ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48044

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 7, 4, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N4 A 0, 0.023, 0.050, 0.077, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.050 std_dev=0.027
O2 A 0, 0.019, 0.046, 0.073, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.046 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.006, 0.153, 0.301, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.153 std_dev=0.148
P B 0, 0.215, 0.363, 0.511, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.363 std_dev=0.148
O4' A 0, -0.032, 0.122, 0.276, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.122 std_dev=0.154
OP1 B 0, 0.234, 0.413, 0.592, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.413 std_dev=0.179
OP2 B 0, 0.202, 0.387, 0.573, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.387 std_dev=0.185
C4' A 0, -0.014, 0.189, 0.392, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.189 std_dev=0.203
O5' B 0, 0.129, 0.444, 0.759, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.444 std_dev=0.315
O2' A 0, -0.026, 0.327, 0.679, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.327 std_dev=0.352
C3' A 0, -0.057, 0.305, 0.666, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.305 std_dev=0.362
C5' A 0, -0.123, 0.349, 0.820, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.349 std_dev=0.471
O5' A 0, -0.073, 0.447, 0.967, 1.974 max_d=1.974 avg_d=0.447 std_dev=0.520
O4' B 0, 0.113, 0.642, 1.172, 2.403 max_d=2.403 avg_d=0.642 std_dev=0.530
C4' B 0, 0.030, 0.598, 1.165, 2.508 max_d=2.508 avg_d=0.598 std_dev=0.567
C5' B 0, -0.041, 0.558, 1.157, 2.259 max_d=2.259 avg_d=0.558 std_dev=0.599
O3' A 0, -0.184, 0.523, 1.230, 2.869 max_d=2.869 avg_d=0.523 std_dev=0.707
C1' B 0, 0.056, 0.783, 1.510, 3.268 max_d=3.268 avg_d=0.783 std_dev=0.727
C3' B 0, -0.064, 0.667, 1.399, 3.327 max_d=3.327 avg_d=0.667 std_dev=0.731
C6 B 0, 0.054, 0.812, 1.571, 3.483 max_d=3.483 avg_d=0.812 std_dev=0.759
O3' B 0, -0.111, 0.724, 1.559, 3.683 max_d=3.683 avg_d=0.724 std_dev=0.835
N1 B 0, 0.012, 0.868, 1.725, 3.811 max_d=3.811 avg_d=0.868 std_dev=0.857
C2' B 0, -0.080, 0.808, 1.696, 3.852 max_d=3.852 avg_d=0.808 std_dev=0.888
P A 0, -0.146, 0.745, 1.636, 3.328 max_d=3.328 avg_d=0.745 std_dev=0.891
C5 B 0, 0.010, 0.903, 1.797, 4.010 max_d=4.010 avg_d=0.903 std_dev=0.894
O2' B 0, -0.169, 0.902, 1.972, 4.305 max_d=4.305 avg_d=0.902 std_dev=1.070
C2 B 0, -0.084, 1.033, 2.149, 4.753 max_d=4.753 avg_d=1.033 std_dev=1.117
C4 B 0, -0.106, 1.057, 2.220, 4.940 max_d=4.940 avg_d=1.057 std_dev=1.163
O2 B 0, -0.108, 1.113, 2.335, 5.132 max_d=5.132 avg_d=1.113 std_dev=1.222
OP1 A 0, -0.213, 1.011, 2.235, 4.251 max_d=4.251 avg_d=1.011 std_dev=1.224
N3 B 0, -0.152, 1.120, 2.392, 5.300 max_d=5.300 avg_d=1.120 std_dev=1.272
N4 B 0, -0.162, 1.160, 2.482, 5.486 max_d=5.486 avg_d=1.160 std_dev=1.322
OP2 A 0, -0.514, 1.120, 2.754, 5.511 max_d=5.511 avg_d=1.120 std_dev=1.634

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.00 0.15 0.34 0.25 0.11
C2 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.25 0.10 0.03 0.31 0.40 0.56 0.28
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.08 0.02 0.06 0.04 0.13 0.00 0.02 0.01 0.17 0.21 0.27 0.10
C3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.21 0.01 0.28 0.04 0.27 0.14 0.13 0.23 0.08 0.02 0.01 0.01 0.24 0.29 0.23 0.14
C4 0.01 0.00 0.04 0.21 0.00 0.10 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.15 0.02 0.45 0.49 0.95 0.53
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.06 0.10 0.04 0.18 0.02 0.00 0.02 0.24 0.37 0.18
C5 0.01 0.00 0.06 0.28 0.00 0.13 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.25 0.03 0.49 0.49 0.98 0.57
C5' 0.03 0.10 0.07 0.04 0.20 0.01 0.24 0.00 0.21 0.12 0.15 0.22 0.06 0.11 0.14 0.02 0.01 0.21 0.31 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.27 0.00 0.12 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.22 0.04 0.43 0.40 0.73 0.44
N1 0.00 0.01 0.02 0.14 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.07 0.01 0.31 0.36 0.49 0.26
N3 0.01 0.00 0.06 0.13 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.07 0.03 0.38 0.45 0.77 0.40
N4 0.01 0.01 0.04 0.23 0.00 0.10 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.18 0.03 0.48 0.54 1.09 0.60
O2 0.02 0.00 0.13 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.35 0.24 0.05 0.24 0.38 0.43 0.17
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.18 0.18 0.09 0.11 0.05 0.10 0.25 0.20 0.35 0.00 0.06 0.13 0.24 0.25 0.20 0.13
O3' 0.13 0.10 0.02 0.01 0.15 0.02 0.25 0.14 0.22 0.07 0.07 0.18 0.24 0.06 0.00 0.10 0.28 0.55 0.24 0.21
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.13 0.10 0.00 0.05 0.42 0.26 0.19
O5' 0.15 0.31 0.17 0.24 0.45 0.02 0.49 0.01 0.43 0.31 0.38 0.48 0.24 0.24 0.28 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.34 0.40 0.21 0.29 0.49 0.24 0.49 0.21 0.40 0.36 0.45 0.54 0.38 0.25 0.55 0.42 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.56 0.27 0.23 0.95 0.37 0.98 0.31 0.73 0.49 0.77 1.09 0.43 0.20 0.24 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.28 0.10 0.14 0.53 0.18 0.57 0.01 0.44 0.26 0.40 0.60 0.17 0.13 0.21 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.66 0.85 0.84 0.79 0.84 0.55 0.74 0.47 0.69 0.74 0.89 0.87 0.89 0.94 0.89 0.50 0.34 0.14 0.17 0.10
C2 0.56 0.70 0.72 0.74 0.71 0.50 0.64 0.47 0.60 0.62 0.73 0.73 0.72 0.80 0.83 0.44 0.34 0.09 0.21 0.13
C2' 0.80 0.95 1.00 0.94 0.90 0.71 0.81 0.64 0.78 0.85 0.97 0.92 1.00 1.14 1.04 0.64 0.41 0.06 0.20 0.15
C3' 1.12 1.28 1.31 1.21 1.23 1.02 1.13 0.92 1.10 1.18 1.30 1.24 1.33 1.46 1.30 0.96 0.69 0.24 0.45 0.42
C4 0.45 0.56 0.59 0.64 0.59 0.42 0.55 0.41 0.51 0.52 0.60 0.61 0.57 0.64 0.70 0.36 0.32 0.10 0.22 0.14
C4' 0.90 1.13 1.09 0.97 1.10 0.74 0.98 0.62 0.92 0.99 1.17 1.14 1.18 1.21 1.07 0.71 0.48 0.13 0.27 0.23
C5 0.51 0.64 0.64 0.68 0.66 0.46 0.62 0.43 0.58 0.59 0.68 0.68 0.64 0.69 0.72 0.41 0.35 0.12 0.18 0.12
C5' 1.03 1.29 1.24 1.10 1.28 0.84 1.14 0.72 1.07 1.14 1.34 1.32 1.33 1.32 1.19 0.82 0.60 0.25 0.41 0.37
C6 0.59 0.75 0.75 0.75 0.76 0.52 0.69 0.46 0.65 0.68 0.79 0.78 0.77 0.81 0.82 0.47 0.35 0.14 0.17 0.11
N1 0.61 0.77 0.78 0.77 0.77 0.53 0.69 0.47 0.65 0.68 0.81 0.80 0.79 0.86 0.85 0.47 0.34 0.12 0.19 0.11
N3 0.48 0.60 0.64 0.68 0.62 0.45 0.57 0.44 0.53 0.55 0.64 0.64 0.61 0.71 0.76 0.38 0.32 0.10 0.23 0.14
N4 0.36 0.44 0.47 0.54 0.48 0.34 0.45 0.35 0.42 0.41 0.47 0.49 0.44 0.52 0.60 0.29 0.28 0.14 0.24 0.15
O2 0.57 0.72 0.75 0.75 0.72 0.52 0.65 0.48 0.60 0.64 0.75 0.75 0.75 0.84 0.85 0.45 0.34 0.09 0.22 0.13
O2' 0.82 0.97 1.04 0.96 0.89 0.71 0.77 0.59 0.75 0.85 0.98 0.90 1.05 1.22 1.10 0.63 0.36 0.15 0.12 0.08
O3' 1.32 1.45 1.50 1.34 1.34 1.19 1.23 1.05 1.22 1.34 1.44 1.34 1.54 1.72 1.42 1.16 0.79 0.31 0.47 0.50
O4' 0.65 0.89 0.83 0.75 0.90 0.49 0.79 0.40 0.71 0.76 0.95 0.95 0.93 0.91 0.84 0.47 0.30 0.22 0.16 0.10
O5' 1.09 1.29 1.25 1.16 1.32 0.97 1.24 0.90 1.18 1.21 1.35 1.35 1.29 1.30 1.19 0.94 0.77 0.35 0.59 0.56
OP1 1.32 1.55 1.46 1.16 1.52 1.01 1.40 0.72 1.34 1.42 1.58 1.54 1.60 1.65 1.10 1.09 0.76 0.37 0.71 0.59
OP2 1.96 2.04 1.98 1.82 2.03 1.98 1.98 1.93 1.97 2.00 2.05 2.03 2.03 2.06 1.59 1.94 1.64 1.32 1.36 1.47
P 1.56 1.71 1.68 1.52 1.70 1.41 1.62 1.23 1.58 1.64 1.74 1.71 1.71 1.75 1.48 1.40 1.09 0.60 0.84 0.86

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.09 0.11 0.12 0.07
C2 0.01 0.00 0.10 0.17 0.01 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.23 0.04 0.20 0.18 0.10 0.16
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.08 0.03 0.08 0.09 0.08 0.05 0.09 0.08 0.15 0.00 0.08 0.01 0.14 0.13 0.12 0.09
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.21 0.01 0.20 0.03 0.16 0.13 0.20 0.23 0.15 0.02 0.01 0.01 0.23 0.18 0.11 0.16
C4 0.01 0.01 0.08 0.21 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.29 0.02 0.30 0.26 0.21 0.25
C4' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.05 0.07 0.04 0.16 0.07 0.00 0.02 0.08 0.20 0.03
C5 0.01 0.00 0.08 0.20 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.25 0.02 0.31 0.27 0.20 0.27
C5' 0.07 0.11 0.09 0.03 0.16 0.01 0.18 0.00 0.16 0.12 0.13 0.17 0.09 0.08 0.11 0.02 0.01 0.13 0.28 0.02
C6 0.01 0.00 0.08 0.16 0.01 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.19 0.03 0.27 0.22 0.11 0.21
N1 0.00 0.01 0.05 0.13 0.01 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.16 0.01 0.19 0.17 0.08 0.15
N3 0.01 0.00 0.09 0.20 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.29 0.03 0.25 0.22 0.16 0.21
N4 0.01 0.01 0.08 0.23 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.33 0.02 0.32 0.28 0.26 0.28
O2 0.02 0.01 0.15 0.15 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.23 0.05 0.15 0.15 0.09 0.12
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.09 0.16 0.09 0.08 0.08 0.05 0.09 0.11 0.09 0.00 0.10 0.09 0.16 0.17 0.11 0.13
O3' 0.03 0.23 0.08 0.01 0.29 0.07 0.25 0.11 0.19 0.16 0.29 0.33 0.23 0.10 0.00 0.04 0.24 0.21 0.16 0.19
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.09 0.04 0.00 0.08 0.12 0.18 0.08
O5' 0.09 0.20 0.14 0.23 0.30 0.02 0.31 0.01 0.27 0.19 0.25 0.32 0.15 0.16 0.24 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.11 0.18 0.13 0.18 0.26 0.08 0.27 0.13 0.22 0.17 0.22 0.28 0.15 0.17 0.21 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.10 0.12 0.11 0.21 0.20 0.20 0.28 0.11 0.08 0.16 0.26 0.09 0.11 0.16 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.16 0.09 0.16 0.25 0.03 0.27 0.02 0.21 0.15 0.21 0.28 0.12 0.13 0.19 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00