ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48052

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.014, 0.031, 0.049, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.031 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.012, 0.038, 0.064, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.038 std_dev=0.026
O4' A 0, -0.024, 0.236, 0.495, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.236 std_dev=0.259
C3' A 0, -0.022, 0.282, 0.586, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.282 std_dev=0.304
OP1 B 0, 0.300, 0.607, 0.915, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.607 std_dev=0.307
P B 0, 0.141, 0.455, 0.769, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.455 std_dev=0.314
C2' A 0, -0.027, 0.300, 0.627, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.300 std_dev=0.327
C4' A 0, -0.070, 0.374, 0.817, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.374 std_dev=0.444
OP2 B 0, 0.178, 0.628, 1.078, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.628 std_dev=0.450
O2' A 0, -0.020, 0.547, 1.114, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.547 std_dev=0.567
P A 0, 0.068, 0.714, 1.360, 1.950 max_d=1.950 avg_d=0.714 std_dev=0.646
OP1 A 0, 0.139, 0.808, 1.476, 1.939 max_d=1.939 avg_d=0.808 std_dev=0.668
O3' A 0, -0.163, 0.540, 1.243, 1.799 max_d=1.799 avg_d=0.540 std_dev=0.703
C5' A 0, -0.133, 0.644, 1.421, 1.968 max_d=1.968 avg_d=0.644 std_dev=0.777
O5' A 0, -0.157, 0.670, 1.496, 2.178 max_d=2.178 avg_d=0.670 std_dev=0.826
C5' B 0, 0.094, 0.940, 1.786, 2.565 max_d=2.565 avg_d=0.940 std_dev=0.846
O5' B 0, -0.027, 0.892, 1.812, 2.676 max_d=2.676 avg_d=0.892 std_dev=0.920
OP2 A 0, -0.034, 1.407, 2.848, 3.727 max_d=3.727 avg_d=1.407 std_dev=1.441
C4' B 0, -0.261, 1.537, 3.334, 4.689 max_d=4.689 avg_d=1.537 std_dev=1.797
C3' B 0, -0.496, 1.986, 4.468, 6.166 max_d=6.166 avg_d=1.986 std_dev=2.482
O3' B 0, -0.464, 2.038, 4.541, 6.211 max_d=6.211 avg_d=2.038 std_dev=2.503
O4' B 0, -0.539, 1.977, 4.492, 6.182 max_d=6.182 avg_d=1.977 std_dev=2.515
C6 B 0, -0.783, 2.178, 5.139, 7.104 max_d=7.104 avg_d=2.178 std_dev=2.961
C5 B 0, -0.829, 2.210, 5.249, 7.234 max_d=7.234 avg_d=2.210 std_dev=3.039
C1' B 0, -0.848, 2.448, 5.745, 7.840 max_d=7.840 avg_d=2.448 std_dev=3.297
C2' B 0, -0.812, 2.506, 5.824, 7.926 max_d=7.926 avg_d=2.506 std_dev=3.318
N1 B 0, -0.918, 2.489, 5.897, 8.036 max_d=8.036 avg_d=2.489 std_dev=3.407
C4 B 0, -1.001, 2.584, 6.168, 8.356 max_d=8.356 avg_d=2.584 std_dev=3.585
N4 B 0, -1.038, 2.639, 6.315, 8.525 max_d=8.525 avg_d=2.639 std_dev=3.677
O2' B 0, -0.964, 2.896, 6.755, 9.125 max_d=9.125 avg_d=2.896 std_dev=3.860
C2 B 0, -1.068, 2.909, 6.885, 9.224 max_d=9.224 avg_d=2.909 std_dev=3.977
N3 B 0, -1.092, 2.945, 6.982, 9.329 max_d=9.329 avg_d=2.945 std_dev=4.037
O2 B 0, -1.161, 3.266, 7.693, 10.320 max_d=10.320 avg_d=3.266 std_dev=4.427

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.38 0.01 0.36 0.36 0.52 0.37
C2 0.02 0.00 0.07 0.02 0.00 0.08 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.44 0.11 0.52 0.18 0.78 0.46
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.04 0.06 0.03 0.08 0.02 0.06 0.03 0.12 0.00 0.13 0.03 0.36 0.75 0.71 0.54
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.10 0.06 0.09 0.04 0.03 0.07 0.06 0.02 0.01 0.01 0.07 0.65 0.19 0.18
C4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.28 0.04 0.56 0.11 1.11 0.49
C4' 0.02 0.08 0.04 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.15 0.03 0.06 0.06 0.16 0.02 0.09 0.00 0.03 0.20 0.29 0.05
C5 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.13 0.00 0.32 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.16 0.06 0.52 0.15 1.16 0.47
C5' 0.05 0.06 0.03 0.06 0.20 0.01 0.32 0.00 0.32 0.14 0.10 0.21 0.11 0.03 0.14 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01
C6 0.00 0.01 0.08 0.09 0.01 0.15 0.00 0.32 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.16 0.09 0.48 0.09 1.01 0.45
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.32 0.02 0.47 0.18 0.78 0.43
N3 0.02 0.00 0.06 0.03 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.39 0.10 0.56 0.08 0.94 0.49
N4 0.02 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.26 0.05 0.58 0.17 1.20 0.51
O2 0.02 0.00 0.12 0.06 0.01 0.16 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.57 0.18 0.48 0.28 0.62 0.43
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.10 0.02 0.23 0.03 0.25 0.07 0.07 0.10 0.25 0.00 0.16 0.02 0.31 0.92 0.76 0.57
O3' 0.38 0.44 0.13 0.01 0.28 0.09 0.16 0.14 0.16 0.32 0.39 0.26 0.57 0.16 0.00 0.28 0.51 0.35 0.66 0.35
O4' 0.01 0.11 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.10 0.05 0.18 0.02 0.28 0.00 0.29 0.12 0.26 0.20
O5' 0.36 0.52 0.36 0.07 0.56 0.03 0.52 0.01 0.48 0.47 0.56 0.58 0.48 0.31 0.51 0.29 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.36 0.18 0.75 0.65 0.11 0.20 0.15 0.07 0.09 0.18 0.08 0.17 0.28 0.92 0.35 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.52 0.78 0.71 0.19 1.11 0.29 1.16 0.16 1.01 0.78 0.94 1.20 0.62 0.76 0.66 0.26 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.37 0.46 0.54 0.18 0.49 0.05 0.47 0.01 0.45 0.43 0.49 0.51 0.43 0.57 0.35 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.33 0.61 0.42 0.08 0.27 0.49 0.57 0.43 0.10 0.39 0.10 0.56 0.65 0.59 0.16 0.06 0.23 0.32 0.18
C2 0.13 0.36 0.83 0.66 0.10 0.29 0.62 0.58 0.57 0.13 0.41 0.09 0.65 0.83 0.86 0.24 0.08 0.28 0.43 0.17
C2' 0.42 0.23 0.79 0.51 0.50 0.45 0.80 0.67 0.71 0.45 0.22 0.51 0.10 0.87 0.61 0.22 0.11 0.17 0.18 0.17
C3' 0.22 0.12 0.60 0.40 0.19 0.39 0.55 0.69 0.51 0.22 0.17 0.17 0.30 0.65 0.51 0.11 0.16 0.33 0.35 0.33
C4 0.21 0.73 0.47 0.39 0.46 0.14 0.13 0.49 0.17 0.31 0.80 0.49 0.92 0.39 0.59 0.43 0.16 0.29 0.47 0.16
C4' 0.31 0.82 0.17 0.11 0.60 0.12 0.07 0.56 0.06 0.38 0.97 0.76 1.06 0.18 0.27 0.31 0.06 0.40 0.46 0.36
C5 0.32 0.82 0.17 0.08 0.72 0.06 0.24 0.44 0.14 0.45 0.94 0.78 0.93 0.14 0.25 0.39 0.15 0.24 0.38 0.17
C5' 0.45 1.08 0.12 0.11 0.99 0.15 0.34 0.67 0.23 0.59 1.30 1.27 1.29 0.14 0.14 0.30 0.22 0.62 0.66 0.61
C6 0.20 0.67 0.27 0.14 0.54 0.12 0.06 0.49 0.08 0.29 0.80 0.65 0.82 0.26 0.30 0.29 0.10 0.23 0.31 0.17
N1 0.06 0.46 0.57 0.41 0.17 0.23 0.40 0.55 0.37 0.07 0.55 0.24 0.69 0.57 0.58 0.22 0.07 0.25 0.36 0.18
N3 0.07 0.49 0.82 0.69 0.10 0.26 0.50 0.55 0.50 0.06 0.53 0.14 0.77 0.77 0.90 0.33 0.12 0.29 0.47 0.16
N4 0.36 0.84 0.37 0.37 0.55 0.07 0.15 0.42 0.12 0.47 0.85 0.54 1.01 0.26 0.59 0.61 0.24 0.31 0.52 0.14
O2 0.27 0.21 1.05 0.84 0.36 0.37 0.83 0.61 0.74 0.31 0.22 0.36 0.51 1.08 1.06 0.19 0.08 0.29 0.43 0.17
O2' 0.79 0.84 1.16 0.73 1.19 0.56 1.25 0.62 1.08 0.90 0.95 1.36 0.68 1.30 0.79 0.43 0.11 0.10 0.11 0.11
O3' 0.14 0.15 0.50 0.27 0.30 0.21 0.60 0.48 0.48 0.19 0.14 0.37 0.36 0.55 0.37 0.10 0.03 0.20 0.22 0.19
O4' 0.45 1.02 0.14 0.09 0.76 0.06 0.14 0.45 0.11 0.53 1.18 0.91 1.28 0.14 0.29 0.50 0.12 0.30 0.41 0.24
O5' 1.08 1.54 0.82 0.87 1.51 0.62 1.03 0.19 0.93 1.19 1.71 1.73 1.67 0.81 0.74 0.94 0.60 0.35 0.34 0.31
OP1 0.53 1.13 0.29 0.26 1.20 0.10 0.67 0.58 0.47 0.71 1.37 1.52 1.26 0.31 0.12 0.30 0.16 0.58 0.45 0.53
OP2 1.86 2.14 1.73 1.85 2.18 1.50 1.94 1.06 1.83 1.95 2.24 2.30 2.19 1.67 1.76 1.71 1.54 1.37 1.39 1.30
P 1.15 1.61 0.97 1.00 1.65 0.65 1.22 0.16 1.08 1.28 1.79 1.89 1.71 0.96 0.89 0.94 0.59 0.31 0.35 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.14 0.34 0.09 0.15
C2 0.01 0.00 0.11 0.04 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.26 0.03 0.09 0.27 0.44 0.31 0.27
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.17 0.05 0.03 0.10 0.06 0.15 0.01 0.09 0.02 0.20 0.54 0.06 0.24
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.17 0.00 0.25 0.02 0.25 0.11 0.09 0.18 0.06 0.02 0.01 0.01 0.34 0.68 0.19 0.43
C4 0.01 0.00 0.05 0.17 0.00 0.03 0.00 0.24 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.16 0.03 0.29 0.53 0.40 0.31
C4' 0.01 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.04 0.03 0.08 0.24 0.09 0.00 0.01 0.16 0.18 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.25 0.00 0.06 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.26 0.04 0.23 0.52 0.32 0.26
C5' 0.12 0.12 0.17 0.02 0.24 0.00 0.34 0.00 0.35 0.20 0.16 0.25 0.04 0.07 0.11 0.01 0.01 0.14 0.39 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.25 0.01 0.07 0.00 0.35 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.26 0.08 0.18 0.48 0.20 0.21
N1 0.00 0.01 0.03 0.11 0.00 0.02 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.12 0.01 0.21 0.43 0.21 0.22
N3 0.01 0.00 0.10 0.09 0.00 0.04 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.28 0.07 0.08 0.30 0.49 0.39 0.31
N4 0.01 0.01 0.06 0.18 0.00 0.03 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.17 0.04 0.30 0.55 0.46 0.33
O2 0.01 0.00 0.15 0.06 0.00 0.08 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.33 0.08 0.14 0.27 0.40 0.30 0.27
O2' 0.02 0.26 0.01 0.02 0.21 0.24 0.09 0.07 0.03 0.11 0.28 0.23 0.33 0.00 0.13 0.15 0.29 0.64 0.09 0.33
O3' 0.05 0.03 0.09 0.01 0.16 0.09 0.26 0.11 0.26 0.12 0.07 0.17 0.08 0.13 0.00 0.05 0.32 0.74 0.16 0.45
O4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.08 0.04 0.14 0.15 0.05 0.00 0.05 0.12 0.07 0.05
O5' 0.14 0.27 0.20 0.34 0.29 0.01 0.23 0.01 0.18 0.21 0.30 0.30 0.27 0.29 0.32 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.34 0.44 0.54 0.68 0.53 0.16 0.52 0.14 0.48 0.43 0.49 0.55 0.40 0.64 0.74 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.31 0.06 0.19 0.40 0.18 0.32 0.39 0.20 0.21 0.39 0.46 0.30 0.09 0.16 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.27 0.24 0.43 0.31 0.02 0.26 0.01 0.21 0.22 0.31 0.33 0.27 0.33 0.45 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00