ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48038

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 8, 8, 8, 5, 5, 2, 4, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.001, 0.012, 0.024, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N1 A 0, -0.001, 0.011, 0.023, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.011 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.002, 0.032, 0.061, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.032 std_dev=0.029
N4 A 0, 0.003, 0.037, 0.071, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.037 std_dev=0.034
C3' A 0, 0.035, 0.128, 0.220, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.128 std_dev=0.093
O3' A 0, 0.069, 0.166, 0.262, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.166 std_dev=0.097
C2' A 0, -0.022, 0.090, 0.202, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.090 std_dev=0.112
O4' A 0, -0.020, 0.111, 0.242, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.111 std_dev=0.131
C4' A 0, 0.011, 0.183, 0.355, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.183 std_dev=0.172
OP2 B 0, 0.128, 0.303, 0.479, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.303 std_dev=0.175
C5 B 0, 0.092, 0.270, 0.448, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.270 std_dev=0.178
C6 B 0, 0.114, 0.295, 0.477, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.295 std_dev=0.182
O2' A 0, -0.032, 0.168, 0.369, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.168 std_dev=0.200
P B 0, 0.154, 0.364, 0.573, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.364 std_dev=0.210
C4 B 0, 0.084, 0.298, 0.512, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.298 std_dev=0.214
O5' B 0, 0.141, 0.366, 0.590, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.366 std_dev=0.224
N4 B 0, 0.091, 0.316, 0.540, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.316 std_dev=0.225
N1 B 0, 0.114, 0.352, 0.590, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.352 std_dev=0.238
N3 B 0, 0.092, 0.356, 0.620, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.356 std_dev=0.264
C2' B 0, 0.133, 0.416, 0.700, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.416 std_dev=0.284
C2 B 0, 0.105, 0.390, 0.674, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.390 std_dev=0.284
OP1 B 0, 0.168, 0.453, 0.738, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.453 std_dev=0.285
C1' B 0, 0.136, 0.424, 0.713, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.424 std_dev=0.288
C5' B 0, 0.175, 0.465, 0.755, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.465 std_dev=0.290
C5' A 0, 0.006, 0.306, 0.605, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.306 std_dev=0.300
O2' B 0, 0.131, 0.433, 0.734, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.433 std_dev=0.302
O4' B 0, 0.146, 0.455, 0.763, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.455 std_dev=0.309
O5' A 0, 0.024, 0.336, 0.648, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.336 std_dev=0.312
C4' B 0, 0.167, 0.499, 0.832, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.499 std_dev=0.333
O2 B 0, 0.131, 0.479, 0.827, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.479 std_dev=0.348
C3' B 0, 0.155, 0.503, 0.851, 1.676 max_d=1.676 avg_d=0.503 std_dev=0.348
P A 0, -0.021, 0.341, 0.704, 2.025 max_d=2.025 avg_d=0.341 std_dev=0.363
OP2 A 0, 0.044, 0.407, 0.770, 1.915 max_d=1.915 avg_d=0.407 std_dev=0.363
OP1 A 0, 0.035, 0.430, 0.825, 2.101 max_d=2.101 avg_d=0.430 std_dev=0.395
O3' B 0, 0.175, 0.593, 1.011, 2.063 max_d=2.063 avg_d=0.593 std_dev=0.418

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.10 0.15 0.09
C2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.03 0.05 0.10 0.14 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.02 0.04 0.04 0.10 0.00 0.02 0.01 0.10 0.13 0.15 0.11
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.07 0.01 0.00 0.01 0.08 0.16 0.11 0.08
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.06 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.04 0.09 0.11 0.13 0.07
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.10 0.04 0.03 0.07 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.14 0.06 0.04
C5 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.10 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.07 0.11 0.11 0.14 0.07
C5' 0.06 0.11 0.06 0.01 0.19 0.00 0.22 0.00 0.21 0.14 0.15 0.20 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.10 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.07 0.09 0.10 0.15 0.07
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.09 0.15 0.08
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02 0.06 0.11 0.13 0.08
N4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.07 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.04 0.04 0.11 0.12 0.12 0.08
O2 0.03 0.01 0.10 0.07 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.16 0.08 0.05 0.06 0.13 0.15 0.10
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.07 0.03 0.07 0.07 0.16 0.00 0.05 0.01 0.12 0.16 0.18 0.14
O3' 0.03 0.05 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.08 0.05 0.00 0.06 0.08 0.20 0.11 0.08
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.05 0.08 0.19 0.09
O5' 0.06 0.05 0.10 0.08 0.09 0.01 0.11 0.01 0.09 0.05 0.06 0.11 0.06 0.12 0.08 0.05 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.10 0.10 0.13 0.16 0.11 0.14 0.11 0.06 0.10 0.09 0.11 0.12 0.13 0.16 0.20 0.08 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.14 0.15 0.11 0.13 0.06 0.14 0.04 0.15 0.15 0.13 0.12 0.15 0.18 0.11 0.19 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.08 0.11 0.08 0.07 0.04 0.07 0.01 0.07 0.08 0.08 0.08 0.10 0.14 0.08 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.10 0.10 0.11 0.13 0.10 0.13 0.10 0.13 0.08 0.14 0.16 0.12 0.11 0.11 0.09 0.10 0.08 0.08 0.06
C2 0.10 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.12 0.08 0.13 0.10 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.07 0.07 0.07 0.06
C2' 0.06 0.11 0.08 0.09 0.12 0.08 0.11 0.07 0.10 0.06 0.15 0.16 0.16 0.10 0.11 0.06 0.07 0.09 0.11 0.07
C3' 0.07 0.13 0.08 0.09 0.14 0.08 0.12 0.08 0.11 0.08 0.16 0.17 0.17 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.10 0.05
C4 0.11 0.12 0.10 0.09 0.10 0.09 0.07 0.08 0.09 0.10 0.12 0.12 0.14 0.13 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.07
C4' 0.09 0.14 0.12 0.12 0.15 0.10 0.13 0.11 0.12 0.10 0.18 0.17 0.17 0.13 0.11 0.09 0.11 0.08 0.08 0.07
C5 0.12 0.19 0.10 0.09 0.16 0.09 0.10 0.08 0.08 0.12 0.20 0.17 0.21 0.15 0.10 0.11 0.07 0.07 0.09 0.05
C5' 0.15 0.23 0.16 0.14 0.22 0.14 0.19 0.15 0.18 0.18 0.25 0.24 0.26 0.15 0.12 0.14 0.17 0.15 0.18 0.16
C6 0.08 0.19 0.07 0.07 0.17 0.07 0.11 0.07 0.09 0.10 0.22 0.18 0.22 0.11 0.08 0.08 0.08 0.07 0.10 0.06
N1 0.06 0.10 0.07 0.08 0.10 0.07 0.10 0.07 0.10 0.06 0.13 0.14 0.13 0.09 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.05
N3 0.11 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.12 0.08 0.13 0.11 0.10 0.10 0.12 0.11 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.07
N4 0.14 0.13 0.14 0.13 0.12 0.13 0.10 0.13 0.11 0.13 0.13 0.13 0.15 0.15 0.13 0.14 0.13 0.11 0.10 0.11
O2 0.12 0.11 0.10 0.09 0.11 0.10 0.16 0.09 0.16 0.13 0.10 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.08 0.07 0.08 0.06
O2' 0.07 0.10 0.09 0.11 0.13 0.09 0.13 0.08 0.11 0.07 0.14 0.17 0.14 0.12 0.12 0.07 0.08 0.12 0.14 0.10
O3' 0.09 0.14 0.10 0.10 0.16 0.09 0.14 0.09 0.13 0.10 0.18 0.19 0.16 0.10 0.10 0.09 0.09 0.07 0.09 0.05
O4' 0.14 0.11 0.17 0.18 0.14 0.16 0.14 0.16 0.14 0.11 0.16 0.18 0.12 0.19 0.18 0.13 0.15 0.12 0.09 0.10
O5' 0.17 0.27 0.13 0.13 0.20 0.14 0.15 0.12 0.14 0.18 0.27 0.21 0.34 0.13 0.14 0.16 0.12 0.10 0.11 0.09
OP1 0.11 0.20 0.11 0.14 0.15 0.12 0.10 0.15 0.10 0.10 0.22 0.18 0.29 0.11 0.15 0.10 0.16 0.22 0.20 0.19
OP2 0.20 0.16 0.20 0.20 0.14 0.20 0.18 0.20 0.20 0.18 0.15 0.14 0.21 0.21 0.21 0.20 0.20 0.17 0.18 0.17
P 0.11 0.17 0.08 0.09 0.11 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.17 0.14 0.25 0.09 0.12 0.10 0.10 0.12 0.13 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.05 0.10 0.12 0.07
C2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03 0.05 0.09 0.12 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.05 0.08 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.15 0.10
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.11 0.07
C4 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.02 0.05 0.08 0.12 0.07
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.08 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02 0.06 0.08 0.11 0.08
C5' 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.05 0.08 0.10 0.07
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.09 0.11 0.07
N3 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03 0.03 0.05 0.09 0.12 0.07
N4 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.03 0.02 0.06 0.08 0.12 0.08
O2 0.03 0.01 0.08 0.05 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.05 0.05 0.05 0.11 0.13 0.07
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.08 0.08 0.11 0.00 0.03 0.02 0.06 0.16 0.19 0.12
O3' 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.00 0.03 0.03 0.11 0.12 0.07
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.00 0.04 0.08 0.08 0.05
O5' 0.05 0.05 0.05 0.03 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.03 0.04 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.10 0.09 0.13 0.11 0.08 0.08 0.08 0.05 0.08 0.09 0.09 0.08 0.11 0.16 0.11 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.12 0.15 0.11 0.12 0.07 0.11 0.02 0.10 0.11 0.12 0.12 0.13 0.19 0.12 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.07 0.10 0.07 0.07 0.03 0.08 0.01 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.12 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00