ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48057

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.016, 0.033, 0.049, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.033 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.019, 0.038, 0.058, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.038 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.020, 0.043, 0.065, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.043 std_dev=0.023
N4 A 0, 0.030, 0.062, 0.094, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.062 std_dev=0.032
C2' A 0, 0.204, 0.449, 0.694, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.449 std_dev=0.245
O4' A 0, 0.220, 0.480, 0.741, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.480 std_dev=0.260
P B 0, 0.253, 0.553, 0.854, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.553 std_dev=0.300
C4' A 0, 0.503, 1.049, 1.596, 1.579 max_d=1.579 avg_d=1.049 std_dev=0.547
C3' A 0, 0.637, 1.278, 1.919, 1.674 max_d=1.674 avg_d=1.278 std_dev=0.641
C5' A 0, 0.509, 1.175, 1.840, 2.018 max_d=2.018 avg_d=1.175 std_dev=0.666
OP2 B 0, 0.548, 1.250, 1.952, 1.912 max_d=1.912 avg_d=1.250 std_dev=0.702
O2' A 0, 0.700, 1.410, 2.120, 1.882 max_d=1.882 avg_d=1.410 std_dev=0.710
OP1 B 0, 0.664, 1.465, 2.266, 2.419 max_d=2.419 avg_d=1.465 std_dev=0.801
O5' A 0, 0.843, 1.711, 2.580, 2.332 max_d=2.332 avg_d=1.711 std_dev=0.869
P A 0, 0.751, 1.790, 2.829, 2.844 max_d=2.844 avg_d=1.790 std_dev=1.039
O5' B 0, 1.049, 2.106, 3.162, 2.787 max_d=2.787 avg_d=2.106 std_dev=1.057
O3' A 0, 1.166, 2.338, 3.510, 3.062 max_d=3.062 avg_d=2.338 std_dev=1.172
OP1 A 0, 0.276, 1.525, 2.774, 3.172 max_d=3.172 avg_d=1.525 std_dev=1.249
C5' B 0, 1.262, 2.537, 3.812, 3.295 max_d=3.295 avg_d=2.537 std_dev=1.275
O4' B 0, 1.596, 3.200, 4.804, 4.191 max_d=4.191 avg_d=3.200 std_dev=1.604
OP2 A 0, 1.112, 2.818, 4.523, 4.657 max_d=4.657 avg_d=2.818 std_dev=1.706
C4' B 0, 1.794, 3.591, 5.388, 4.575 max_d=4.575 avg_d=3.591 std_dev=1.797
C6 B 0, 2.166, 4.352, 6.539, 5.697 max_d=5.697 avg_d=4.352 std_dev=2.187
C1' B 0, 2.229, 4.463, 6.698, 5.719 max_d=5.719 avg_d=4.463 std_dev=2.235
N1 B 0, 2.489, 4.987, 7.485, 6.404 max_d=6.404 avg_d=4.987 std_dev=2.498
C3' B 0, 2.525, 5.053, 7.580, 6.433 max_d=6.433 avg_d=5.053 std_dev=2.527
C5 B 0, 2.636, 5.298, 7.960, 6.991 max_d=6.991 avg_d=5.298 std_dev=2.662
C2' B 0, 2.817, 5.640, 8.463, 7.146 max_d=7.146 avg_d=5.640 std_dev=2.823
O3' B 0, 2.963, 5.930, 8.896, 7.575 max_d=7.575 avg_d=5.930 std_dev=2.966
O2' B 0, 3.058, 6.127, 9.196, 7.852 max_d=7.852 avg_d=6.127 std_dev=3.069
C2 B 0, 3.192, 6.389, 9.587, 8.182 max_d=8.182 avg_d=6.389 std_dev=3.197
C4 B 0, 3.370, 6.757, 10.143, 8.806 max_d=8.806 avg_d=6.757 std_dev=3.386
O2 B 0, 3.506, 7.015, 10.524, 8.918 max_d=8.918 avg_d=7.015 std_dev=3.509
N3 B 0, 3.593, 7.195, 10.796, 9.269 max_d=9.269 avg_d=7.195 std_dev=3.601
N4 B 0, 3.917, 7.855, 11.792, 10.266 max_d=10.266 avg_d=7.855 std_dev=3.938

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.14 0.00 0.15 0.22 0.50 0.15
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.15 0.04 0.22 0.26 0.54 0.15
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.09 0.13 0.52 0.15
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.14 0.00 0.18 0.02 0.16 0.08 0.09 0.15 0.06 0.01 0.00 0.01 0.21 0.24 0.53 0.23
C4 0.00 0.00 0.01 0.14 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.04 0.01 0.33 0.24 0.63 0.21
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.12 0.04 0.03 0.09 0.06 0.13 0.03 0.00 0.01 0.13 0.45 0.11
C5 0.00 0.00 0.04 0.18 0.00 0.12 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.10 0.05 0.36 0.21 0.65 0.24
C5' 0.03 0.06 0.07 0.02 0.16 0.00 0.20 0.00 0.18 0.08 0.10 0.18 0.05 0.06 0.09 0.01 0.00 0.20 0.26 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.16 0.00 0.12 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.08 0.06 0.32 0.19 0.60 0.21
N1 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.06 0.01 0.23 0.23 0.54 0.16
N3 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.10 0.02 0.27 0.26 0.58 0.18
N4 0.00 0.00 0.01 0.15 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.04 0.01 0.36 0.24 0.66 0.23
O2 0.02 0.00 0.08 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.26 0.07 0.18 0.29 0.51 0.15
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.18 0.13 0.18 0.06 0.15 0.10 0.14 0.19 0.06 0.00 0.01 0.08 0.20 0.20 0.52 0.15
O3' 0.14 0.15 0.02 0.00 0.04 0.03 0.10 0.09 0.08 0.06 0.10 0.04 0.26 0.01 0.00 0.08 0.42 0.49 0.61 0.38
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.07 0.08 0.08 0.00 0.25 0.33 0.49 0.22
O5' 0.15 0.22 0.09 0.21 0.33 0.01 0.36 0.00 0.32 0.23 0.27 0.36 0.18 0.20 0.42 0.25 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.22 0.26 0.13 0.24 0.24 0.13 0.21 0.20 0.19 0.23 0.26 0.24 0.29 0.20 0.49 0.33 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.50 0.54 0.52 0.53 0.63 0.45 0.65 0.26 0.60 0.54 0.58 0.66 0.51 0.52 0.61 0.49 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.15 0.15 0.23 0.21 0.11 0.24 0.01 0.21 0.16 0.18 0.23 0.15 0.15 0.38 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 0.37 0.47 0.50 0.32 0.43 0.26 0.38 0.25 0.32 0.36 0.33 0.42 0.51 0.61 0.34 0.39 0.12 0.20 0.17
C2 0.30 0.23 0.40 0.45 0.20 0.40 0.18 0.36 0.17 0.22 0.21 0.23 0.28 0.46 0.56 0.30 0.38 0.11 0.15 0.14
C2' 0.52 0.55 0.65 0.67 0.46 0.56 0.38 0.49 0.38 0.48 0.53 0.46 0.61 0.69 0.80 0.46 0.46 0.15 0.23 0.20
C3' 0.28 0.36 0.40 0.41 0.34 0.29 0.26 0.24 0.22 0.28 0.38 0.37 0.41 0.41 0.52 0.22 0.22 0.31 0.19 0.18
C4 0.28 0.22 0.36 0.41 0.20 0.38 0.19 0.35 0.17 0.21 0.20 0.22 0.25 0.41 0.50 0.28 0.37 0.12 0.16 0.14
C4' 0.26 0.36 0.36 0.37 0.37 0.27 0.29 0.23 0.22 0.27 0.39 0.42 0.39 0.36 0.45 0.21 0.24 0.24 0.19 0.15
C5 0.35 0.35 0.43 0.46 0.32 0.41 0.28 0.39 0.27 0.32 0.35 0.33 0.38 0.45 0.54 0.34 0.39 0.15 0.23 0.18
C5' 0.26 0.38 0.34 0.34 0.43 0.25 0.33 0.20 0.24 0.28 0.44 0.50 0.41 0.33 0.39 0.20 0.23 0.32 0.18 0.18
C6 0.38 0.41 0.47 0.50 0.37 0.43 0.31 0.39 0.30 0.36 0.40 0.39 0.44 0.49 0.58 0.35 0.39 0.16 0.24 0.19
N1 0.35 0.34 0.45 0.48 0.28 0.42 0.24 0.38 0.23 0.30 0.32 0.30 0.38 0.49 0.59 0.33 0.39 0.11 0.19 0.16
N3 0.26 0.19 0.36 0.41 0.20 0.37 0.19 0.34 0.16 0.18 0.18 0.25 0.22 0.42 0.52 0.27 0.37 0.15 0.14 0.13
N4 0.22 0.16 0.30 0.35 0.19 0.33 0.19 0.31 0.16 0.16 0.17 0.24 0.18 0.35 0.43 0.24 0.34 0.20 0.14 0.13
O2 0.28 0.21 0.39 0.44 0.20 0.40 0.19 0.36 0.16 0.20 0.19 0.25 0.25 0.46 0.57 0.28 0.38 0.13 0.13 0.13
O2' 0.71 0.69 0.85 0.86 0.54 0.77 0.47 0.67 0.51 0.63 0.64 0.52 0.77 0.92 1.01 0.66 0.67 0.21 0.33 0.35
O3' 0.30 0.37 0.40 0.41 0.35 0.31 0.28 0.27 0.24 0.30 0.39 0.39 0.42 0.41 0.51 0.25 0.28 0.25 0.20 0.17
O4' 0.29 0.34 0.37 0.39 0.34 0.32 0.28 0.28 0.23 0.28 0.36 0.39 0.37 0.39 0.47 0.26 0.31 0.16 0.22 0.16
O5' 0.47 0.53 0.57 0.57 0.52 0.45 0.45 0.40 0.42 0.47 0.56 0.57 0.56 0.54 0.60 0.40 0.33 0.39 0.28 0.28
OP1 0.48 0.69 0.56 0.53 0.77 0.37 0.64 0.32 0.54 0.57 0.79 0.87 0.71 0.49 0.52 0.37 0.27 0.23 0.27 0.13
OP2 0.52 0.60 0.41 0.40 0.66 0.55 0.61 0.57 0.56 0.55 0.66 0.73 0.59 0.43 0.34 0.59 0.77 0.94 0.65 0.81
P 0.24 0.45 0.28 0.26 0.53 0.20 0.41 0.20 0.30 0.33 0.54 0.62 0.47 0.23 0.26 0.21 0.33 0.50 0.25 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.08 0.06 0.07 0.05
C2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02 0.09 0.08 0.10 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.07 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.09 0.05
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.09 0.08 0.10 0.01 0.01 0.02 0.03 0.14 0.11 0.07
C4 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.08 0.09 0.11 0.08
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.05 0.07 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.05
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.09 0.10 0.11 0.09
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.14 0.00 0.14 0.00 0.11 0.08 0.12 0.15 0.06 0.04 0.03 0.00 0.00 0.13 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.10 0.09 0.10 0.08
N1 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.10 0.08 0.09 0.06
N3 0.02 0.00 0.04 0.09 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.10 0.01 0.09 0.08 0.11 0.07
N4 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.08 0.10 0.11 0.08
O2 0.04 0.00 0.07 0.10 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.10 0.04 0.10 0.08 0.10 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.03 0.06 0.00 0.03 0.04 0.05 0.07 0.06 0.08
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.08 0.01 0.06 0.03 0.05 0.03 0.10 0.09 0.10 0.03 0.00 0.00 0.05 0.14 0.12 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.00 0.00 0.09 0.06 0.06 0.05
O5' 0.08 0.09 0.04 0.03 0.08 0.01 0.09 0.00 0.10 0.10 0.09 0.08 0.10 0.05 0.05 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.08 0.10 0.14 0.09 0.07 0.10 0.13 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.07 0.14 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.10 0.09 0.11 0.11 0.03 0.11 0.04 0.10 0.09 0.11 0.11 0.10 0.06 0.12 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.05 0.07 0.08 0.05 0.09 0.01 0.08 0.06 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00