ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48051

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.004, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N4 A 0, -0.002, 0.016, 0.034, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.016 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.012, 0.039, 0.065, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.039 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.013, 0.045, 0.076, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.045 std_dev=0.032
O2' A 0, 0.013, 0.047, 0.081, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.047 std_dev=0.034
C3' A 0, 0.017, 0.068, 0.118, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.068 std_dev=0.051
C4' A 0, 0.014, 0.067, 0.120, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.067 std_dev=0.053
OP1 B 0, 0.038, 0.095, 0.151, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.095 std_dev=0.056
O5' A 0, 0.030, 0.106, 0.182, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.106 std_dev=0.076
C5' A 0, 0.032, 0.111, 0.190, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.111 std_dev=0.079
O3' A 0, 0.014, 0.104, 0.194, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.104 std_dev=0.090
P B 0, 0.015, 0.110, 0.206, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.110 std_dev=0.095
OP2 B 0, 0.041, 0.150, 0.259, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.150 std_dev=0.109
O5' B 0, 0.006, 0.125, 0.243, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.125 std_dev=0.119
C3' B 0, 0.027, 0.150, 0.272, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.150 std_dev=0.122
C2' B 0, 0.033, 0.158, 0.284, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.158 std_dev=0.126
P A 0, 0.018, 0.146, 0.273, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.146 std_dev=0.128
O3' B 0, 0.029, 0.165, 0.302, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.165 std_dev=0.137
OP2 A 0, 0.005, 0.148, 0.290, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.148 std_dev=0.142
O2' B 0, 0.040, 0.185, 0.330, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.185 std_dev=0.145
O2 B 0, 0.010, 0.167, 0.324, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.167 std_dev=0.157
C1' B 0, 0.008, 0.170, 0.332, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.170 std_dev=0.162
N1 B 0, -0.010, 0.159, 0.327, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.159 std_dev=0.169
C5' B 0, -0.004, 0.167, 0.338, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.167 std_dev=0.171
C4' B 0, 0.000, 0.171, 0.343, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.171 std_dev=0.172
C2 B 0, -0.022, 0.151, 0.324, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.151 std_dev=0.173
C6 B 0, -0.009, 0.171, 0.351, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.171 std_dev=0.180
O4' B 0, -0.007, 0.179, 0.366, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.179 std_dev=0.187
OP1 A 0, 0.021, 0.209, 0.398, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.209 std_dev=0.188
C5 B 0, -0.020, 0.172, 0.364, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.172 std_dev=0.192
N3 B 0, -0.035, 0.158, 0.352, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.158 std_dev=0.193
C4 B 0, -0.038, 0.165, 0.368, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.165 std_dev=0.203
N4 B 0, -0.039, 0.188, 0.416, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.188 std_dev=0.227

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.02
N3 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.03
N4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04
O2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02
O3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02
O5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.04 0.03 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09 0.13 0.08 0.14 0.11 0.08 0.09 0.08 0.05 0.04 0.12 0.07 0.07 0.06 0.07
C2 0.08 0.06 0.05 0.05 0.09 0.08 0.14 0.07 0.13 0.09 0.05 0.08 0.06 0.04 0.02 0.11 0.07 0.06 0.06 0.06
C2' 0.10 0.10 0.08 0.07 0.11 0.08 0.13 0.07 0.13 0.11 0.10 0.11 0.10 0.06 0.03 0.10 0.06 0.07 0.05 0.06
C3' 0.08 0.07 0.06 0.05 0.07 0.06 0.10 0.05 0.10 0.08 0.07 0.08 0.09 0.05 0.02 0.08 0.05 0.06 0.04 0.05
C4 0.05 0.05 0.03 0.03 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.03 0.08 0.08 0.07 0.03 0.02 0.09 0.05 0.06 0.06 0.06
C4' 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.07 0.07 0.10 0.05 0.04 0.09 0.06 0.07 0.05 0.06
C5 0.04 0.07 0.04 0.03 0.07 0.05 0.07 0.04 0.07 0.04 0.09 0.08 0.08 0.04 0.03 0.07 0.04 0.06 0.04 0.05
C5' 0.05 0.05 0.05 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.03 0.08 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.03 0.05
C6 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.07 0.05 0.08 0.04 0.06 0.04 0.07 0.04 0.02 0.07 0.05 0.06 0.04 0.05
N1 0.07 0.04 0.05 0.05 0.06 0.07 0.11 0.07 0.12 0.07 0.04 0.05 0.06 0.04 0.02 0.10 0.06 0.06 0.05 0.06
N3 0.07 0.04 0.04 0.04 0.04 0.07 0.10 0.06 0.10 0.06 0.05 0.03 0.06 0.03 0.02 0.10 0.06 0.06 0.06 0.06
N4 0.05 0.06 0.03 0.03 0.08 0.06 0.05 0.05 0.05 0.03 0.09 0.11 0.07 0.03 0.03 0.09 0.05 0.06 0.07 0.06
O2 0.11 0.10 0.07 0.07 0.15 0.10 0.18 0.08 0.16 0.12 0.11 0.16 0.08 0.06 0.03 0.13 0.08 0.06 0.07 0.07
O2' 0.14 0.15 0.11 0.09 0.16 0.11 0.17 0.09 0.16 0.15 0.16 0.17 0.15 0.09 0.06 0.14 0.08 0.07 0.07 0.08
O3' 0.09 0.10 0.08 0.06 0.09 0.06 0.10 0.05 0.10 0.09 0.09 0.10 0.12 0.07 0.03 0.08 0.04 0.06 0.04 0.04
O4' 0.10 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.11 0.09 0.12 0.10 0.06 0.07 0.08 0.05 0.05 0.11 0.08 0.07 0.07 0.08
O5' 0.02 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.04 0.08 0.04 0.00 0.02 0.02 0.06 0.02 0.04
OP1 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.05 0.02 0.05 0.05 0.07 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.04
OP2 0.02 0.06 0.01 0.01 0.09 0.03 0.10 0.04 0.08 0.05 0.08 0.10 0.06 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.04
P 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.06 0.06 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.06 0.03
C2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.10 0.11 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.09 0.14 0.14 0.13
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.14 0.14 0.13
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.10 0.12 0.10
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.08 0.09 0.07
N3 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.08 0.12 0.13 0.11
N4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.16 0.16 0.14
O2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.05 0.08 0.09 0.07
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01
O3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03
O5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.09 0.01 0.09 0.01 0.08 0.05 0.08 0.09 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.04 0.10 0.03 0.03 0.14 0.01 0.14 0.01 0.10 0.08 0.12 0.16 0.08 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.11 0.03 0.01 0.14 0.03 0.14 0.02 0.12 0.09 0.13 0.16 0.09 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.02 0.02 0.13 0.01 0.13 0.01 0.10 0.07 0.11 0.14 0.07 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00