ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48046

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 5, 0, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N4 A 0, 0.024, 0.047, 0.069, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.047 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.015, 0.041, 0.067, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.041 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.032, 0.123, 0.214, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.123 std_dev=0.091
C2' A 0, 0.025, 0.131, 0.236, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.131 std_dev=0.106
O2' A 0, 0.047, 0.182, 0.317, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.182 std_dev=0.135
C4' A 0, 0.055, 0.200, 0.345, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.200 std_dev=0.145
OP1 B 0, 0.110, 0.269, 0.428, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.269 std_dev=0.159
C3' A 0, 0.046, 0.208, 0.371, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.208 std_dev=0.162
P B 0, 0.120, 0.292, 0.465, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.292 std_dev=0.172
OP2 B 0, 0.133, 0.333, 0.533, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.333 std_dev=0.200
P A 0, 0.133, 0.352, 0.572, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.352 std_dev=0.220
O5' B 0, 0.086, 0.315, 0.544, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.315 std_dev=0.229
O3' A 0, 0.071, 0.308, 0.545, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.308 std_dev=0.237
C5' A 0, 0.084, 0.322, 0.560, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.322 std_dev=0.238
O5' A 0, 0.091, 0.329, 0.568, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.329 std_dev=0.238
O3' B 0, 0.103, 0.361, 0.620, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.361 std_dev=0.259
OP2 A 0, 0.198, 0.471, 0.744, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.471 std_dev=0.273
OP1 A 0, 0.153, 0.436, 0.720, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.436 std_dev=0.284
C5' B 0, 0.053, 0.348, 0.642, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.348 std_dev=0.294
C3' B 0, 0.081, 0.379, 0.677, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.379 std_dev=0.298
C2' B 0, 0.099, 0.440, 0.782, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.440 std_dev=0.342
C4' B 0, 0.054, 0.398, 0.743, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.398 std_dev=0.345
O2' B 0, 0.111, 0.466, 0.821, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.466 std_dev=0.355
O4' B 0, 0.049, 0.449, 0.849, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.449 std_dev=0.400
C1' B 0, 0.084, 0.489, 0.894, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.489 std_dev=0.405
N1 B 0, 0.085, 0.505, 0.926, 1.752 max_d=1.752 avg_d=0.505 std_dev=0.421
C6 B 0, 0.041, 0.463, 0.885, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.463 std_dev=0.422
C2 B 0, 0.177, 0.637, 1.096, 1.817 max_d=1.817 avg_d=0.637 std_dev=0.459
C5 B 0, 0.044, 0.504, 0.963, 1.960 max_d=1.960 avg_d=0.504 std_dev=0.459
O2 B 0, 0.247, 0.728, 1.210, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.728 std_dev=0.482
N3 B 0, 0.186, 0.683, 1.181, 1.995 max_d=1.995 avg_d=0.683 std_dev=0.498
C4 B 0, 0.111, 0.608, 1.106, 2.090 max_d=2.090 avg_d=0.608 std_dev=0.498
N4 B 0, 0.122, 0.680, 1.237, 2.348 max_d=2.348 avg_d=0.680 std_dev=0.557

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.09 0.26 0.10 0.10
C2 0.02 0.00 0.09 0.09 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.10 0.01 0.16 0.27 0.10 0.10
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.08 0.05 0.15 0.00 0.01 0.01 0.03 0.27 0.05 0.11
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.04 0.08 0.07 0.14 0.02 0.01 0.01 0.08 0.24 0.08 0.13
C4 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.02 0.21 0.23 0.10 0.09
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.17 0.08 0.05
C5 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.03 0.22 0.24 0.10 0.08
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.10 0.01 0.10 0.00 0.09 0.06 0.08 0.11 0.08 0.05 0.01 0.01 0.01 0.12 0.10 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.03 0.21 0.28 0.09 0.08
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.16 0.28 0.10 0.10
N3 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.10 0.02 0.19 0.25 0.10 0.09
N4 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.08 0.03 0.22 0.21 0.10 0.09
O2 0.04 0.00 0.15 0.14 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.16 0.17 0.02 0.15 0.27 0.12 0.12
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.06 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.09 0.07 0.16 0.00 0.02 0.04 0.03 0.22 0.07 0.08
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.04 0.10 0.08 0.17 0.02 0.00 0.01 0.15 0.22 0.15 0.15
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.11 0.22 0.14 0.11
O5' 0.09 0.16 0.03 0.08 0.21 0.01 0.22 0.01 0.21 0.16 0.19 0.22 0.15 0.03 0.15 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.26 0.27 0.27 0.24 0.23 0.17 0.24 0.12 0.28 0.28 0.25 0.21 0.27 0.22 0.22 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.10 0.05 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.12 0.07 0.15 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.10 0.11 0.13 0.09 0.05 0.08 0.01 0.08 0.10 0.09 0.09 0.12 0.08 0.15 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.18 0.10 0.10 0.09 0.12 0.10 0.12 0.11 0.09 0.17 0.09 0.27 0.11 0.10 0.11 0.07 0.08 0.17 0.08
C2 0.10 0.16 0.09 0.10 0.10 0.12 0.10 0.13 0.11 0.09 0.16 0.10 0.23 0.10 0.10 0.11 0.06 0.09 0.17 0.08
C2' 0.17 0.23 0.17 0.17 0.13 0.19 0.11 0.18 0.12 0.16 0.21 0.12 0.32 0.19 0.17 0.18 0.11 0.11 0.18 0.11
C3' 0.17 0.25 0.18 0.16 0.15 0.16 0.10 0.13 0.11 0.16 0.24 0.14 0.34 0.20 0.17 0.16 0.09 0.07 0.14 0.08
C4 0.08 0.14 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.14 0.09 0.20 0.09 0.10 0.08 0.05 0.10 0.17 0.06
C4' 0.07 0.19 0.08 0.07 0.10 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.19 0.11 0.29 0.10 0.07 0.07 0.06 0.07 0.15 0.08
C5 0.07 0.15 0.07 0.07 0.09 0.07 0.11 0.06 0.10 0.08 0.14 0.08 0.21 0.09 0.11 0.06 0.05 0.10 0.17 0.06
C5' 0.04 0.18 0.05 0.04 0.11 0.07 0.09 0.12 0.09 0.06 0.19 0.13 0.28 0.08 0.06 0.05 0.09 0.11 0.15 0.12
C6 0.08 0.16 0.08 0.08 0.09 0.07 0.11 0.07 0.11 0.09 0.16 0.09 0.24 0.09 0.09 0.07 0.05 0.08 0.17 0.06
N1 0.09 0.17 0.09 0.09 0.09 0.10 0.11 0.11 0.11 0.09 0.16 0.09 0.25 0.10 0.09 0.10 0.06 0.08 0.17 0.08
N3 0.09 0.15 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.12 0.10 0.09 0.15 0.10 0.21 0.09 0.10 0.10 0.05 0.10 0.17 0.07
N4 0.07 0.12 0.08 0.08 0.08 0.07 0.10 0.08 0.10 0.07 0.12 0.08 0.16 0.08 0.11 0.07 0.05 0.13 0.17 0.06
O2 0.11 0.16 0.10 0.11 0.10 0.14 0.11 0.15 0.11 0.10 0.16 0.11 0.24 0.11 0.10 0.13 0.07 0.10 0.17 0.09
O2' 0.15 0.21 0.14 0.14 0.10 0.18 0.10 0.18 0.11 0.13 0.19 0.10 0.30 0.16 0.15 0.17 0.12 0.13 0.18 0.12
O3' 0.21 0.28 0.22 0.19 0.18 0.19 0.13 0.15 0.14 0.20 0.27 0.17 0.37 0.26 0.19 0.20 0.11 0.09 0.14 0.09
O4' 0.07 0.17 0.07 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.07 0.17 0.10 0.26 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.16 0.08
O5' 0.04 0.14 0.06 0.02 0.08 0.04 0.13 0.10 0.13 0.04 0.13 0.10 0.25 0.11 0.01 0.03 0.13 0.17 0.22 0.18
OP1 0.10 0.18 0.12 0.05 0.14 0.05 0.17 0.12 0.17 0.11 0.18 0.15 0.27 0.14 0.02 0.06 0.11 0.19 0.21 0.17
OP2 0.14 0.27 0.14 0.08 0.19 0.07 0.15 0.04 0.13 0.17 0.26 0.19 0.36 0.15 0.01 0.10 0.09 0.06 0.15 0.09
P 0.05 0.16 0.06 0.02 0.07 0.01 0.09 0.04 0.09 0.05 0.14 0.07 0.25 0.09 0.01 0.02 0.05 0.06 0.12 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.08 0.06
C2 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.09 0.03 0.10 0.12 0.18 0.12
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.04 0.02 0.11 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.07 0.05
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.04 0.12 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.09 0.13 0.19 0.13
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.02 0.02 0.06 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.07 0.03 0.08 0.11 0.15 0.12
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.07 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.08 0.09 0.12 0.10
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.08 0.09 0.13 0.10
N3 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.10 0.14 0.20 0.14
N4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03 0.09 0.14 0.19 0.14
O2 0.02 0.00 0.11 0.12 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.15 0.05 0.11 0.13 0.18 0.12
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.03 0.03 0.07 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.08 0.05 0.15 0.02 0.00 0.01 0.06 0.05 0.06 0.04
O4' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04
O5' 0.06 0.10 0.04 0.03 0.09 0.01 0.08 0.01 0.08 0.08 0.10 0.09 0.11 0.02 0.06 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.06 0.12 0.05 0.04 0.13 0.04 0.11 0.05 0.09 0.09 0.14 0.14 0.13 0.03 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.18 0.07 0.04 0.19 0.02 0.15 0.01 0.12 0.13 0.20 0.19 0.18 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.12 0.05 0.03 0.13 0.01 0.12 0.01 0.10 0.10 0.14 0.14 0.12 0.02 0.04 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00