ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48049

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 1, 2, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.021, 0.035, 0.049, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.035 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.031, 0.047, 0.062, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.047 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.020, 0.036, 0.051, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.036 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.012, 0.027, 0.043, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.018, 0.034, 0.050, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.034 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.023, 0.041, 0.059, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.041 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.025, 0.043, 0.062, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.043 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.030, 0.059, 0.088, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.059 std_dev=0.029
O2 A 0, 0.062, 0.116, 0.171, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.116 std_dev=0.055
OP1 B 0, 0.394, 0.668, 0.943, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.668 std_dev=0.275
P B 0, 0.480, 0.820, 1.161, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.820 std_dev=0.340
OP2 B 0, 0.628, 1.064, 1.501, 1.586 max_d=1.586 avg_d=1.064 std_dev=0.436
O4' A 0, -0.005, 0.452, 0.909, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.452 std_dev=0.457
C2' A 0, 0.016, 0.476, 0.936, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.476 std_dev=0.460
O2' A 0, -0.109, 0.625, 1.360, 1.989 max_d=1.989 avg_d=0.625 std_dev=0.735
C4' A 0, 0.009, 0.744, 1.479, 2.113 max_d=2.113 avg_d=0.744 std_dev=0.735
C3' A 0, 0.014, 0.779, 1.543, 2.140 max_d=2.140 avg_d=0.779 std_dev=0.765
C5' A 0, 0.105, 1.029, 1.953, 2.729 max_d=2.729 avg_d=1.029 std_dev=0.924
O5' A 0, 0.121, 1.090, 2.059, 3.269 max_d=3.269 avg_d=1.090 std_dev=0.969
O3' A 0, 0.034, 1.137, 2.240, 2.989 max_d=2.989 avg_d=1.137 std_dev=1.103
P A 0, 0.106, 1.367, 2.628, 4.550 max_d=4.550 avg_d=1.367 std_dev=1.261
O5' B 0, 0.168, 1.517, 2.865, 3.966 max_d=3.966 avg_d=1.517 std_dev=1.348
OP1 A 0, -0.170, 1.393, 2.957, 6.321 max_d=6.321 avg_d=1.393 std_dev=1.563
C5 B 0, 0.956, 2.733, 4.511, 6.305 max_d=6.305 avg_d=2.733 std_dev=1.778
OP2 A 0, -0.107, 2.006, 4.119, 5.546 max_d=5.546 avg_d=2.006 std_dev=2.113
N4 B 0, 1.019, 3.154, 5.289, 8.689 max_d=8.689 avg_d=3.154 std_dev=2.135
C6 B 0, 0.727, 2.872, 5.018, 6.169 max_d=6.169 avg_d=2.872 std_dev=2.145
C5' B 0, -0.008, 2.219, 4.445, 5.876 max_d=5.876 avg_d=2.219 std_dev=2.226
C4 B 0, 0.989, 3.271, 5.554, 7.713 max_d=7.713 avg_d=3.271 std_dev=2.282
N1 B 0, 0.446, 3.591, 6.737, 8.792 max_d=8.792 avg_d=3.591 std_dev=3.145
N3 B 0, 0.798, 3.950, 7.102, 8.825 max_d=8.825 avg_d=3.950 std_dev=3.152
C4' B 0, -0.107, 3.124, 6.355, 8.572 max_d=8.572 avg_d=3.124 std_dev=3.231
O4' B 0, 0.044, 3.393, 6.742, 9.034 max_d=9.034 avg_d=3.393 std_dev=3.349
C3' B 0, -0.127, 3.450, 7.026, 9.564 max_d=9.564 avg_d=3.450 std_dev=3.577
C2 B 0, 0.478, 4.130, 7.782, 10.130 max_d=10.130 avg_d=4.130 std_dev=3.652
C1' B 0, 0.092, 3.921, 7.750, 10.400 max_d=10.400 avg_d=3.921 std_dev=3.829
O3' B 0, -0.417, 3.810, 8.037, 11.028 max_d=11.028 avg_d=3.810 std_dev=4.227
C2' B 0, -0.116, 4.164, 8.444, 11.458 max_d=11.458 avg_d=4.164 std_dev=4.280
O2 B 0, 0.231, 4.840, 9.450, 12.541 max_d=12.541 avg_d=4.840 std_dev=4.610
O2' B 0, -0.387, 4.925, 10.237, 13.950 max_d=13.950 avg_d=4.925 std_dev=5.312

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.03 0.02 0.10 0.03 0.31 0.01 0.18 0.41 0.15 0.25
C2 0.04 0.00 0.20 0.25 0.02 0.07 0.02 0.11 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.20 0.12 0.31 0.49 0.75 0.38
C2' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.18 0.11 0.03 0.17 0.07 0.30 0.00 0.02 0.02 0.45 0.80 0.30 0.66
C3' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.38 0.00 0.39 0.02 0.33 0.22 0.33 0.41 0.19 0.02 0.01 0.02 0.25 0.37 0.10 0.31
C4 0.02 0.02 0.07 0.38 0.00 0.15 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.30 0.14 0.02 0.48 0.61 1.29 0.67
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.15 0.00 0.21 0.01 0.21 0.09 0.09 0.16 0.15 0.29 0.02 0.01 0.03 0.18 0.27 0.08
C5 0.02 0.02 0.06 0.39 0.00 0.21 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.35 0.21 0.10 0.51 0.66 1.28 0.70
C5' 0.05 0.11 0.18 0.02 0.19 0.01 0.24 0.00 0.20 0.10 0.13 0.21 0.17 0.10 0.20 0.02 0.01 0.37 0.39 0.02
C6 0.03 0.02 0.11 0.33 0.01 0.21 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.31 0.15 0.14 0.42 0.61 0.91 0.53
N1 0.01 0.01 0.03 0.22 0.01 0.09 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.18 0.09 0.01 0.30 0.51 0.62 0.36
N3 0.03 0.01 0.17 0.33 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.21 0.14 0.09 0.39 0.53 1.06 0.53
N4 0.02 0.02 0.07 0.41 0.01 0.16 0.01 0.21 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.33 0.18 0.03 0.52 0.65 1.49 0.77
O2 0.10 0.01 0.30 0.19 0.03 0.15 0.03 0.17 0.04 0.04 0.02 0.03 0.00 0.14 0.41 0.23 0.26 0.45 0.54 0.31
O2' 0.03 0.14 0.00 0.02 0.30 0.29 0.35 0.10 0.31 0.18 0.21 0.33 0.14 0.00 0.03 0.21 0.28 0.76 0.34 0.61
O3' 0.31 0.20 0.02 0.01 0.14 0.02 0.21 0.20 0.15 0.09 0.14 0.18 0.41 0.03 0.00 0.22 0.30 0.52 0.37 0.16
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.02 0.01 0.10 0.02 0.14 0.01 0.09 0.03 0.23 0.21 0.22 0.00 0.07 0.09 0.13 0.08
O5' 0.18 0.31 0.45 0.25 0.48 0.03 0.51 0.01 0.42 0.30 0.39 0.52 0.26 0.28 0.30 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.41 0.49 0.80 0.37 0.61 0.18 0.66 0.37 0.61 0.51 0.53 0.65 0.45 0.76 0.52 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.75 0.30 0.10 1.29 0.27 1.28 0.39 0.91 0.62 1.06 1.49 0.54 0.34 0.37 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.38 0.66 0.31 0.67 0.08 0.70 0.02 0.53 0.36 0.53 0.77 0.31 0.61 0.16 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.44 0.36 0.72 0.82 0.35 0.43 0.43 0.29 0.38 0.35 0.31 0.40 0.47 0.84 1.32 0.52 0.18 0.13 0.21 0.29
C2 0.70 0.58 0.55 0.52 0.53 0.66 0.57 0.58 0.58 0.61 0.53 0.54 0.64 0.71 0.76 0.86 0.38 0.13 0.22 0.30
C2' 0.46 0.37 0.86 0.94 0.36 0.54 0.43 0.34 0.34 0.34 0.31 0.45 0.53 1.03 1.45 0.42 0.14 0.13 0.28 0.32
C3' 0.86 0.72 1.47 1.56 0.27 1.04 0.16 0.77 0.31 0.62 0.53 0.18 0.97 1.67 2.15 0.60 0.53 0.48 0.28 0.20
C4 0.59 0.51 0.48 0.49 0.47 0.56 0.50 0.53 0.51 0.53 0.47 0.48 0.55 0.58 0.71 0.72 0.34 0.13 0.20 0.28
C4' 0.65 0.55 1.31 1.42 0.23 0.80 0.24 0.51 0.21 0.45 0.40 0.27 0.80 1.51 2.09 0.41 0.29 0.28 0.18 0.12
C5 0.36 0.33 0.68 0.81 0.32 0.41 0.38 0.29 0.32 0.30 0.30 0.37 0.42 0.75 1.25 0.38 0.15 0.13 0.22 0.29
C5' 0.97 0.82 1.73 1.82 0.32 1.15 0.23 0.78 0.31 0.68 0.60 0.29 1.13 2.01 2.58 0.63 0.48 0.34 0.14 0.10
C6 0.40 0.35 0.82 0.95 0.30 0.47 0.37 0.29 0.31 0.30 0.29 0.36 0.48 0.93 1.47 0.37 0.14 0.14 0.23 0.30
N1 0.44 0.37 0.61 0.70 0.38 0.42 0.45 0.33 0.42 0.38 0.34 0.42 0.45 0.71 1.15 0.56 0.21 0.13 0.21 0.29
N3 0.82 0.68 0.65 0.57 0.58 0.80 0.60 0.71 0.64 0.70 0.61 0.58 0.75 0.83 0.68 0.96 0.45 0.14 0.24 0.28
N4 0.72 0.62 0.60 0.56 0.53 0.74 0.53 0.70 0.58 0.63 0.57 0.52 0.67 0.71 0.64 0.83 0.45 0.14 0.22 0.25
O2 0.86 0.70 0.65 0.56 0.61 0.80 0.63 0.69 0.67 0.72 0.63 0.62 0.77 0.87 0.72 1.01 0.45 0.14 0.25 0.30
O2' 0.56 0.51 0.69 0.71 0.60 0.54 0.69 0.50 0.61 0.53 0.50 0.67 0.56 0.86 1.12 0.66 0.43 0.46 0.55 0.65
O3' 0.83 0.71 1.39 1.45 0.29 0.96 0.19 0.68 0.32 0.61 0.53 0.21 0.96 1.60 2.01 0.60 0.41 0.34 0.20 0.12
O4' 0.45 0.38 0.92 1.05 0.32 0.47 0.41 0.26 0.35 0.34 0.31 0.38 0.55 1.06 1.67 0.45 0.14 0.17 0.23 0.27
O5' 1.46 1.23 2.15 2.20 0.67 1.62 0.56 1.19 0.74 1.13 0.98 0.55 1.56 2.47 2.93 1.15 0.83 0.54 0.39 0.45
OP1 1.94 1.65 2.61 2.46 1.00 1.95 0.89 1.31 1.05 1.51 1.34 0.91 2.09 3.16 3.20 1.59 0.91 0.65 0.90 0.82
OP2 3.17 2.83 3.91 3.93 2.07 3.38 1.90 2.85 2.23 2.74 2.49 1.81 3.21 4.31 4.69 2.85 2.31 1.79 1.46 1.64
P 2.32 2.05 3.07 3.04 1.31 2.44 1.13 1.87 1.42 1.92 1.73 1.09 2.45 3.49 3.80 1.95 1.42 0.92 0.73 0.84

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.14 0.13 0.31 0.11
C2 0.02 0.00 0.09 0.13 0.01 0.05 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.14 0.04 0.27 0.21 0.34 0.18
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.08 0.05 0.17 0.01 0.02 0.01 0.19 0.20 0.16 0.10
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.09 0.01 0.08 0.01 0.09 0.05 0.12 0.10 0.18 0.02 0.01 0.01 0.28 0.29 0.12 0.19
C4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.11 0.03 0.32 0.23 0.34 0.21
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.07 0.04 0.02 0.00 0.02 0.14 0.26 0.04
C5 0.03 0.02 0.07 0.08 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.09 0.04 0.32 0.20 0.33 0.20
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.11 0.01 0.10 0.00 0.08 0.07 0.10 0.12 0.10 0.04 0.03 0.02 0.01 0.16 0.25 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.09 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.04 0.29 0.17 0.33 0.16
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.24 0.17 0.32 0.15
N3 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.15 0.04 0.30 0.23 0.35 0.21
N4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.13 0.04 0.34 0.25 0.35 0.23
O2 0.04 0.01 0.17 0.18 0.02 0.07 0.02 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.21 0.05 0.25 0.22 0.34 0.18
O2' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.03 0.05 0.05 0.12 0.00 0.05 0.04 0.08 0.17 0.19 0.05
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.11 0.02 0.09 0.03 0.09 0.05 0.15 0.13 0.21 0.05 0.00 0.02 0.31 0.38 0.16 0.26
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.19 0.16 0.40 0.20
O5' 0.14 0.27 0.19 0.28 0.32 0.02 0.32 0.01 0.29 0.24 0.30 0.34 0.25 0.08 0.31 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.13 0.21 0.20 0.29 0.23 0.14 0.20 0.16 0.17 0.17 0.23 0.25 0.22 0.17 0.38 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.34 0.16 0.12 0.34 0.26 0.33 0.25 0.33 0.32 0.35 0.35 0.34 0.19 0.16 0.40 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.18 0.10 0.19 0.21 0.04 0.20 0.01 0.16 0.15 0.21 0.23 0.18 0.05 0.26 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00