ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48054

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.028, 0.056, 0.085, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.056 std_dev=0.029
N4 A 0, 0.023, 0.052, 0.081, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.052 std_dev=0.029
P B 0, 0.189, 0.523, 0.858, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.523 std_dev=0.335
OP1 B 0, 0.262, 0.704, 1.146, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.704 std_dev=0.442
O5' B 0, 0.422, 0.957, 1.492, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.957 std_dev=0.535
O4' A 0, 0.094, 0.666, 1.238, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.666 std_dev=0.572
C2' A 0, 0.098, 0.696, 1.295, 1.898 max_d=1.898 avg_d=0.696 std_dev=0.598
OP2 B 0, 0.457, 1.076, 1.694, 1.824 max_d=1.824 avg_d=1.076 std_dev=0.618
C4' A 0, 0.524, 1.181, 1.838, 2.188 max_d=2.188 avg_d=1.181 std_dev=0.657
C3' A 0, 0.778, 1.472, 2.166, 2.229 max_d=2.229 avg_d=1.472 std_dev=0.694
C5' B 0, 0.641, 1.336, 2.030, 2.174 max_d=2.174 avg_d=1.336 std_dev=0.695
O2' A 0, 0.562, 1.420, 2.278, 2.962 max_d=2.962 avg_d=1.420 std_dev=0.858
O5' A 0, 0.575, 1.547, 2.519, 3.221 max_d=3.221 avg_d=1.547 std_dev=0.972
C4' B 0, 0.899, 1.942, 2.985, 3.434 max_d=3.434 avg_d=1.942 std_dev=1.043
O3' A 0, 1.234, 2.317, 3.400, 3.035 max_d=3.035 avg_d=2.317 std_dev=1.083
P A 0, 0.906, 2.024, 3.142, 3.108 max_d=3.108 avg_d=2.024 std_dev=1.118
OP1 A 0, 0.792, 1.914, 3.037, 3.271 max_d=3.271 avg_d=1.914 std_dev=1.123
C5' A 0, 0.287, 1.414, 2.541, 3.643 max_d=3.643 avg_d=1.414 std_dev=1.127
C2' B 0, 0.793, 1.949, 3.104, 3.764 max_d=3.764 avg_d=1.949 std_dev=1.155
O4' B 0, 1.242, 2.405, 3.568, 3.477 max_d=3.477 avg_d=2.405 std_dev=1.163
C3' B 0, 0.832, 2.018, 3.203, 4.052 max_d=4.052 avg_d=2.018 std_dev=1.186
C1' B 0, 1.349, 2.582, 3.815, 3.826 max_d=3.826 avg_d=2.582 std_dev=1.233
C6 B 0, 1.652, 3.059, 4.465, 4.076 max_d=4.076 avg_d=3.059 std_dev=1.406
N1 B 0, 1.709, 3.147, 4.586, 4.101 max_d=4.101 avg_d=3.147 std_dev=1.438
O2' B 0, 0.137, 1.642, 3.147, 4.006 max_d=4.006 avg_d=1.642 std_dev=1.505
OP2 A 0, 1.127, 2.864, 4.600, 4.801 max_d=4.801 avg_d=2.864 std_dev=1.737
C5 B 0, 1.960, 3.730, 5.500, 5.166 max_d=5.166 avg_d=3.730 std_dev=1.770
O3' B 0, 0.685, 2.461, 4.238, 5.857 max_d=5.857 avg_d=2.461 std_dev=1.777
C2 B 0, 2.137, 3.925, 5.713, 5.166 max_d=5.166 avg_d=3.925 std_dev=1.788
O2 B 0, 2.205, 4.108, 6.010, 5.634 max_d=5.634 avg_d=4.108 std_dev=1.902
N3 B 0, 2.466, 4.526, 6.586, 6.071 max_d=6.071 avg_d=4.526 std_dev=2.060
C4 B 0, 2.373, 4.449, 6.525, 6.128 max_d=6.128 avg_d=4.449 std_dev=2.076
N4 B 0, 2.665, 5.124, 7.582, 7.266 max_d=7.266 avg_d=5.124 std_dev=2.459

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.11 0.00 0.30 0.34 0.96 0.48
C2 0.02 0.00 0.29 0.14 0.00 0.01 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.50 0.25 0.09 0.57 0.46 1.11 0.61
C2' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.10 0.02 0.06 0.06 0.12 0.06 0.25 0.11 0.45 0.00 0.04 0.03 0.30 0.38 0.57 0.26
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.19 0.01 0.37 0.03 0.40 0.13 0.11 0.21 0.34 0.03 0.02 0.04 0.29 0.48 0.33 0.15
C4 0.01 0.00 0.10 0.19 0.00 0.19 0.00 0.42 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.10 0.10 0.89 0.71 1.42 0.87
C4' 0.02 0.01 0.02 0.01 0.19 0.00 0.29 0.01 0.29 0.11 0.06 0.21 0.14 0.14 0.05 0.01 0.03 0.21 0.63 0.20
C5 0.01 0.01 0.06 0.37 0.00 0.29 0.00 0.52 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.17 0.35 0.07 0.95 0.77 1.45 0.90
C5' 0.04 0.15 0.06 0.03 0.42 0.01 0.52 0.00 0.47 0.24 0.26 0.47 0.05 0.10 0.12 0.02 0.01 0.31 0.38 0.02
C6 0.01 0.01 0.12 0.40 0.01 0.29 0.00 0.47 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.36 0.07 0.82 0.65 1.24 0.73
N1 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.11 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.04 0.06 0.58 0.47 1.08 0.58
N3 0.01 0.00 0.25 0.11 0.00 0.06 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.49 0.17 0.10 0.73 0.58 1.26 0.74
N4 0.02 0.01 0.11 0.21 0.01 0.21 0.00 0.47 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.36 0.12 0.11 0.97 0.80 1.56 0.98
O2 0.03 0.01 0.45 0.34 0.01 0.14 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.72 0.54 0.10 0.42 0.37 1.01 0.53
O2' 0.03 0.50 0.00 0.03 0.34 0.14 0.17 0.10 0.11 0.20 0.49 0.36 0.72 0.00 0.06 0.11 0.23 0.31 0.58 0.16
O3' 0.11 0.25 0.04 0.02 0.10 0.05 0.35 0.12 0.36 0.04 0.17 0.12 0.54 0.06 0.00 0.08 0.39 0.55 0.67 0.37
O4' 0.00 0.09 0.03 0.04 0.10 0.01 0.07 0.02 0.07 0.06 0.10 0.11 0.10 0.11 0.08 0.00 0.26 0.33 1.08 0.52
O5' 0.30 0.57 0.30 0.29 0.89 0.03 0.95 0.01 0.82 0.58 0.73 0.97 0.42 0.23 0.39 0.26 0.00 0.03 0.01 0.02
OP1 0.34 0.46 0.38 0.48 0.71 0.21 0.77 0.31 0.65 0.47 0.58 0.80 0.37 0.31 0.55 0.33 0.03 0.00 0.02 0.00
OP2 0.96 1.11 0.57 0.33 1.42 0.63 1.45 0.38 1.24 1.08 1.26 1.56 1.01 0.58 0.67 1.08 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.48 0.61 0.26 0.15 0.87 0.20 0.90 0.02 0.73 0.58 0.74 0.98 0.53 0.16 0.37 0.52 0.02 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.49 0.20 0.69 0.68 0.43 0.64 0.52 0.51 0.28 0.18 0.20 0.61 0.40 0.93 0.86 0.48 0.32 0.07 0.37 0.15
C2 0.33 0.24 0.58 0.61 0.62 0.52 0.68 0.43 0.44 0.23 0.40 0.79 0.24 0.79 0.83 0.34 0.31 0.14 0.38 0.18
C2' 0.52 0.23 0.71 0.70 0.32 0.64 0.41 0.47 0.19 0.20 0.12 0.49 0.46 0.86 0.85 0.49 0.29 0.09 0.28 0.12
C3' 0.68 0.53 0.80 0.81 0.45 0.71 0.50 0.50 0.38 0.48 0.44 0.54 0.71 0.85 0.94 0.60 0.33 0.39 0.53 0.41
C4 0.28 0.21 0.49 0.51 0.52 0.44 0.58 0.38 0.39 0.20 0.34 0.65 0.19 0.63 0.67 0.30 0.28 0.13 0.34 0.17
C4' 0.67 0.52 0.81 0.81 0.49 0.69 0.53 0.48 0.38 0.45 0.45 0.61 0.71 0.92 0.94 0.57 0.32 0.33 0.59 0.39
C5 0.41 0.16 0.55 0.55 0.33 0.54 0.41 0.46 0.24 0.15 0.16 0.45 0.31 0.68 0.64 0.42 0.29 0.06 0.31 0.13
C5' 1.01 0.97 1.16 1.18 0.90 0.96 0.88 0.72 0.80 0.90 0.93 0.95 1.12 1.17 1.29 0.87 0.66 0.62 0.90 0.70
C6 0.48 0.20 0.63 0.61 0.32 0.61 0.41 0.50 0.22 0.19 0.14 0.46 0.39 0.80 0.73 0.48 0.31 0.06 0.33 0.13
N1 0.43 0.18 0.64 0.63 0.45 0.59 0.54 0.48 0.32 0.17 0.24 0.62 0.33 0.84 0.81 0.43 0.32 0.08 0.36 0.15
N3 0.26 0.29 0.51 0.56 0.66 0.44 0.71 0.37 0.49 0.27 0.46 0.81 0.22 0.69 0.78 0.28 0.28 0.18 0.38 0.20
N4 0.21 0.28 0.40 0.45 0.56 0.34 0.61 0.31 0.44 0.27 0.41 0.66 0.20 0.50 0.59 0.25 0.26 0.19 0.32 0.18
O2 0.33 0.31 0.61 0.64 0.72 0.52 0.76 0.42 0.51 0.29 0.49 0.91 0.26 0.83 0.91 0.33 0.32 0.16 0.38 0.19
O2' 0.69 0.48 0.90 0.88 0.51 0.80 0.57 0.65 0.44 0.45 0.42 0.65 0.64 1.08 1.06 0.66 0.55 0.20 0.30 0.24
O3' 0.78 0.61 0.86 0.87 0.41 0.78 0.43 0.55 0.38 0.55 0.48 0.46 0.82 0.91 1.01 0.68 0.35 0.41 0.47 0.41
O4' 0.51 0.25 0.68 0.66 0.42 0.62 0.50 0.47 0.25 0.20 0.22 0.60 0.47 0.89 0.80 0.48 0.26 0.12 0.48 0.21
O5' 1.76 1.62 1.86 1.87 1.31 1.73 1.20 1.48 1.28 1.54 1.49 1.26 1.81 1.88 1.94 1.65 1.36 1.08 1.27 1.20
OP1 1.99 1.80 2.00 1.97 1.30 1.91 1.12 1.57 1.29 1.67 1.59 1.19 2.09 2.15 2.10 1.88 1.40 0.97 1.03 1.08
OP2 2.87 2.68 2.86 2.82 2.20 2.79 2.03 2.47 2.23 2.58 2.48 2.06 2.93 2.94 2.87 2.77 2.31 1.84 1.84 1.98
P 2.12 1.96 2.17 2.14 1.51 2.03 1.34 1.71 1.49 1.85 1.78 1.40 2.21 2.27 2.24 2.00 1.59 1.18 1.29 1.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.02 0.02 0.07 0.03 0.07 0.02 0.05 0.02 0.05 0.06 0.01 0.03 0.11 0.01 0.10 0.18 0.30 0.14
C2 0.03 0.00 0.14 0.17 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.28 0.17 0.04 0.21 0.17 0.37 0.17
C2' 0.02 0.14 0.00 0.01 0.20 0.06 0.19 0.06 0.16 0.11 0.18 0.21 0.13 0.01 0.04 0.03 0.35 0.35 0.15 0.28
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.30 0.01 0.33 0.02 0.30 0.18 0.23 0.31 0.11 0.04 0.00 0.04 0.39 0.38 0.12 0.29
C4 0.07 0.01 0.20 0.30 0.00 0.14 0.01 0.15 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.33 0.31 0.09 0.30 0.24 0.45 0.24
C4' 0.03 0.08 0.06 0.01 0.14 0.00 0.15 0.00 0.14 0.07 0.11 0.15 0.05 0.26 0.01 0.00 0.06 0.18 0.26 0.12
C5 0.07 0.00 0.19 0.33 0.01 0.15 0.00 0.18 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.26 0.35 0.10 0.32 0.27 0.52 0.26
C5' 0.02 0.09 0.06 0.02 0.15 0.00 0.18 0.00 0.16 0.10 0.12 0.16 0.05 0.20 0.11 0.02 0.03 0.20 0.31 0.07
C6 0.05 0.01 0.16 0.30 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.18 0.29 0.09 0.29 0.23 0.48 0.23
N1 0.02 0.01 0.11 0.18 0.05 0.07 0.03 0.10 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.17 0.13 0.03 0.20 0.17 0.38 0.17
N3 0.05 0.02 0.18 0.23 0.01 0.11 0.00 0.12 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.35 0.24 0.07 0.25 0.20 0.40 0.20
N4 0.06 0.01 0.21 0.31 0.01 0.15 0.03 0.16 0.03 0.04 0.03 0.00 0.03 0.37 0.34 0.10 0.33 0.26 0.45 0.26
O2 0.01 0.01 0.13 0.11 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.27 0.20 0.05 0.16 0.16 0.33 0.14
O2' 0.03 0.28 0.01 0.04 0.33 0.26 0.26 0.20 0.18 0.17 0.35 0.37 0.27 0.00 0.08 0.16 0.20 0.30 0.16 0.21
O3' 0.11 0.17 0.04 0.00 0.31 0.01 0.35 0.11 0.29 0.13 0.24 0.34 0.20 0.08 0.00 0.06 0.36 0.41 0.19 0.30
O4' 0.01 0.04 0.03 0.04 0.09 0.00 0.10 0.02 0.09 0.03 0.07 0.10 0.05 0.16 0.06 0.00 0.11 0.20 0.41 0.24
O5' 0.10 0.21 0.35 0.39 0.30 0.06 0.32 0.03 0.29 0.20 0.25 0.33 0.16 0.20 0.36 0.11 0.00 0.06 0.03 0.01
OP1 0.18 0.17 0.35 0.38 0.24 0.18 0.27 0.20 0.23 0.17 0.20 0.26 0.16 0.30 0.41 0.20 0.06 0.00 0.03 0.00
OP2 0.30 0.37 0.15 0.12 0.45 0.26 0.52 0.31 0.48 0.38 0.40 0.45 0.33 0.16 0.19 0.41 0.03 0.03 0.00 0.00
P 0.14 0.17 0.28 0.29 0.24 0.12 0.26 0.07 0.23 0.17 0.20 0.26 0.14 0.21 0.30 0.24 0.01 0.00 0.00 0.00