0.14 0.10 0.12 0.11 0.12 0.04 0.12 0.13 0.13 0.12 0.16 0.19 0.10 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.08 0.03 0.06 0.15 0.03 0.16 0.07 0.13 0.08 0.11 0.17 0.07 0.08 0.11 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.10 0.08 0.05 0.11 0.06 0.12 0.01 0.10 0.09 0.10 0.12 0.10 0.12 0.06 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00