ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48050

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.014, 0.030, 0.046, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.030 std_dev=0.016
C5 A 0, -0.003, 0.015, 0.033, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.015 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.009, 0.028, 0.047, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.028 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.002, 0.022, 0.042, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.022 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.010, 0.032, 0.054, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.032 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.046, 0.080, 0.113, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.080 std_dev=0.033
O2 A 0, 0.029, 0.081, 0.132, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.081 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.132, 0.285, 0.438, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.285 std_dev=0.153
O2' A 0, 0.229, 0.386, 0.543, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.386 std_dev=0.157
O4' A 0, 0.103, 0.272, 0.442, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.272 std_dev=0.170
C4' A 0, 0.289, 0.493, 0.697, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.493 std_dev=0.204
P B 0, 0.301, 0.512, 0.723, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.512 std_dev=0.211
C3' A 0, 0.273, 0.497, 0.721, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.497 std_dev=0.224
O3' A 0, 0.410, 0.735, 1.060, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.735 std_dev=0.325
C5' A 0, 0.495, 0.833, 1.171, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.833 std_dev=0.338
O5' B 0, 0.213, 0.610, 1.007, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.610 std_dev=0.397
O5' A 0, 0.487, 0.893, 1.299, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.893 std_dev=0.406
OP2 B 0, 0.283, 0.701, 1.118, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.701 std_dev=0.418
OP1 B 0, 0.333, 0.871, 1.409, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.871 std_dev=0.538
P A 0, 0.167, 0.741, 1.315, 2.033 max_d=2.033 avg_d=0.741 std_dev=0.574
OP2 A 0, 0.380, 1.002, 1.624, 2.261 max_d=2.261 avg_d=1.002 std_dev=0.622
C5' B 0, 0.139, 1.005, 1.870, 2.659 max_d=2.659 avg_d=1.005 std_dev=0.866
OP1 A 0, 0.129, 1.099, 2.069, 3.435 max_d=3.435 avg_d=1.099 std_dev=0.970
C4' B 0, -0.190, 1.229, 2.648, 4.707 max_d=4.707 avg_d=1.229 std_dev=1.419
O4' B 0, -0.181, 1.256, 2.694, 4.465 max_d=4.465 avg_d=1.256 std_dev=1.437
C1' B 0, -0.475, 1.519, 3.514, 6.407 max_d=6.407 avg_d=1.519 std_dev=1.995
C3' B 0, -0.742, 1.263, 3.268, 6.543 max_d=6.543 avg_d=1.263 std_dev=2.005
N1 B 0, -0.444, 1.733, 3.909, 6.563 max_d=6.563 avg_d=1.733 std_dev=2.176
C6 B 0, -0.401, 1.799, 3.999, 6.072 max_d=6.072 avg_d=1.799 std_dev=2.200
O3' B 0, -0.849, 1.490, 3.830, 7.644 max_d=7.644 avg_d=1.490 std_dev=2.339
C2' B 0, -0.960, 1.561, 4.083, 8.176 max_d=8.176 avg_d=1.561 std_dev=2.521
C2 B 0, -0.533, 2.133, 4.799, 8.138 max_d=8.138 avg_d=2.133 std_dev=2.666
C5 B 0, -0.529, 2.288, 5.106, 7.534 max_d=7.534 avg_d=2.288 std_dev=2.817
O2 B 0, -0.670, 2.204, 5.078, 9.201 max_d=9.201 avg_d=2.204 std_dev=2.874
O2' B 0, -1.143, 1.864, 4.871, 9.772 max_d=9.772 avg_d=1.864 std_dev=3.007
N3 B 0, -0.550, 2.553, 5.656, 8.972 max_d=8.972 avg_d=2.553 std_dev=3.103
C4 B 0, -0.589, 2.644, 5.877, 8.838 max_d=8.838 avg_d=2.644 std_dev=3.233
N4 B 0, -0.698, 3.192, 7.081, 10.458 max_d=10.458 avg_d=3.192 std_dev=3.890

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.01 0.01 0.11 0.21 0.49 0.20
C2 0.03 0.00 0.10 0.06 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.15 0.08 0.02 0.26 0.31 0.66 0.30
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.02 0.09 0.01 0.08 0.02 0.21 0.00 0.02 0.01 0.07 0.41 0.63 0.29
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.18 0.06 0.05 0.11 0.16 0.01 0.00 0.01 0.08 0.52 0.60 0.34
C4 0.02 0.01 0.02 0.10 0.00 0.10 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.11 0.06 0.37 0.39 0.69 0.38
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.10 0.00 0.14 0.01 0.13 0.05 0.05 0.12 0.10 0.03 0.01 0.01 0.02 0.18 0.30 0.11
C5 0.04 0.01 0.07 0.17 0.01 0.14 0.00 0.28 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.20 0.07 0.39 0.39 0.67 0.39
C5' 0.03 0.12 0.02 0.01 0.24 0.01 0.28 0.00 0.23 0.14 0.18 0.27 0.09 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01
C6 0.04 0.01 0.09 0.18 0.01 0.13 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.20 0.07 0.34 0.34 0.62 0.33
N1 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.14 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.25 0.29 0.60 0.28
N3 0.02 0.00 0.08 0.05 0.01 0.05 0.01 0.18 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.13 0.05 0.03 0.32 0.35 0.69 0.34
N4 0.03 0.02 0.02 0.11 0.01 0.12 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.12 0.07 0.39 0.41 0.69 0.40
O2 0.09 0.01 0.21 0.16 0.02 0.10 0.01 0.09 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.27 0.22 0.07 0.22 0.30 0.65 0.30
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.03 0.05 0.03 0.07 0.03 0.13 0.07 0.27 0.00 0.04 0.07 0.07 0.40 0.59 0.25
O3' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.11 0.01 0.20 0.01 0.20 0.05 0.05 0.12 0.22 0.04 0.00 0.01 0.12 0.75 0.67 0.45
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.03 0.07 0.07 0.07 0.01 0.00 0.08 0.21 0.29 0.24
O5' 0.11 0.26 0.07 0.08 0.37 0.02 0.39 0.00 0.34 0.25 0.32 0.39 0.22 0.07 0.12 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.21 0.31 0.41 0.52 0.39 0.18 0.39 0.05 0.34 0.29 0.35 0.41 0.30 0.40 0.75 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.49 0.66 0.63 0.60 0.69 0.30 0.67 0.08 0.62 0.60 0.69 0.69 0.65 0.59 0.67 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.30 0.29 0.34 0.38 0.11 0.39 0.01 0.33 0.28 0.34 0.40 0.30 0.25 0.45 0.24 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.44 2.01 2.04 1.82 2.01 1.12 1.63 0.79 1.39 1.60 2.18 2.17 2.18 2.05 2.06 0.86 0.30 0.35 0.39 0.20
C2 1.25 2.03 1.72 1.57 2.45 0.92 2.08 0.80 1.65 1.64 2.40 2.76 2.00 1.56 1.67 0.68 0.29 0.27 0.25 0.12
C2' 1.37 1.89 1.98 1.75 1.85 1.06 1.49 0.68 1.27 1.49 2.02 2.01 2.08 2.02 2.04 0.81 0.32 0.50 0.44 0.22
C3' 1.41 1.75 2.03 1.80 1.57 1.12 1.27 0.61 1.12 1.41 1.78 1.66 2.00 2.15 2.17 0.88 0.43 0.69 0.44 0.33
C4 0.93 1.62 1.30 1.25 2.18 0.70 1.99 0.74 1.55 1.37 1.99 2.46 1.47 1.04 1.28 0.46 0.28 0.26 0.19 0.12
C4' 1.63 1.90 2.30 2.01 1.55 1.31 1.24 0.74 1.16 1.54 1.85 1.59 2.22 2.48 2.40 1.06 0.47 0.62 0.39 0.31
C5 0.97 1.47 1.41 1.37 1.79 0.82 1.64 0.79 1.34 1.27 1.70 1.93 1.41 1.21 1.45 0.54 0.27 0.29 0.32 0.13
C5' 1.74 1.78 2.44 2.14 1.26 1.48 1.02 0.82 1.04 1.51 1.59 1.25 2.16 2.70 2.59 1.23 0.61 0.80 0.33 0.44
C6 1.18 1.65 1.71 1.62 1.77 1.00 1.53 0.81 1.30 1.38 1.81 1.88 1.69 1.60 1.77 0.70 0.27 0.32 0.38 0.16
N1 1.30 1.93 1.84 1.68 2.11 1.02 1.77 0.81 1.47 1.56 2.17 2.30 1.98 1.74 1.84 0.75 0.28 0.30 0.34 0.15
N3 1.08 1.89 1.48 1.37 2.48 0.78 2.18 0.76 1.68 1.55 2.31 2.83 1.76 1.24 1.42 0.55 0.29 0.26 0.18 0.11
N4 0.70 1.41 0.98 0.98 2.11 0.50 2.01 0.65 1.50 1.21 1.82 2.45 1.19 0.66 0.97 0.29 0.27 0.28 0.14 0.14
O2 1.33 2.18 1.81 1.62 2.61 0.95 2.17 0.80 1.71 1.74 2.59 2.98 2.17 1.67 1.74 0.72 0.29 0.27 0.23 0.12
O2' 1.50 2.03 2.12 1.84 1.94 1.13 1.54 0.70 1.32 1.60 2.16 2.11 2.28 2.22 2.16 0.90 0.34 0.49 0.44 0.22
O3' 1.42 1.69 2.05 1.79 1.45 1.13 1.17 0.56 1.04 1.36 1.68 1.55 1.99 2.24 2.22 0.91 0.49 0.84 0.44 0.40
O4' 1.55 2.00 2.18 1.92 1.78 1.22 1.42 0.79 1.27 1.60 2.05 1.86 2.24 2.27 2.20 0.96 0.34 0.37 0.43 0.26
O5' 1.57 1.56 2.23 2.03 1.11 1.40 0.91 0.77 0.92 1.34 1.38 1.11 1.87 2.39 2.44 1.13 0.59 0.85 0.27 0.45
OP1 1.02 0.43 1.67 1.68 0.71 1.22 0.78 0.68 0.21 0.41 0.30 1.14 0.85 2.10 2.45 0.84 0.43 0.95 0.26 0.44
OP2 0.66 0.25 1.05 1.17 0.60 0.93 0.69 0.54 0.30 0.17 0.33 0.85 0.50 1.22 1.70 0.72 0.39 0.94 0.28 0.47
P 1.13 0.71 1.76 1.80 0.47 1.29 0.51 0.72 0.24 0.64 0.46 0.74 1.04 2.02 2.47 0.91 0.48 0.90 0.25 0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.22 0.00 0.14 0.50 0.16 0.15
C2 0.03 0.00 0.08 0.10 0.01 0.02 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.30 0.10 0.03 0.24 0.42 0.57 0.22
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.10 0.17 0.11 0.02 0.05 0.04 0.15 0.01 0.01 0.01 0.21 0.33 0.29 0.13
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.28 0.00 0.37 0.01 0.34 0.17 0.18 0.30 0.10 0.02 0.01 0.01 0.33 0.38 0.27 0.24
C4 0.02 0.01 0.04 0.28 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.21 0.14 0.03 0.28 0.53 1.04 0.45
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.14 0.06 0.04 0.09 0.04 0.22 0.02 0.00 0.01 0.42 0.20 0.14
C5 0.02 0.01 0.10 0.37 0.00 0.14 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.21 0.04 0.28 0.53 1.12 0.50
C5' 0.07 0.13 0.17 0.01 0.12 0.01 0.18 0.00 0.17 0.07 0.12 0.13 0.20 0.05 0.15 0.01 0.00 0.20 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.34 0.01 0.14 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.16 0.04 0.23 0.35 0.83 0.34
N1 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.04 0.01 0.19 0.35 0.52 0.15
N3 0.03 0.00 0.05 0.18 0.00 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.06 0.03 0.27 0.46 0.81 0.33
N4 0.02 0.01 0.04 0.30 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.18 0.03 0.30 0.64 1.19 0.53
O2 0.05 0.00 0.15 0.10 0.01 0.04 0.02 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.42 0.23 0.06 0.24 0.51 0.40 0.24
O2' 0.01 0.30 0.01 0.02 0.21 0.22 0.10 0.05 0.06 0.13 0.30 0.22 0.42 0.00 0.01 0.16 0.06 0.64 0.07 0.21
O3' 0.22 0.10 0.01 0.01 0.14 0.02 0.21 0.15 0.16 0.04 0.06 0.18 0.23 0.01 0.00 0.17 0.42 0.62 0.25 0.39
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.06 0.16 0.17 0.00 0.18 0.61 0.11 0.28
O5' 0.14 0.24 0.21 0.33 0.28 0.01 0.28 0.00 0.23 0.19 0.27 0.30 0.24 0.06 0.42 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.50 0.42 0.33 0.38 0.53 0.42 0.53 0.20 0.35 0.35 0.46 0.64 0.51 0.64 0.62 0.61 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.57 0.29 0.27 1.04 0.20 1.12 0.33 0.83 0.52 0.81 1.19 0.40 0.07 0.25 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.22 0.13 0.24 0.45 0.14 0.50 0.02 0.34 0.15 0.33 0.53 0.24 0.21 0.39 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00