ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48045

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 2, 4, 0, 1, 1, 2, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.011, 0.019, 0.027, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.007, 0.022, 0.036, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.017, 0.031, 0.046, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.031 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.022, 0.043, 0.065, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.043 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.014, 0.062, 0.110, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.062 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.106, 0.319, 0.532, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.319 std_dev=0.213
C2' A 0, 0.139, 0.355, 0.571, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.355 std_dev=0.216
C4' A 0, 0.315, 0.611, 0.906, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.611 std_dev=0.295
P B 0, 0.201, 0.509, 0.817, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.509 std_dev=0.308
O5' B 0, 0.276, 0.590, 0.904, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.590 std_dev=0.314
O3' B 0, 0.542, 0.939, 1.335, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.939 std_dev=0.397
C3' B 0, 0.619, 1.032, 1.445, 1.474 max_d=1.474 avg_d=1.032 std_dev=0.413
C5' B 0, 0.590, 1.008, 1.425, 1.502 max_d=1.502 avg_d=1.008 std_dev=0.418
OP2 B 0, 0.399, 0.845, 1.292, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.845 std_dev=0.447
C4' B 0, 0.710, 1.186, 1.662, 1.843 max_d=1.843 avg_d=1.186 std_dev=0.476
C5' A 0, 0.434, 0.945, 1.457, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.945 std_dev=0.511
OP1 B 0, 0.501, 1.020, 1.540, 1.768 max_d=1.768 avg_d=1.020 std_dev=0.520
O2' A 0, 0.217, 0.745, 1.272, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.745 std_dev=0.527
C3' A 0, 0.372, 0.924, 1.475, 1.927 max_d=1.927 avg_d=0.924 std_dev=0.551
O4' B 0, 0.863, 1.433, 2.003, 2.111 max_d=2.111 avg_d=1.433 std_dev=0.570
C2' B 0, 0.791, 1.367, 1.944, 2.069 max_d=2.069 avg_d=1.367 std_dev=0.577
C6 B 0, 1.054, 1.663, 2.272, 2.334 max_d=2.334 avg_d=1.663 std_dev=0.609
N1 B 0, 0.959, 1.577, 2.196, 2.188 max_d=2.188 avg_d=1.577 std_dev=0.619
C1' B 0, 0.908, 1.545, 2.182, 2.305 max_d=2.305 avg_d=1.545 std_dev=0.637
C5 B 0, 1.127, 1.789, 2.451, 2.499 max_d=2.499 avg_d=1.789 std_dev=0.662
C4 B 0, 1.112, 1.793, 2.474, 2.399 max_d=2.399 avg_d=1.793 std_dev=0.681
O2' B 0, 0.873, 1.602, 2.331, 2.730 max_d=2.730 avg_d=1.602 std_dev=0.729
N4 B 0, 1.191, 1.944, 2.697, 2.804 max_d=2.804 avg_d=1.944 std_dev=0.753
C2 B 0, 0.857, 1.612, 2.367, 2.545 max_d=2.545 avg_d=1.612 std_dev=0.755
N3 B 0, 0.932, 1.707, 2.481, 2.700 max_d=2.700 avg_d=1.707 std_dev=0.774
O5' A 0, 0.485, 1.325, 2.165, 4.027 max_d=4.027 avg_d=1.325 std_dev=0.840
O2 B 0, 0.759, 1.642, 2.524, 2.884 max_d=2.884 avg_d=1.642 std_dev=0.883
P A 0, -0.269, 0.800, 1.869, 5.015 max_d=5.015 avg_d=0.800 std_dev=1.069
OP2 A 0, -0.358, 0.778, 1.914, 5.301 max_d=5.301 avg_d=0.778 std_dev=1.136
OP1 A 0, -0.232, 0.910, 2.052, 5.396 max_d=5.396 avg_d=0.910 std_dev=1.142
O3' A 0, 0.451, 1.613, 2.775, 3.672 max_d=3.672 avg_d=1.613 std_dev=1.162

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.03 0.03 0.09 0.02 0.33 0.01 0.24 0.24 0.37 0.23
C2 0.04 0.00 0.10 0.20 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.31 0.25 0.07 0.40 0.37 0.42 0.39
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.07 0.02 0.11 0.20 0.13 0.04 0.08 0.08 0.18 0.01 0.04 0.02 0.34 0.38 0.58 0.36
C3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.40 0.01 0.46 0.03 0.41 0.24 0.29 0.43 0.12 0.02 0.01 0.03 0.25 0.30 0.36 0.24
C4 0.03 0.01 0.07 0.40 0.00 0.18 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.39 0.21 0.03 0.64 0.65 0.69 0.66
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.18 0.00 0.23 0.01 0.22 0.10 0.10 0.19 0.10 0.31 0.03 0.01 0.02 0.17 0.27 0.06
C5 0.02 0.02 0.11 0.46 0.01 0.23 0.00 0.26 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.36 0.34 0.07 0.70 0.71 0.74 0.71
C5' 0.07 0.08 0.20 0.03 0.21 0.01 0.26 0.00 0.21 0.09 0.13 0.25 0.10 0.11 0.22 0.02 0.02 0.22 0.26 0.02
C6 0.03 0.02 0.13 0.41 0.01 0.22 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.29 0.27 0.08 0.61 0.58 0.58 0.57
N1 0.02 0.01 0.04 0.24 0.02 0.10 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.23 0.12 0.02 0.42 0.39 0.43 0.39
N3 0.03 0.01 0.08 0.29 0.01 0.10 0.02 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.37 0.16 0.05 0.51 0.50 0.54 0.52
N4 0.03 0.02 0.08 0.43 0.01 0.19 0.01 0.25 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.43 0.26 0.04 0.69 0.74 0.80 0.74
O2 0.09 0.01 0.18 0.12 0.02 0.10 0.03 0.10 0.03 0.04 0.02 0.03 0.00 0.29 0.49 0.14 0.28 0.25 0.35 0.28
O2' 0.02 0.31 0.01 0.02 0.39 0.31 0.36 0.11 0.29 0.23 0.37 0.43 0.29 0.00 0.06 0.22 0.26 0.29 0.60 0.26
O3' 0.33 0.25 0.04 0.01 0.21 0.03 0.34 0.22 0.27 0.12 0.16 0.26 0.49 0.06 0.00 0.23 0.40 0.60 0.49 0.45
O4' 0.01 0.07 0.02 0.03 0.03 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.05 0.04 0.14 0.22 0.23 0.00 0.25 0.28 0.34 0.25
O5' 0.24 0.40 0.34 0.25 0.64 0.02 0.70 0.02 0.61 0.42 0.51 0.69 0.28 0.26 0.40 0.25 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.24 0.37 0.38 0.30 0.65 0.17 0.71 0.22 0.58 0.39 0.50 0.74 0.25 0.29 0.60 0.28 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.42 0.58 0.36 0.69 0.27 0.74 0.26 0.58 0.43 0.54 0.80 0.35 0.60 0.49 0.34 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.39 0.36 0.24 0.66 0.06 0.71 0.02 0.57 0.39 0.52 0.74 0.28 0.26 0.45 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.45 0.56 0.47 0.32 0.45 0.32 0.54 0.28 0.47 0.43 0.51 0.50 0.77 0.55 0.28 0.38 0.28 0.26 0.18 0.18
C2 0.45 0.60 0.44 0.27 0.47 0.28 0.51 0.23 0.45 0.46 0.59 0.49 0.72 0.49 0.20 0.36 0.24 0.24 0.14 0.15
C2' 0.38 0.54 0.39 0.33 0.45 0.33 0.53 0.34 0.45 0.38 0.52 0.50 0.75 0.47 0.35 0.34 0.34 0.35 0.26 0.24
C3' 0.33 0.45 0.37 0.41 0.41 0.41 0.46 0.49 0.39 0.30 0.46 0.48 0.66 0.42 0.47 0.34 0.42 0.57 0.47 0.44
C4 0.36 0.47 0.36 0.23 0.40 0.24 0.40 0.23 0.37 0.38 0.47 0.43 0.54 0.37 0.17 0.31 0.22 0.26 0.15 0.16
C4' 0.34 0.47 0.37 0.34 0.48 0.34 0.51 0.35 0.43 0.34 0.49 0.54 0.65 0.45 0.37 0.33 0.30 0.36 0.27 0.24
C5 0.33 0.42 0.34 0.24 0.34 0.26 0.39 0.28 0.35 0.33 0.39 0.37 0.51 0.34 0.19 0.31 0.25 0.27 0.19 0.16
C5' 0.43 0.50 0.46 0.48 0.47 0.49 0.50 0.49 0.46 0.41 0.50 0.51 0.67 0.50 0.53 0.46 0.40 0.45 0.34 0.35
C6 0.38 0.46 0.39 0.28 0.37 0.29 0.46 0.29 0.42 0.37 0.42 0.39 0.60 0.41 0.22 0.34 0.28 0.28 0.20 0.18
N1 0.43 0.55 0.44 0.29 0.42 0.29 0.51 0.26 0.45 0.42 0.51 0.45 0.71 0.49 0.23 0.35 0.27 0.26 0.17 0.16
N3 0.42 0.56 0.41 0.25 0.47 0.25 0.47 0.22 0.42 0.45 0.57 0.49 0.64 0.43 0.18 0.34 0.22 0.25 0.15 0.16
N4 0.33 0.42 0.33 0.23 0.40 0.23 0.34 0.24 0.33 0.36 0.44 0.45 0.47 0.33 0.18 0.30 0.22 0.31 0.19 0.21
O2 0.48 0.64 0.46 0.28 0.50 0.29 0.52 0.23 0.46 0.49 0.64 0.53 0.78 0.54 0.22 0.38 0.24 0.24 0.14 0.15
O2' 0.46 0.63 0.48 0.33 0.52 0.32 0.59 0.34 0.48 0.44 0.59 0.61 0.90 0.63 0.36 0.36 0.38 0.43 0.45 0.36
O3' 0.32 0.66 0.31 0.36 0.76 0.34 0.65 0.45 0.49 0.42 0.79 0.90 0.80 0.40 0.53 0.26 0.37 0.66 0.45 0.43
O4' 0.41 0.47 0.45 0.34 0.48 0.35 0.54 0.31 0.46 0.37 0.46 0.54 0.67 0.55 0.32 0.38 0.29 0.26 0.20 0.19
O5' 0.65 0.51 0.66 0.83 0.51 0.85 0.65 0.94 0.68 0.58 0.47 0.50 0.57 0.65 0.85 0.77 0.93 0.96 0.84 0.90
OP1 0.90 0.62 0.89 1.13 0.54 1.25 0.69 1.36 0.80 0.76 0.52 0.47 0.66 0.89 1.27 1.10 1.25 1.37 1.10 1.25
OP2 0.90 0.65 0.81 1.06 0.61 1.24 0.76 1.44 0.86 0.79 0.57 0.55 0.65 0.74 1.05 1.13 1.35 1.43 1.21 1.35
P 0.89 0.65 0.86 1.10 0.59 1.19 0.73 1.30 0.83 0.78 0.56 0.52 0.66 0.81 1.18 1.08 1.21 1.24 1.05 1.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.10 0.10 0.18 0.13
C2 0.03 0.00 0.11 0.12 0.02 0.05 0.02 0.12 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.14 0.06 0.16 0.20 0.29 0.23
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.09 0.02 0.13 0.03 0.14 0.05 0.09 0.10 0.22 0.01 0.02 0.01 0.11 0.12 0.19 0.11
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.16 0.01 0.21 0.03 0.21 0.08 0.13 0.17 0.20 0.03 0.02 0.02 0.19 0.20 0.20 0.14
C4 0.04 0.02 0.09 0.16 0.00 0.11 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.18 0.06 0.21 0.31 0.38 0.30
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.14 0.06 0.07 0.13 0.07 0.07 0.03 0.00 0.02 0.09 0.15 0.05
C5 0.04 0.02 0.13 0.21 0.01 0.15 0.00 0.24 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.10 0.24 0.07 0.20 0.30 0.36 0.28
C5' 0.04 0.12 0.03 0.03 0.21 0.01 0.24 0.00 0.21 0.11 0.16 0.24 0.10 0.07 0.04 0.01 0.02 0.13 0.17 0.03
C6 0.04 0.02 0.14 0.21 0.01 0.14 0.01 0.21 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.10 0.22 0.07 0.16 0.22 0.26 0.21
N1 0.02 0.01 0.05 0.08 0.02 0.06 0.02 0.11 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.08 0.03 0.14 0.16 0.23 0.18
N3 0.04 0.01 0.09 0.13 0.01 0.07 0.01 0.16 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.12 0.15 0.07 0.19 0.26 0.35 0.27
N4 0.04 0.02 0.10 0.17 0.01 0.13 0.02 0.24 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.10 0.21 0.06 0.24 0.38 0.44 0.35
O2 0.04 0.01 0.22 0.20 0.02 0.07 0.03 0.10 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.21 0.24 0.07 0.17 0.18 0.31 0.23
O2' 0.02 0.12 0.01 0.03 0.09 0.07 0.10 0.07 0.10 0.05 0.12 0.10 0.21 0.00 0.05 0.06 0.07 0.13 0.17 0.09
O3' 0.02 0.14 0.02 0.02 0.18 0.03 0.24 0.04 0.22 0.08 0.15 0.21 0.24 0.05 0.00 0.03 0.25 0.33 0.25 0.22
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.07 0.06 0.07 0.06 0.03 0.00 0.18 0.19 0.21 0.19
O5' 0.10 0.16 0.11 0.19 0.21 0.02 0.20 0.02 0.16 0.14 0.19 0.24 0.17 0.07 0.25 0.18 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.10 0.20 0.12 0.20 0.31 0.09 0.30 0.13 0.22 0.16 0.26 0.38 0.18 0.13 0.33 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.29 0.19 0.20 0.38 0.15 0.36 0.17 0.26 0.23 0.35 0.44 0.31 0.17 0.25 0.21 0.04 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.23 0.11 0.14 0.30 0.05 0.28 0.03 0.21 0.18 0.27 0.35 0.23 0.09 0.22 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00