ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48040

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 6, 3, 5, 15, 4, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.007, 0.014, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.016 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.014, 0.031, 0.048, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.031 std_dev=0.017
N4 A 0, 0.021, 0.044, 0.066, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.044 std_dev=0.022
OP2 B 0, 0.362, 0.550, 0.738, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.550 std_dev=0.188
P B 0, 0.340, 0.549, 0.758, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.549 std_dev=0.209
OP1 B 0, 0.335, 0.601, 0.866, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.601 std_dev=0.266
O5' B 0, 0.439, 0.753, 1.067, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.753 std_dev=0.314
C1' B 0, 0.342, 0.678, 1.015, 1.690 max_d=1.690 avg_d=0.678 std_dev=0.337
C2' B 0, 0.405, 0.813, 1.221, 2.128 max_d=2.128 avg_d=0.813 std_dev=0.408
O4' A 0, -0.219, 0.194, 0.607, 1.953 max_d=1.953 avg_d=0.194 std_dev=0.413
C2' A 0, -0.242, 0.201, 0.644, 2.097 max_d=2.097 avg_d=0.201 std_dev=0.443
N1 B 0, 0.216, 0.676, 1.137, 2.401 max_d=2.401 avg_d=0.676 std_dev=0.461
O4' B 0, 0.148, 0.674, 1.200, 2.774 max_d=2.774 avg_d=0.674 std_dev=0.526
O2 B 0, 0.289, 0.825, 1.362, 2.725 max_d=2.725 avg_d=0.825 std_dev=0.536
C3' A 0, -0.278, 0.300, 0.879, 2.749 max_d=2.749 avg_d=0.300 std_dev=0.578
C4' A 0, -0.307, 0.301, 0.909, 2.870 max_d=2.870 avg_d=0.301 std_dev=0.608
O3' A 0, -0.219, 0.390, 1.000, 2.898 max_d=2.898 avg_d=0.390 std_dev=0.609
O2' A 0, -0.345, 0.287, 0.919, 3.000 max_d=3.000 avg_d=0.287 std_dev=0.632
C3' B 0, 0.231, 0.866, 1.501, 3.382 max_d=3.382 avg_d=0.866 std_dev=0.635
C6 B 0, 0.039, 0.700, 1.361, 3.453 max_d=3.453 avg_d=0.700 std_dev=0.661
C4' B 0, 0.109, 0.783, 1.456, 3.541 max_d=3.541 avg_d=0.783 std_dev=0.673
C2 B 0, 0.105, 0.783, 1.461, 3.496 max_d=3.496 avg_d=0.783 std_dev=0.678
C5' B 0, 0.123, 0.814, 1.506, 3.641 max_d=3.641 avg_d=0.814 std_dev=0.692
O2' B 0, 0.221, 0.957, 1.693, 3.882 max_d=3.882 avg_d=0.957 std_dev=0.736
C5' A 0, -0.455, 0.504, 1.462, 4.509 max_d=4.509 avg_d=0.504 std_dev=0.958
O5' A 0, -0.407, 0.668, 1.743, 5.210 max_d=5.210 avg_d=0.668 std_dev=1.075
OP1 A 0, -0.264, 0.832, 1.928, 5.383 max_d=5.383 avg_d=0.832 std_dev=1.096
N3 B 0, -0.228, 0.897, 2.023, 5.680 max_d=5.680 avg_d=0.897 std_dev=1.126
C5 B 0, -0.345, 0.804, 1.954, 5.748 max_d=5.748 avg_d=0.804 std_dev=1.150
O3' B 0, -0.074, 1.082, 2.239, 5.956 max_d=5.956 avg_d=1.082 std_dev=1.157
P A 0, -0.574, 0.642, 1.859, 5.824 max_d=5.824 avg_d=0.642 std_dev=1.217
OP2 A 0, -0.372, 0.895, 2.162, 6.258 max_d=6.258 avg_d=0.895 std_dev=1.267
C4 B 0, -0.475, 0.903, 2.281, 6.843 max_d=6.843 avg_d=0.903 std_dev=1.378
N4 B 0, -0.801, 1.064, 2.930, 9.146 max_d=9.146 avg_d=1.064 std_dev=1.865

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.01 0.17 0.23 0.43 0.21
C2 0.01 0.00 0.15 0.18 0.01 0.04 0.02 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.11 0.24 0.26 0.56 0.30
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.03 0.01 0.13 0.09 0.17 0.02 0.11 0.04 0.29 0.00 0.02 0.01 0.13 0.33 0.44 0.23
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.17 0.01 0.13 0.02 0.10 0.11 0.19 0.18 0.21 0.03 0.01 0.02 0.17 0.18 0.26 0.07
C4 0.01 0.01 0.03 0.17 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.15 0.11 0.03 0.22 0.25 0.65 0.30
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.13 0.06 0.06 0.10 0.07 0.15 0.02 0.00 0.02 0.15 0.22 0.03
C5 0.02 0.02 0.13 0.13 0.00 0.13 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.09 0.09 0.21 0.25 0.65 0.27
C5' 0.06 0.14 0.09 0.02 0.20 0.01 0.23 0.00 0.21 0.13 0.17 0.22 0.14 0.07 0.12 0.02 0.01 0.15 0.20 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.10 0.01 0.13 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.26 0.08 0.13 0.21 0.24 0.59 0.25
N1 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.04 0.01 0.21 0.24 0.53 0.26
N3 0.01 0.00 0.11 0.19 0.00 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.09 0.24 0.26 0.61 0.31
N4 0.01 0.01 0.04 0.18 0.00 0.10 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.13 0.03 0.21 0.25 0.66 0.30
O2 0.02 0.01 0.29 0.21 0.02 0.07 0.02 0.14 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.25 0.13 0.19 0.26 0.27 0.52 0.30
O2' 0.02 0.08 0.00 0.03 0.15 0.15 0.26 0.07 0.26 0.09 0.06 0.17 0.25 0.00 0.06 0.11 0.07 0.28 0.43 0.19
O3' 0.11 0.09 0.02 0.01 0.11 0.02 0.09 0.12 0.08 0.04 0.12 0.13 0.13 0.06 0.00 0.08 0.28 0.17 0.38 0.20
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.03 0.00 0.09 0.02 0.13 0.01 0.09 0.03 0.19 0.11 0.08 0.00 0.22 0.23 0.34 0.20
O5' 0.17 0.24 0.13 0.17 0.22 0.02 0.21 0.01 0.21 0.21 0.24 0.21 0.26 0.07 0.28 0.22 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.23 0.26 0.33 0.18 0.25 0.15 0.25 0.15 0.24 0.24 0.26 0.25 0.27 0.28 0.17 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 0.56 0.44 0.26 0.65 0.22 0.65 0.20 0.59 0.53 0.61 0.66 0.52 0.43 0.38 0.34 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.30 0.23 0.07 0.30 0.03 0.27 0.02 0.25 0.26 0.31 0.30 0.30 0.19 0.20 0.20 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.43 0.48 0.29 0.43 0.37 0.25 0.31 0.22 0.31 0.40 0.44 0.37 0.58 0.31 0.67 0.47 0.24 0.29 0.18 0.16
C2 0.40 0.17 0.16 0.22 0.41 0.31 0.33 0.25 0.16 0.18 0.28 0.56 0.28 0.31 0.33 0.54 0.18 0.25 0.16 0.13
C2' 0.38 0.46 0.35 0.56 0.34 0.25 0.25 0.27 0.24 0.34 0.44 0.37 0.59 0.35 0.87 0.40 0.34 0.11 0.15 0.16
C3' 0.26 0.40 0.49 0.69 0.46 0.31 0.37 0.30 0.28 0.29 0.47 0.55 0.45 0.51 1.07 0.31 0.31 0.22 0.18 0.13
C4 0.37 0.17 0.09 0.12 0.38 0.32 0.35 0.27 0.18 0.18 0.25 0.51 0.24 0.25 0.22 0.56 0.14 0.23 0.15 0.12
C4' 0.25 0.34 0.68 0.84 0.51 0.47 0.38 0.43 0.23 0.22 0.48 0.67 0.37 0.73 1.21 0.23 0.39 0.22 0.15 0.13
C5 0.38 0.32 0.13 0.29 0.22 0.19 0.23 0.17 0.27 0.33 0.27 0.20 0.36 0.15 0.48 0.50 0.20 0.26 0.17 0.14
C5' 0.44 0.30 0.99 1.16 0.57 0.79 0.43 0.71 0.24 0.25 0.48 0.81 0.36 1.11 1.61 0.39 0.58 0.23 0.23 0.27
C6 0.41 0.46 0.20 0.39 0.39 0.20 0.35 0.19 0.36 0.42 0.44 0.37 0.48 0.20 0.64 0.49 0.23 0.28 0.18 0.15
N1 0.42 0.35 0.20 0.35 0.21 0.23 0.20 0.20 0.23 0.33 0.27 0.23 0.45 0.24 0.55 0.51 0.22 0.28 0.17 0.15
N3 0.39 0.21 0.14 0.12 0.61 0.38 0.52 0.31 0.26 0.16 0.44 0.80 0.23 0.35 0.18 0.58 0.14 0.23 0.15 0.12
N4 0.35 0.20 0.16 0.10 0.53 0.41 0.52 0.37 0.27 0.18 0.36 0.69 0.21 0.32 0.11 0.55 0.11 0.22 0.15 0.13
O2 0.38 0.19 0.20 0.22 0.56 0.34 0.43 0.27 0.21 0.16 0.44 0.76 0.24 0.38 0.29 0.52 0.17 0.25 0.15 0.13
O2' 0.53 0.60 0.33 0.46 0.38 0.28 0.27 0.27 0.30 0.46 0.54 0.38 0.79 0.44 0.72 0.50 0.34 0.12 0.23 0.21
O3' 0.24 0.32 0.52 0.70 0.36 0.32 0.28 0.31 0.21 0.23 0.36 0.45 0.39 0.54 1.06 0.29 0.32 0.21 0.16 0.12
O4' 0.26 0.38 0.52 0.65 0.47 0.33 0.37 0.31 0.27 0.28 0.47 0.56 0.41 0.53 0.94 0.28 0.31 0.34 0.19 0.17
O5' 0.67 0.40 1.23 1.39 0.43 0.98 0.34 0.87 0.32 0.44 0.39 0.62 0.51 1.31 1.81 0.58 0.73 0.28 0.30 0.38
OP1 0.70 0.38 1.23 1.48 0.70 1.18 0.53 1.09 0.32 0.39 0.55 1.03 0.44 1.44 2.07 0.69 0.80 0.29 0.32 0.43
OP2 0.97 0.57 1.47 1.80 0.25 1.43 0.36 1.43 0.62 0.72 0.36 0.24 0.66 1.49 2.21 0.96 1.30 0.74 0.80 0.93
P 0.81 0.40 1.36 1.63 0.36 1.25 0.25 1.16 0.33 0.50 0.32 0.60 0.53 1.47 2.16 0.77 0.94 0.33 0.41 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.07 0.25 0.18 0.09
C2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.03 0.12 0.42 0.12 0.10
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03 0.07 0.02 0.06 0.04 0.14 0.00 0.03 0.01 0.06 0.18 0.11 0.07
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.08 0.04 0.08 0.07 0.13 0.03 0.01 0.01 0.06 0.13 0.08 0.07
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.15 0.56 0.22 0.13
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.05 0.07 0.06 0.02 0.00 0.02 0.08 0.21 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.08 0.03 0.16 0.57 0.25 0.14
C5' 0.02 0.06 0.03 0.03 0.09 0.01 0.11 0.00 0.09 0.06 0.07 0.10 0.07 0.06 0.04 0.01 0.02 0.18 0.21 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.08 0.03 0.14 0.47 0.17 0.12
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.11 0.38 0.12 0.10
N3 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.10 0.02 0.14 0.50 0.15 0.11
N4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.08 0.02 0.16 0.61 0.28 0.14
O2 0.05 0.01 0.14 0.13 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.11 0.16 0.07 0.12 0.36 0.14 0.11
O2' 0.02 0.05 0.00 0.03 0.04 0.06 0.06 0.06 0.05 0.02 0.04 0.05 0.11 0.00 0.07 0.05 0.06 0.12 0.18 0.08
O3' 0.02 0.10 0.03 0.01 0.07 0.02 0.08 0.04 0.08 0.04 0.10 0.08 0.16 0.07 0.00 0.02 0.08 0.17 0.07 0.08
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.07 0.05 0.02 0.00 0.06 0.18 0.26 0.10
O5' 0.07 0.12 0.06 0.06 0.15 0.02 0.16 0.02 0.14 0.11 0.14 0.16 0.12 0.06 0.08 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.25 0.42 0.18 0.13 0.56 0.08 0.57 0.18 0.47 0.38 0.50 0.61 0.36 0.12 0.17 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.12 0.11 0.08 0.22 0.21 0.25 0.21 0.17 0.12 0.15 0.28 0.14 0.18 0.07 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.10 0.07 0.07 0.13 0.04 0.14 0.02 0.12 0.10 0.11 0.14 0.11 0.08 0.08 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00