ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48047

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 3, 2, 3, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.006, 0.010, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.011, 0.022, 0.034, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C2' A 0, 0.035, 0.087, 0.139, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.087 std_dev=0.052
O4' A 0, 0.008, 0.067, 0.126, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.067 std_dev=0.059
C4' A 0, 0.067, 0.126, 0.185, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.126 std_dev=0.059
O2' A 0, 0.077, 0.144, 0.211, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.144 std_dev=0.067
C3' A 0, 0.104, 0.177, 0.250, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.177 std_dev=0.073
C5' A 0, 0.104, 0.216, 0.328, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.216 std_dev=0.112
O3' A 0, 0.186, 0.298, 0.411, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.298 std_dev=0.113
O5' A 0, 0.128, 0.266, 0.403, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.266 std_dev=0.138
OP1 B 0, 0.189, 0.356, 0.523, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.356 std_dev=0.167
P B 0, 0.214, 0.430, 0.645, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.430 std_dev=0.215
P A 0, 0.149, 0.367, 0.585, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.367 std_dev=0.218
OP2 A 0, 0.169, 0.391, 0.613, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.391 std_dev=0.222
OP1 A 0, 0.157, 0.419, 0.681, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.419 std_dev=0.262
OP2 B 0, 0.207, 0.508, 0.809, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.508 std_dev=0.301
O5' B 0, 0.270, 0.598, 0.926, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.598 std_dev=0.328
C5' B 0, 0.277, 0.655, 1.033, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.655 std_dev=0.378
C4' B 0, 0.275, 0.726, 1.176, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.726 std_dev=0.450
O3' B 0, 0.297, 0.761, 1.225, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.761 std_dev=0.464
C3' B 0, 0.285, 0.750, 1.214, 1.690 max_d=1.690 avg_d=0.750 std_dev=0.464
O4' B 0, 0.273, 0.748, 1.222, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.748 std_dev=0.474
C6 B 0, 0.312, 0.814, 1.316, 1.937 max_d=1.937 avg_d=0.814 std_dev=0.502
C5 B 0, 0.353, 0.887, 1.421, 2.062 max_d=2.062 avg_d=0.887 std_dev=0.534
C2' B 0, 0.303, 0.848, 1.393, 1.936 max_d=1.936 avg_d=0.848 std_dev=0.545
C1' B 0, 0.302, 0.848, 1.393, 1.976 max_d=1.976 avg_d=0.848 std_dev=0.546
N1 B 0, 0.316, 0.877, 1.438, 2.060 max_d=2.060 avg_d=0.877 std_dev=0.561
O2' B 0, 0.318, 0.921, 1.523, 2.085 max_d=2.085 avg_d=0.921 std_dev=0.603
C4 B 0, 0.381, 1.006, 1.632, 2.296 max_d=2.296 avg_d=1.006 std_dev=0.626
C2 B 0, 0.402, 1.030, 1.658, 2.297 max_d=2.297 avg_d=1.030 std_dev=0.628
O2 B 0, 0.493, 1.148, 1.804, 2.428 max_d=2.428 avg_d=1.148 std_dev=0.656
N3 B 0, 0.423, 1.081, 1.738, 2.399 max_d=2.399 avg_d=1.081 std_dev=0.658
N4 B 0, 0.422, 1.093, 1.765, 2.440 max_d=2.440 avg_d=1.093 std_dev=0.671

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.09 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.07 0.12 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.08 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.10 0.15 0.10
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.11 0.15 0.11
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.09 0.14 0.09
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.07 0.12 0.07
N3 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.09 0.14 0.09
N4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.12 0.15 0.11
O2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.06 0.12 0.07
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.07 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.05 0.06 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.08 0.04
O5' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.04 0.07 0.03 0.02 0.10 0.02 0.11 0.02 0.09 0.07 0.09 0.12 0.06 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.12 0.08 0.06 0.15 0.04 0.15 0.01 0.14 0.12 0.14 0.15 0.12 0.07 0.04 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.04 0.03 0.10 0.01 0.11 0.00 0.09 0.07 0.09 0.11 0.07 0.03 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.11 0.06 0.06 0.12 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.13 0.13 0.13 0.06 0.07 0.08 0.12 0.11 0.16 0.08
C2 0.11 0.13 0.10 0.10 0.14 0.10 0.12 0.11 0.11 0.11 0.14 0.15 0.14 0.10 0.11 0.11 0.12 0.12 0.20 0.11
C2' 0.07 0.11 0.06 0.06 0.12 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.12 0.13 0.12 0.07 0.08 0.08 0.12 0.11 0.16 0.08
C3' 0.07 0.10 0.06 0.06 0.11 0.09 0.10 0.10 0.09 0.08 0.11 0.12 0.11 0.08 0.08 0.08 0.11 0.11 0.13 0.06
C4 0.13 0.14 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.12 0.13 0.14 0.14 0.14 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.21 0.13
C4' 0.06 0.10 0.06 0.06 0.11 0.08 0.10 0.10 0.09 0.08 0.12 0.12 0.12 0.07 0.08 0.08 0.13 0.12 0.12 0.07
C5 0.10 0.11 0.09 0.10 0.12 0.10 0.12 0.11 0.11 0.10 0.12 0.13 0.12 0.10 0.11 0.11 0.11 0.10 0.16 0.09
C5' 0.08 0.09 0.07 0.08 0.10 0.10 0.11 0.11 0.11 0.08 0.10 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.14 0.13 0.09 0.06
C6 0.08 0.11 0.07 0.08 0.12 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.12 0.13 0.11 0.08 0.09 0.09 0.12 0.11 0.14 0.08
N1 0.08 0.11 0.07 0.08 0.12 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.13 0.13 0.12 0.08 0.09 0.09 0.11 0.11 0.17 0.09
N3 0.13 0.15 0.12 0.12 0.15 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.15 0.16 0.15 0.12 0.13 0.14 0.13 0.14 0.23 0.13
N4 0.16 0.16 0.15 0.16 0.15 0.16 0.15 0.16 0.15 0.15 0.15 0.15 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.17 0.25 0.16
O2 0.11 0.14 0.10 0.10 0.15 0.10 0.13 0.11 0.11 0.12 0.16 0.16 0.15 0.10 0.10 0.12 0.12 0.12 0.22 0.12
O2' 0.07 0.11 0.05 0.06 0.12 0.07 0.10 0.09 0.09 0.08 0.13 0.14 0.12 0.06 0.07 0.08 0.12 0.11 0.16 0.08
O3' 0.07 0.10 0.06 0.07 0.11 0.09 0.10 0.10 0.09 0.08 0.12 0.12 0.11 0.09 0.09 0.08 0.12 0.12 0.13 0.06
O4' 0.07 0.11 0.06 0.06 0.11 0.07 0.10 0.09 0.09 0.08 0.13 0.13 0.13 0.06 0.07 0.08 0.13 0.12 0.13 0.08
O5' 0.08 0.09 0.07 0.08 0.10 0.10 0.12 0.12 0.12 0.08 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.14 0.15 0.09 0.08
OP1 0.13 0.12 0.13 0.13 0.14 0.14 0.17 0.14 0.17 0.13 0.13 0.14 0.12 0.15 0.14 0.14 0.11 0.19 0.09 0.09
OP2 0.10 0.11 0.09 0.10 0.13 0.12 0.15 0.13 0.15 0.11 0.12 0.14 0.10 0.11 0.10 0.11 0.12 0.19 0.09 0.08
P 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.12 0.15 0.13 0.15 0.11 0.11 0.13 0.10 0.11 0.11 0.11 0.12 0.18 0.08 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.18 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.10 0.08 0.15 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.15 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.05 0.05 0.00 0.00 0.01 0.04 0.10 0.12 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.15 0.11 0.12 0.09
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.16 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.16 0.11 0.11 0.10
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.11 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.15 0.10 0.13 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.11 0.08 0.15 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.13 0.09 0.13 0.08
N4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.16 0.11 0.11 0.11
O2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.02 0.08 0.07 0.17 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.16 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.04 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.08 0.15 0.10 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.05 0.20 0.06
O5' 0.06 0.10 0.02 0.04 0.15 0.01 0.16 0.00 0.15 0.11 0.13 0.16 0.08 0.02 0.08 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.08 0.08 0.10 0.11 0.07 0.11 0.09 0.10 0.08 0.09 0.11 0.07 0.09 0.15 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.15 0.15 0.12 0.12 0.16 0.11 0.11 0.13 0.15 0.13 0.11 0.17 0.16 0.10 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.03 0.03 0.09 0.02 0.10 0.00 0.08 0.06 0.08 0.11 0.06 0.02 0.05 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00